# TARGET T0448 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0448.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.598 0.199 0.114 0.062 0.021 0.006 0.001 2 I 0.561 0.181 0.104 0.086 0.048 0.017 0.002 3 A 0.533 0.206 0.101 0.073 0.051 0.029 0.007 4 M 0.488 0.165 0.108 0.101 0.077 0.048 0.012 5 I 0.439 0.182 0.123 0.110 0.078 0.052 0.016 6 V 0.462 0.150 0.103 0.104 0.086 0.069 0.025 7 K 0.471 0.185 0.121 0.098 0.074 0.042 0.009 8 G 0.353 0.206 0.144 0.127 0.097 0.063 0.009 9 G 0.253 0.130 0.122 0.182 0.175 0.117 0.021 10 L 0.286 0.234 0.184 0.153 0.097 0.041 0.005 11 A 0.407 0.262 0.144 0.109 0.057 0.020 0.002 12 M 0.307 0.173 0.149 0.170 0.132 0.063 0.008 13 A 0.332 0.192 0.162 0.154 0.105 0.050 0.005 14 I 0.420 0.241 0.144 0.110 0.059 0.024 0.003 15 S 0.293 0.232 0.174 0.145 0.096 0.050 0.010 16 N 0.221 0.198 0.185 0.190 0.128 0.066 0.012 17 G 0.322 0.257 0.164 0.137 0.078 0.036 0.006 18 H 0.384 0.260 0.161 0.117 0.057 0.018 0.003 19 V 0.358 0.237 0.166 0.141 0.075 0.020 0.002 20 S 0.354 0.324 0.183 0.100 0.032 0.006 0.001 21 F 0.165 0.357 0.268 0.155 0.048 0.007 0.001 22 K 0.013 0.082 0.186 0.346 0.284 0.084 0.004 23 R 0.001 0.015 0.065 0.225 0.386 0.279 0.030 24 P 0.001 0.001 0.002 0.012 0.088 0.494 0.404 25 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.286 0.669 26 W 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.143 0.838 27 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.120 0.858 28 G 0.001 0.001 0.003 0.011 0.038 0.190 0.756 29 D 0.001 0.001 0.004 0.014 0.063 0.273 0.644 30 S 0.001 0.003 0.009 0.029 0.094 0.281 0.582 31 I 0.002 0.005 0.013 0.033 0.085 0.305 0.557 32 T 0.005 0.011 0.022 0.059 0.150 0.375 0.378 33 A 0.014 0.035 0.075 0.153 0.229 0.304 0.191 34 N 0.039 0.072 0.099 0.147 0.213 0.282 0.149 35 N 0.048 0.088 0.129 0.196 0.236 0.228 0.075 36 G 0.109 0.185 0.186 0.212 0.168 0.112 0.029 37 L 0.086 0.116 0.140 0.206 0.223 0.173 0.056 38 A 0.180 0.209 0.187 0.184 0.138 0.082 0.020 39 T 0.214 0.235 0.205 0.171 0.109 0.051 0.014 40 V 0.184 0.207 0.181 0.178 0.136 0.089 0.025 41 H 0.129 0.223 0.249 0.212 0.127 0.052 0.008 42 Y 0.073 0.184 0.235 0.244 0.170 0.082 0.011 43 H 0.012 0.030 0.056 0.146 0.305 0.382 0.070 44 D 0.015 0.030 0.063 0.154 0.301 0.369 0.068 45 I 0.071 0.193 0.233 0.235 0.157 0.097 0.013 46 L 0.019 0.070 0.168 0.316 0.284 0.132 0.011 47 A 0.010 0.018 0.038 0.115 0.310 0.442 0.067 48 A 0.049 0.132 0.199 0.285 0.213 0.108 0.014 49 D 0.204 0.387 0.222 0.119 0.048 0.018 0.003 50 W 0.092 0.202 0.246 0.241 0.155 0.055 0.008 51 D 0.069 0.118 0.187 0.273 0.234 0.106 0.012 52 V 0.224 0.294 0.217 0.150 0.081 0.030 0.004 53 E 0.068 0.114 0.162 0.265 0.259 0.118 0.015 54 R 0.090 0.193 0.226 0.238 0.164 0.077 0.013 55 S 0.027 0.040 0.067 0.145 0.281 0.334 0.107 56 D 0.036 0.067 0.104 0.189 0.248 0.249 0.107 57 N 0.048 0.052 0.074 0.129 0.191 0.300 0.206 58 L 0.044 0.049 0.066 0.116 0.184 0.292 0.248 59 G 0.055 0.055 0.067 0.100 0.153 0.281 0.290 60 I 0.045 0.051 0.067 0.116 0.174 0.265 0.281 61 S 0.073 0.095 0.106 0.136 0.173 0.236 0.180 62 G 0.087 0.101 0.112 0.155 0.176 0.206 0.163 63 S 0.138 0.145 0.147 0.167 0.154 0.149 0.100 64 T 0.127 0.113 0.124 0.162 0.183 0.190 0.101 65 I 0.104 0.065 0.070 0.115 0.183 0.292 0.171 66 G 0.136 0.127 0.129 0.170 0.183 0.176 0.079 67 S 0.188 0.179 0.166 0.170 0.140 0.114 0.043 68 R 0.096 0.101 0.115 0.168 0.213 0.225 0.083 69 Y 0.159 0.142 0.132 0.170 0.176 0.162 0.059 70 D 0.273 0.224 0.159 0.136 0.099 0.079 0.031 71 A 0.320 0.196 0.143 0.133 0.108 0.077 0.023 72 M 0.337 0.214 0.145 0.124 0.094 0.066 0.020 73 A 0.299 0.209 0.164 0.144 0.104 0.065 0.015 74 V 0.200 0.170 0.164 0.178 0.159 0.108 0.022 75 R 0.223 0.198 0.166 0.177 0.133 0.081 0.021 76 Y 0.216 0.195 0.172 0.172 0.132 0.089 0.025 77 Q 0.207 0.203 0.170 0.176 0.138 0.084 0.021 78 A 0.174 0.173 0.156 0.187 0.174 0.109 0.027 79 I 0.158 0.186 0.205 0.234 0.152 0.059 0.007 80 P 0.260 0.267 0.190 0.156 0.093 0.030 0.002 81 E 0.120 0.252 0.226 0.231 0.131 0.038 0.002 82 D 0.049 0.270 0.340 0.241 0.083 0.016 0.001 83 A 0.002 0.009 0.036 0.154 0.399 0.374 0.026 84 D 0.001 0.009 0.054 0.231 0.396 0.283 0.027 85 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.470 0.465 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.164 0.826 87 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.077 0.919 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.069 0.926 89 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.106 0.879 90 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.130 0.849 91 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.040 0.217 0.734 92 V 0.001 0.001 0.004 0.012 0.048 0.240 0.695 93 N 0.001 0.002 0.005 0.021 0.069 0.324 0.578 94 D 0.001 0.004 0.011 0.032 0.109 0.428 0.415 95 Y 0.002 0.007 0.020 0.065 0.181 0.479 0.246 96 G 0.009 0.032 0.076 0.165 0.274 0.349 0.096 97 R 0.028 0.078 0.131 0.214 0.302 0.216 0.031 98 D 0.073 0.192 0.238 0.247 0.166 0.076 0.009 99 Q 0.103 0.184 0.228 0.241 0.169 0.068 0.006 100 P 0.276 0.264 0.199 0.150 0.078 0.030 0.003 101 L 0.331 0.225 0.175 0.142 0.086 0.037 0.003 102 G 0.501 0.238 0.128 0.081 0.036 0.014 0.002 103 Q 0.539 0.235 0.116 0.065 0.031 0.012 0.002 104 Y 0.327 0.192 0.177 0.174 0.096 0.030 0.003 105 G 0.401 0.276 0.166 0.098 0.043 0.014 0.002 106 D 0.306 0.315 0.184 0.128 0.051 0.014 0.001 107 C 0.123 0.149 0.180 0.246 0.215 0.080 0.007 108 D 0.127 0.263 0.263 0.204 0.107 0.032 0.003 109 M 0.027 0.105 0.207 0.313 0.254 0.087 0.007 110 T 0.129 0.286 0.231 0.212 0.108 0.032 0.003 111 T 0.023 0.111 0.241 0.289 0.237 0.086 0.014 112 F 0.001 0.006 0.018 0.084 0.312 0.506 0.072 113 Y 0.001 0.022 0.115 0.318 0.384 0.148 0.011 114 G 0.011 0.147 0.305 0.321 0.155 0.058 0.004 115 A 0.001 0.003 0.016 0.097 0.324 0.477 0.083 116 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.547 0.404 117 M 0.001 0.018 0.179 0.445 0.273 0.080 0.005 118 M 0.002 0.051 0.219 0.404 0.246 0.075 0.003 119 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.086 0.645 0.261 120 L 0.001 0.001 0.005 0.062 0.354 0.541 0.036 121 T 0.007 0.242 0.404 0.259 0.075 0.012 0.001 122 G 0.008 0.071 0.257 0.451 0.184 0.028 0.001 123 L 0.002 0.010 0.025 0.115 0.432 0.391 0.025 124 Q 0.050 0.195 0.313 0.301 0.117 0.023 0.002 125 T 0.461 0.389 0.097 0.039 0.010 0.003 0.001 126 N 0.155 0.326 0.289 0.160 0.057 0.012 0.001 127 W 0.148 0.224 0.232 0.231 0.130 0.032 0.003 128 P 0.140 0.175 0.186 0.213 0.186 0.090 0.009 129 T 0.057 0.151 0.212 0.292 0.198 0.080 0.011 130 V 0.010 0.024 0.053 0.152 0.313 0.357 0.092 131 P 0.003 0.018 0.049 0.134 0.261 0.359 0.176 132 K 0.001 0.001 0.005 0.019 0.073 0.326 0.575 133 L 0.001 0.001 0.004 0.014 0.048 0.250 0.682 134 F 0.001 0.002 0.007 0.018 0.049 0.254 0.669 135 I 0.001 0.002 0.006 0.019 0.066 0.309 0.598 136 S 0.003 0.011 0.026 0.068 0.162 0.390 0.340 137 A 0.008 0.023 0.046 0.114 0.224 0.364 0.221 138 I 0.016 0.045 0.073 0.142 0.264 0.348 0.112 139 H 0.032 0.111 0.175 0.254 0.233 0.166 0.030 140 I 0.077 0.131 0.162 0.217 0.231 0.157 0.025 141 G 0.152 0.235 0.215 0.199 0.128 0.061 0.009 142 S 0.248 0.247 0.203 0.154 0.095 0.045 0.007 143 D 0.348 0.255 0.166 0.118 0.068 0.037 0.008 144 F 0.395 0.231 0.161 0.110 0.063 0.034 0.006 145 G 0.411 0.230 0.147 0.110 0.065 0.031 0.005 146 G 0.404 0.217 0.147 0.116 0.072 0.039 0.007 147 S 0.371 0.232 0.160 0.128 0.073 0.031 0.006 148 F 0.370 0.212 0.155 0.132 0.086 0.040 0.006 149 S 0.429 0.206 0.131 0.120 0.075 0.033 0.006 150 A 0.442 0.222 0.142 0.101 0.059 0.027 0.005 151 V 0.309 0.213 0.155 0.153 0.107 0.053 0.010 152 T 0.276 0.201 0.163 0.156 0.118 0.070 0.016 153 N 0.296 0.202 0.162 0.150 0.110 0.065 0.015 154 G 0.293 0.202 0.151 0.155 0.121 0.065 0.014 155 L 0.171 0.174 0.167 0.192 0.166 0.104 0.026 156 G 0.225 0.212 0.182 0.179 0.126 0.063 0.013 157 Y 0.213 0.222 0.173 0.169 0.132 0.074 0.017 158 R 0.090 0.126 0.165 0.230 0.221 0.138 0.030 159 Q 0.047 0.100 0.146 0.224 0.255 0.189 0.038 160 S 0.083 0.186 0.198 0.240 0.180 0.094 0.018 161 D 0.021 0.091 0.172 0.250 0.254 0.167 0.045 162 Y 0.002 0.010 0.025 0.085 0.270 0.475 0.134 163 E 0.004 0.038 0.117 0.235 0.315 0.247 0.044 164 A 0.021 0.156 0.301 0.283 0.150 0.080 0.008 165 A 0.001 0.007 0.028 0.130 0.377 0.390 0.067 166 I 0.001 0.002 0.004 0.021 0.138 0.597 0.239 167 A 0.007 0.078 0.231 0.373 0.226 0.078 0.006 168 Q 0.022 0.216 0.338 0.279 0.119 0.024 0.001 169 M 0.002 0.008 0.027 0.140 0.397 0.401 0.025 170 T 0.006 0.022 0.081 0.273 0.412 0.194 0.011 171 A 0.211 0.497 0.214 0.064 0.012 0.002 0.001 172 D 0.234 0.422 0.214 0.099 0.026 0.004 0.001 173 Y 0.024 0.095 0.225 0.343 0.243 0.065 0.005 174 G 0.127 0.326 0.282 0.159 0.078 0.026 0.002 175 V 0.014 0.022 0.056 0.186 0.333 0.320 0.069 176 P 0.025 0.067 0.115 0.231 0.302 0.224 0.037 177 H 0.006 0.014 0.033 0.085 0.212 0.434 0.215 178 L 0.004 0.007 0.017 0.053 0.143 0.412 0.363 179 S 0.012 0.042 0.089 0.169 0.227 0.292 0.169 180 L 0.010 0.020 0.036 0.078 0.193 0.406 0.256 181 Y 0.019 0.045 0.082 0.174 0.260 0.315 0.104 182 R 0.052 0.107 0.148 0.193 0.217 0.222 0.060 183 D 0.078 0.121 0.149 0.204 0.223 0.185 0.040 184 A 0.106 0.110 0.122 0.182 0.225 0.216 0.039 185 G 0.158 0.175 0.170 0.186 0.166 0.122 0.023 186 M 0.317 0.224 0.152 0.136 0.102 0.060 0.009 187 T 0.319 0.255 0.171 0.136 0.077 0.036 0.006 188 F 0.315 0.182 0.162 0.158 0.115 0.061 0.008 189 A 0.351 0.228 0.158 0.134 0.088 0.037 0.005 190 I 0.380 0.238 0.174 0.123 0.059 0.022 0.003 191 P 0.545 0.223 0.109 0.075 0.033 0.012 0.002 192 A 0.436 0.258 0.145 0.089 0.049 0.019 0.004 193 Q 0.125 0.156 0.189 0.239 0.189 0.085 0.017 194 A 0.129 0.158 0.194 0.223 0.185 0.095 0.015 195 A 0.168 0.211 0.183 0.202 0.141 0.077 0.017 196 I 0.056 0.089 0.119 0.197 0.256 0.217 0.066 197 Y 0.031 0.033 0.057 0.123 0.250 0.351 0.155 198 S 0.030 0.074 0.130 0.189 0.224 0.237 0.116 199 V 0.059 0.104 0.135 0.204 0.227 0.189 0.083 200 D 0.056 0.114 0.144 0.182 0.204 0.202 0.098 201 T 0.031 0.057 0.089 0.173 0.235 0.259 0.155 202 L 0.020 0.044 0.066 0.121 0.182 0.303 0.263 203 H 0.014 0.014 0.021 0.049 0.123 0.349 0.430 204 P 0.020 0.030 0.049 0.099 0.182 0.302 0.317 205 N 0.038 0.084 0.119 0.174 0.188 0.212 0.185 206 N 0.031 0.109 0.172 0.215 0.220 0.171 0.082 207 A 0.034 0.117 0.176 0.283 0.238 0.120 0.032 208 G 0.005 0.020 0.043 0.108 0.240 0.418 0.166 209 H 0.002 0.007 0.015 0.057 0.215 0.508 0.196 210 R 0.006 0.071 0.211 0.357 0.252 0.091 0.012 211 V 0.003 0.028 0.117 0.336 0.336 0.162 0.018 212 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.064 0.613 0.316 213 A 0.001 0.001 0.005 0.052 0.256 0.583 0.104 214 R 0.001 0.071 0.332 0.370 0.175 0.048 0.002 215 K 0.001 0.004 0.043 0.306 0.468 0.171 0.007 216 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.689 0.255 217 Q 0.001 0.013 0.104 0.372 0.390 0.117 0.004 218 S 0.016 0.363 0.391 0.174 0.046 0.008 0.001 219 F 0.001 0.012 0.112 0.465 0.337 0.072 0.002 220 L 0.004 0.013 0.031 0.157 0.502 0.285 0.009 221 D 0.112 0.416 0.282 0.143 0.040 0.007 0.001 222 S 0.289 0.474 0.167 0.056 0.012 0.002 0.001 223 H 0.090 0.197 0.309 0.270 0.115 0.018 0.001 224 F 0.285 0.295 0.228 0.138 0.048 0.006 0.001 225 L 0.550 0.244 0.115 0.068 0.020 0.003 0.001 226 E 0.644 0.250 0.077 0.023 0.005 0.001 0.001 227 H 0.593 0.201 0.120 0.065 0.018 0.002 0.001 228 H 0.707 0.176 0.071 0.033 0.010 0.002 0.001 229 H 0.767 0.168 0.044 0.016 0.004 0.001 0.001 230 H 0.640 0.213 0.088 0.045 0.012 0.002 0.001 231 H 0.761 0.167 0.047 0.019 0.006 0.001 0.001 232 H 0.597 0.190 0.103 0.072 0.031 0.007 0.001