# TARGET T0448 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0448.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2322 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.011 0.022 0.177 0.158 0.518 2 I 0.208 0.010 0.027 0.367 0.104 0.285 3 A 0.268 0.007 0.041 0.403 0.101 0.180 4 M 0.381 0.011 0.042 0.380 0.078 0.108 5 I 0.443 0.012 0.027 0.329 0.076 0.113 6 V 0.389 0.012 0.024 0.304 0.110 0.162 7 K 0.222 0.008 0.025 0.327 0.183 0.234 8 G 0.117 0.007 0.039 0.324 0.257 0.255 9 G 0.093 0.013 0.067 0.340 0.260 0.228 10 L 0.126 0.018 0.096 0.434 0.164 0.163 11 A 0.112 0.010 0.144 0.458 0.146 0.131 12 M 0.099 0.008 0.153 0.466 0.141 0.132 13 A 0.109 0.013 0.116 0.415 0.159 0.188 14 I 0.106 0.019 0.069 0.393 0.172 0.240 15 S 0.066 0.013 0.039 0.229 0.222 0.431 16 N 0.043 0.013 0.033 0.119 0.309 0.482 17 G 0.043 0.013 0.032 0.039 0.321 0.552 18 H 0.069 0.027 0.083 0.047 0.308 0.465 19 V 0.097 0.033 0.084 0.036 0.311 0.439 20 S 0.103 0.015 0.078 0.022 0.322 0.460 21 F 0.102 0.015 0.028 0.019 0.303 0.531 22 K 0.129 0.011 0.009 0.009 0.241 0.601 23 R 0.292 0.010 0.003 0.005 0.147 0.543 24 P 0.666 0.010 0.003 0.005 0.070 0.246 25 A 0.873 0.014 0.002 0.007 0.030 0.074 26 W 0.907 0.009 0.002 0.009 0.042 0.031 27 L 0.827 0.008 0.002 0.020 0.078 0.066 28 G 0.407 0.008 0.005 0.057 0.263 0.260 29 D 0.308 0.015 0.013 0.136 0.317 0.211 30 S 0.210 0.035 0.060 0.237 0.232 0.227 31 I 0.149 0.030 0.214 0.286 0.233 0.087 32 T 0.114 0.022 0.213 0.256 0.308 0.088 33 A 0.114 0.012 0.229 0.188 0.345 0.111 34 N 0.098 0.021 0.090 0.126 0.454 0.211 35 N 0.059 0.025 0.076 0.075 0.519 0.245 36 G 0.044 0.028 0.033 0.024 0.583 0.288 37 L 0.028 0.036 0.041 0.028 0.597 0.270 38 A 0.017 0.024 0.030 0.038 0.607 0.283 39 T 0.015 0.011 0.040 0.091 0.567 0.276 40 V 0.014 0.008 0.039 0.324 0.390 0.225 41 H 0.020 0.017 0.015 0.562 0.146 0.240 42 Y 0.004 0.003 0.004 0.970 0.009 0.010 43 H 0.004 0.002 0.002 0.979 0.005 0.009 44 D 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 45 I 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 46 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 47 A 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.004 48 A 0.001 0.001 0.009 0.952 0.019 0.020 49 D 0.001 0.003 0.020 0.763 0.085 0.128 50 W 0.002 0.008 0.022 0.260 0.279 0.430 51 D 0.002 0.002 0.005 0.010 0.254 0.726 52 V 0.017 0.010 0.030 0.027 0.636 0.280 53 E 0.042 0.018 0.029 0.041 0.618 0.252 54 R 0.045 0.015 0.046 0.070 0.601 0.223 55 S 0.108 0.019 0.027 0.028 0.417 0.401 56 D 0.302 0.034 0.050 0.046 0.176 0.392 57 N 0.424 0.042 0.079 0.045 0.190 0.220 58 L 0.405 0.023 0.075 0.039 0.235 0.222 59 G 0.383 0.020 0.037 0.036 0.287 0.237 60 I 0.321 0.038 0.022 0.040 0.336 0.242 61 S 0.183 0.028 0.014 0.052 0.435 0.288 62 G 0.075 0.011 0.037 0.100 0.508 0.269 63 S 0.082 0.023 0.078 0.158 0.417 0.242 64 T 0.101 0.043 0.067 0.244 0.266 0.278 65 I 0.077 0.024 0.052 0.410 0.192 0.246 66 G 0.027 0.008 0.042 0.523 0.191 0.211 67 S 0.008 0.003 0.045 0.739 0.131 0.073 68 R 0.003 0.002 0.040 0.885 0.048 0.023 69 Y 0.004 0.001 0.035 0.901 0.041 0.019 70 D 0.002 0.001 0.036 0.903 0.039 0.019 71 A 0.002 0.001 0.019 0.950 0.015 0.014 72 M 0.003 0.001 0.015 0.955 0.014 0.012 73 A 0.005 0.001 0.023 0.929 0.025 0.017 74 V 0.003 0.001 0.017 0.952 0.016 0.012 75 R 0.005 0.001 0.020 0.940 0.018 0.015 76 Y 0.005 0.001 0.032 0.912 0.027 0.024 77 Q 0.005 0.002 0.037 0.848 0.040 0.068 78 A 0.009 0.008 0.034 0.607 0.095 0.247 79 I 0.008 0.009 0.006 0.028 0.666 0.284 80 P 0.004 0.005 0.021 0.019 0.822 0.130 81 E 0.004 0.004 0.037 0.018 0.873 0.065 82 D 0.020 0.018 0.024 0.006 0.843 0.089 83 A 0.047 0.009 0.008 0.003 0.409 0.524 84 D 0.341 0.012 0.003 0.001 0.210 0.433 85 F 0.962 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 86 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 89 F 0.952 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 90 G 0.696 0.003 0.001 0.002 0.034 0.265 91 G 0.437 0.011 0.007 0.003 0.152 0.390 92 V 0.277 0.022 0.046 0.020 0.320 0.315 93 N 0.168 0.026 0.117 0.028 0.432 0.229 94 D 0.122 0.022 0.246 0.032 0.442 0.136 95 Y 0.094 0.017 0.196 0.041 0.483 0.169 96 G 0.069 0.033 0.123 0.049 0.516 0.210 97 R 0.063 0.047 0.046 0.043 0.451 0.350 98 D 0.042 0.026 0.013 0.013 0.470 0.436 99 Q 0.037 0.020 0.064 0.042 0.639 0.198 100 P 0.044 0.023 0.077 0.042 0.637 0.177 101 L 0.039 0.042 0.085 0.053 0.634 0.148 102 G 0.034 0.023 0.049 0.021 0.608 0.265 103 Q 0.042 0.028 0.063 0.047 0.492 0.329 104 Y 0.057 0.036 0.066 0.026 0.538 0.277 105 G 0.060 0.015 0.041 0.020 0.532 0.333 106 D 0.046 0.020 0.028 0.026 0.396 0.484 107 C 0.044 0.051 0.004 0.015 0.217 0.669 108 D 0.020 0.016 0.001 0.032 0.078 0.853 109 M 0.001 0.001 0.009 0.981 0.004 0.006 110 T 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 111 T 0.001 0.001 0.013 0.984 0.002 0.001 112 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 113 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 114 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 118 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 121 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 122 G 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.002 124 Q 0.001 0.001 0.052 0.932 0.014 0.001 125 T 0.001 0.001 0.034 0.941 0.020 0.005 126 N 0.001 0.002 0.027 0.807 0.061 0.102 127 W 0.001 0.014 0.010 0.024 0.888 0.063 128 P 0.001 0.001 0.035 0.008 0.909 0.046 129 T 0.002 0.001 0.022 0.002 0.941 0.032 130 V 0.033 0.005 0.009 0.001 0.887 0.066 131 P 0.181 0.005 0.002 0.001 0.182 0.629 132 K 0.936 0.012 0.001 0.001 0.010 0.041 133 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 134 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 135 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 136 S 0.809 0.001 0.001 0.001 0.028 0.161 137 A 0.404 0.002 0.002 0.001 0.118 0.475 138 I 0.220 0.015 0.007 0.001 0.153 0.604 139 H 0.216 0.030 0.011 0.005 0.292 0.446 140 I 0.142 0.041 0.016 0.014 0.337 0.451 141 G 0.076 0.022 0.022 0.009 0.489 0.381 142 S 0.053 0.022 0.106 0.035 0.555 0.230 143 D 0.035 0.014 0.126 0.034 0.576 0.216 144 F 0.025 0.015 0.137 0.063 0.585 0.174 145 G 0.027 0.016 0.053 0.050 0.476 0.378 146 G 0.050 0.028 0.047 0.053 0.437 0.384 147 S 0.073 0.031 0.077 0.086 0.363 0.371 148 F 0.100 0.033 0.105 0.116 0.323 0.322 149 S 0.103 0.025 0.093 0.109 0.359 0.312 150 A 0.097 0.022 0.119 0.116 0.351 0.296 151 V 0.129 0.057 0.094 0.115 0.313 0.293 152 T 0.091 0.046 0.124 0.106 0.408 0.225 153 N 0.049 0.016 0.128 0.114 0.469 0.225 154 G 0.031 0.015 0.097 0.120 0.495 0.242 155 L 0.025 0.019 0.055 0.153 0.451 0.297 156 G 0.020 0.010 0.025 0.172 0.333 0.440 157 Y 0.016 0.008 0.021 0.541 0.193 0.221 158 R 0.018 0.010 0.008 0.593 0.108 0.264 159 Q 0.008 0.004 0.004 0.883 0.026 0.075 160 S 0.002 0.001 0.003 0.981 0.007 0.008 161 D 0.001 0.001 0.004 0.978 0.007 0.008 162 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 163 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 164 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 165 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 166 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 169 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 170 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 171 A 0.001 0.001 0.010 0.980 0.005 0.005 172 D 0.001 0.001 0.022 0.943 0.013 0.021 173 Y 0.001 0.001 0.033 0.870 0.024 0.073 174 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.972 175 V 0.016 0.006 0.002 0.001 0.085 0.891 176 P 0.177 0.006 0.003 0.001 0.106 0.708 177 H 0.822 0.024 0.008 0.002 0.030 0.115 178 L 0.856 0.013 0.006 0.003 0.024 0.098 179 S 0.719 0.005 0.009 0.007 0.040 0.220 180 L 0.335 0.012 0.048 0.141 0.108 0.355 181 Y 0.131 0.011 0.120 0.115 0.267 0.357 182 R 0.050 0.005 0.257 0.275 0.272 0.139 183 D 0.029 0.006 0.367 0.234 0.261 0.103 184 A 0.026 0.013 0.197 0.351 0.299 0.113 185 G 0.024 0.010 0.130 0.273 0.291 0.273 186 M 0.022 0.013 0.151 0.261 0.316 0.237 187 T 0.026 0.011 0.171 0.291 0.323 0.178 188 F 0.026 0.010 0.135 0.290 0.331 0.207 189 A 0.025 0.017 0.058 0.219 0.352 0.329 190 I 0.035 0.014 0.045 0.145 0.315 0.446 191 P 0.049 0.016 0.064 0.182 0.322 0.366 192 A 0.050 0.024 0.093 0.163 0.348 0.322 193 Q 0.057 0.030 0.121 0.148 0.325 0.321 194 A 0.054 0.016 0.211 0.182 0.300 0.237 195 A 0.073 0.013 0.244 0.162 0.289 0.219 196 I 0.146 0.033 0.180 0.123 0.297 0.221 197 Y 0.187 0.058 0.072 0.093 0.298 0.292 198 S 0.138 0.060 0.041 0.050 0.462 0.248 199 V 0.064 0.020 0.052 0.040 0.612 0.211 200 D 0.054 0.012 0.060 0.026 0.673 0.175 201 T 0.125 0.045 0.065 0.022 0.609 0.134 202 L 0.209 0.085 0.056 0.023 0.405 0.222 203 H 0.179 0.077 0.065 0.028 0.409 0.242 204 P 0.066 0.039 0.024 0.023 0.392 0.457 205 N 0.014 0.015 0.004 0.032 0.251 0.684 206 N 0.001 0.002 0.011 0.888 0.055 0.043 207 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.007 0.003 208 G 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 209 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 210 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 211 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 212 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 213 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 214 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 215 K 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 216 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 217 Q 0.001 0.001 0.008 0.984 0.004 0.004 218 S 0.001 0.001 0.008 0.984 0.005 0.003 219 F 0.001 0.001 0.007 0.977 0.006 0.009 220 L 0.001 0.001 0.008 0.963 0.010 0.018 221 D 0.001 0.001 0.027 0.913 0.031 0.027 222 S 0.001 0.001 0.048 0.867 0.046 0.038 223 H 0.001 0.002 0.059 0.778 0.077 0.082 224 F 0.003 0.003 0.084 0.658 0.152 0.099 225 L 0.005 0.002 0.106 0.555 0.196 0.136 226 E 0.009 0.004 0.101 0.472 0.206 0.207 227 H 0.013 0.010 0.062 0.421 0.213 0.281 228 H 0.012 0.007 0.039 0.120 0.253 0.571 229 H 0.015 0.011 0.022 0.048 0.199 0.705 230 H 0.013 0.015 0.015 0.038 0.134 0.785 231 H 0.009 0.012 0.002 0.011 0.062 0.904 232 H 0.003 0.001 0.001 0.002 0.018 0.976