# TARGET T0448 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0448.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.007 0.005 0.023 0.187 0.736 2 I 0.130 0.024 0.016 0.048 0.247 0.535 3 A 0.172 0.013 0.020 0.076 0.258 0.461 4 M 0.225 0.015 0.044 0.112 0.262 0.342 5 I 0.333 0.024 0.033 0.129 0.218 0.262 6 V 0.404 0.015 0.026 0.154 0.178 0.223 7 K 0.333 0.013 0.020 0.189 0.169 0.276 8 G 0.347 0.019 0.020 0.194 0.151 0.269 9 G 0.259 0.010 0.040 0.351 0.133 0.206 10 L 0.183 0.008 0.053 0.462 0.132 0.162 11 A 0.126 0.007 0.067 0.589 0.107 0.105 12 M 0.108 0.005 0.047 0.666 0.083 0.092 13 A 0.113 0.005 0.047 0.650 0.084 0.101 14 I 0.129 0.005 0.052 0.598 0.106 0.111 15 S 0.091 0.007 0.045 0.515 0.153 0.189 16 N 0.059 0.013 0.044 0.382 0.210 0.292 17 G 0.049 0.011 0.077 0.194 0.360 0.309 18 H 0.031 0.010 0.110 0.124 0.447 0.278 19 V 0.025 0.015 0.084 0.061 0.587 0.229 20 S 0.039 0.011 0.047 0.021 0.578 0.304 21 F 0.071 0.004 0.015 0.007 0.487 0.416 22 K 0.328 0.006 0.007 0.005 0.275 0.379 23 R 0.875 0.009 0.002 0.002 0.035 0.077 24 P 0.974 0.002 0.001 0.001 0.005 0.018 25 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 26 W 0.972 0.003 0.001 0.001 0.006 0.018 27 L 0.810 0.003 0.003 0.003 0.060 0.122 28 G 0.292 0.010 0.015 0.010 0.414 0.259 29 D 0.062 0.010 0.036 0.018 0.616 0.258 30 S 0.118 0.034 0.090 0.036 0.568 0.155 31 I 0.205 0.025 0.102 0.088 0.429 0.152 32 T 0.253 0.031 0.074 0.111 0.361 0.170 33 A 0.203 0.026 0.061 0.099 0.437 0.174 34 N 0.077 0.008 0.053 0.064 0.534 0.265 35 N 0.091 0.024 0.052 0.043 0.498 0.292 36 G 0.079 0.032 0.051 0.043 0.463 0.332 37 L 0.064 0.034 0.064 0.063 0.449 0.325 38 A 0.045 0.024 0.063 0.071 0.511 0.287 39 T 0.026 0.017 0.063 0.078 0.539 0.278 40 V 0.018 0.010 0.031 0.122 0.442 0.377 41 H 0.023 0.009 0.027 0.289 0.309 0.343 42 Y 0.040 0.013 0.014 0.326 0.204 0.403 43 H 0.027 0.010 0.029 0.802 0.059 0.073 44 D 0.016 0.003 0.054 0.856 0.039 0.032 45 I 0.010 0.001 0.074 0.848 0.040 0.027 46 L 0.006 0.001 0.047 0.909 0.024 0.013 47 A 0.004 0.001 0.027 0.933 0.022 0.013 48 A 0.007 0.001 0.039 0.904 0.035 0.014 49 D 0.010 0.001 0.048 0.854 0.060 0.027 50 W 0.024 0.002 0.051 0.707 0.137 0.078 51 D 0.038 0.007 0.029 0.374 0.237 0.316 52 V 0.054 0.002 0.008 0.021 0.255 0.660 53 E 0.282 0.004 0.008 0.017 0.218 0.471 54 R 0.695 0.006 0.006 0.010 0.094 0.189 55 S 0.907 0.005 0.002 0.007 0.024 0.054 56 D 0.908 0.004 0.003 0.008 0.029 0.049 57 N 0.842 0.007 0.004 0.009 0.045 0.092 58 L 0.615 0.005 0.007 0.012 0.116 0.246 59 G 0.430 0.024 0.006 0.010 0.251 0.279 60 I 0.229 0.040 0.010 0.024 0.421 0.276 61 S 0.149 0.019 0.018 0.047 0.431 0.336 62 G 0.141 0.014 0.043 0.162 0.405 0.235 63 S 0.156 0.013 0.045 0.244 0.318 0.224 64 T 0.169 0.019 0.053 0.361 0.203 0.196 65 I 0.105 0.016 0.091 0.524 0.151 0.113 66 G 0.108 0.010 0.087 0.500 0.162 0.133 67 S 0.105 0.007 0.079 0.525 0.164 0.121 68 R 0.078 0.007 0.063 0.579 0.165 0.108 69 Y 0.071 0.009 0.061 0.559 0.163 0.139 70 D 0.069 0.007 0.066 0.546 0.162 0.151 71 A 0.048 0.005 0.049 0.579 0.148 0.170 72 M 0.026 0.004 0.048 0.676 0.124 0.122 73 A 0.025 0.005 0.049 0.665 0.135 0.122 74 V 0.025 0.006 0.053 0.620 0.155 0.142 75 R 0.036 0.007 0.067 0.569 0.182 0.139 76 Y 0.029 0.004 0.093 0.558 0.185 0.130 77 Q 0.019 0.006 0.137 0.523 0.199 0.116 78 A 0.021 0.009 0.150 0.469 0.205 0.146 79 I 0.020 0.005 0.163 0.400 0.260 0.152 80 P 0.025 0.005 0.118 0.259 0.369 0.224 81 E 0.022 0.014 0.064 0.133 0.388 0.379 82 D 0.032 0.013 0.020 0.014 0.592 0.329 83 A 0.052 0.001 0.004 0.002 0.606 0.334 84 D 0.266 0.003 0.003 0.001 0.396 0.332 85 F 0.981 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 86 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 87 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 88 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 89 F 0.910 0.002 0.001 0.001 0.011 0.076 90 G 0.505 0.003 0.003 0.003 0.117 0.368 91 G 0.267 0.012 0.005 0.005 0.215 0.496 92 V 0.224 0.034 0.010 0.011 0.231 0.491 93 N 0.239 0.057 0.026 0.019 0.317 0.342 94 D 0.159 0.019 0.098 0.051 0.466 0.206 95 Y 0.063 0.010 0.204 0.086 0.471 0.166 96 G 0.065 0.009 0.206 0.101 0.494 0.125 97 R 0.111 0.018 0.118 0.121 0.436 0.196 98 D 0.149 0.031 0.034 0.083 0.309 0.395 99 Q 0.153 0.042 0.041 0.085 0.335 0.344 100 P 0.123 0.026 0.048 0.072 0.408 0.323 101 L 0.067 0.012 0.137 0.094 0.516 0.174 102 G 0.041 0.009 0.133 0.076 0.576 0.165 103 Q 0.059 0.018 0.122 0.064 0.570 0.167 104 Y 0.079 0.027 0.084 0.036 0.603 0.170 105 G 0.069 0.012 0.051 0.033 0.592 0.243 106 D 0.079 0.018 0.045 0.036 0.511 0.311 107 C 0.098 0.077 0.012 0.038 0.349 0.426 108 D 0.051 0.024 0.008 0.050 0.203 0.664 109 M 0.002 0.001 0.068 0.855 0.047 0.027 110 T 0.003 0.001 0.065 0.876 0.043 0.013 111 T 0.001 0.001 0.077 0.884 0.030 0.006 112 F 0.002 0.001 0.014 0.958 0.013 0.012 113 Y 0.001 0.001 0.005 0.984 0.007 0.003 114 G 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.004 115 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 116 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 117 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 118 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 121 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 122 G 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 123 L 0.001 0.001 0.003 0.976 0.012 0.009 124 Q 0.001 0.001 0.016 0.917 0.041 0.023 125 T 0.002 0.001 0.024 0.761 0.136 0.075 126 N 0.007 0.002 0.027 0.430 0.259 0.275 127 W 0.011 0.005 0.008 0.021 0.349 0.606 128 P 0.031 0.004 0.011 0.008 0.378 0.567 129 T 0.147 0.006 0.013 0.007 0.312 0.516 130 V 0.591 0.011 0.014 0.006 0.143 0.236 131 P 0.888 0.003 0.004 0.003 0.023 0.078 132 K 0.964 0.002 0.002 0.002 0.007 0.024 133 L 0.963 0.001 0.001 0.002 0.007 0.026 134 F 0.949 0.003 0.001 0.004 0.009 0.035 135 I 0.815 0.006 0.002 0.006 0.032 0.139 136 S 0.462 0.013 0.009 0.015 0.145 0.355 137 A 0.237 0.019 0.054 0.024 0.304 0.362 138 I 0.134 0.017 0.079 0.034 0.390 0.345 139 H 0.107 0.023 0.063 0.042 0.410 0.355 140 I 0.064 0.025 0.042 0.061 0.395 0.412 141 G 0.050 0.015 0.045 0.064 0.406 0.420 142 S 0.053 0.013 0.158 0.140 0.427 0.210 143 D 0.068 0.018 0.174 0.165 0.389 0.186 144 F 0.100 0.020 0.141 0.180 0.365 0.193 145 G 0.079 0.022 0.053 0.152 0.334 0.359 146 G 0.066 0.026 0.041 0.117 0.362 0.388 147 S 0.047 0.020 0.069 0.163 0.373 0.327 148 F 0.028 0.015 0.074 0.204 0.369 0.310 149 S 0.022 0.009 0.087 0.239 0.408 0.235 150 A 0.020 0.009 0.070 0.340 0.301 0.261 151 V 0.028 0.014 0.074 0.455 0.235 0.195 152 T 0.027 0.008 0.073 0.520 0.221 0.151 153 N 0.024 0.007 0.066 0.547 0.197 0.160 154 G 0.018 0.007 0.059 0.640 0.155 0.120 155 L 0.010 0.003 0.027 0.778 0.082 0.100 156 G 0.011 0.002 0.019 0.782 0.081 0.106 157 Y 0.007 0.002 0.020 0.861 0.053 0.057 158 R 0.007 0.003 0.021 0.871 0.040 0.058 159 Q 0.005 0.001 0.021 0.917 0.025 0.031 160 S 0.004 0.001 0.017 0.925 0.026 0.028 161 D 0.003 0.001 0.013 0.938 0.016 0.029 162 Y 0.002 0.001 0.006 0.968 0.007 0.016 163 E 0.001 0.001 0.003 0.982 0.005 0.009 164 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.006 0.007 165 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 166 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.006 167 A 0.001 0.001 0.002 0.980 0.008 0.009 168 Q 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.006 169 M 0.001 0.001 0.003 0.986 0.008 0.003 170 T 0.001 0.001 0.011 0.963 0.019 0.006 171 A 0.001 0.001 0.028 0.919 0.040 0.012 172 D 0.001 0.001 0.040 0.825 0.096 0.037 173 Y 0.002 0.001 0.020 0.498 0.188 0.290 174 G 0.002 0.001 0.001 0.005 0.078 0.914 175 V 0.028 0.002 0.001 0.003 0.100 0.867 176 P 0.130 0.004 0.002 0.004 0.065 0.795 177 H 0.720 0.044 0.005 0.011 0.038 0.183 178 L 0.803 0.007 0.007 0.016 0.029 0.138 179 S 0.633 0.010 0.016 0.034 0.085 0.223 180 L 0.206 0.007 0.100 0.235 0.205 0.247 181 Y 0.102 0.007 0.098 0.250 0.254 0.289 182 R 0.056 0.006 0.138 0.397 0.251 0.152 183 D 0.051 0.009 0.116 0.495 0.221 0.108 184 A 0.037 0.008 0.081 0.552 0.195 0.127 185 G 0.037 0.007 0.090 0.469 0.236 0.161 186 M 0.029 0.008 0.080 0.510 0.215 0.157 187 T 0.029 0.010 0.063 0.376 0.298 0.225 188 F 0.023 0.010 0.076 0.389 0.309 0.193 189 A 0.026 0.012 0.067 0.286 0.324 0.285 190 I 0.017 0.005 0.097 0.323 0.332 0.227 191 P 0.011 0.004 0.134 0.415 0.258 0.178 192 A 0.015 0.007 0.169 0.424 0.244 0.141 193 Q 0.017 0.008 0.184 0.468 0.214 0.110 194 A 0.017 0.009 0.271 0.406 0.191 0.106 195 A 0.023 0.008 0.281 0.329 0.230 0.129 196 I 0.033 0.013 0.195 0.327 0.244 0.188 197 Y 0.064 0.064 0.077 0.223 0.254 0.319 198 S 0.047 0.039 0.051 0.102 0.532 0.229 199 V 0.027 0.010 0.049 0.056 0.688 0.171 200 D 0.017 0.007 0.052 0.022 0.734 0.167 201 T 0.046 0.027 0.039 0.021 0.673 0.193 202 L 0.123 0.105 0.028 0.021 0.371 0.353 203 H 0.092 0.093 0.021 0.026 0.380 0.389 204 P 0.034 0.037 0.017 0.027 0.380 0.504 205 N 0.005 0.013 0.006 0.073 0.201 0.703 206 N 0.001 0.001 0.006 0.939 0.029 0.025 207 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.008 0.003 208 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 209 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 210 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 211 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 212 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 213 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 214 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 215 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 216 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 217 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 218 S 0.001 0.001 0.002 0.986 0.005 0.007 219 F 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 220 L 0.001 0.001 0.008 0.985 0.005 0.002 221 D 0.001 0.001 0.020 0.956 0.017 0.006 222 S 0.001 0.001 0.015 0.834 0.088 0.062 223 H 0.002 0.002 0.027 0.480 0.237 0.253 224 F 0.009 0.028 0.044 0.358 0.300 0.262 225 L 0.021 0.016 0.094 0.249 0.395 0.225 226 E 0.023 0.010 0.110 0.186 0.401 0.271 227 H 0.021 0.008 0.131 0.130 0.456 0.254 228 H 0.025 0.009 0.090 0.063 0.485 0.328 229 H 0.025 0.017 0.096 0.068 0.454 0.341 230 H 0.036 0.037 0.097 0.075 0.349 0.406 231 H 0.027 0.016 0.035 0.065 0.245 0.613 232 H 0.003 0.007 0.007 0.023 0.101 0.858