# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.7682 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.184 0.112 0.127 0.145 0.137 0.113 0.075 0.042 0.028 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 2 G 0.360 0.207 0.150 0.109 0.075 0.043 0.027 0.015 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 3 L 0.104 0.083 0.098 0.148 0.163 0.150 0.103 0.072 0.041 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 4 L 0.105 0.085 0.094 0.129 0.159 0.155 0.115 0.073 0.046 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 5 D 0.264 0.201 0.161 0.134 0.097 0.055 0.038 0.023 0.012 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 6 A 0.294 0.175 0.167 0.111 0.089 0.065 0.043 0.021 0.017 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 7 L 0.061 0.047 0.065 0.112 0.175 0.171 0.123 0.111 0.065 0.038 0.019 0.008 0.004 0.002 8 M 0.050 0.046 0.058 0.103 0.142 0.161 0.163 0.112 0.074 0.044 0.027 0.014 0.005 0.002 9 G 0.175 0.124 0.120 0.144 0.118 0.111 0.081 0.049 0.033 0.019 0.015 0.006 0.002 0.001 10 N 0.167 0.133 0.141 0.139 0.141 0.099 0.074 0.039 0.033 0.014 0.013 0.005 0.002 0.001 11 A 0.066 0.051 0.079 0.111 0.142 0.159 0.143 0.107 0.068 0.038 0.023 0.008 0.003 0.001 12 A 0.185 0.156 0.159 0.156 0.128 0.097 0.060 0.031 0.014 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 13 E 0.298 0.160 0.163 0.122 0.120 0.062 0.033 0.018 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 14 V 0.256 0.121 0.119 0.171 0.145 0.085 0.050 0.030 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 15 N 0.378 0.264 0.167 0.102 0.046 0.024 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.215 0.128 0.136 0.180 0.160 0.101 0.036 0.017 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 17 D 0.699 0.210 0.053 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.625 0.270 0.085 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.082 0.069 0.104 0.171 0.253 0.197 0.075 0.030 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.197 0.208 0.218 0.187 0.121 0.036 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.812 0.160 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.299 0.334 0.194 0.084 0.059 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.015 0.018 0.041 0.103 0.212 0.206 0.186 0.155 0.046 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 24 G 0.214 0.270 0.191 0.128 0.096 0.055 0.029 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 P 0.470 0.231 0.170 0.062 0.033 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.055 0.050 0.095 0.173 0.251 0.175 0.107 0.057 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 27 M 0.039 0.036 0.050 0.103 0.179 0.205 0.179 0.107 0.064 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 28 G 0.129 0.138 0.122 0.199 0.162 0.113 0.065 0.036 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 29 D 0.371 0.202 0.184 0.103 0.063 0.039 0.020 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 30 N 0.182 0.138 0.174 0.161 0.174 0.085 0.039 0.018 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 31 E 0.128 0.097 0.101 0.145 0.147 0.152 0.104 0.073 0.029 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 32 Q 0.126 0.117 0.114 0.158 0.198 0.116 0.072 0.050 0.028 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 33 L 0.042 0.027 0.045 0.085 0.126 0.163 0.164 0.128 0.090 0.064 0.037 0.018 0.009 0.003 34 A 0.082 0.068 0.097 0.137 0.157 0.138 0.127 0.070 0.062 0.030 0.015 0.011 0.004 0.003 35 L 0.045 0.031 0.048 0.079 0.103 0.129 0.122 0.149 0.112 0.084 0.051 0.027 0.015 0.006 36 A 0.026 0.018 0.022 0.055 0.102 0.123 0.136 0.164 0.142 0.106 0.046 0.034 0.017 0.007 37 Y 0.038 0.028 0.042 0.076 0.098 0.142 0.159 0.118 0.109 0.084 0.056 0.029 0.015 0.007 38 R 0.074 0.081 0.117 0.169 0.188 0.129 0.094 0.057 0.046 0.022 0.013 0.006 0.002 0.002 39 V 0.038 0.033 0.047 0.099 0.126 0.175 0.153 0.140 0.090 0.052 0.028 0.012 0.006 0.002 40 I 0.042 0.056 0.077 0.151 0.175 0.164 0.127 0.104 0.061 0.028 0.008 0.004 0.001 0.001 41 R 0.110 0.118 0.126 0.142 0.146 0.106 0.093 0.084 0.042 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 42 D 0.078 0.084 0.117 0.131 0.157 0.144 0.113 0.072 0.051 0.026 0.014 0.006 0.003 0.002 43 M 0.054 0.041 0.065 0.098 0.157 0.166 0.147 0.080 0.082 0.054 0.030 0.014 0.007 0.007 44 F 0.048 0.019 0.031 0.050 0.090 0.113 0.134 0.105 0.126 0.091 0.077 0.055 0.038 0.022 45 V 0.049 0.020 0.027 0.054 0.077 0.096 0.119 0.119 0.122 0.096 0.083 0.062 0.052 0.023 46 F 0.038 0.017 0.022 0.044 0.056 0.086 0.108 0.125 0.129 0.125 0.107 0.077 0.049 0.018 47 T 0.048 0.035 0.043 0.087 0.107 0.122 0.140 0.115 0.105 0.080 0.062 0.034 0.014 0.008 48 N 0.040 0.044 0.052 0.102 0.140 0.152 0.136 0.097 0.094 0.064 0.046 0.022 0.007 0.005 49 K 0.041 0.050 0.069 0.109 0.131 0.143 0.138 0.117 0.097 0.055 0.027 0.013 0.006 0.004 50 R 0.032 0.036 0.059 0.087 0.142 0.146 0.140 0.141 0.098 0.068 0.026 0.013 0.006 0.005 51 L 0.026 0.015 0.024 0.040 0.074 0.105 0.109 0.142 0.150 0.134 0.085 0.052 0.032 0.013 52 I 0.044 0.028 0.042 0.084 0.108 0.115 0.139 0.108 0.113 0.084 0.055 0.046 0.020 0.013 53 L 0.048 0.031 0.036 0.068 0.085 0.107 0.114 0.140 0.135 0.099 0.076 0.038 0.017 0.007 54 I 0.071 0.048 0.050 0.086 0.109 0.125 0.123 0.142 0.106 0.057 0.046 0.022 0.011 0.004 55 D 0.106 0.093 0.096 0.151 0.145 0.124 0.100 0.063 0.053 0.032 0.024 0.009 0.003 0.002 56 K 0.182 0.144 0.155 0.138 0.140 0.096 0.055 0.028 0.035 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 57 Q 0.348 0.174 0.132 0.121 0.087 0.057 0.034 0.021 0.013 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 58 G 0.391 0.214 0.148 0.091 0.066 0.038 0.026 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 59 V 0.086 0.048 0.073 0.112 0.198 0.180 0.117 0.081 0.054 0.032 0.012 0.005 0.003 0.001 60 T 0.209 0.126 0.145 0.164 0.143 0.083 0.063 0.032 0.017 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 61 G 0.437 0.150 0.111 0.088 0.068 0.051 0.035 0.025 0.016 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 62 K 0.244 0.145 0.124 0.143 0.135 0.080 0.052 0.034 0.020 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 63 K 0.147 0.111 0.124 0.143 0.148 0.104 0.082 0.064 0.038 0.023 0.011 0.004 0.001 0.001 64 V 0.133 0.072 0.097 0.116 0.135 0.156 0.110 0.079 0.047 0.032 0.013 0.006 0.003 0.001 65 S 0.209 0.122 0.127 0.141 0.143 0.087 0.061 0.045 0.029 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 66 Y 0.073 0.043 0.053 0.087 0.128 0.143 0.122 0.116 0.091 0.072 0.038 0.021 0.009 0.003 67 H 0.098 0.077 0.088 0.142 0.142 0.140 0.112 0.078 0.051 0.033 0.020 0.011 0.004 0.002 68 S 0.177 0.101 0.104 0.117 0.121 0.101 0.090 0.064 0.055 0.031 0.022 0.010 0.004 0.002 69 V 0.079 0.055 0.071 0.115 0.140 0.146 0.113 0.106 0.076 0.049 0.029 0.013 0.007 0.002 70 P 0.103 0.085 0.094 0.136 0.143 0.136 0.116 0.069 0.058 0.027 0.019 0.008 0.003 0.002 71 Y 0.078 0.075 0.097 0.143 0.169 0.149 0.104 0.070 0.054 0.034 0.017 0.006 0.002 0.001 72 K 0.275 0.168 0.147 0.124 0.095 0.068 0.049 0.033 0.020 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 73 A 0.140 0.127 0.145 0.152 0.165 0.103 0.067 0.041 0.030 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 74 I 0.042 0.035 0.049 0.089 0.144 0.159 0.145 0.127 0.087 0.066 0.030 0.016 0.009 0.003 75 T 0.111 0.083 0.104 0.146 0.129 0.118 0.123 0.071 0.048 0.030 0.020 0.010 0.005 0.003 76 H 0.044 0.038 0.062 0.092 0.150 0.139 0.130 0.109 0.089 0.070 0.041 0.021 0.009 0.006 77 F 0.029 0.014 0.021 0.036 0.058 0.094 0.098 0.125 0.139 0.140 0.102 0.078 0.050 0.015 78 E 0.037 0.041 0.057 0.127 0.127 0.112 0.126 0.121 0.098 0.069 0.038 0.026 0.010 0.009 79 V 0.016 0.011 0.013 0.028 0.045 0.079 0.096 0.131 0.176 0.166 0.125 0.078 0.027 0.011 80 E 0.034 0.035 0.047 0.073 0.081 0.119 0.134 0.161 0.117 0.073 0.066 0.033 0.019 0.009 81 T 0.051 0.056 0.070 0.090 0.114 0.107 0.111 0.108 0.093 0.077 0.061 0.034 0.014 0.015 82 A 0.024 0.017 0.026 0.038 0.074 0.106 0.126 0.163 0.150 0.114 0.070 0.052 0.029 0.011 83 G 0.039 0.030 0.041 0.070 0.085 0.111 0.151 0.131 0.109 0.089 0.064 0.039 0.026 0.014 84 T 0.035 0.036 0.047 0.081 0.115 0.134 0.149 0.140 0.104 0.070 0.045 0.025 0.011 0.009 85 F 0.047 0.027 0.036 0.056 0.084 0.118 0.110 0.094 0.118 0.117 0.088 0.059 0.034 0.013 86 D 0.041 0.056 0.065 0.135 0.158 0.124 0.146 0.100 0.083 0.045 0.023 0.012 0.006 0.005 87 M 0.027 0.024 0.044 0.076 0.096 0.142 0.142 0.112 0.106 0.105 0.073 0.029 0.017 0.009 88 D 0.038 0.047 0.065 0.109 0.160 0.138 0.127 0.122 0.092 0.051 0.023 0.013 0.007 0.006 89 A 0.018 0.011 0.021 0.037 0.054 0.081 0.107 0.115 0.117 0.186 0.105 0.074 0.053 0.021 90 E 0.013 0.024 0.035 0.095 0.140 0.125 0.150 0.151 0.114 0.081 0.034 0.020 0.010 0.009 91 L 0.003 0.002 0.004 0.009 0.014 0.037 0.063 0.075 0.126 0.172 0.225 0.157 0.075 0.037 92 K 0.004 0.008 0.016 0.048 0.083 0.091 0.139 0.189 0.163 0.118 0.065 0.038 0.019 0.019 93 L 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 0.028 0.075 0.115 0.164 0.239 0.194 0.109 0.043 94 W 0.004 0.005 0.011 0.030 0.050 0.070 0.115 0.238 0.177 0.132 0.074 0.050 0.028 0.015 95 I 0.006 0.006 0.007 0.016 0.027 0.057 0.072 0.133 0.156 0.175 0.174 0.102 0.050 0.020 96 S 0.030 0.038 0.054 0.105 0.140 0.164 0.140 0.106 0.109 0.055 0.033 0.015 0.006 0.004 97 G 0.124 0.145 0.122 0.155 0.142 0.092 0.083 0.049 0.041 0.020 0.019 0.005 0.002 0.001 98 Q 0.184 0.201 0.197 0.140 0.101 0.077 0.051 0.021 0.017 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 99 K 0.217 0.180 0.201 0.115 0.108 0.075 0.050 0.027 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 100 D 0.366 0.164 0.143 0.105 0.104 0.054 0.031 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 101 P 0.362 0.181 0.154 0.109 0.097 0.040 0.026 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 102 L 0.106 0.055 0.068 0.121 0.173 0.160 0.118 0.102 0.047 0.034 0.009 0.004 0.002 0.001 103 V 0.205 0.151 0.144 0.167 0.140 0.068 0.050 0.039 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 104 K 0.396 0.138 0.116 0.113 0.081 0.066 0.037 0.024 0.013 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 105 E 0.308 0.167 0.148 0.141 0.126 0.053 0.026 0.013 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 106 L 0.130 0.073 0.111 0.171 0.172 0.140 0.089 0.067 0.025 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 107 K 0.402 0.182 0.133 0.115 0.088 0.042 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.417 0.166 0.129 0.131 0.082 0.038 0.017 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 109 G 0.409 0.205 0.130 0.112 0.077 0.036 0.015 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 T 0.385 0.192 0.130 0.125 0.078 0.045 0.021 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.300 0.208 0.156 0.128 0.096 0.058 0.029 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.048 0.037 0.058 0.113 0.204 0.215 0.150 0.088 0.052 0.022 0.009 0.002 0.001 0.001 113 V 0.192 0.160 0.150 0.166 0.134 0.095 0.056 0.026 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 114 G 0.253 0.199 0.188 0.129 0.110 0.063 0.030 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 115 I 0.024 0.016 0.028 0.083 0.144 0.202 0.194 0.150 0.104 0.038 0.011 0.004 0.002 0.001 116 Q 0.040 0.055 0.106 0.168 0.208 0.191 0.129 0.056 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 117 K 0.358 0.273 0.170 0.083 0.060 0.026 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.047 0.053 0.095 0.174 0.186 0.176 0.147 0.090 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 119 I 0.021 0.016 0.036 0.071 0.143 0.182 0.242 0.160 0.089 0.031 0.006 0.003 0.001 0.001 120 A 0.115 0.107 0.111 0.165 0.172 0.143 0.089 0.053 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 121 N 0.318 0.232 0.164 0.115 0.077 0.045 0.024 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 122 F 0.100 0.064 0.101 0.159 0.170 0.160 0.118 0.067 0.033 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 123 S 0.089 0.060 0.082 0.121 0.168 0.168 0.141 0.082 0.054 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 124 L 0.187 0.109 0.106 0.140 0.135 0.124 0.085 0.052 0.033 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001