# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.26 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.173 0.071 0.187 0.190 0.077 0.019 0.171 0.053 0.016 0.044 0.001 2 G 0.136 0.038 0.106 0.043 0.109 0.019 0.081 0.257 0.007 0.201 0.001 3 L 0.434 0.157 0.225 0.105 0.031 0.028 0.004 0.001 0.011 0.002 0.001 4 L 0.539 0.141 0.155 0.083 0.026 0.028 0.007 0.001 0.018 0.002 0.001 5 D 0.682 0.042 0.084 0.098 0.026 0.021 0.031 0.002 0.010 0.004 0.001 6 A 0.747 0.030 0.046 0.093 0.036 0.009 0.019 0.007 0.008 0.007 0.001 7 L 0.786 0.050 0.043 0.090 0.009 0.007 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 8 M 0.395 0.072 0.107 0.333 0.019 0.009 0.042 0.002 0.018 0.002 0.001 9 G 0.145 0.020 0.081 0.052 0.064 0.011 0.168 0.272 0.005 0.182 0.001 10 N 0.235 0.125 0.300 0.175 0.053 0.047 0.031 0.007 0.018 0.009 0.001 11 A 0.363 0.135 0.262 0.149 0.034 0.019 0.010 0.003 0.020 0.004 0.002 12 A 0.425 0.171 0.167 0.106 0.052 0.027 0.018 0.002 0.027 0.003 0.001 13 E 0.278 0.134 0.300 0.131 0.036 0.079 0.018 0.001 0.018 0.001 0.004 14 V 0.255 0.338 0.204 0.117 0.026 0.026 0.006 0.002 0.024 0.001 0.001 15 N 0.064 0.101 0.449 0.047 0.052 0.156 0.033 0.001 0.087 0.008 0.001 16 L 0.876 0.010 0.060 0.035 0.004 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 17 D 0.926 0.004 0.015 0.041 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.903 0.009 0.022 0.047 0.004 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 19 L 0.936 0.014 0.015 0.026 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 20 A 0.965 0.008 0.009 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.973 0.004 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.945 0.007 0.009 0.027 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 23 L 0.615 0.019 0.023 0.327 0.002 0.003 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 24 G 0.566 0.043 0.133 0.011 0.071 0.006 0.067 0.009 0.075 0.020 0.001 25 P 0.887 0.010 0.079 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.619 0.070 0.128 0.085 0.042 0.031 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 27 M 0.402 0.227 0.155 0.171 0.017 0.011 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 28 G 0.329 0.103 0.081 0.111 0.139 0.027 0.095 0.035 0.028 0.052 0.001 29 D 0.138 0.045 0.181 0.497 0.031 0.022 0.069 0.003 0.008 0.005 0.001 30 N 0.033 0.009 0.025 0.051 0.030 0.010 0.212 0.538 0.003 0.090 0.001 31 E 0.159 0.251 0.499 0.022 0.034 0.014 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 32 Q 0.262 0.148 0.435 0.046 0.018 0.074 0.006 0.001 0.007 0.001 0.002 33 L 0.228 0.564 0.121 0.016 0.038 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 34 A 0.406 0.339 0.168 0.012 0.041 0.024 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 35 L 0.442 0.413 0.051 0.013 0.059 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 36 A 0.666 0.228 0.032 0.015 0.042 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 37 Y 0.613 0.231 0.044 0.037 0.051 0.007 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 38 R 0.656 0.136 0.071 0.039 0.061 0.014 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 39 V 0.517 0.196 0.143 0.070 0.026 0.025 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 40 I 0.627 0.102 0.118 0.094 0.018 0.018 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 41 R 0.562 0.065 0.122 0.150 0.029 0.022 0.035 0.003 0.010 0.002 0.001 42 D 0.307 0.065 0.102 0.292 0.045 0.033 0.131 0.010 0.011 0.003 0.001 43 M 0.177 0.464 0.126 0.089 0.080 0.016 0.016 0.004 0.027 0.001 0.001 44 F 0.090 0.501 0.279 0.019 0.037 0.059 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 45 V 0.050 0.806 0.087 0.010 0.011 0.026 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 46 F 0.077 0.471 0.183 0.040 0.107 0.065 0.005 0.001 0.051 0.001 0.001 47 T 0.073 0.297 0.149 0.160 0.132 0.056 0.057 0.010 0.052 0.013 0.001 48 N 0.063 0.134 0.188 0.146 0.128 0.052 0.194 0.024 0.040 0.030 0.001 49 K 0.167 0.246 0.192 0.194 0.131 0.016 0.026 0.006 0.012 0.007 0.003 50 R 0.039 0.638 0.107 0.046 0.112 0.025 0.013 0.003 0.015 0.001 0.001 51 L 0.008 0.755 0.172 0.005 0.017 0.037 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 52 I 0.009 0.833 0.101 0.003 0.013 0.031 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 53 L 0.015 0.578 0.221 0.010 0.039 0.114 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 54 I 0.031 0.742 0.092 0.020 0.045 0.023 0.004 0.001 0.041 0.001 0.001 55 D 0.050 0.129 0.409 0.036 0.087 0.150 0.075 0.001 0.050 0.012 0.001 56 K 0.567 0.081 0.102 0.140 0.034 0.020 0.016 0.003 0.020 0.008 0.009 57 Q 0.296 0.077 0.113 0.401 0.024 0.012 0.057 0.005 0.010 0.003 0.001 58 G 0.056 0.036 0.072 0.030 0.105 0.012 0.111 0.401 0.009 0.168 0.001 59 V 0.148 0.379 0.352 0.053 0.020 0.027 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 60 T 0.102 0.271 0.383 0.125 0.045 0.020 0.026 0.003 0.019 0.005 0.001 61 G 0.034 0.039 0.088 0.030 0.211 0.014 0.082 0.244 0.008 0.249 0.001 62 K 0.096 0.340 0.420 0.026 0.076 0.012 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 63 K 0.090 0.157 0.617 0.024 0.022 0.068 0.003 0.001 0.012 0.001 0.004 64 V 0.081 0.592 0.236 0.015 0.035 0.022 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 65 S 0.090 0.518 0.261 0.022 0.053 0.039 0.003 0.001 0.014 0.001 0.002 66 Y 0.057 0.659 0.117 0.032 0.089 0.018 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 67 H 0.052 0.610 0.152 0.029 0.106 0.018 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 68 S 0.073 0.381 0.312 0.064 0.059 0.075 0.013 0.001 0.018 0.001 0.003 69 V 0.021 0.435 0.308 0.005 0.047 0.011 0.003 0.001 0.167 0.003 0.001 70 P 0.168 0.006 0.743 0.010 0.004 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 71 Y 0.354 0.157 0.231 0.142 0.042 0.033 0.014 0.007 0.019 0.002 0.001 72 K 0.413 0.178 0.230 0.075 0.053 0.019 0.013 0.003 0.012 0.003 0.001 73 A 0.181 0.329 0.171 0.139 0.082 0.041 0.020 0.003 0.032 0.002 0.001 74 I 0.122 0.497 0.230 0.049 0.044 0.027 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 75 T 0.116 0.426 0.263 0.061 0.066 0.035 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 76 H 0.069 0.537 0.122 0.056 0.164 0.021 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 77 F 0.017 0.795 0.088 0.009 0.061 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 78 E 0.019 0.451 0.355 0.008 0.018 0.140 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 79 V 0.064 0.617 0.183 0.011 0.034 0.039 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 80 E 0.202 0.309 0.276 0.050 0.073 0.051 0.012 0.001 0.024 0.002 0.001 81 T 0.105 0.357 0.162 0.133 0.096 0.035 0.037 0.006 0.064 0.004 0.001 82 A 0.100 0.253 0.281 0.102 0.136 0.013 0.062 0.013 0.025 0.013 0.002 83 G 0.046 0.056 0.120 0.043 0.204 0.030 0.078 0.221 0.009 0.193 0.001 84 T 0.125 0.439 0.204 0.132 0.051 0.026 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 85 F 0.129 0.438 0.180 0.095 0.080 0.033 0.006 0.003 0.031 0.006 0.001 86 D 0.052 0.143 0.416 0.045 0.055 0.156 0.053 0.001 0.072 0.005 0.003 87 M 0.644 0.045 0.137 0.118 0.018 0.015 0.003 0.001 0.009 0.003 0.007 88 D 0.383 0.083 0.202 0.150 0.040 0.063 0.040 0.008 0.023 0.006 0.001 89 A 0.666 0.064 0.103 0.103 0.023 0.011 0.015 0.005 0.007 0.002 0.002 90 E 0.536 0.178 0.084 0.112 0.047 0.016 0.013 0.002 0.011 0.001 0.001 91 L 0.173 0.586 0.138 0.033 0.035 0.017 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 92 K 0.102 0.618 0.178 0.012 0.039 0.033 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 93 L 0.058 0.704 0.138 0.011 0.037 0.029 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 94 W 0.049 0.649 0.179 0.010 0.042 0.037 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 95 I 0.089 0.531 0.226 0.029 0.046 0.047 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 96 S 0.141 0.253 0.220 0.120 0.126 0.036 0.061 0.005 0.030 0.007 0.001 97 G 0.084 0.070 0.085 0.099 0.185 0.024 0.106 0.188 0.013 0.146 0.001 98 Q 0.158 0.182 0.241 0.238 0.070 0.034 0.045 0.005 0.018 0.007 0.001 99 K 0.170 0.190 0.255 0.218 0.044 0.042 0.044 0.009 0.017 0.007 0.004 100 D 0.051 0.314 0.406 0.010 0.050 0.012 0.009 0.001 0.142 0.005 0.001 101 P 0.144 0.011 0.762 0.010 0.005 0.023 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 102 L 0.221 0.216 0.436 0.045 0.021 0.041 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 103 V 0.304 0.279 0.308 0.032 0.031 0.026 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 104 K 0.457 0.260 0.131 0.050 0.059 0.016 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 105 E 0.397 0.212 0.147 0.092 0.077 0.029 0.011 0.001 0.031 0.002 0.001 106 L 0.337 0.197 0.244 0.122 0.033 0.028 0.011 0.001 0.024 0.002 0.001 107 K 0.306 0.231 0.208 0.110 0.039 0.027 0.024 0.002 0.048 0.003 0.002 108 K 0.168 0.092 0.318 0.261 0.036 0.021 0.077 0.005 0.014 0.006 0.002 109 G 0.029 0.007 0.037 0.027 0.042 0.011 0.075 0.571 0.003 0.198 0.001 110 T 0.354 0.158 0.338 0.085 0.029 0.015 0.005 0.002 0.011 0.003 0.001 111 D 0.239 0.108 0.297 0.121 0.053 0.113 0.034 0.004 0.022 0.009 0.001 112 V 0.638 0.131 0.096 0.076 0.021 0.022 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 113 V 0.810 0.061 0.056 0.045 0.013 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 114 G 0.722 0.019 0.053 0.049 0.074 0.021 0.026 0.016 0.007 0.014 0.001 115 I 0.939 0.019 0.019 0.014 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 116 Q 0.989 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 K 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.988 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 I 0.986 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.979 0.002 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 N 0.890 0.006 0.005 0.088 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 122 F 0.659 0.086 0.044 0.164 0.021 0.007 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 123 S 0.513 0.177 0.156 0.076 0.019 0.035 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 124 L 0.398 0.185 0.208 0.091 0.017 0.076 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001