# TARGET T0448 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0448.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 2 I 0.370 0.037 0.005 0.152 0.004 0.019 0.413 3 A 0.426 0.020 0.010 0.166 0.074 0.038 0.265 4 M 0.420 0.006 0.021 0.242 0.044 0.067 0.201 5 I 0.411 0.006 0.025 0.290 0.074 0.062 0.133 6 V 0.450 0.006 0.025 0.302 0.046 0.040 0.132 7 K 0.392 0.009 0.031 0.349 0.050 0.044 0.124 8 G 0.325 0.011 0.025 0.411 0.057 0.054 0.118 9 G 0.188 0.019 0.038 0.497 0.039 0.058 0.162 10 L 0.108 0.010 0.048 0.583 0.059 0.070 0.122 11 A 0.098 0.004 0.064 0.573 0.070 0.084 0.107 12 M 0.081 0.005 0.077 0.598 0.054 0.079 0.106 13 A 0.114 0.010 0.079 0.543 0.065 0.078 0.111 14 I 0.117 0.007 0.091 0.475 0.063 0.106 0.141 15 S 0.071 0.009 0.087 0.452 0.082 0.157 0.141 16 N 0.069 0.013 0.073 0.300 0.131 0.137 0.279 17 G 0.043 0.010 0.079 0.176 0.151 0.151 0.391 18 H 0.030 0.013 0.127 0.117 0.141 0.269 0.303 19 V 0.024 0.006 0.110 0.067 0.186 0.300 0.308 20 S 0.046 0.014 0.077 0.033 0.252 0.240 0.337 21 F 0.104 0.006 0.053 0.014 0.239 0.212 0.373 22 K 0.263 0.008 0.015 0.007 0.146 0.038 0.524 23 R 0.702 0.013 0.006 0.005 0.083 0.005 0.186 24 P 0.933 0.009 0.002 0.002 0.005 0.002 0.048 25 A 0.970 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.020 26 W 0.948 0.005 0.001 0.002 0.004 0.002 0.039 27 L 0.790 0.003 0.003 0.004 0.033 0.031 0.136 28 G 0.481 0.006 0.004 0.005 0.241 0.076 0.186 29 D 0.204 0.014 0.018 0.015 0.348 0.070 0.330 30 S 0.221 0.041 0.044 0.037 0.177 0.077 0.403 31 I 0.269 0.039 0.099 0.128 0.145 0.177 0.143 32 T 0.220 0.031 0.111 0.164 0.100 0.170 0.205 33 A 0.122 0.020 0.087 0.190 0.137 0.307 0.137 34 N 0.078 0.025 0.063 0.178 0.156 0.343 0.157 35 N 0.062 0.026 0.053 0.098 0.212 0.343 0.206 36 G 0.044 0.022 0.038 0.051 0.180 0.417 0.249 37 L 0.044 0.033 0.037 0.046 0.215 0.148 0.476 38 A 0.025 0.027 0.064 0.056 0.247 0.182 0.400 39 T 0.018 0.012 0.077 0.080 0.295 0.283 0.235 40 V 0.023 0.013 0.074 0.076 0.171 0.280 0.363 41 H 0.038 0.012 0.041 0.108 0.219 0.193 0.389 42 Y 0.079 0.050 0.027 0.132 0.163 0.091 0.458 43 H 0.018 0.017 0.073 0.723 0.048 0.030 0.091 44 D 0.005 0.002 0.036 0.906 0.008 0.014 0.029 45 I 0.003 0.001 0.037 0.923 0.004 0.014 0.018 46 L 0.002 0.001 0.022 0.938 0.003 0.026 0.008 47 A 0.002 0.001 0.012 0.937 0.007 0.031 0.010 48 A 0.001 0.001 0.039 0.902 0.009 0.037 0.011 49 D 0.002 0.001 0.059 0.818 0.014 0.096 0.011 50 W 0.003 0.002 0.109 0.615 0.021 0.224 0.027 51 D 0.011 0.022 0.052 0.206 0.146 0.393 0.170 52 V 0.033 0.004 0.014 0.029 0.148 0.398 0.374 53 E 0.199 0.005 0.007 0.013 0.109 0.031 0.636 54 R 0.679 0.009 0.005 0.007 0.104 0.007 0.190 55 S 0.899 0.009 0.003 0.006 0.009 0.003 0.072 56 D 0.939 0.003 0.004 0.009 0.008 0.004 0.034 57 N 0.894 0.004 0.005 0.010 0.015 0.006 0.066 58 L 0.668 0.004 0.018 0.024 0.053 0.037 0.196 59 G 0.474 0.020 0.021 0.032 0.113 0.092 0.249 60 I 0.281 0.025 0.024 0.032 0.184 0.133 0.321 61 S 0.165 0.022 0.016 0.042 0.238 0.188 0.329 62 G 0.095 0.014 0.035 0.186 0.257 0.200 0.213 63 S 0.060 0.014 0.077 0.397 0.139 0.147 0.165 64 T 0.064 0.017 0.080 0.546 0.085 0.109 0.099 65 I 0.035 0.009 0.066 0.721 0.035 0.078 0.056 66 G 0.033 0.007 0.057 0.675 0.037 0.109 0.081 67 S 0.028 0.006 0.044 0.673 0.044 0.123 0.081 68 R 0.025 0.005 0.050 0.667 0.072 0.075 0.105 69 Y 0.028 0.005 0.059 0.681 0.057 0.069 0.102 70 D 0.025 0.006 0.055 0.669 0.043 0.098 0.106 71 A 0.018 0.005 0.047 0.638 0.051 0.133 0.108 72 M 0.023 0.005 0.041 0.530 0.066 0.206 0.130 73 A 0.032 0.009 0.042 0.475 0.070 0.178 0.195 74 V 0.023 0.009 0.039 0.332 0.068 0.063 0.466 75 R 0.041 0.013 0.072 0.436 0.050 0.086 0.301 76 Y 0.037 0.009 0.141 0.425 0.080 0.129 0.179 77 Q 0.021 0.006 0.182 0.445 0.075 0.130 0.141 78 A 0.019 0.004 0.169 0.433 0.080 0.140 0.156 79 I 0.013 0.009 0.213 0.381 0.057 0.182 0.145 80 P 0.019 0.007 0.199 0.225 0.093 0.249 0.207 81 E 0.035 0.017 0.079 0.152 0.277 0.197 0.242 82 D 0.065 0.060 0.015 0.030 0.254 0.087 0.488 83 A 0.049 0.003 0.001 0.002 0.089 0.010 0.847 84 D 0.130 0.001 0.001 0.001 0.642 0.003 0.225 85 F 0.989 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 86 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 89 F 0.905 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.080 90 G 0.499 0.002 0.005 0.003 0.097 0.008 0.387 91 G 0.271 0.031 0.015 0.007 0.164 0.025 0.489 92 V 0.264 0.033 0.061 0.034 0.210 0.075 0.323 93 N 0.185 0.020 0.109 0.071 0.208 0.142 0.266 94 D 0.095 0.026 0.145 0.122 0.167 0.159 0.284 95 Y 0.047 0.011 0.164 0.136 0.113 0.367 0.164 96 G 0.038 0.009 0.102 0.134 0.137 0.406 0.174 97 R 0.051 0.013 0.068 0.072 0.220 0.316 0.261 98 D 0.059 0.022 0.040 0.048 0.225 0.240 0.366 99 Q 0.078 0.045 0.030 0.046 0.232 0.051 0.517 100 P 0.112 0.056 0.044 0.041 0.089 0.096 0.562 101 L 0.081 0.034 0.126 0.069 0.130 0.338 0.223 102 G 0.062 0.014 0.122 0.054 0.186 0.366 0.197 103 Q 0.058 0.021 0.116 0.056 0.192 0.262 0.296 104 Y 0.071 0.034 0.073 0.044 0.248 0.195 0.336 105 G 0.076 0.014 0.037 0.037 0.360 0.207 0.269 106 D 0.078 0.026 0.021 0.037 0.234 0.197 0.405 107 C 0.119 0.113 0.007 0.030 0.216 0.037 0.478 108 D 0.052 0.047 0.004 0.029 0.092 0.013 0.762 109 M 0.001 0.001 0.074 0.876 0.012 0.027 0.009 110 T 0.001 0.001 0.085 0.868 0.010 0.032 0.005 111 T 0.001 0.001 0.096 0.867 0.005 0.026 0.005 112 F 0.001 0.001 0.014 0.956 0.003 0.017 0.008 113 Y 0.001 0.001 0.005 0.975 0.003 0.014 0.003 114 G 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.013 0.002 115 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.008 0.003 116 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 117 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 118 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 121 T 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 122 G 0.001 0.001 0.002 0.969 0.002 0.024 0.002 123 L 0.001 0.001 0.005 0.951 0.006 0.028 0.009 124 Q 0.001 0.002 0.019 0.894 0.009 0.065 0.011 125 T 0.002 0.001 0.027 0.666 0.030 0.252 0.022 126 N 0.004 0.004 0.025 0.358 0.121 0.394 0.094 127 W 0.012 0.007 0.007 0.034 0.280 0.087 0.574 128 P 0.030 0.007 0.009 0.008 0.219 0.075 0.651 129 T 0.190 0.011 0.016 0.007 0.218 0.062 0.495 130 V 0.527 0.008 0.009 0.004 0.087 0.013 0.351 131 P 0.896 0.003 0.003 0.003 0.027 0.003 0.067 132 K 0.972 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 133 L 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 134 F 0.943 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.045 135 I 0.803 0.005 0.001 0.002 0.027 0.003 0.158 136 S 0.479 0.014 0.005 0.005 0.076 0.012 0.409 137 A 0.262 0.015 0.026 0.018 0.121 0.064 0.493 138 I 0.152 0.024 0.058 0.035 0.180 0.143 0.408 139 H 0.120 0.023 0.059 0.051 0.223 0.147 0.376 140 I 0.081 0.021 0.049 0.070 0.211 0.093 0.473 141 G 0.069 0.019 0.062 0.092 0.189 0.124 0.446 142 S 0.063 0.015 0.118 0.156 0.169 0.225 0.253 143 D 0.058 0.017 0.126 0.194 0.148 0.238 0.219 144 F 0.070 0.015 0.099 0.186 0.154 0.259 0.216 145 G 0.070 0.019 0.056 0.146 0.166 0.194 0.349 146 G 0.066 0.025 0.039 0.137 0.205 0.112 0.416 147 S 0.060 0.019 0.040 0.185 0.161 0.143 0.392 148 F 0.044 0.016 0.049 0.234 0.136 0.166 0.355 149 S 0.041 0.013 0.067 0.257 0.130 0.176 0.316 150 A 0.046 0.012 0.079 0.291 0.124 0.187 0.261 151 V 0.044 0.017 0.080 0.406 0.111 0.122 0.219 152 T 0.042 0.015 0.063 0.457 0.132 0.100 0.191 153 N 0.030 0.009 0.051 0.481 0.107 0.145 0.177 154 G 0.016 0.008 0.057 0.497 0.079 0.160 0.182 155 L 0.011 0.006 0.054 0.531 0.072 0.159 0.168 156 G 0.010 0.004 0.045 0.593 0.088 0.128 0.133 157 Y 0.009 0.005 0.058 0.675 0.062 0.084 0.108 158 R 0.004 0.004 0.045 0.751 0.038 0.062 0.096 159 Q 0.002 0.001 0.025 0.875 0.018 0.041 0.037 160 S 0.002 0.001 0.016 0.903 0.015 0.045 0.018 161 D 0.001 0.001 0.009 0.926 0.009 0.035 0.019 162 Y 0.001 0.001 0.003 0.966 0.007 0.011 0.013 163 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.005 0.004 164 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 165 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 166 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 168 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 169 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 170 T 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.012 0.003 171 A 0.001 0.001 0.006 0.938 0.003 0.049 0.003 172 D 0.001 0.001 0.007 0.828 0.011 0.143 0.009 173 Y 0.001 0.002 0.006 0.350 0.057 0.556 0.028 174 G 0.002 0.002 0.002 0.026 0.076 0.696 0.197 175 V 0.018 0.005 0.001 0.009 0.096 0.008 0.863 176 P 0.218 0.023 0.004 0.017 0.107 0.016 0.614 177 H 0.546 0.050 0.014 0.032 0.043 0.019 0.296 178 L 0.722 0.024 0.010 0.033 0.031 0.011 0.168 179 S 0.608 0.016 0.009 0.035 0.037 0.015 0.280 180 L 0.197 0.009 0.079 0.279 0.097 0.089 0.250 181 Y 0.093 0.007 0.106 0.316 0.185 0.123 0.170 182 R 0.057 0.005 0.142 0.405 0.117 0.118 0.156 183 D 0.043 0.013 0.124 0.441 0.089 0.117 0.174 184 A 0.041 0.013 0.079 0.384 0.091 0.248 0.144 185 G 0.048 0.016 0.066 0.305 0.089 0.266 0.209 186 M 0.045 0.021 0.049 0.267 0.167 0.112 0.339 187 T 0.041 0.015 0.048 0.256 0.139 0.103 0.399 188 F 0.023 0.010 0.089 0.268 0.114 0.203 0.293 189 A 0.010 0.009 0.121 0.271 0.116 0.214 0.261 190 I 0.009 0.008 0.104 0.286 0.153 0.131 0.310 191 P 0.007 0.005 0.123 0.388 0.096 0.233 0.148 192 A 0.008 0.007 0.116 0.369 0.111 0.214 0.175 193 Q 0.008 0.008 0.192 0.355 0.091 0.118 0.226 194 A 0.010 0.005 0.311 0.389 0.039 0.142 0.104 195 A 0.014 0.005 0.366 0.338 0.033 0.135 0.110 196 I 0.016 0.025 0.306 0.315 0.059 0.149 0.129 197 Y 0.043 0.065 0.098 0.215 0.165 0.172 0.242 198 S 0.027 0.019 0.075 0.103 0.149 0.209 0.416 199 V 0.021 0.022 0.062 0.082 0.197 0.247 0.369 200 D 0.010 0.016 0.060 0.042 0.196 0.329 0.348 201 T 0.015 0.010 0.036 0.022 0.466 0.225 0.225 202 L 0.032 0.030 0.033 0.026 0.278 0.125 0.476 203 H 0.032 0.067 0.015 0.016 0.244 0.048 0.579 204 P 0.014 0.045 0.012 0.028 0.196 0.042 0.663 205 N 0.007 0.008 0.003 0.035 0.150 0.024 0.774 206 N 0.001 0.001 0.019 0.950 0.008 0.019 0.005 207 A 0.001 0.001 0.008 0.971 0.003 0.014 0.003 208 G 0.001 0.001 0.008 0.961 0.002 0.027 0.003 209 H 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.003 210 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 0.002 211 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 212 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 213 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 214 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 215 K 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.019 0.001 216 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.010 0.003 217 Q 0.001 0.001 0.004 0.984 0.002 0.008 0.002 218 S 0.001 0.001 0.004 0.973 0.002 0.019 0.002 219 F 0.001 0.001 0.005 0.957 0.002 0.032 0.003 220 L 0.001 0.002 0.006 0.942 0.007 0.034 0.009 221 D 0.001 0.001 0.017 0.876 0.011 0.085 0.011 222 S 0.002 0.001 0.032 0.785 0.022 0.133 0.025 223 H 0.003 0.004 0.037 0.746 0.040 0.111 0.060 224 F 0.009 0.014 0.046 0.518 0.066 0.183 0.164 225 L 0.013 0.008 0.088 0.363 0.102 0.230 0.195 226 E 0.016 0.007 0.096 0.313 0.150 0.202 0.216 227 H 0.016 0.012 0.071 0.203 0.192 0.115 0.391 228 H 0.020 0.008 0.078 0.191 0.136 0.228 0.340 229 H 0.020 0.011 0.084 0.145 0.191 0.240 0.309 230 H 0.019 0.011 0.054 0.131 0.257 0.209 0.319 231 H 0.014 0.010 0.021 0.078 0.009 0.141 0.727 232 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997