# TARGET T0443 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 Q 0.001 0.006 0.001 0.009 0.002 0.007 0.975 3 P 0.001 0.004 0.006 0.063 0.114 0.024 0.789 4 E 0.001 0.003 0.068 0.439 0.066 0.222 0.200 5 T 0.001 0.004 0.100 0.457 0.050 0.203 0.186 6 S 0.001 0.002 0.057 0.747 0.053 0.049 0.091 7 A 0.001 0.001 0.010 0.897 0.026 0.021 0.044 8 Q 0.002 0.001 0.004 0.944 0.011 0.017 0.022 9 Y 0.001 0.001 0.003 0.967 0.004 0.016 0.008 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.003 11 H 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 12 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 13 F 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.006 0.002 14 S 0.001 0.001 0.008 0.978 0.001 0.010 0.002 15 Q 0.001 0.001 0.011 0.945 0.002 0.041 0.001 16 A 0.001 0.001 0.015 0.917 0.003 0.062 0.003 17 I 0.002 0.003 0.013 0.846 0.034 0.083 0.019 18 R 0.007 0.006 0.021 0.579 0.087 0.204 0.096 19 G 0.013 0.008 0.018 0.121 0.255 0.151 0.433 20 G 0.015 0.008 0.029 0.057 0.228 0.185 0.479 21 E 0.028 0.028 0.032 0.035 0.231 0.140 0.506 22 A 0.018 0.032 0.038 0.036 0.228 0.056 0.592 23 A 0.012 0.019 0.043 0.024 0.110 0.089 0.703 24 D 0.005 0.005 0.062 0.035 0.197 0.504 0.192 25 G 0.005 0.006 0.043 0.035 0.217 0.460 0.234 26 L 0.007 0.018 0.024 0.094 0.162 0.040 0.655 27 P 0.008 0.012 0.027 0.388 0.091 0.047 0.427 28 Q 0.001 0.001 0.039 0.873 0.019 0.046 0.020 29 D 0.001 0.001 0.028 0.914 0.009 0.033 0.014 30 R 0.001 0.001 0.006 0.975 0.002 0.010 0.006 31 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.004 0.003 32 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 34 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 35 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 36 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 37 L 0.001 0.001 0.005 0.974 0.001 0.017 0.001 38 I 0.002 0.001 0.005 0.957 0.002 0.029 0.003 39 R 0.003 0.001 0.008 0.904 0.010 0.063 0.012 40 N 0.004 0.001 0.007 0.787 0.041 0.131 0.028 41 N 0.005 0.005 0.009 0.773 0.044 0.077 0.088 42 I 0.002 0.002 0.015 0.911 0.013 0.042 0.016 43 H 0.002 0.001 0.023 0.898 0.016 0.055 0.006 44 S 0.004 0.001 0.045 0.889 0.010 0.041 0.011 45 F 0.003 0.001 0.044 0.902 0.010 0.028 0.012 46 I 0.005 0.003 0.041 0.880 0.008 0.041 0.021 47 D 0.003 0.001 0.058 0.786 0.018 0.122 0.013 48 R 0.003 0.001 0.041 0.724 0.015 0.202 0.013 49 C 0.004 0.007 0.032 0.743 0.030 0.144 0.040 50 Y 0.005 0.004 0.009 0.718 0.118 0.027 0.119 51 T 0.006 0.002 0.035 0.774 0.037 0.063 0.083 52 E 0.004 0.006 0.061 0.771 0.019 0.113 0.027 53 T 0.007 0.005 0.104 0.713 0.022 0.107 0.043 54 R 0.002 0.001 0.436 0.435 0.015 0.095 0.016 55 Q 0.004 0.001 0.400 0.405 0.030 0.136 0.024 56 Y 0.005 0.013 0.407 0.283 0.032 0.212 0.048 57 F 0.011 0.051 0.031 0.106 0.414 0.162 0.225 58 D 0.006 0.004 0.006 0.034 0.103 0.068 0.780 59 S 0.002 0.002 0.035 0.708 0.077 0.052 0.123 60 K 0.001 0.001 0.033 0.869 0.025 0.037 0.033 61 E 0.001 0.001 0.021 0.913 0.014 0.030 0.020 62 W 0.001 0.001 0.005 0.967 0.007 0.010 0.010 63 S 0.001 0.001 0.001 0.978 0.005 0.009 0.006 64 R 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.012 0.004 65 L 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.010 0.006 66 K 0.001 0.001 0.001 0.981 0.003 0.009 0.004 67 E 0.002 0.001 0.001 0.983 0.002 0.009 0.002 68 G 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.013 0.003 69 F 0.002 0.001 0.002 0.974 0.003 0.013 0.005 70 V 0.005 0.001 0.006 0.958 0.006 0.017 0.006 71 R 0.006 0.001 0.016 0.883 0.012 0.072 0.010 72 D 0.008 0.002 0.015 0.654 0.053 0.237 0.030 73 A 0.016 0.009 0.014 0.191 0.264 0.282 0.224 74 R 0.012 0.017 0.020 0.037 0.166 0.376 0.372 75 A 0.025 0.035 0.019 0.027 0.142 0.142 0.610 76 Q 0.015 0.019 0.016 0.024 0.400 0.105 0.422 77 T 0.009 0.006 0.008 0.079 0.616 0.032 0.251 78 P 0.016 0.023 0.039 0.423 0.094 0.071 0.334 79 Y 0.034 0.039 0.083 0.433 0.052 0.115 0.244 80 F 0.029 0.010 0.128 0.586 0.033 0.095 0.119 81 Q 0.013 0.004 0.104 0.682 0.059 0.063 0.077 82 E 0.015 0.008 0.081 0.672 0.062 0.075 0.087 83 I 0.007 0.004 0.046 0.816 0.020 0.041 0.066 84 P 0.001 0.001 0.013 0.941 0.006 0.028 0.009 85 G 0.001 0.001 0.007 0.961 0.004 0.025 0.002 86 E 0.001 0.001 0.005 0.974 0.002 0.016 0.003 87 F 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.002 88 L 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.004 0.001 89 Q 0.001 0.001 0.008 0.979 0.002 0.010 0.001 90 Y 0.001 0.001 0.018 0.953 0.001 0.025 0.001 91 C 0.001 0.004 0.020 0.864 0.010 0.093 0.007 92 Q 0.001 0.001 0.027 0.689 0.023 0.237 0.021 93 S 0.002 0.002 0.032 0.357 0.187 0.251 0.169 94 P 0.002 0.002 0.078 0.299 0.138 0.339 0.142 95 P 0.002 0.012 0.113 0.150 0.087 0.289 0.346 96 L 0.003 0.012 0.033 0.120 0.122 0.033 0.678 97 S 0.004 0.005 0.011 0.171 0.061 0.037 0.712 98 D 0.001 0.001 0.045 0.790 0.025 0.096 0.041 99 G 0.001 0.002 0.025 0.833 0.024 0.091 0.024 100 I 0.001 0.001 0.013 0.957 0.011 0.013 0.006 101 L 0.001 0.001 0.009 0.974 0.004 0.007 0.006 102 A 0.001 0.001 0.009 0.966 0.003 0.017 0.004 103 L 0.001 0.001 0.009 0.971 0.002 0.014 0.004 104 M 0.001 0.001 0.003 0.971 0.004 0.018 0.004 105 D 0.001 0.001 0.001 0.943 0.004 0.044 0.006 106 F 0.001 0.001 0.001 0.964 0.008 0.012 0.015 107 E 0.003 0.001 0.001 0.976 0.004 0.006 0.010 108 Y 0.008 0.001 0.001 0.978 0.003 0.005 0.004 109 T 0.012 0.001 0.001 0.976 0.002 0.005 0.004 110 Q 0.015 0.001 0.002 0.972 0.002 0.006 0.002 111 L 0.030 0.001 0.003 0.953 0.002 0.009 0.003 112 L 0.023 0.001 0.006 0.948 0.003 0.016 0.004 113 A 0.038 0.001 0.014 0.903 0.006 0.031 0.007 114 E 0.041 0.002 0.022 0.851 0.013 0.056 0.016 115 V 0.051 0.003 0.038 0.712 0.041 0.109 0.046 116 A 0.065 0.005 0.050 0.508 0.092 0.137 0.143 117 Q 0.060 0.008 0.048 0.269 0.174 0.198 0.244 118 I 0.058 0.013 0.042 0.137 0.201 0.150 0.398 119 P 0.049 0.018 0.038 0.080 0.210 0.127 0.477 120 D 0.034 0.022 0.024 0.060 0.200 0.067 0.594 121 I 0.020 0.010 0.017 0.038 0.066 0.059 0.790 122 P 0.006 0.004 0.017 0.029 0.047 0.031 0.866 123 D 0.010 0.014 0.045 0.070 0.049 0.067 0.745 124 I 0.011 0.008 0.152 0.121 0.125 0.186 0.397 125 H 0.014 0.005 0.219 0.126 0.106 0.286 0.243 126 Y 0.017 0.026 0.251 0.138 0.128 0.147 0.294 127 S 0.022 0.021 0.176 0.193 0.172 0.140 0.275 128 N 0.039 0.011 0.127 0.181 0.129 0.311 0.202 129 D 0.049 0.014 0.091 0.136 0.179 0.319 0.212 130 S 0.073 0.014 0.034 0.108 0.304 0.093 0.375 131 K 0.130 0.022 0.049 0.073 0.158 0.106 0.462 132 Y 0.258 0.015 0.047 0.052 0.133 0.097 0.398 133 T 0.255 0.029 0.050 0.039 0.113 0.056 0.457 134 P 0.186 0.126 0.015 0.062 0.167 0.015 0.428 135 S 0.051 0.008 0.007 0.049 0.047 0.011 0.827 136 P 0.007 0.002 0.077 0.691 0.035 0.107 0.081 137 A 0.010 0.002 0.053 0.814 0.020 0.074 0.027 138 A 0.023 0.003 0.081 0.768 0.034 0.043 0.047 139 F 0.030 0.003 0.055 0.770 0.030 0.027 0.084 140 I 0.072 0.012 0.121 0.606 0.037 0.070 0.082 141 R 0.064 0.004 0.132 0.512 0.051 0.185 0.052 142 Q 0.044 0.005 0.055 0.523 0.040 0.286 0.048 143 Y 0.052 0.019 0.020 0.232 0.233 0.134 0.309 144 R 0.045 0.007 0.007 0.037 0.112 0.123 0.670 145 Y 0.036 0.005 0.002 0.034 0.119 0.011 0.792 146 D 0.279 0.036 0.004 0.045 0.032 0.013 0.591 147 V 0.406 0.039 0.027 0.055 0.019 0.038 0.415 148 T 0.535 0.028 0.053 0.056 0.064 0.063 0.200 149 H 0.389 0.018 0.100 0.059 0.117 0.083 0.234 150 D 0.230 0.015 0.047 0.042 0.196 0.096 0.375 151 L 0.081 0.033 0.046 0.014 0.136 0.084 0.605 152 Q 0.035 0.010 0.067 0.012 0.191 0.371 0.313 153 E 0.014 0.010 0.045 0.007 0.457 0.321 0.146 154 A 0.025 0.009 0.006 0.003 0.694 0.025 0.238 155 E 0.057 0.005 0.001 0.001 0.118 0.033 0.785 156 T 0.618 0.007 0.002 0.001 0.147 0.011 0.215 157 A 0.958 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 158 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 159 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 160 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 161 W 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 162 R 0.779 0.005 0.001 0.001 0.033 0.003 0.180 163 N 0.239 0.009 0.004 0.001 0.113 0.043 0.590 164 A 0.047 0.006 0.064 0.008 0.221 0.562 0.092 165 E 0.012 0.001 0.077 0.006 0.142 0.733 0.029 166 D 0.063 0.004 0.088 0.013 0.353 0.320 0.158 167 D 0.407 0.030 0.018 0.013 0.105 0.063 0.363 168 V 0.802 0.026 0.005 0.007 0.019 0.014 0.127 169 M 0.827 0.008 0.010 0.011 0.017 0.010 0.117 170 Y 0.761 0.010 0.034 0.012 0.035 0.022 0.125 171 Q 0.767 0.004 0.028 0.014 0.048 0.025 0.112 172 T 0.559 0.012 0.027 0.014 0.058 0.031 0.299 173 L 0.153 0.019 0.003 0.010 0.137 0.005 0.673 174 D 0.047 0.003 0.001 0.008 0.048 0.002 0.891 175 G 0.002 0.001 0.031 0.909 0.013 0.036 0.009 176 F 0.001 0.001 0.027 0.933 0.004 0.029 0.005 177 D 0.001 0.001 0.014 0.970 0.004 0.007 0.004 178 M 0.002 0.001 0.002 0.989 0.002 0.002 0.003 179 M 0.004 0.001 0.003 0.982 0.002 0.006 0.004 180 L 0.002 0.001 0.003 0.982 0.001 0.009 0.002 181 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.003 0.012 0.002 182 E 0.001 0.001 0.007 0.949 0.005 0.035 0.003 183 I 0.001 0.001 0.009 0.911 0.007 0.063 0.008 184 M 0.001 0.001 0.017 0.841 0.037 0.072 0.031 185 G 0.002 0.002 0.037 0.752 0.035 0.131 0.041 186 S 0.002 0.004 0.052 0.599 0.073 0.191 0.079 187 S 0.002 0.004 0.043 0.415 0.126 0.225 0.184 188 A 0.002 0.005 0.044 0.298 0.101 0.337 0.213 189 L 0.005 0.010 0.065 0.275 0.168 0.201 0.276 190 S 0.006 0.009 0.060 0.346 0.127 0.119 0.333 191 F 0.005 0.003 0.030 0.576 0.076 0.096 0.215 192 D 0.004 0.002 0.018 0.805 0.044 0.049 0.079 193 T 0.004 0.002 0.011 0.885 0.025 0.023 0.051 194 L 0.001 0.001 0.004 0.944 0.010 0.017 0.024 195 A 0.001 0.001 0.001 0.968 0.007 0.012 0.010 196 Q 0.002 0.001 0.001 0.975 0.004 0.012 0.006 197 T 0.002 0.001 0.001 0.973 0.004 0.012 0.007 198 L 0.002 0.001 0.002 0.968 0.006 0.012 0.009 199 V 0.002 0.001 0.005 0.958 0.007 0.022 0.006 200 E 0.002 0.001 0.013 0.863 0.009 0.102 0.010 201 F 0.001 0.001 0.021 0.694 0.029 0.216 0.037 202 M 0.002 0.004 0.040 0.522 0.094 0.196 0.141 203 P 0.001 0.002 0.155 0.341 0.134 0.214 0.151 204 K 0.001 0.001 0.230 0.331 0.091 0.214 0.131 205 A 0.001 0.003 0.178 0.319 0.086 0.189 0.223 206 D 0.001 0.005 0.080 0.362 0.107 0.240 0.205 207 N 0.004 0.005 0.035 0.486 0.076 0.190 0.204 208 W 0.002 0.003 0.019 0.767 0.054 0.037 0.118 209 K 0.003 0.001 0.005 0.919 0.018 0.010 0.044 210 N 0.003 0.001 0.003 0.956 0.009 0.010 0.018 211 I 0.002 0.001 0.002 0.971 0.005 0.011 0.008 212 L 0.001 0.001 0.002 0.963 0.004 0.022 0.007 213 L 0.001 0.001 0.002 0.938 0.006 0.047 0.005 214 G 0.002 0.001 0.003 0.901 0.014 0.061 0.019 215 K 0.002 0.002 0.006 0.871 0.022 0.043 0.054 216 W 0.006 0.004 0.011 0.833 0.021 0.066 0.060 217 S 0.005 0.002 0.021 0.790 0.028 0.113 0.041 218 G 0.008 0.001 0.017 0.784 0.030 0.129 0.031 219 W 0.026 0.006 0.031 0.660 0.055 0.114 0.108 220 I 0.108 0.012 0.028 0.570 0.072 0.064 0.146 221 E 0.184 0.004 0.030 0.572 0.051 0.074 0.084 222 Q 0.293 0.006 0.029 0.496 0.030 0.073 0.073 223 R 0.383 0.005 0.023 0.378 0.035 0.087 0.090 224 I 0.519 0.008 0.013 0.202 0.065 0.038 0.155 225 I 0.488 0.019 0.018 0.170 0.050 0.021 0.234 226 I 0.289 0.017 0.015 0.089 0.090 0.034 0.466 227 P 0.081 0.007 0.032 0.075 0.188 0.322 0.295 228 S 0.040 0.013 0.021 0.022 0.255 0.344 0.304 229 L 0.053 0.028 0.049 0.089 0.235 0.095 0.451 230 S 0.082 0.021 0.044 0.078 0.142 0.078 0.555 231 A 0.087 0.017 0.149 0.108 0.140 0.152 0.347 232 I 0.059 0.028 0.165 0.146 0.123 0.161 0.319 233 S 0.039 0.039 0.150 0.129 0.145 0.160 0.337 234 E 0.018 0.007 0.098 0.091 0.147 0.526 0.114 235 N 0.014 0.013 0.078 0.052 0.155 0.553 0.135 236 M 0.019 0.044 0.043 0.021 0.218 0.097 0.558 237 E 0.023 0.048 0.056 0.021 0.189 0.362 0.300 238 G 0.018 0.015 0.028 0.010 0.281 0.407 0.240 239 N 0.008 0.028 0.012 0.004 0.515 0.077 0.357 240 S 0.016 0.069 0.007 0.010 0.220 0.021 0.657 241 P 0.013 0.039 0.099 0.173 0.121 0.175 0.380 242 S 0.015 0.015 0.136 0.176 0.148 0.186 0.324 243 Q 0.012 0.011 0.271 0.305 0.141 0.175 0.086 244 N 0.016 0.010 0.192 0.424 0.070 0.110 0.178 245 H 0.034 0.062 0.208 0.316 0.044 0.138 0.197 246 L 0.082 0.024 0.092 0.230 0.136 0.211 0.225 247 S 0.086 0.041 0.054 0.231 0.074 0.224 0.291 248 A 0.018 0.014 0.060 0.416 0.105 0.071 0.317