# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.26 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.018 0.016 0.007 0.012 0.036 0.004 0.873 2 G 0.046 0.019 0.019 0.010 0.018 0.081 0.006 0.801 3 L 0.158 0.047 0.053 0.016 0.033 0.092 0.009 0.592 4 L 0.148 0.149 0.065 0.034 0.062 0.127 0.009 0.405 5 D 0.079 0.183 0.031 0.017 0.041 0.087 0.008 0.554 6 A 0.112 0.243 0.032 0.010 0.024 0.075 0.012 0.492 7 L 0.194 0.260 0.054 0.019 0.024 0.171 0.023 0.254 8 M 0.136 0.377 0.073 0.025 0.037 0.106 0.020 0.225 9 G 0.122 0.339 0.067 0.039 0.047 0.085 0.026 0.274 10 N 0.156 0.181 0.065 0.019 0.032 0.080 0.033 0.434 11 A 0.140 0.199 0.086 0.026 0.046 0.063 0.028 0.410 12 A 0.071 0.081 0.076 0.043 0.039 0.230 0.025 0.435 13 E 0.118 0.036 0.037 0.023 0.027 0.080 0.025 0.655 14 V 0.169 0.077 0.115 0.039 0.048 0.144 0.012 0.396 15 N 0.022 0.048 0.016 0.012 0.018 0.486 0.005 0.394 16 L 0.033 0.081 0.043 0.007 0.043 0.075 0.005 0.712 17 D 0.004 0.035 0.003 0.002 0.003 0.328 0.003 0.622 18 E 0.071 0.032 0.002 0.001 0.002 0.741 0.015 0.136 19 L 0.027 0.897 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.051 20 A 0.006 0.972 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.015 21 Q 0.014 0.929 0.001 0.001 0.002 0.011 0.004 0.039 22 E 0.084 0.831 0.003 0.002 0.004 0.006 0.037 0.034 23 L 0.134 0.789 0.007 0.003 0.006 0.002 0.030 0.029 24 G 0.121 0.484 0.130 0.017 0.010 0.034 0.032 0.172 25 P 0.003 0.012 0.008 0.001 0.001 0.004 0.002 0.970 26 I 0.098 0.095 0.116 0.043 0.072 0.075 0.016 0.485 27 M 0.247 0.144 0.201 0.048 0.064 0.033 0.015 0.248 28 G 0.073 0.146 0.218 0.077 0.073 0.114 0.010 0.290 29 D 0.051 0.043 0.036 0.020 0.028 0.053 0.012 0.757 30 N 0.075 0.036 0.038 0.014 0.038 0.127 0.019 0.652 31 E 0.130 0.026 0.039 0.018 0.014 0.426 0.023 0.324 32 Q 0.056 0.057 0.033 0.011 0.013 0.351 0.008 0.473 33 L 0.049 0.314 0.039 0.050 0.100 0.086 0.004 0.358 34 A 0.019 0.459 0.062 0.046 0.146 0.050 0.003 0.215 35 L 0.017 0.649 0.021 0.033 0.060 0.044 0.004 0.173 36 A 0.029 0.770 0.016 0.021 0.053 0.015 0.006 0.089 37 Y 0.027 0.828 0.009 0.024 0.043 0.008 0.006 0.054 38 R 0.036 0.691 0.038 0.037 0.052 0.023 0.012 0.113 39 V 0.060 0.610 0.028 0.025 0.038 0.023 0.022 0.194 40 I 0.080 0.610 0.045 0.045 0.086 0.014 0.013 0.108 41 R 0.047 0.391 0.088 0.080 0.070 0.033 0.019 0.271 42 D 0.091 0.172 0.143 0.101 0.117 0.035 0.030 0.312 43 M 0.154 0.106 0.198 0.073 0.098 0.053 0.023 0.296 44 F 0.060 0.051 0.301 0.228 0.146 0.050 0.011 0.153 45 V 0.007 0.005 0.530 0.119 0.220 0.017 0.003 0.099 46 F 0.009 0.005 0.432 0.195 0.221 0.017 0.002 0.120 47 T 0.004 0.004 0.335 0.153 0.282 0.058 0.002 0.162 48 N 0.010 0.004 0.129 0.145 0.267 0.087 0.004 0.353 49 K 0.019 0.004 0.127 0.138 0.214 0.175 0.012 0.310 50 R 0.081 0.005 0.104 0.116 0.126 0.247 0.020 0.301 51 L 0.052 0.018 0.201 0.260 0.235 0.084 0.006 0.145 52 I 0.005 0.009 0.181 0.351 0.406 0.013 0.001 0.034 53 L 0.005 0.008 0.127 0.209 0.564 0.007 0.001 0.079 54 I 0.004 0.004 0.131 0.374 0.430 0.009 0.001 0.048 55 D 0.002 0.004 0.023 0.443 0.392 0.042 0.002 0.091 56 K 0.009 0.010 0.046 0.106 0.391 0.078 0.008 0.353 57 Q 0.027 0.006 0.020 0.026 0.057 0.645 0.041 0.177 58 G 0.677 0.002 0.010 0.008 0.013 0.057 0.125 0.108 59 V 0.171 0.025 0.065 0.134 0.072 0.265 0.015 0.253 60 T 0.009 0.004 0.030 0.145 0.136 0.255 0.003 0.419 61 G 0.020 0.004 0.019 0.053 0.274 0.072 0.005 0.553 62 K 0.115 0.003 0.038 0.170 0.244 0.124 0.009 0.297 63 K 0.008 0.001 0.007 0.029 0.026 0.030 0.001 0.897 64 V 0.004 0.001 0.068 0.351 0.423 0.017 0.001 0.135 65 S 0.007 0.001 0.105 0.250 0.340 0.058 0.002 0.237 66 Y 0.009 0.003 0.085 0.181 0.263 0.034 0.002 0.422 67 H 0.007 0.001 0.157 0.248 0.407 0.058 0.003 0.120 68 S 0.013 0.002 0.061 0.099 0.134 0.039 0.008 0.644 69 V 0.014 0.001 0.167 0.213 0.374 0.061 0.002 0.166 70 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 71 Y 0.007 0.001 0.051 0.065 0.376 0.061 0.002 0.437 72 K 0.056 0.011 0.039 0.073 0.102 0.110 0.007 0.603 73 A 0.169 0.013 0.030 0.041 0.056 0.101 0.015 0.575 74 I 0.146 0.043 0.136 0.114 0.154 0.065 0.008 0.335 75 T 0.031 0.037 0.112 0.247 0.273 0.092 0.006 0.203 76 H 0.035 0.034 0.075 0.074 0.188 0.079 0.010 0.504 77 F 0.053 0.034 0.272 0.166 0.222 0.065 0.007 0.182 78 E 0.016 0.026 0.159 0.222 0.281 0.069 0.006 0.222 79 V 0.014 0.037 0.171 0.167 0.329 0.034 0.005 0.244 80 E 0.015 0.027 0.271 0.145 0.218 0.104 0.007 0.211 81 T 0.061 0.045 0.090 0.103 0.169 0.120 0.024 0.388 82 A 0.090 0.079 0.113 0.076 0.159 0.086 0.024 0.373 83 G 0.071 0.026 0.089 0.088 0.109 0.179 0.024 0.414 84 T 0.143 0.019 0.060 0.059 0.079 0.152 0.021 0.467 85 F 0.073 0.026 0.057 0.092 0.145 0.103 0.008 0.497 86 D 0.031 0.031 0.047 0.091 0.219 0.119 0.005 0.457 87 M 0.039 0.020 0.048 0.051 0.099 0.102 0.008 0.632 88 D 0.076 0.018 0.032 0.070 0.081 0.291 0.015 0.417 89 A 0.140 0.026 0.058 0.091 0.134 0.096 0.019 0.435 90 E 0.055 0.038 0.127 0.202 0.207 0.186 0.009 0.177 91 L 0.018 0.015 0.185 0.216 0.284 0.073 0.005 0.202 92 K 0.005 0.008 0.154 0.352 0.432 0.011 0.002 0.036 93 L 0.007 0.016 0.152 0.285 0.399 0.015 0.003 0.124 94 W 0.004 0.007 0.176 0.292 0.462 0.008 0.002 0.050 95 I 0.005 0.009 0.113 0.347 0.402 0.018 0.003 0.103 96 S 0.008 0.010 0.104 0.239 0.426 0.036 0.005 0.171 97 G 0.027 0.011 0.056 0.087 0.195 0.126 0.013 0.484 98 Q 0.073 0.009 0.052 0.049 0.118 0.219 0.020 0.460 99 K 0.040 0.004 0.013 0.009 0.018 0.103 0.013 0.799 100 D 0.112 0.011 0.029 0.037 0.050 0.266 0.006 0.489 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.998 102 L 0.023 0.012 0.021 0.043 0.116 0.261 0.002 0.522 103 V 0.112 0.069 0.037 0.049 0.115 0.099 0.006 0.513 104 K 0.046 0.269 0.020 0.073 0.114 0.054 0.004 0.418 105 E 0.060 0.306 0.034 0.046 0.089 0.091 0.010 0.364 106 L 0.104 0.406 0.038 0.059 0.092 0.060 0.017 0.224 107 K 0.070 0.450 0.036 0.047 0.067 0.071 0.025 0.234 108 K 0.103 0.213 0.035 0.026 0.038 0.064 0.056 0.465 109 G 0.279 0.097 0.073 0.019 0.032 0.081 0.077 0.342 110 T 0.251 0.052 0.107 0.029 0.023 0.114 0.037 0.386 111 D 0.036 0.026 0.079 0.022 0.024 0.281 0.008 0.525 112 V 0.032 0.032 0.080 0.018 0.064 0.099 0.005 0.670 113 V 0.021 0.055 0.090 0.026 0.050 0.318 0.004 0.436 114 G 0.035 0.073 0.028 0.006 0.013 0.365 0.007 0.474 115 I 0.054 0.579 0.035 0.006 0.020 0.054 0.004 0.248 116 Q 0.010 0.813 0.009 0.002 0.011 0.031 0.002 0.122 117 K 0.008 0.829 0.004 0.001 0.004 0.035 0.003 0.116 118 T 0.013 0.928 0.001 0.001 0.002 0.014 0.003 0.039 119 I 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 120 A 0.010 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 121 N 0.031 0.926 0.004 0.001 0.002 0.002 0.013 0.021 122 F 0.094 0.821 0.007 0.003 0.002 0.004 0.027 0.041 123 S 0.093 0.726 0.050 0.012 0.010 0.012 0.026 0.071 124 L 0.071 0.459 0.201 0.044 0.032 0.026 0.020 0.147