# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4382 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.142 0.088 0.093 0.122 0.141 0.132 0.097 0.077 0.047 0.029 0.019 0.009 0.004 0.002 2 G 0.330 0.163 0.168 0.114 0.084 0.055 0.036 0.021 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 3 L 0.093 0.068 0.081 0.122 0.147 0.134 0.113 0.099 0.069 0.034 0.020 0.012 0.006 0.002 4 L 0.082 0.078 0.088 0.142 0.171 0.139 0.111 0.083 0.056 0.024 0.015 0.006 0.002 0.001 5 D 0.274 0.187 0.143 0.124 0.085 0.080 0.046 0.024 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 6 A 0.241 0.159 0.122 0.120 0.108 0.099 0.066 0.034 0.024 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 7 L 0.059 0.056 0.073 0.118 0.182 0.172 0.127 0.102 0.054 0.032 0.013 0.007 0.004 0.002 8 M 0.061 0.047 0.053 0.093 0.130 0.145 0.134 0.134 0.085 0.059 0.032 0.017 0.008 0.004 9 G 0.180 0.115 0.112 0.132 0.127 0.100 0.078 0.061 0.042 0.025 0.017 0.007 0.003 0.002 10 N 0.133 0.119 0.147 0.147 0.152 0.102 0.076 0.052 0.035 0.018 0.012 0.004 0.001 0.001 11 A 0.088 0.069 0.082 0.119 0.145 0.139 0.114 0.096 0.067 0.039 0.023 0.010 0.006 0.002 12 A 0.217 0.151 0.140 0.153 0.129 0.087 0.060 0.031 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 13 E 0.236 0.174 0.154 0.133 0.115 0.084 0.049 0.024 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 14 V 0.184 0.127 0.102 0.168 0.179 0.109 0.058 0.040 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 15 N 0.377 0.240 0.132 0.100 0.063 0.049 0.023 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.184 0.147 0.155 0.162 0.151 0.104 0.058 0.021 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 D 0.625 0.162 0.103 0.046 0.030 0.016 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.582 0.238 0.104 0.036 0.017 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.093 0.078 0.090 0.183 0.238 0.172 0.083 0.037 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.148 0.150 0.219 0.189 0.155 0.069 0.042 0.012 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.727 0.168 0.055 0.023 0.011 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.223 0.223 0.245 0.136 0.081 0.058 0.019 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.028 0.026 0.037 0.093 0.174 0.208 0.184 0.148 0.059 0.021 0.013 0.005 0.004 0.001 24 G 0.092 0.136 0.195 0.210 0.156 0.106 0.056 0.024 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 P 0.461 0.159 0.119 0.096 0.065 0.048 0.023 0.012 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 26 I 0.083 0.081 0.091 0.182 0.210 0.162 0.090 0.059 0.022 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 27 M 0.059 0.039 0.055 0.096 0.175 0.168 0.158 0.125 0.066 0.030 0.017 0.007 0.004 0.001 28 G 0.165 0.171 0.134 0.176 0.154 0.091 0.055 0.033 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 29 D 0.604 0.149 0.092 0.053 0.035 0.032 0.018 0.005 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 30 N 0.179 0.144 0.207 0.164 0.122 0.101 0.046 0.017 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 31 E 0.126 0.090 0.086 0.145 0.176 0.149 0.110 0.067 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 32 Q 0.114 0.138 0.110 0.198 0.168 0.118 0.077 0.046 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 33 L 0.065 0.026 0.031 0.055 0.097 0.126 0.168 0.165 0.097 0.060 0.066 0.025 0.014 0.004 34 A 0.106 0.093 0.118 0.130 0.144 0.137 0.102 0.077 0.046 0.023 0.012 0.007 0.003 0.002 35 L 0.169 0.064 0.083 0.099 0.120 0.108 0.108 0.082 0.059 0.047 0.029 0.019 0.010 0.004 36 A 0.055 0.043 0.042 0.093 0.122 0.162 0.149 0.139 0.088 0.049 0.026 0.019 0.010 0.004 37 Y 0.063 0.042 0.048 0.077 0.135 0.143 0.176 0.124 0.072 0.052 0.036 0.017 0.009 0.004 38 R 0.109 0.139 0.129 0.159 0.153 0.119 0.086 0.054 0.028 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 39 V 0.058 0.048 0.062 0.094 0.160 0.143 0.159 0.116 0.064 0.042 0.034 0.010 0.007 0.003 40 I 0.054 0.067 0.072 0.141 0.167 0.168 0.129 0.096 0.052 0.031 0.012 0.006 0.003 0.002 41 R 0.093 0.078 0.108 0.138 0.161 0.136 0.112 0.079 0.045 0.028 0.012 0.006 0.003 0.002 42 D 0.086 0.067 0.069 0.116 0.157 0.148 0.133 0.095 0.062 0.035 0.016 0.010 0.005 0.002 43 M 0.054 0.035 0.057 0.075 0.115 0.141 0.165 0.131 0.094 0.066 0.029 0.021 0.011 0.004 44 F 0.056 0.028 0.035 0.048 0.078 0.112 0.160 0.136 0.122 0.092 0.060 0.041 0.022 0.008 45 V 0.065 0.042 0.042 0.060 0.083 0.117 0.137 0.133 0.111 0.076 0.059 0.041 0.022 0.010 46 F 0.047 0.044 0.045 0.066 0.103 0.115 0.160 0.133 0.095 0.069 0.065 0.030 0.017 0.010 47 T 0.042 0.050 0.055 0.099 0.132 0.146 0.142 0.128 0.085 0.057 0.032 0.017 0.009 0.006 48 N 0.028 0.033 0.042 0.082 0.131 0.155 0.167 0.148 0.094 0.062 0.032 0.014 0.008 0.005 49 K 0.028 0.038 0.052 0.093 0.147 0.161 0.165 0.133 0.082 0.052 0.026 0.013 0.006 0.004 50 R 0.042 0.047 0.066 0.105 0.159 0.152 0.140 0.113 0.078 0.051 0.021 0.015 0.007 0.004 51 L 0.033 0.025 0.033 0.045 0.072 0.103 0.137 0.137 0.135 0.115 0.077 0.049 0.029 0.009 52 I 0.035 0.026 0.036 0.045 0.075 0.111 0.142 0.151 0.120 0.093 0.084 0.044 0.024 0.012 53 L 0.059 0.049 0.055 0.070 0.088 0.108 0.119 0.124 0.104 0.082 0.067 0.039 0.023 0.012 54 I 0.085 0.057 0.065 0.096 0.112 0.122 0.115 0.115 0.083 0.061 0.042 0.025 0.015 0.007 55 D 0.072 0.068 0.091 0.149 0.163 0.145 0.112 0.082 0.056 0.032 0.016 0.008 0.003 0.002 56 K 0.087 0.067 0.096 0.127 0.162 0.144 0.116 0.089 0.057 0.027 0.018 0.006 0.003 0.002 57 Q 0.248 0.143 0.154 0.119 0.115 0.085 0.058 0.033 0.024 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 58 G 0.233 0.153 0.139 0.132 0.118 0.094 0.054 0.035 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 59 V 0.104 0.056 0.057 0.090 0.134 0.151 0.146 0.122 0.061 0.038 0.022 0.011 0.005 0.002 60 T 0.191 0.122 0.146 0.141 0.128 0.103 0.065 0.047 0.030 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 61 G 0.302 0.124 0.113 0.116 0.102 0.078 0.061 0.044 0.026 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 62 K 0.218 0.123 0.140 0.153 0.128 0.089 0.059 0.042 0.024 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 63 K 0.160 0.085 0.108 0.122 0.145 0.116 0.090 0.067 0.052 0.028 0.016 0.006 0.003 0.002 64 V 0.152 0.097 0.095 0.121 0.139 0.115 0.101 0.079 0.046 0.027 0.018 0.007 0.003 0.001 65 S 0.230 0.142 0.113 0.131 0.122 0.097 0.061 0.040 0.029 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 66 Y 0.070 0.042 0.051 0.073 0.102 0.130 0.129 0.129 0.102 0.074 0.047 0.029 0.018 0.004 67 H 0.111 0.076 0.100 0.121 0.152 0.128 0.108 0.087 0.053 0.031 0.020 0.008 0.003 0.002 68 S 0.158 0.103 0.106 0.117 0.124 0.109 0.085 0.068 0.056 0.036 0.023 0.010 0.004 0.003 69 V 0.127 0.077 0.074 0.104 0.136 0.129 0.112 0.101 0.057 0.035 0.029 0.011 0.006 0.002 70 P 0.118 0.104 0.140 0.159 0.153 0.121 0.079 0.051 0.041 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 71 Y 0.085 0.071 0.085 0.125 0.167 0.140 0.119 0.092 0.061 0.027 0.017 0.006 0.003 0.001 72 K 0.240 0.174 0.187 0.129 0.099 0.069 0.044 0.024 0.020 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 73 A 0.179 0.163 0.134 0.156 0.126 0.115 0.052 0.032 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 74 I 0.043 0.039 0.039 0.084 0.133 0.169 0.170 0.138 0.082 0.044 0.032 0.016 0.010 0.003 75 T 0.150 0.121 0.152 0.145 0.126 0.112 0.071 0.051 0.039 0.016 0.011 0.004 0.001 0.001 76 H 0.108 0.070 0.074 0.121 0.145 0.127 0.111 0.098 0.061 0.040 0.023 0.014 0.006 0.003 77 F 0.032 0.023 0.025 0.045 0.078 0.118 0.142 0.130 0.120 0.096 0.094 0.056 0.031 0.010 78 E 0.064 0.057 0.080 0.107 0.136 0.139 0.124 0.112 0.074 0.052 0.027 0.017 0.006 0.006 79 V 0.035 0.021 0.022 0.034 0.062 0.080 0.121 0.133 0.136 0.126 0.122 0.062 0.033 0.014 80 E 0.057 0.043 0.054 0.070 0.099 0.119 0.117 0.114 0.111 0.084 0.072 0.033 0.018 0.011 81 T 0.066 0.047 0.062 0.087 0.117 0.109 0.117 0.112 0.093 0.086 0.051 0.033 0.013 0.009 82 A 0.050 0.039 0.039 0.065 0.097 0.116 0.120 0.133 0.118 0.096 0.062 0.035 0.021 0.009 83 G 0.067 0.049 0.055 0.084 0.123 0.129 0.133 0.111 0.089 0.077 0.039 0.028 0.013 0.006 84 T 0.072 0.070 0.081 0.108 0.130 0.127 0.124 0.113 0.075 0.047 0.031 0.013 0.005 0.004 85 F 0.066 0.046 0.052 0.071 0.117 0.122 0.133 0.122 0.092 0.076 0.056 0.026 0.015 0.006 86 D 0.050 0.071 0.081 0.127 0.154 0.147 0.120 0.103 0.068 0.039 0.022 0.010 0.005 0.004 87 M 0.043 0.033 0.039 0.065 0.108 0.122 0.137 0.129 0.109 0.100 0.060 0.035 0.015 0.006 88 D 0.041 0.067 0.084 0.116 0.155 0.142 0.120 0.102 0.082 0.040 0.034 0.009 0.004 0.006 89 A 0.017 0.015 0.021 0.035 0.056 0.082 0.102 0.129 0.137 0.153 0.119 0.076 0.043 0.014 90 E 0.013 0.026 0.030 0.070 0.115 0.135 0.152 0.164 0.119 0.079 0.045 0.025 0.012 0.016 91 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.011 0.027 0.048 0.064 0.162 0.215 0.209 0.153 0.076 0.023 92 K 0.006 0.012 0.018 0.042 0.084 0.106 0.161 0.189 0.126 0.098 0.085 0.032 0.017 0.026 93 L 0.002 0.002 0.004 0.005 0.009 0.019 0.037 0.054 0.130 0.196 0.257 0.165 0.089 0.030 94 W 0.007 0.014 0.017 0.045 0.070 0.115 0.139 0.182 0.142 0.112 0.066 0.044 0.027 0.019 95 I 0.006 0.009 0.013 0.026 0.049 0.078 0.122 0.136 0.160 0.148 0.127 0.078 0.032 0.016 96 S 0.029 0.063 0.070 0.133 0.161 0.163 0.128 0.120 0.064 0.034 0.022 0.006 0.003 0.003 97 G 0.139 0.144 0.164 0.174 0.128 0.101 0.060 0.039 0.025 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 98 Q 0.227 0.149 0.214 0.135 0.101 0.068 0.049 0.023 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 99 K 0.272 0.168 0.200 0.127 0.094 0.056 0.042 0.015 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 100 D 0.345 0.202 0.141 0.115 0.080 0.054 0.035 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 101 P 0.309 0.234 0.153 0.123 0.080 0.053 0.026 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.089 0.080 0.088 0.161 0.206 0.148 0.095 0.075 0.035 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 103 V 0.203 0.168 0.163 0.154 0.123 0.083 0.050 0.024 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 104 K 0.368 0.168 0.124 0.124 0.085 0.067 0.032 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 105 E 0.437 0.207 0.125 0.085 0.062 0.042 0.025 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.123 0.121 0.131 0.202 0.181 0.139 0.051 0.033 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 107 K 0.594 0.184 0.093 0.055 0.034 0.018 0.015 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.560 0.165 0.141 0.057 0.032 0.025 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 G 0.425 0.159 0.197 0.091 0.061 0.031 0.023 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 110 T 0.385 0.202 0.151 0.109 0.071 0.042 0.026 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.383 0.170 0.189 0.098 0.068 0.048 0.022 0.008 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.058 0.050 0.068 0.148 0.205 0.171 0.126 0.094 0.049 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 113 V 0.180 0.154 0.145 0.178 0.141 0.089 0.054 0.029 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 114 G 0.293 0.251 0.166 0.120 0.071 0.053 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 115 I 0.028 0.025 0.031 0.075 0.123 0.197 0.194 0.168 0.088 0.034 0.023 0.008 0.005 0.001 116 Q 0.033 0.058 0.085 0.171 0.207 0.193 0.129 0.075 0.032 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 117 K 0.308 0.211 0.166 0.130 0.078 0.057 0.025 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 118 T 0.079 0.076 0.082 0.158 0.184 0.160 0.120 0.077 0.033 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 119 I 0.029 0.025 0.039 0.064 0.109 0.175 0.208 0.185 0.080 0.033 0.033 0.010 0.008 0.003 120 A 0.117 0.123 0.106 0.166 0.169 0.138 0.089 0.051 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 121 N 0.332 0.195 0.150 0.128 0.082 0.060 0.026 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 122 F 0.095 0.057 0.084 0.141 0.201 0.170 0.119 0.072 0.031 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 123 S 0.094 0.066 0.089 0.121 0.170 0.164 0.130 0.088 0.043 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 124 L 0.267 0.121 0.095 0.120 0.142 0.097 0.075 0.044 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001