# TARGET T0443 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.010 0.003 0.011 0.181 0.790 2 Q 0.007 0.026 0.002 0.029 0.066 0.869 3 P 0.003 0.008 0.006 0.074 0.084 0.826 4 E 0.001 0.001 0.018 0.860 0.043 0.078 5 T 0.001 0.001 0.013 0.935 0.025 0.026 6 S 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.005 7 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 8 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 11 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 14 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 16 A 0.001 0.001 0.006 0.978 0.007 0.008 17 I 0.003 0.004 0.005 0.950 0.018 0.020 18 R 0.007 0.008 0.011 0.879 0.039 0.056 19 G 0.010 0.009 0.012 0.268 0.363 0.339 20 G 0.006 0.004 0.035 0.059 0.478 0.419 21 E 0.011 0.026 0.034 0.047 0.541 0.340 22 A 0.006 0.047 0.032 0.032 0.593 0.289 23 A 0.004 0.019 0.021 0.039 0.646 0.270 24 D 0.005 0.009 0.022 0.037 0.703 0.225 25 G 0.005 0.008 0.014 0.029 0.683 0.261 26 L 0.010 0.027 0.033 0.130 0.560 0.240 27 P 0.014 0.016 0.053 0.386 0.259 0.272 28 Q 0.007 0.003 0.156 0.685 0.105 0.044 29 D 0.009 0.004 0.098 0.769 0.075 0.045 30 R 0.014 0.004 0.075 0.817 0.036 0.054 31 L 0.016 0.004 0.023 0.919 0.015 0.023 32 N 0.019 0.001 0.012 0.939 0.011 0.018 33 V 0.052 0.002 0.009 0.905 0.010 0.022 34 Y 0.033 0.001 0.006 0.949 0.004 0.008 35 I 0.021 0.001 0.008 0.963 0.004 0.005 36 R 0.023 0.001 0.008 0.955 0.007 0.006 37 L 0.026 0.001 0.011 0.926 0.018 0.018 38 I 0.026 0.002 0.003 0.945 0.011 0.014 39 R 0.009 0.001 0.002 0.969 0.013 0.007 40 N 0.002 0.001 0.002 0.975 0.011 0.009 41 N 0.004 0.002 0.003 0.957 0.018 0.015 42 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 43 H 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 44 S 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 45 F 0.002 0.001 0.007 0.983 0.005 0.002 46 I 0.003 0.001 0.009 0.974 0.011 0.003 47 D 0.001 0.001 0.016 0.957 0.021 0.005 48 R 0.001 0.001 0.016 0.908 0.048 0.026 49 C 0.005 0.006 0.019 0.615 0.130 0.226 50 Y 0.005 0.006 0.025 0.207 0.194 0.562 51 T 0.004 0.003 0.224 0.520 0.134 0.116 52 E 0.006 0.003 0.400 0.458 0.108 0.025 53 T 0.008 0.003 0.462 0.377 0.126 0.023 54 R 0.005 0.001 0.527 0.288 0.154 0.024 55 Q 0.004 0.001 0.454 0.264 0.231 0.046 56 Y 0.010 0.013 0.215 0.228 0.395 0.140 57 F 0.010 0.034 0.027 0.067 0.407 0.455 58 D 0.005 0.006 0.005 0.059 0.208 0.717 59 S 0.001 0.001 0.020 0.918 0.038 0.023 60 K 0.001 0.001 0.013 0.936 0.039 0.011 61 E 0.001 0.001 0.018 0.944 0.027 0.009 62 W 0.001 0.001 0.004 0.983 0.006 0.007 63 S 0.001 0.001 0.002 0.988 0.007 0.003 64 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.007 0.005 65 L 0.001 0.001 0.001 0.974 0.008 0.016 66 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.004 67 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 68 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 69 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 70 V 0.001 0.001 0.004 0.975 0.014 0.006 71 R 0.001 0.001 0.006 0.967 0.018 0.008 72 D 0.001 0.001 0.009 0.911 0.041 0.037 73 A 0.002 0.002 0.021 0.397 0.255 0.323 74 R 0.004 0.007 0.089 0.178 0.437 0.284 75 A 0.008 0.012 0.047 0.134 0.507 0.293 76 Q 0.010 0.020 0.033 0.156 0.426 0.354 77 T 0.010 0.007 0.009 0.118 0.291 0.564 78 P 0.004 0.002 0.021 0.796 0.089 0.087 79 Y 0.006 0.003 0.034 0.896 0.041 0.020 80 F 0.002 0.001 0.014 0.965 0.013 0.005 81 Q 0.001 0.001 0.006 0.980 0.009 0.004 82 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.008 0.003 83 I 0.001 0.001 0.002 0.985 0.008 0.004 84 P 0.001 0.001 0.001 0.984 0.006 0.008 85 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.006 86 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 87 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 88 L 0.001 0.001 0.009 0.982 0.006 0.003 89 Q 0.001 0.001 0.012 0.979 0.007 0.002 90 Y 0.001 0.001 0.015 0.969 0.011 0.005 91 C 0.001 0.001 0.010 0.969 0.014 0.006 92 Q 0.001 0.001 0.017 0.928 0.033 0.022 93 S 0.001 0.001 0.013 0.616 0.157 0.212 94 P 0.001 0.001 0.020 0.140 0.332 0.507 95 P 0.001 0.005 0.014 0.072 0.373 0.535 96 L 0.002 0.007 0.017 0.122 0.291 0.561 97 S 0.002 0.002 0.021 0.264 0.190 0.522 98 D 0.002 0.001 0.040 0.678 0.121 0.158 99 G 0.005 0.003 0.054 0.807 0.068 0.063 100 I 0.004 0.002 0.036 0.913 0.031 0.014 101 L 0.004 0.001 0.021 0.945 0.021 0.009 102 A 0.003 0.001 0.015 0.951 0.021 0.009 103 L 0.007 0.003 0.008 0.936 0.027 0.019 104 M 0.005 0.001 0.006 0.938 0.023 0.027 105 D 0.013 0.003 0.006 0.894 0.031 0.053 106 F 0.025 0.002 0.006 0.894 0.027 0.047 107 E 0.058 0.004 0.004 0.864 0.021 0.048 108 Y 0.064 0.002 0.006 0.891 0.013 0.024 109 T 0.057 0.001 0.006 0.913 0.009 0.013 110 Q 0.045 0.001 0.006 0.934 0.007 0.008 111 L 0.079 0.002 0.009 0.879 0.012 0.018 112 L 0.172 0.003 0.009 0.758 0.020 0.038 113 A 0.315 0.004 0.014 0.574 0.031 0.062 114 E 0.473 0.007 0.011 0.388 0.037 0.084 115 V 0.435 0.008 0.026 0.334 0.063 0.134 116 A 0.333 0.009 0.029 0.240 0.136 0.253 117 Q 0.220 0.010 0.046 0.144 0.234 0.345 118 I 0.113 0.016 0.028 0.111 0.272 0.461 119 P 0.050 0.010 0.025 0.055 0.281 0.580 120 D 0.029 0.008 0.022 0.061 0.263 0.616 121 I 0.021 0.014 0.028 0.054 0.244 0.640 122 P 0.024 0.013 0.041 0.093 0.290 0.538 123 D 0.019 0.007 0.050 0.079 0.289 0.555 124 I 0.027 0.016 0.143 0.156 0.370 0.287 125 H 0.027 0.017 0.172 0.168 0.384 0.232 126 Y 0.030 0.015 0.192 0.164 0.404 0.194 127 S 0.023 0.009 0.226 0.150 0.498 0.094 128 N 0.022 0.009 0.174 0.143 0.529 0.123 129 D 0.028 0.011 0.103 0.100 0.571 0.186 130 S 0.073 0.012 0.035 0.052 0.467 0.361 131 K 0.181 0.023 0.017 0.039 0.223 0.517 132 Y 0.338 0.052 0.013 0.037 0.177 0.384 133 T 0.235 0.045 0.009 0.047 0.207 0.457 134 P 0.172 0.035 0.009 0.078 0.180 0.526 135 S 0.126 0.016 0.006 0.048 0.220 0.585 136 P 0.048 0.003 0.032 0.680 0.139 0.098 137 A 0.075 0.004 0.048 0.689 0.156 0.029 138 A 0.110 0.007 0.064 0.616 0.173 0.030 139 F 0.114 0.009 0.069 0.669 0.112 0.027 140 I 0.104 0.003 0.072 0.698 0.098 0.025 141 R 0.088 0.002 0.026 0.775 0.075 0.035 142 Q 0.117 0.003 0.017 0.652 0.100 0.112 143 Y 0.123 0.009 0.010 0.281 0.202 0.374 144 R 0.118 0.008 0.007 0.045 0.229 0.592 145 Y 0.290 0.015 0.007 0.024 0.210 0.454 146 D 0.552 0.012 0.011 0.015 0.145 0.266 147 V 0.736 0.010 0.039 0.020 0.094 0.101 148 T 0.736 0.006 0.048 0.020 0.092 0.099 149 H 0.718 0.010 0.037 0.021 0.100 0.112 150 D 0.463 0.018 0.021 0.026 0.179 0.293 151 L 0.172 0.015 0.008 0.008 0.383 0.414 152 Q 0.090 0.014 0.027 0.013 0.578 0.278 153 E 0.098 0.026 0.022 0.007 0.482 0.364 154 A 0.165 0.045 0.023 0.006 0.438 0.323 155 E 0.138 0.003 0.006 0.002 0.186 0.666 156 T 0.728 0.010 0.004 0.002 0.067 0.189 157 A 0.941 0.003 0.001 0.001 0.015 0.039 158 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 159 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 160 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 161 W 0.946 0.001 0.001 0.001 0.014 0.038 162 R 0.835 0.016 0.001 0.001 0.044 0.104 163 N 0.317 0.025 0.002 0.001 0.570 0.086 164 A 0.015 0.002 0.016 0.005 0.947 0.015 165 E 0.011 0.001 0.018 0.003 0.956 0.010 166 D 0.047 0.003 0.022 0.007 0.901 0.020 167 D 0.460 0.010 0.005 0.010 0.213 0.302 168 V 0.872 0.035 0.001 0.004 0.028 0.061 169 M 0.918 0.003 0.002 0.003 0.026 0.048 170 Y 0.926 0.004 0.003 0.003 0.022 0.041 171 Q 0.853 0.007 0.005 0.006 0.049 0.080 172 T 0.670 0.011 0.006 0.013 0.078 0.222 173 L 0.320 0.013 0.005 0.040 0.105 0.517 174 D 0.104 0.014 0.003 0.074 0.129 0.675 175 G 0.003 0.001 0.008 0.947 0.023 0.019 176 F 0.001 0.001 0.006 0.977 0.011 0.004 177 D 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 178 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 179 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 180 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 181 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 182 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.006 183 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 184 M 0.001 0.001 0.005 0.984 0.008 0.003 185 G 0.001 0.001 0.017 0.916 0.043 0.023 186 S 0.001 0.001 0.011 0.780 0.119 0.090 187 S 0.001 0.001 0.012 0.440 0.272 0.275 188 A 0.001 0.005 0.019 0.439 0.343 0.193 189 L 0.003 0.008 0.030 0.417 0.341 0.201 190 S 0.004 0.003 0.041 0.429 0.327 0.195 191 F 0.004 0.004 0.033 0.560 0.200 0.199 192 D 0.006 0.002 0.019 0.743 0.114 0.116 193 T 0.005 0.002 0.012 0.861 0.061 0.059 194 L 0.004 0.002 0.009 0.913 0.029 0.043 195 A 0.004 0.001 0.005 0.949 0.016 0.026 196 Q 0.003 0.001 0.004 0.959 0.015 0.019 197 T 0.002 0.001 0.003 0.960 0.016 0.019 198 L 0.002 0.001 0.004 0.956 0.016 0.023 199 V 0.002 0.001 0.009 0.931 0.028 0.030 200 E 0.002 0.001 0.011 0.913 0.037 0.037 201 F 0.001 0.001 0.012 0.875 0.046 0.065 202 M 0.002 0.002 0.015 0.613 0.109 0.259 203 P 0.002 0.002 0.084 0.535 0.204 0.174 204 K 0.001 0.002 0.131 0.478 0.245 0.144 205 A 0.001 0.002 0.107 0.424 0.272 0.195 206 D 0.002 0.003 0.039 0.425 0.223 0.309 207 N 0.002 0.002 0.013 0.276 0.134 0.573 208 W 0.001 0.001 0.011 0.906 0.037 0.044 209 K 0.002 0.001 0.010 0.930 0.037 0.021 210 N 0.002 0.001 0.013 0.911 0.049 0.025 211 I 0.002 0.001 0.009 0.934 0.034 0.019 212 L 0.002 0.001 0.007 0.927 0.041 0.022 213 L 0.001 0.001 0.003 0.937 0.031 0.026 214 G 0.002 0.001 0.004 0.890 0.037 0.067 215 K 0.003 0.003 0.007 0.862 0.051 0.074 216 W 0.005 0.002 0.009 0.873 0.049 0.063 217 S 0.005 0.001 0.013 0.896 0.041 0.044 218 G 0.014 0.002 0.023 0.778 0.085 0.099 219 W 0.041 0.006 0.034 0.723 0.084 0.112 220 I 0.129 0.007 0.047 0.607 0.105 0.105 221 E 0.147 0.003 0.059 0.623 0.087 0.081 222 Q 0.224 0.008 0.068 0.553 0.067 0.081 223 R 0.302 0.004 0.036 0.412 0.095 0.151 224 I 0.425 0.009 0.020 0.274 0.090 0.182 225 I 0.385 0.030 0.010 0.241 0.094 0.241 226 I 0.240 0.037 0.013 0.123 0.348 0.238 227 P 0.080 0.005 0.014 0.072 0.547 0.282 228 S 0.045 0.007 0.018 0.037 0.648 0.244 229 L 0.092 0.041 0.041 0.080 0.557 0.189 230 S 0.189 0.037 0.057 0.107 0.319 0.291 231 A 0.180 0.027 0.170 0.142 0.298 0.183 232 I 0.138 0.028 0.132 0.133 0.335 0.235 233 S 0.092 0.033 0.098 0.146 0.455 0.175 234 E 0.054 0.018 0.083 0.168 0.469 0.209 235 N 0.047 0.037 0.038 0.098 0.488 0.292 236 M 0.042 0.084 0.029 0.038 0.655 0.153 237 E 0.035 0.016 0.025 0.044 0.704 0.176 238 G 0.032 0.018 0.038 0.042 0.749 0.120 239 N 0.034 0.024 0.016 0.028 0.695 0.203 240 S 0.072 0.053 0.020 0.028 0.519 0.308 241 P 0.105 0.038 0.050 0.060 0.382 0.365 242 S 0.106 0.046 0.131 0.086 0.365 0.267 243 Q 0.139 0.057 0.149 0.065 0.429 0.161 244 N 0.190 0.013 0.072 0.056 0.369 0.300 245 H 0.182 0.020 0.041 0.065 0.320 0.371 246 L 0.106 0.036 0.016 0.055 0.215 0.570 247 S 0.035 0.018 0.008 0.046 0.110 0.783 248 A 0.002 0.002 0.002 0.007 0.038 0.950