# TARGET T0448 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0448.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2322 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.185 0.149 0.132 0.152 0.149 0.162 0.071 2 I 0.125 0.132 0.152 0.181 0.177 0.159 0.074 3 A 0.164 0.167 0.151 0.165 0.149 0.137 0.066 4 M 0.086 0.093 0.115 0.159 0.197 0.222 0.128 5 I 0.069 0.081 0.100 0.139 0.189 0.265 0.156 6 V 0.077 0.074 0.099 0.153 0.212 0.244 0.140 7 K 0.148 0.183 0.181 0.183 0.147 0.110 0.049 8 G 0.162 0.149 0.150 0.163 0.158 0.147 0.071 9 G 0.159 0.123 0.117 0.156 0.181 0.182 0.081 10 L 0.107 0.095 0.130 0.184 0.196 0.194 0.094 11 A 0.154 0.169 0.163 0.174 0.153 0.131 0.056 12 M 0.103 0.123 0.147 0.182 0.196 0.180 0.068 13 A 0.093 0.108 0.132 0.190 0.234 0.193 0.051 14 I 0.113 0.136 0.181 0.224 0.200 0.122 0.025 15 S 0.295 0.274 0.188 0.137 0.073 0.029 0.005 16 N 0.333 0.266 0.193 0.130 0.058 0.018 0.003 17 G 0.450 0.312 0.135 0.066 0.025 0.010 0.002 18 H 0.178 0.225 0.229 0.201 0.121 0.042 0.005 19 V 0.108 0.160 0.208 0.243 0.198 0.075 0.009 20 S 0.199 0.260 0.216 0.175 0.105 0.040 0.005 21 F 0.044 0.112 0.206 0.306 0.233 0.088 0.011 22 K 0.049 0.220 0.270 0.243 0.146 0.061 0.011 23 R 0.004 0.022 0.082 0.248 0.374 0.225 0.044 24 P 0.001 0.001 0.003 0.015 0.089 0.496 0.396 25 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.322 0.630 26 W 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.137 0.844 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.102 0.888 28 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.175 0.791 29 D 0.001 0.001 0.004 0.020 0.078 0.272 0.625 30 S 0.001 0.003 0.006 0.019 0.071 0.326 0.573 31 I 0.003 0.008 0.018 0.056 0.148 0.376 0.392 32 T 0.006 0.015 0.033 0.078 0.170 0.386 0.311 33 A 0.048 0.086 0.116 0.188 0.214 0.228 0.119 34 N 0.122 0.164 0.171 0.187 0.167 0.134 0.054 35 N 0.148 0.198 0.203 0.203 0.146 0.080 0.023 36 G 0.268 0.215 0.169 0.154 0.114 0.064 0.016 37 L 0.188 0.169 0.168 0.188 0.165 0.098 0.024 38 A 0.263 0.239 0.197 0.160 0.087 0.044 0.010 39 T 0.269 0.255 0.194 0.147 0.083 0.040 0.011 40 V 0.171 0.196 0.208 0.198 0.143 0.070 0.016 41 H 0.079 0.158 0.206 0.216 0.187 0.121 0.033 42 Y 0.011 0.022 0.046 0.127 0.267 0.391 0.135 43 H 0.012 0.044 0.116 0.242 0.299 0.231 0.056 44 D 0.065 0.264 0.289 0.207 0.107 0.054 0.014 45 I 0.020 0.091 0.201 0.299 0.244 0.125 0.020 46 L 0.007 0.011 0.033 0.143 0.378 0.387 0.040 47 A 0.051 0.156 0.277 0.301 0.165 0.046 0.003 48 A 0.204 0.429 0.242 0.095 0.024 0.005 0.001 49 D 0.133 0.252 0.258 0.212 0.106 0.035 0.003 50 W 0.038 0.093 0.195 0.316 0.250 0.100 0.008 51 D 0.513 0.309 0.106 0.046 0.018 0.007 0.001 52 V 0.186 0.191 0.220 0.228 0.133 0.037 0.004 53 E 0.384 0.286 0.167 0.093 0.045 0.021 0.005 54 R 0.230 0.252 0.195 0.153 0.101 0.056 0.012 55 S 0.075 0.086 0.143 0.216 0.247 0.179 0.054 56 D 0.087 0.130 0.174 0.242 0.196 0.130 0.040 57 N 0.076 0.085 0.102 0.160 0.208 0.254 0.116 58 L 0.059 0.066 0.090 0.153 0.212 0.256 0.163 59 G 0.048 0.054 0.073 0.106 0.155 0.273 0.289 60 I 0.038 0.065 0.084 0.133 0.181 0.259 0.239 61 S 0.049 0.096 0.120 0.158 0.197 0.239 0.141 62 G 0.093 0.114 0.123 0.183 0.210 0.179 0.096 63 S 0.138 0.184 0.209 0.204 0.137 0.094 0.035 64 T 0.074 0.150 0.183 0.217 0.183 0.139 0.054 65 I 0.026 0.040 0.068 0.152 0.256 0.314 0.144 66 G 0.147 0.269 0.238 0.176 0.102 0.051 0.017 67 S 0.184 0.303 0.216 0.146 0.081 0.050 0.020 68 R 0.031 0.072 0.131 0.232 0.279 0.212 0.044 69 Y 0.037 0.079 0.168 0.273 0.261 0.154 0.026 70 D 0.153 0.352 0.268 0.148 0.058 0.019 0.003 71 A 0.023 0.091 0.216 0.299 0.251 0.109 0.011 72 M 0.008 0.010 0.024 0.105 0.348 0.442 0.065 73 A 0.036 0.164 0.308 0.309 0.140 0.040 0.003 74 V 0.167 0.409 0.274 0.113 0.030 0.006 0.001 75 R 0.021 0.111 0.217 0.318 0.242 0.086 0.005 76 Y 0.015 0.039 0.123 0.300 0.378 0.141 0.006 77 Q 0.240 0.420 0.219 0.088 0.027 0.006 0.001 78 A 0.427 0.326 0.146 0.071 0.023 0.006 0.001 79 I 0.050 0.170 0.306 0.306 0.136 0.032 0.001 80 P 0.389 0.301 0.178 0.093 0.034 0.004 0.001 81 E 0.263 0.352 0.239 0.113 0.030 0.003 0.001 82 D 0.206 0.440 0.228 0.098 0.024 0.003 0.001 83 A 0.001 0.020 0.103 0.351 0.429 0.093 0.002 84 D 0.005 0.079 0.261 0.406 0.203 0.043 0.003 85 F 0.001 0.001 0.003 0.025 0.201 0.644 0.127 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.379 0.592 87 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.083 0.912 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.969 89 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.073 0.922 90 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.108 0.881 91 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.162 0.812 92 V 0.001 0.001 0.003 0.015 0.057 0.267 0.657 93 N 0.001 0.001 0.002 0.012 0.066 0.360 0.559 94 D 0.001 0.002 0.007 0.034 0.138 0.462 0.357 95 Y 0.001 0.003 0.007 0.024 0.108 0.450 0.408 96 G 0.001 0.009 0.034 0.117 0.271 0.412 0.156 97 R 0.008 0.051 0.135 0.233 0.285 0.233 0.055 98 D 0.041 0.145 0.210 0.271 0.213 0.102 0.018 99 Q 0.108 0.155 0.199 0.243 0.195 0.088 0.012 100 P 0.345 0.244 0.178 0.128 0.067 0.033 0.005 101 L 0.287 0.211 0.194 0.171 0.098 0.036 0.003 102 G 0.546 0.222 0.112 0.072 0.036 0.011 0.001 103 Q 0.606 0.221 0.097 0.048 0.021 0.007 0.001 104 Y 0.359 0.214 0.177 0.147 0.078 0.024 0.002 105 G 0.431 0.253 0.163 0.104 0.040 0.009 0.001 106 D 0.441 0.305 0.150 0.070 0.026 0.006 0.001 107 C 0.070 0.112 0.202 0.300 0.230 0.077 0.008 108 D 0.166 0.382 0.239 0.133 0.057 0.020 0.003 109 M 0.026 0.096 0.206 0.309 0.246 0.106 0.010 110 T 0.248 0.289 0.191 0.137 0.087 0.041 0.007 111 T 0.048 0.257 0.340 0.215 0.097 0.037 0.006 112 F 0.003 0.007 0.022 0.141 0.411 0.379 0.037 113 Y 0.008 0.087 0.218 0.342 0.236 0.101 0.008 114 G 0.038 0.328 0.383 0.179 0.056 0.013 0.001 115 A 0.001 0.013 0.092 0.287 0.412 0.184 0.010 116 L 0.001 0.001 0.001 0.010 0.126 0.708 0.154 117 M 0.002 0.040 0.215 0.444 0.232 0.066 0.002 118 M 0.006 0.101 0.354 0.380 0.141 0.018 0.001 119 L 0.001 0.002 0.007 0.035 0.215 0.648 0.091 120 L 0.001 0.003 0.011 0.102 0.399 0.434 0.049 121 T 0.022 0.314 0.401 0.197 0.054 0.010 0.001 122 G 0.009 0.094 0.300 0.435 0.148 0.014 0.001 123 L 0.002 0.005 0.016 0.121 0.419 0.405 0.032 124 Q 0.023 0.207 0.358 0.292 0.106 0.013 0.001 125 T 0.377 0.432 0.130 0.045 0.014 0.003 0.001 126 N 0.117 0.337 0.330 0.170 0.039 0.007 0.001 127 W 0.094 0.200 0.282 0.286 0.115 0.022 0.001 128 P 0.399 0.294 0.150 0.096 0.049 0.011 0.001 129 T 0.353 0.395 0.166 0.063 0.019 0.004 0.001 130 V 0.007 0.038 0.114 0.308 0.351 0.165 0.016 131 P 0.008 0.062 0.160 0.311 0.294 0.145 0.021 132 K 0.001 0.003 0.016 0.073 0.248 0.472 0.186 133 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.060 0.422 0.507 134 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.208 0.765 135 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.136 0.847 136 S 0.001 0.001 0.003 0.011 0.056 0.290 0.639 137 A 0.001 0.001 0.004 0.023 0.108 0.377 0.486 138 I 0.001 0.007 0.023 0.072 0.193 0.443 0.262 139 H 0.006 0.032 0.081 0.179 0.282 0.323 0.097 140 I 0.011 0.031 0.076 0.179 0.312 0.313 0.077 141 G 0.085 0.161 0.212 0.234 0.184 0.104 0.020 142 S 0.212 0.237 0.198 0.164 0.106 0.067 0.017 143 D 0.235 0.237 0.193 0.163 0.103 0.057 0.012 144 F 0.222 0.196 0.200 0.192 0.126 0.055 0.008 145 G 0.332 0.241 0.173 0.133 0.076 0.038 0.007 146 G 0.301 0.208 0.170 0.149 0.102 0.058 0.012 147 S 0.311 0.233 0.175 0.130 0.091 0.050 0.009 148 F 0.130 0.146 0.197 0.246 0.188 0.085 0.008 149 S 0.315 0.255 0.184 0.131 0.076 0.034 0.006 150 A 0.283 0.230 0.182 0.151 0.098 0.049 0.007 151 V 0.272 0.176 0.179 0.190 0.129 0.050 0.005 152 T 0.347 0.235 0.173 0.141 0.072 0.029 0.003 153 N 0.543 0.202 0.111 0.079 0.045 0.017 0.002 154 G 0.420 0.234 0.149 0.109 0.062 0.023 0.003 155 L 0.314 0.202 0.187 0.175 0.091 0.029 0.002 156 G 0.523 0.258 0.111 0.064 0.030 0.011 0.001 157 Y 0.349 0.276 0.183 0.115 0.058 0.017 0.002 158 R 0.136 0.275 0.268 0.208 0.091 0.020 0.001 159 Q 0.061 0.200 0.252 0.257 0.157 0.067 0.005 160 S 0.431 0.328 0.140 0.061 0.029 0.010 0.002 161 D 0.049 0.276 0.360 0.218 0.077 0.018 0.002 162 Y 0.002 0.005 0.016 0.124 0.427 0.395 0.031 163 E 0.004 0.068 0.250 0.412 0.202 0.060 0.004 164 A 0.058 0.446 0.359 0.112 0.022 0.003 0.001 165 A 0.001 0.011 0.068 0.235 0.456 0.220 0.009 166 I 0.001 0.001 0.003 0.028 0.244 0.643 0.082 167 A 0.006 0.130 0.383 0.362 0.104 0.015 0.001 168 Q 0.018 0.369 0.392 0.187 0.031 0.003 0.001 169 M 0.001 0.004 0.031 0.260 0.490 0.209 0.005 170 T 0.002 0.017 0.092 0.360 0.453 0.074 0.002 171 A 0.366 0.535 0.088 0.010 0.001 0.001 0.001 172 D 0.390 0.421 0.143 0.040 0.005 0.001 0.001 173 Y 0.023 0.143 0.363 0.339 0.117 0.015 0.001 174 G 0.141 0.466 0.265 0.101 0.023 0.004 0.001 175 V 0.004 0.015 0.056 0.203 0.426 0.267 0.028 176 P 0.002 0.015 0.061 0.191 0.341 0.334 0.056 177 H 0.001 0.003 0.009 0.031 0.119 0.495 0.342 178 L 0.001 0.003 0.006 0.019 0.086 0.370 0.516 179 S 0.001 0.006 0.025 0.082 0.194 0.354 0.339 180 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.074 0.387 0.527 181 Y 0.001 0.004 0.015 0.069 0.214 0.479 0.218 182 R 0.010 0.090 0.192 0.266 0.235 0.169 0.038 183 D 0.013 0.077 0.187 0.288 0.243 0.145 0.047 184 A 0.020 0.027 0.054 0.144 0.286 0.378 0.092 185 G 0.105 0.180 0.223 0.233 0.160 0.085 0.013 186 M 0.223 0.244 0.216 0.176 0.097 0.039 0.006 187 T 0.340 0.251 0.175 0.123 0.075 0.032 0.005 188 F 0.275 0.200 0.189 0.182 0.105 0.044 0.005 189 A 0.424 0.249 0.143 0.104 0.056 0.021 0.003 190 I 0.372 0.244 0.173 0.124 0.063 0.022 0.003 191 P 0.486 0.248 0.125 0.082 0.042 0.015 0.002 192 A 0.389 0.259 0.164 0.112 0.053 0.020 0.003 193 Q 0.371 0.240 0.158 0.121 0.071 0.033 0.006 194 A 0.203 0.237 0.225 0.183 0.104 0.041 0.007 195 A 0.182 0.289 0.225 0.159 0.088 0.046 0.012 196 I 0.032 0.064 0.117 0.218 0.290 0.223 0.057 197 Y 0.020 0.044 0.092 0.173 0.263 0.308 0.100 198 S 0.044 0.079 0.128 0.197 0.229 0.226 0.097 199 V 0.054 0.086 0.125 0.183 0.210 0.227 0.115 200 D 0.037 0.045 0.063 0.116 0.205 0.346 0.188 201 T 0.049 0.055 0.076 0.123 0.198 0.302 0.196 202 L 0.025 0.033 0.045 0.075 0.141 0.350 0.331 203 H 0.023 0.030 0.040 0.088 0.174 0.344 0.302 204 P 0.019 0.031 0.050 0.103 0.189 0.348 0.260 205 N 0.088 0.130 0.144 0.190 0.197 0.157 0.095 206 N 0.140 0.299 0.251 0.159 0.081 0.048 0.022 207 A 0.077 0.177 0.223 0.219 0.175 0.096 0.033 208 G 0.017 0.044 0.072 0.126 0.217 0.365 0.159 209 H 0.006 0.015 0.027 0.111 0.293 0.416 0.133 210 R 0.005 0.060 0.224 0.356 0.237 0.106 0.012 211 V 0.003 0.011 0.053 0.199 0.397 0.304 0.033 212 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.437 0.531 213 A 0.001 0.002 0.008 0.063 0.269 0.549 0.109 214 R 0.001 0.040 0.280 0.420 0.209 0.045 0.005 215 K 0.001 0.003 0.029 0.206 0.526 0.226 0.011 216 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.633 0.333 217 Q 0.001 0.007 0.076 0.386 0.411 0.117 0.003 218 S 0.010 0.332 0.430 0.183 0.039 0.004 0.001 219 F 0.001 0.013 0.102 0.454 0.347 0.080 0.004 220 L 0.001 0.002 0.006 0.070 0.431 0.464 0.027 221 D 0.049 0.338 0.429 0.158 0.025 0.001 0.001 222 S 0.431 0.472 0.083 0.013 0.001 0.001 0.001 223 H 0.046 0.204 0.356 0.302 0.081 0.011 0.001 224 F 0.039 0.092 0.226 0.386 0.222 0.034 0.001 225 L 0.482 0.329 0.130 0.046 0.011 0.001 0.001 226 E 0.638 0.245 0.077 0.029 0.008 0.002 0.001 227 H 0.308 0.267 0.204 0.148 0.057 0.015 0.001 228 H 0.316 0.270 0.204 0.141 0.056 0.012 0.001 229 H 0.423 0.263 0.166 0.099 0.039 0.008 0.001 230 H 0.498 0.256 0.138 0.074 0.028 0.006 0.001 231 H 0.624 0.201 0.097 0.054 0.019 0.004 0.001 232 H 0.730 0.169 0.062 0.028 0.009 0.002 0.001