# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4382 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.191 0.022 0.020 0.029 0.082 0.050 0.561 2 G 0.114 0.272 0.021 0.024 0.035 0.068 0.101 0.365 3 L 0.181 0.238 0.019 0.021 0.025 0.063 0.057 0.396 4 L 0.179 0.326 0.025 0.018 0.031 0.055 0.058 0.308 5 D 0.182 0.281 0.023 0.013 0.022 0.060 0.070 0.350 6 A 0.106 0.133 0.044 0.028 0.044 0.082 0.198 0.365 7 L 0.100 0.185 0.056 0.041 0.080 0.079 0.073 0.386 8 M 0.126 0.098 0.048 0.027 0.066 0.091 0.065 0.478 9 G 0.050 0.108 0.046 0.057 0.065 0.117 0.051 0.506 10 N 0.247 0.212 0.033 0.021 0.039 0.073 0.071 0.303 11 A 0.186 0.103 0.044 0.017 0.018 0.075 0.224 0.334 12 A 0.120 0.136 0.030 0.018 0.022 0.082 0.074 0.519 13 E 0.079 0.079 0.024 0.009 0.020 0.112 0.058 0.620 14 V 0.015 0.080 0.031 0.013 0.013 0.112 0.040 0.697 15 N 0.091 0.712 0.004 0.002 0.004 0.019 0.070 0.098 16 L 0.033 0.882 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.052 17 D 0.014 0.914 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.041 18 E 0.029 0.818 0.006 0.002 0.003 0.011 0.065 0.067 19 L 0.090 0.650 0.018 0.004 0.004 0.017 0.156 0.060 20 A 0.197 0.459 0.014 0.005 0.005 0.028 0.160 0.132 21 Q 0.119 0.204 0.012 0.005 0.007 0.049 0.094 0.511 22 E 0.027 0.295 0.025 0.008 0.012 0.075 0.054 0.504 23 L 0.086 0.259 0.067 0.013 0.011 0.092 0.093 0.378 24 G 0.313 0.158 0.021 0.020 0.008 0.057 0.090 0.332 25 P 0.303 0.027 0.013 0.005 0.010 0.056 0.018 0.568 26 I 0.048 0.011 0.059 0.010 0.025 0.105 0.046 0.696 27 M 0.078 0.016 0.025 0.009 0.012 0.117 0.021 0.722 28 G 0.371 0.059 0.011 0.004 0.008 0.067 0.040 0.439 29 D 0.025 0.081 0.006 0.007 0.006 0.094 0.015 0.767 30 N 0.089 0.233 0.006 0.008 0.016 0.086 0.078 0.485 31 E 0.011 0.437 0.022 0.097 0.039 0.069 0.085 0.240 32 Q 0.089 0.602 0.029 0.013 0.086 0.018 0.059 0.104 33 L 0.015 0.689 0.022 0.073 0.052 0.019 0.076 0.055 34 A 0.033 0.421 0.050 0.074 0.196 0.029 0.110 0.087 35 L 0.023 0.459 0.027 0.121 0.190 0.020 0.085 0.076 36 A 0.024 0.439 0.047 0.103 0.156 0.029 0.085 0.118 37 Y 0.028 0.230 0.051 0.215 0.158 0.039 0.170 0.108 38 R 0.031 0.147 0.071 0.182 0.171 0.048 0.138 0.213 39 V 0.116 0.070 0.076 0.078 0.133 0.070 0.097 0.359 40 I 0.121 0.077 0.075 0.070 0.086 0.097 0.091 0.383 41 R 0.047 0.029 0.043 0.024 0.064 0.135 0.044 0.614 42 D 0.012 0.048 0.069 0.063 0.133 0.120 0.081 0.474 43 M 0.003 0.013 0.195 0.087 0.232 0.088 0.091 0.293 44 F 0.001 0.013 0.343 0.263 0.191 0.029 0.090 0.069 45 V 0.003 0.007 0.396 0.153 0.226 0.036 0.059 0.121 46 F 0.008 0.007 0.481 0.170 0.133 0.035 0.073 0.093 47 T 0.070 0.020 0.208 0.068 0.123 0.094 0.090 0.328 48 N 0.074 0.058 0.144 0.045 0.068 0.137 0.106 0.368 49 K 0.010 0.045 0.129 0.066 0.159 0.115 0.132 0.346 50 R 0.003 0.027 0.267 0.142 0.297 0.051 0.082 0.131 51 L 0.001 0.012 0.275 0.215 0.303 0.028 0.050 0.116 52 I 0.002 0.007 0.385 0.277 0.235 0.016 0.032 0.047 53 L 0.005 0.004 0.207 0.209 0.371 0.036 0.076 0.091 54 I 0.013 0.004 0.275 0.138 0.172 0.073 0.060 0.266 55 D 0.580 0.023 0.027 0.019 0.042 0.049 0.103 0.157 56 K 0.152 0.008 0.011 0.014 0.018 0.134 0.069 0.595 57 Q 0.009 0.009 0.018 0.020 0.040 0.133 0.048 0.723 58 G 0.066 0.008 0.018 0.053 0.075 0.108 0.066 0.607 59 V 0.122 0.009 0.023 0.127 0.135 0.076 0.059 0.449 60 T 0.025 0.004 0.043 0.072 0.193 0.090 0.036 0.536 61 G 0.006 0.001 0.009 0.076 0.168 0.079 0.024 0.636 62 K 0.005 0.001 0.042 0.341 0.344 0.052 0.048 0.166 63 K 0.033 0.001 0.032 0.235 0.285 0.046 0.026 0.342 64 V 0.015 0.001 0.050 0.187 0.252 0.065 0.033 0.397 65 S 0.012 0.001 0.137 0.187 0.355 0.063 0.032 0.213 66 Y 0.005 0.001 0.032 0.133 0.228 0.071 0.021 0.509 67 H 0.005 0.004 0.120 0.329 0.288 0.047 0.036 0.172 68 S 0.030 0.004 0.029 0.131 0.147 0.071 0.026 0.561 69 V 0.025 0.009 0.086 0.225 0.151 0.085 0.071 0.348 70 P 0.190 0.026 0.032 0.054 0.084 0.076 0.041 0.496 71 Y 0.278 0.007 0.014 0.028 0.040 0.074 0.116 0.443 72 K 0.016 0.014 0.031 0.066 0.072 0.119 0.072 0.610 73 A 0.051 0.016 0.031 0.027 0.087 0.101 0.061 0.624 74 I 0.036 0.024 0.036 0.154 0.090 0.108 0.087 0.465 75 T 0.023 0.021 0.087 0.078 0.263 0.099 0.050 0.378 76 H 0.009 0.010 0.086 0.095 0.281 0.085 0.047 0.387 77 F 0.002 0.003 0.184 0.195 0.238 0.064 0.118 0.197 78 E 0.006 0.008 0.294 0.266 0.230 0.038 0.088 0.071 79 V 0.031 0.006 0.170 0.126 0.181 0.071 0.081 0.334 80 E 0.026 0.005 0.268 0.139 0.171 0.084 0.068 0.239 81 T 0.033 0.007 0.080 0.082 0.127 0.139 0.047 0.485 82 A 0.011 0.005 0.101 0.055 0.127 0.117 0.039 0.545 83 G 0.036 0.019 0.114 0.112 0.187 0.113 0.065 0.354 84 T 0.013 0.006 0.063 0.066 0.093 0.156 0.049 0.554 85 F 0.024 0.007 0.044 0.046 0.079 0.146 0.037 0.618 86 D 0.104 0.028 0.026 0.036 0.069 0.149 0.162 0.427 87 M 0.047 0.044 0.027 0.032 0.054 0.140 0.077 0.580 88 D 0.101 0.116 0.017 0.036 0.076 0.106 0.194 0.354 89 A 0.016 0.072 0.079 0.125 0.292 0.105 0.116 0.195 90 E 0.012 0.029 0.070 0.091 0.471 0.068 0.078 0.181 91 L 0.002 0.015 0.059 0.281 0.458 0.040 0.056 0.089 92 K 0.001 0.007 0.075 0.311 0.453 0.031 0.032 0.090 93 L 0.001 0.003 0.064 0.545 0.279 0.015 0.050 0.044 94 W 0.006 0.004 0.112 0.264 0.472 0.020 0.044 0.078 95 I 0.036 0.009 0.101 0.380 0.208 0.057 0.080 0.129 96 S 0.061 0.012 0.050 0.087 0.132 0.095 0.057 0.506 97 G 0.065 0.009 0.021 0.031 0.052 0.120 0.044 0.658 98 Q 0.039 0.026 0.015 0.030 0.030 0.118 0.042 0.700 99 K 0.086 0.039 0.006 0.009 0.014 0.085 0.027 0.735 100 D 0.099 0.188 0.010 0.040 0.029 0.074 0.096 0.463 101 P 0.052 0.179 0.014 0.031 0.056 0.077 0.072 0.518 102 L 0.071 0.272 0.017 0.060 0.108 0.053 0.080 0.341 103 V 0.111 0.270 0.015 0.123 0.103 0.050 0.073 0.255 104 K 0.124 0.138 0.017 0.090 0.141 0.048 0.054 0.388 105 E 0.146 0.120 0.034 0.069 0.133 0.051 0.080 0.368 106 L 0.339 0.031 0.021 0.036 0.046 0.052 0.096 0.379 107 K 0.146 0.034 0.017 0.029 0.027 0.079 0.059 0.608 108 K 0.057 0.025 0.009 0.005 0.010 0.061 0.013 0.821 109 G 0.067 0.055 0.008 0.012 0.009 0.091 0.047 0.712 110 T 0.034 0.055 0.012 0.013 0.008 0.109 0.045 0.725 111 D 0.109 0.341 0.023 0.010 0.016 0.043 0.070 0.390 112 V 0.092 0.398 0.020 0.009 0.012 0.059 0.068 0.342 113 V 0.025 0.660 0.034 0.011 0.013 0.029 0.071 0.157 114 G 0.021 0.159 0.038 0.010 0.024 0.043 0.556 0.149 115 I 0.005 0.823 0.020 0.019 0.007 0.012 0.078 0.035 116 Q 0.022 0.847 0.018 0.004 0.008 0.009 0.045 0.047 117 K 0.016 0.577 0.034 0.025 0.007 0.025 0.249 0.067 118 T 0.025 0.689 0.025 0.009 0.015 0.026 0.105 0.105 119 I 0.109 0.138 0.142 0.010 0.017 0.050 0.386 0.148 120 A 0.034 0.214 0.062 0.035 0.016 0.085 0.242 0.312 121 N 0.064 0.083 0.042 0.012 0.023 0.110 0.080 0.586 122 F 0.075 0.070 0.070 0.028 0.032 0.119 0.080 0.525 123 S 0.050 0.041 0.057 0.018 0.036 0.124 0.066 0.608 124 L 0.061 0.037 0.054 0.024 0.034 0.120 0.063 0.606