This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA H A 3 3 NATAA H A 4 4 NATAA H A 5 5 NATAA H A 6 6 NATAA H A 7 7 NATAA H A 8 8 NATAA S A 9 9 NATAA S A 10 10 NATAA G A 11 11 NATAA V A 12 12 NATAA D A 13 13 NATAA L A 14 14 NATAA G A 15 15 NATAA T A 16 16 NATAA E A 17 17 NATAA N A 18 18 NATAA L A 19 19 NATAA Y A 20 20 NATAA F A 21 21 NATAA Q A 22 22 NATAA S A 23 23 NATAA M A 24 24 NATAA S A 25 25 NATAA D A 26 26 NATAA T A 27 27 NATAA N A 28 28 NATAA E A 29 29 NATAA S A 30 30 NATAA E A 31 31 NATAA I A 32 32 NATAA K A 33 33 NATAA S A 34 34 NATAA N A 35 35 NATAA E A 36 36 NATAA E A 37 37 NATRO P A 38 38 NATAA L A 39 39 NATAA L A 40 40 NATAA R A 41 41 NATAA K A 42 42 NATAA S A 43 43 NATAA S A 44 44 NATAA R A 45 45 NATAA R A 46 46 NATAA F A 47 47 NATAA V A 48 48 NATAA I A 49 49 NATAA F A 50 50 NATRO P A 51 51 NATAA I A 52 52 NATAA Q A 53 53 NATAA Y A 54 54 NATRO P A 55 55 NATAA D A 56 56 NATAA I A 57 57 NATAA W A 58 58 NATAA K A 59 59 NATAA M A 60 60 NATAA Y A 61 61 NATAA K A 62 62 NATAA Q A 63 63 NATAA A A 64 64 NATAA Q A 65 65 NATAA A A 66 66 NATAA S A 67 67 NATAA F A 68 68 NATAA W A 69 69 NATAA T A 70 70 NATAA A A 71 71 NATAA E A 72 72 NATAA E A 73 73 NATAA V A 74 74 NATAA D A 75 75 NATAA L A 76 76 NATAA S A 77 77 NATAA K A 78 78 NATAA D A 79 79 NATAA L A 80 80 NATRO P A 81 81 NATAA H A 82 82 NATAA W A 83 83 NATAA N A 84 84 NATAA K A 85 85 NATAA L A 86 86 NATAA K A 87 87 NATAA A A 88 88 NATAA D A 89 89 NATAA E A 90 90 NATAA K A 91 91 NATAA Y A 92 92 NATAA F A 93 93 NATAA I A 94 94 NATAA S A 95 95 NATAA H A 96 96 NATAA I A 97 97 NATAA L A 98 98 NATAA A A 99 99 NATAA F A 100 100 NATAA F A 101 101 NATAA A A 102 102 NATAA A A 103 103 NATAA S A 104 104 NATAA D A 105 105 NATAA G A 106 106 NATAA I A 107 107 NATAA V A 108 108 NATAA N A 109 109 NATAA E A 110 110 NATAA N A 111 111 NATAA L A 112 112 NATAA V A 113 113 NATAA E A 114 114 NATAA R A 115 115 NATAA F A 116 116 NATAA S A 117 117 NATAA Q A 118 118 NATAA E A 119 119 NATAA V A 120 120 NATAA Q A 121 121 NATAA V A 122 122 NATRO P A 123 123 NATAA E A 124 124 NATAA A A 125 125 NATAA R A 126 126 NATRO C A 127 127 NATAA F A 128 128 NATAA Y A 129 129 NATAA G A 130 130 NATAA F A 131 131 NATAA Q A 132 132 NATAA I A 133 133 NATAA L A 134 134 NATAA I A 135 135 NATAA E A 136 136 NATAA N A 137 137 NATAA V A 138 138 NATAA H A 139 139 NATAA S A 140 140 NATAA E A 141 141 NATAA M A 142 142 NATAA Y A 143 143 NATAA S A 144 144 NATAA L A 145 145 NATAA L A 146 146 NATAA I A 147 147 NATAA D A 148 148 NATAA T A 149 149 NATAA Y A 150 150 NATAA I A 151 151 NATAA R A 152 152 NATAA D A 153 153 NATRO P A 154 154 NATAA K A 155 155 NATAA K A 156 156 NATAA R A 157 157 NATAA E A 158 158 NATAA F A 159 159 NATAA L A 160 160 NATAA F A 161 161 NATAA N A 162 162 NATAA A A 163 163 NATAA I A 164 164 NATAA E A 165 165 NATAA T A 166 166 NATAA M A 167 167 NATRO P A 168 168 NATAA Y A 169 169 NATAA V A 170 170 NATAA K A 171 171 NATAA K A 172 172 NATAA K A 173 173 NATAA A A 174 174 NATAA D A 175 175 NATAA W A 176 176 NATAA A A 177 177 NATAA L A 178 178 NATAA R A 179 179 NATAA W A 180 180 NATAA I A 181 181 NATAA A A 182 182 NATAA D A 183 183 NATAA R A 184 184 NATAA K A 185 185 NATAA S A 186 186 NATAA T A 187 187 NATAA F A 188 188 NATAA G A 189 189 NATAA E A 190 190 NATAA R A 191 191 NATAA V A 192 192 NATAA V A 193 193 NATAA A A 194 194 NATAA F A 195 195 NATAA A A 196 196 NATAA A A 197 197 NATAA V A 198 198 NATAA E A 199 199 NATAA G A 200 200 NATAA V A 201 201 NATAA F A 202 202 NATAA F A 203 203 NATAA S A 204 204 NATAA G A 205 205 NATAA S A 206 206 NATAA F A 207 207 NATAA A A 208 208 NATAA A A 209 209 NATAA I A 210 210 NATAA F A 211 211 NATAA W A 212 212 NATAA L A 213 213 NATAA K A 214 214 NATAA K A 215 215 NATAA R A 216 216 NATAA G A 217 217 NATAA L A 218 218 NATAA M A 219 219 NATRO P A 220 220 NATAA G A 221 221 NATAA L A 222 222 NATAA T A 223 223 NATAA F A 224 224 NATAA S A 225 225 NATAA N A 226 226 NATAA E A 227 227 NATAA L A 228 228 NATAA I A 229 229 NATAA S A 230 230 NATAA R A 231 231 NATAA D A 232 232 NATAA E A 233 233 NATAA G A 234 234 NATAA L A 235 235 NATAA H A 236 236 NATRO C A 237 237 NATAA D A 238 238 NATAA F A 239 239 NATAA A A 240 240 NATRO C A 241 241 NATAA L A 242 242 NATAA M A 243 243 NATAA F A 244 244 NATAA Q A 245 245 NATAA Y A 246 246 NATAA L A 247 247 NATAA V A 248 248 NATAA N A 249 249 NATAA K A 250 250 NATRO P A 251 251 NATAA S A 252 252 NATAA E A 253 253 NATAA E A 254 254 NATAA R A 255 255 NATAA V A 256 256 NATAA R A 257 257 NATAA E A 258 258 NATAA I A 259 259 NATAA I A 260 260 NATAA V A 261 261 NATAA D A 262 262 NATAA A A 263 263 NATAA V A 264 264 NATAA K A 265 265 NATAA I A 266 266 NATAA E A 267 267 NATAA Q A 268 268 NATAA E A 269 269 NATAA F A 270 270 NATAA L A 271 271 NATAA T A 272 272 NATAA E A 273 273 NATAA A A 274 274 NATAA L A 275 275 NATRO P A 276 276 NATAA V A 277 277 NATAA G A 278 278 NATAA L A 279 279 NATAA I A 280 280 NATAA G A 281 281 NATAA M A 282 282 NATAA N A 283 283 NATRO C A 284 284 NATAA I A 285 285 NATAA L A 286 286 NATAA M A 287 287 NATAA K A 288 288 NATAA Q A 289 289 NATAA Y A 290 290 NATAA I A 291 291 NATAA E A 292 292 NATAA F A 293 293 NATAA V A 294 294 NATAA A A 295 295 NATAA D A 296 296 NATAA R A 297 297 NATAA L A 298 298 NATAA L A 299 299 NATAA V A 300 300 NATAA E A 301 301 NATAA L A 302 302 NATAA G A 303 303 NATAA F A 304 304 NATAA S A 305 305 NATAA K A 306 306 NATAA V A 307 307 NATAA F A 308 308 NATAA Q A 309 309 NATAA A A 310 310 NATAA E A 311 311 NATAA N A 312 312 NATRO P A 313 313 NATAA F A 314 314 NATAA D A 315 315 NATAA F A 316 316 NATAA M A 317 317 NATAA E A 318 318 NATAA N A 319 319 NATAA I A 320 320 NATAA S A 321 321 NATAA L A 322 322 NATAA E A 323 323 NATAA G A 324 324 NATAA K A 325 325 NATAA T A 326 326 NATAA N