# TARGET T0448 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0448.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2322 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.005 0.006 0.192 0.018 0.019 0.697 2 I 0.269 0.024 0.010 0.250 0.015 0.018 0.414 3 A 0.359 0.011 0.021 0.376 0.047 0.021 0.165 4 M 0.387 0.006 0.036 0.414 0.035 0.028 0.093 5 I 0.371 0.016 0.026 0.477 0.017 0.027 0.066 6 V 0.282 0.011 0.025 0.540 0.025 0.033 0.085 7 K 0.130 0.006 0.022 0.624 0.040 0.089 0.090 8 G 0.040 0.005 0.023 0.531 0.064 0.194 0.144 9 G 0.054 0.008 0.033 0.483 0.060 0.190 0.170 10 L 0.088 0.012 0.050 0.561 0.063 0.082 0.145 11 A 0.083 0.007 0.079 0.619 0.044 0.063 0.105 12 M 0.073 0.007 0.090 0.631 0.038 0.074 0.089 13 A 0.098 0.018 0.082 0.504 0.040 0.103 0.156 14 I 0.098 0.017 0.073 0.419 0.063 0.099 0.231 15 S 0.084 0.010 0.060 0.282 0.086 0.173 0.303 16 N 0.043 0.011 0.068 0.161 0.150 0.298 0.270 17 G 0.032 0.009 0.059 0.059 0.182 0.301 0.357 18 H 0.048 0.021 0.088 0.045 0.178 0.151 0.470 19 V 0.059 0.026 0.045 0.039 0.164 0.085 0.583 20 S 0.053 0.013 0.049 0.025 0.096 0.108 0.656 21 F 0.078 0.015 0.038 0.022 0.145 0.083 0.620 22 K 0.124 0.015 0.025 0.011 0.232 0.076 0.518 23 R 0.350 0.008 0.006 0.006 0.208 0.011 0.411 24 P 0.543 0.009 0.004 0.005 0.032 0.006 0.402 25 A 0.911 0.006 0.003 0.004 0.014 0.003 0.059 26 W 0.949 0.005 0.002 0.004 0.006 0.003 0.031 27 L 0.910 0.007 0.004 0.006 0.011 0.008 0.055 28 G 0.615 0.006 0.012 0.014 0.098 0.068 0.187 29 D 0.323 0.011 0.024 0.020 0.175 0.085 0.363 30 S 0.286 0.020 0.069 0.078 0.135 0.121 0.290 31 I 0.223 0.021 0.130 0.159 0.112 0.177 0.179 32 T 0.203 0.027 0.150 0.223 0.070 0.174 0.153 33 A 0.141 0.017 0.135 0.216 0.078 0.284 0.129 34 N 0.083 0.018 0.125 0.124 0.145 0.298 0.206 35 N 0.067 0.019 0.106 0.083 0.190 0.314 0.222 36 G 0.063 0.019 0.075 0.065 0.201 0.343 0.233 37 L 0.049 0.028 0.080 0.047 0.240 0.144 0.412 38 A 0.033 0.017 0.090 0.050 0.218 0.229 0.364 39 T 0.021 0.014 0.072 0.085 0.209 0.265 0.335 40 V 0.024 0.016 0.032 0.135 0.318 0.133 0.342 41 H 0.033 0.047 0.023 0.256 0.142 0.067 0.433 42 Y 0.004 0.002 0.011 0.934 0.004 0.011 0.035 43 H 0.002 0.001 0.008 0.972 0.002 0.004 0.012 44 D 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.002 45 I 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.002 0.002 46 L 0.001 0.001 0.004 0.980 0.001 0.011 0.002 47 A 0.002 0.001 0.008 0.961 0.003 0.023 0.003 48 A 0.001 0.001 0.011 0.815 0.003 0.165 0.004 49 D 0.001 0.002 0.022 0.540 0.015 0.366 0.053 50 W 0.003 0.012 0.018 0.167 0.127 0.270 0.403 51 D 0.007 0.009 0.012 0.014 0.065 0.106 0.788 52 V 0.017 0.010 0.104 0.062 0.184 0.070 0.553 53 E 0.030 0.011 0.177 0.079 0.114 0.147 0.442 54 R 0.049 0.038 0.184 0.118 0.123 0.138 0.350 55 S 0.082 0.021 0.111 0.132 0.102 0.148 0.404 56 D 0.181 0.031 0.092 0.104 0.093 0.155 0.346 57 N 0.274 0.036 0.084 0.108 0.121 0.126 0.252 58 L 0.334 0.033 0.057 0.068 0.108 0.136 0.265 59 G 0.370 0.024 0.037 0.042 0.102 0.121 0.304 60 I 0.355 0.071 0.027 0.047 0.126 0.090 0.284 61 S 0.223 0.038 0.020 0.075 0.118 0.146 0.381 62 G 0.094 0.011 0.060 0.155 0.164 0.281 0.235 63 S 0.076 0.015 0.087 0.262 0.175 0.198 0.187 64 T 0.074 0.032 0.114 0.297 0.112 0.156 0.215 65 I 0.042 0.018 0.086 0.466 0.076 0.164 0.148 66 G 0.026 0.009 0.069 0.419 0.102 0.257 0.119 67 S 0.033 0.015 0.069 0.394 0.146 0.120 0.225 68 R 0.012 0.003 0.051 0.807 0.024 0.044 0.059 69 Y 0.006 0.002 0.038 0.906 0.010 0.024 0.014 70 D 0.002 0.001 0.025 0.933 0.006 0.023 0.010 71 A 0.002 0.001 0.020 0.945 0.003 0.021 0.008 72 M 0.004 0.001 0.008 0.955 0.005 0.018 0.010 73 A 0.004 0.001 0.013 0.951 0.004 0.014 0.013 74 V 0.005 0.001 0.020 0.942 0.006 0.019 0.007 75 R 0.006 0.002 0.019 0.917 0.005 0.043 0.008 76 Y 0.007 0.003 0.068 0.849 0.010 0.045 0.017 77 Q 0.006 0.002 0.077 0.701 0.022 0.155 0.038 78 A 0.007 0.003 0.056 0.447 0.055 0.357 0.075 79 I 0.008 0.005 0.006 0.021 0.397 0.028 0.535 80 P 0.010 0.007 0.028 0.020 0.074 0.086 0.775 81 E 0.036 0.013 0.030 0.027 0.331 0.155 0.409 82 D 0.049 0.011 0.008 0.002 0.125 0.028 0.778 83 A 0.112 0.006 0.018 0.002 0.036 0.022 0.804 84 D 0.170 0.002 0.011 0.002 0.617 0.036 0.163 85 F 0.948 0.001 0.008 0.001 0.005 0.005 0.032 86 I 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 87 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 89 F 0.859 0.001 0.001 0.002 0.015 0.003 0.120 90 G 0.433 0.006 0.008 0.012 0.159 0.030 0.351 91 G 0.127 0.011 0.029 0.028 0.303 0.069 0.434 92 V 0.106 0.012 0.146 0.167 0.129 0.165 0.275 93 N 0.070 0.014 0.205 0.258 0.120 0.176 0.156 94 D 0.058 0.015 0.219 0.216 0.078 0.225 0.189 95 Y 0.028 0.010 0.157 0.126 0.097 0.449 0.133 96 G 0.026 0.020 0.091 0.050 0.174 0.402 0.237 97 R 0.045 0.020 0.047 0.024 0.258 0.258 0.348 98 D 0.048 0.024 0.050 0.014 0.284 0.151 0.429 99 Q 0.051 0.031 0.033 0.008 0.239 0.037 0.601 100 P 0.061 0.034 0.069 0.013 0.124 0.154 0.545 101 L 0.032 0.038 0.144 0.032 0.134 0.327 0.294 102 G 0.028 0.016 0.144 0.033 0.200 0.282 0.297 103 Q 0.041 0.023 0.146 0.039 0.183 0.215 0.354 104 Y 0.053 0.047 0.151 0.028 0.190 0.205 0.326 105 G 0.044 0.023 0.098 0.019 0.234 0.335 0.247 106 D 0.043 0.020 0.034 0.014 0.279 0.282 0.330 107 C 0.038 0.039 0.002 0.011 0.412 0.015 0.484 108 D 0.018 0.030 0.001 0.014 0.060 0.005 0.871 109 M 0.001 0.001 0.010 0.976 0.001 0.008 0.004 110 T 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.003 0.001 111 T 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 112 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 113 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 114 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.003 116 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 117 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 118 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 121 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 122 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 123 L 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.018 0.001 124 Q 0.001 0.001 0.014 0.951 0.002 0.031 0.001 125 T 0.001 0.001 0.023 0.826 0.004 0.144 0.002 126 N 0.001 0.002 0.016 0.567 0.042 0.361 0.012 127 W 0.002 0.007 0.009 0.008 0.240 0.032 0.702 128 P 0.001 0.002 0.027 0.004 0.073 0.827 0.067 129 T 0.003 0.004 0.018 0.001 0.141 0.783 0.050 130 V 0.040 0.003 0.001 0.001 0.441 0.004 0.512 131 P 0.092 0.002 0.001 0.001 0.270 0.010 0.626 132 K 0.966 0.004 0.001 0.001 0.011 0.002 0.017 133 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 134 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 135 I 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 136 S 0.826 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.149 137 A 0.571 0.008 0.005 0.001 0.061 0.013 0.341 138 I 0.372 0.019 0.016 0.004 0.143 0.020 0.426 139 H 0.330 0.029 0.023 0.009 0.103 0.045 0.460 140 I 0.121 0.048 0.036 0.023 0.198 0.143 0.432 141 G 0.067 0.022 0.035 0.018 0.243 0.125 0.490 142 S 0.035 0.015 0.078 0.033 0.263 0.235 0.340 143 D 0.027 0.024 0.089 0.042 0.207 0.278 0.333 144 F 0.025 0.019 0.096 0.051 0.197 0.443 0.170 145 G 0.021 0.017 0.059 0.040 0.169 0.438 0.254 146 G 0.033 0.027 0.057 0.048 0.218 0.141 0.476 147 S 0.079 0.035 0.080 0.084 0.131 0.163 0.428 148 F 0.110 0.035 0.131 0.168 0.112 0.121 0.323 149 S 0.114 0.015 0.151 0.171 0.136 0.111 0.301 150 A 0.092 0.015 0.172 0.230 0.104 0.134 0.254 151 V 0.116 0.025 0.121 0.230 0.085 0.122 0.302 152 T 0.101 0.024 0.118 0.224 0.072 0.155 0.306 153 N 0.040 0.007 0.115 0.211 0.100 0.348 0.179 154 G 0.024 0.005 0.106 0.169 0.105 0.385 0.206 155 L 0.034 0.015 0.064 0.237 0.113 0.237 0.300 156 G 0.031 0.008 0.055 0.169 0.108 0.257 0.372 157 Y 0.046 0.021 0.057 0.209 0.180 0.154 0.333 158 R 0.044 0.022 0.052 0.350 0.082 0.148 0.301 159 Q 0.025 0.009 0.033 0.584 0.062 0.053 0.234 160 S 0.013 0.003 0.021 0.751 0.057 0.051 0.103 161 D 0.012 0.010 0.016 0.810 0.036 0.030 0.087 162 Y 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.005 0.004 163 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 165 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 166 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 168 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 169 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 170 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 171 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.013 0.001 172 D 0.001 0.001 0.005 0.924 0.002 0.068 0.001 173 Y 0.001 0.001 0.009 0.434 0.017 0.528 0.012 174 G 0.001 0.001 0.002 0.013 0.019 0.929 0.034 175 V 0.028 0.005 0.001 0.002 0.031 0.002 0.932 176 P 0.320 0.007 0.008 0.007 0.119 0.007 0.532 177 H 0.872 0.012 0.011 0.014 0.015 0.008 0.066 178 L 0.896 0.007 0.007 0.014 0.012 0.002 0.063 179 S 0.741 0.009 0.016 0.036 0.044 0.008 0.147 180 L 0.274 0.010 0.067 0.154 0.055 0.072 0.369 181 Y 0.130 0.011 0.095 0.196 0.090 0.072 0.406 182 R 0.061 0.004 0.218 0.292 0.102 0.114 0.209 183 D 0.028 0.009 0.231 0.359 0.067 0.168 0.138 184 A 0.025 0.013 0.157 0.368 0.056 0.275 0.107 185 G 0.022 0.009 0.089 0.291 0.062 0.390 0.137 186 M 0.037 0.009 0.096 0.288 0.114 0.153 0.303 187 T 0.031 0.010 0.125 0.324 0.087 0.206 0.216 188 F 0.029 0.019 0.095 0.222 0.133 0.279 0.223 189 A 0.036 0.015 0.064 0.138 0.176 0.184 0.388 190 I 0.033 0.012 0.037 0.105 0.189 0.054 0.570 191 P 0.025 0.016 0.093 0.138 0.079 0.165 0.484 192 A 0.033 0.024 0.127 0.140 0.126 0.200 0.349 193 Q 0.046 0.018 0.139 0.161 0.123 0.098 0.415 194 A 0.041 0.008 0.273 0.207 0.079 0.111 0.280 195 A 0.042 0.012 0.280 0.211 0.074 0.195 0.186 196 I 0.087 0.031 0.223 0.129 0.085 0.212 0.233 197 Y 0.129 0.037 0.064 0.079 0.205 0.107 0.379 198 S 0.158 0.021 0.037 0.053 0.143 0.096 0.492 199 V 0.139 0.031 0.074 0.071 0.144 0.147 0.394 200 D 0.150 0.038 0.056 0.046 0.184 0.120 0.406 201 T 0.163 0.035 0.047 0.028 0.192 0.157 0.377 202 L 0.119 0.073 0.016 0.018 0.316 0.073 0.385 203 H 0.058 0.050 0.006 0.008 0.138 0.067 0.674 204 P 0.010 0.016 0.011 0.014 0.138 0.370 0.442 205 N 0.005 0.015 0.006 0.023 0.254 0.108 0.588 206 N 0.002 0.004 0.019 0.395 0.300 0.176 0.103 207 A 0.001 0.001 0.006 0.853 0.017 0.108 0.013 208 G 0.001 0.001 0.007 0.959 0.003 0.019 0.010 209 H 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.003 0.005 210 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 211 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 212 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 213 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 214 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 215 K 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.018 0.001 216 L 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.017 0.001 217 Q 0.001 0.001 0.010 0.978 0.001 0.011 0.001 218 S 0.001 0.001 0.012 0.951 0.001 0.037 0.001 219 F 0.001 0.001 0.014 0.941 0.001 0.038 0.005 220 L 0.001 0.001 0.021 0.905 0.013 0.037 0.023 221 D 0.001 0.001 0.046 0.847 0.011 0.065 0.029 222 S 0.001 0.001 0.051 0.770 0.011 0.154 0.013 223 H 0.001 0.001 0.045 0.721 0.013 0.177 0.042 224 F 0.002 0.005 0.080 0.577 0.044 0.150 0.141 225 L 0.006 0.004 0.091 0.437 0.055 0.225 0.182 226 E 0.010 0.005 0.118 0.359 0.102 0.230 0.175 227 H 0.013 0.009 0.089 0.284 0.128 0.158 0.320 228 H 0.022 0.011 0.089 0.256 0.111 0.165 0.347 229 H 0.027 0.018 0.079 0.181 0.152 0.156 0.387 230 H 0.030 0.019 0.069 0.123 0.164 0.212 0.383 231 H 0.020 0.020 0.009 0.039 0.083 0.047 0.783 232 H 0.004 0.002 0.002 0.004 0.009 0.006 0.973