# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.1723 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.002 0.009 0.012 0.021 0.157 0.013 0.784 2 Q 0.182 0.129 0.010 0.014 0.013 0.082 0.191 0.378 3 P 0.236 0.327 0.004 0.003 0.004 0.057 0.075 0.294 4 E 0.045 0.414 0.007 0.005 0.006 0.060 0.071 0.392 5 T 0.026 0.754 0.003 0.002 0.005 0.021 0.085 0.104 6 S 0.014 0.898 0.002 0.001 0.001 0.008 0.043 0.033 7 A 0.008 0.933 0.001 0.002 0.002 0.005 0.024 0.025 8 Q 0.004 0.951 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 0.018 9 Y 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 10 Q 0.010 0.877 0.005 0.001 0.001 0.003 0.092 0.011 11 H 0.013 0.865 0.006 0.002 0.001 0.005 0.088 0.020 12 R 0.013 0.903 0.010 0.001 0.002 0.006 0.035 0.029 13 F 0.024 0.906 0.010 0.001 0.002 0.005 0.026 0.026 14 S 0.093 0.695 0.015 0.002 0.004 0.023 0.058 0.111 15 Q 0.084 0.490 0.021 0.004 0.006 0.050 0.050 0.296 16 A 0.134 0.347 0.027 0.006 0.009 0.052 0.066 0.359 17 I 0.091 0.138 0.032 0.008 0.011 0.111 0.073 0.536 18 R 0.064 0.083 0.013 0.003 0.006 0.099 0.022 0.710 19 G 0.185 0.310 0.006 0.003 0.004 0.038 0.048 0.406 20 G 0.101 0.105 0.018 0.003 0.004 0.104 0.048 0.615 21 E 0.088 0.026 0.035 0.006 0.006 0.087 0.050 0.701 22 A 0.590 0.012 0.006 0.001 0.002 0.036 0.027 0.325 23 A 0.224 0.004 0.004 0.001 0.002 0.061 0.026 0.679 24 D 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.094 0.003 0.895 25 G 0.009 0.017 0.007 0.004 0.007 0.124 0.020 0.813 26 L 0.015 0.077 0.011 0.013 0.009 0.144 0.050 0.681 27 P 0.258 0.560 0.002 0.002 0.001 0.015 0.102 0.060 28 Q 0.088 0.641 0.004 0.002 0.003 0.028 0.141 0.094 29 D 0.008 0.805 0.008 0.002 0.004 0.023 0.065 0.085 30 R 0.002 0.958 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.016 31 L 0.001 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.006 32 N 0.002 0.958 0.002 0.003 0.004 0.001 0.020 0.010 33 V 0.001 0.981 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.006 34 Y 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 35 I 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 36 R 0.009 0.691 0.013 0.004 0.005 0.006 0.240 0.032 37 L 0.015 0.631 0.033 0.006 0.006 0.013 0.250 0.047 38 I 0.030 0.779 0.028 0.004 0.004 0.011 0.085 0.058 39 R 0.041 0.693 0.015 0.003 0.005 0.018 0.060 0.165 40 N 0.021 0.354 0.032 0.007 0.009 0.060 0.191 0.326 41 N 0.016 0.732 0.021 0.006 0.008 0.027 0.088 0.101 42 I 0.020 0.840 0.009 0.003 0.005 0.017 0.025 0.081 43 H 0.034 0.677 0.026 0.006 0.010 0.024 0.079 0.143 44 S 0.043 0.431 0.065 0.013 0.022 0.052 0.179 0.195 45 F 0.111 0.208 0.163 0.021 0.025 0.065 0.204 0.203 46 I 0.341 0.073 0.066 0.010 0.013 0.067 0.136 0.294 47 D 0.155 0.037 0.028 0.009 0.013 0.099 0.080 0.579 48 R 0.025 0.025 0.020 0.006 0.013 0.142 0.042 0.726 49 C 0.032 0.039 0.045 0.028 0.031 0.169 0.125 0.531 50 Y 0.047 0.103 0.059 0.053 0.056 0.128 0.102 0.452 51 T 0.074 0.139 0.041 0.028 0.046 0.102 0.066 0.503 52 E 0.100 0.182 0.061 0.032 0.041 0.094 0.107 0.382 53 T 0.244 0.218 0.028 0.010 0.023 0.076 0.109 0.291 54 R 0.190 0.064 0.040 0.013 0.025 0.103 0.132 0.432 55 Q 0.081 0.038 0.043 0.027 0.045 0.112 0.068 0.586 56 Y 0.029 0.042 0.018 0.013 0.018 0.124 0.062 0.694 57 F 0.018 0.125 0.016 0.009 0.011 0.140 0.050 0.632 58 D 0.060 0.787 0.001 0.001 0.002 0.014 0.048 0.087 59 S 0.094 0.689 0.002 0.001 0.001 0.013 0.138 0.063 60 K 0.018 0.699 0.005 0.002 0.002 0.018 0.181 0.076 61 E 0.008 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.024 62 W 0.010 0.947 0.002 0.001 0.001 0.002 0.024 0.014 63 S 0.007 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.022 64 R 0.003 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.020 65 L 0.005 0.933 0.005 0.001 0.001 0.003 0.039 0.013 66 K 0.016 0.932 0.003 0.001 0.001 0.003 0.027 0.017 67 E 0.014 0.880 0.003 0.001 0.002 0.006 0.033 0.061 68 G 0.013 0.724 0.026 0.004 0.006 0.020 0.112 0.094 69 F 0.055 0.509 0.071 0.013 0.014 0.035 0.179 0.125 70 V 0.200 0.302 0.048 0.013 0.015 0.047 0.094 0.282 71 R 0.103 0.178 0.029 0.009 0.015 0.062 0.035 0.568 72 D 0.092 0.098 0.029 0.006 0.012 0.099 0.070 0.594 73 A 0.188 0.045 0.041 0.011 0.018 0.114 0.095 0.490 74 R 0.088 0.024 0.025 0.017 0.021 0.107 0.067 0.651 75 A 0.020 0.040 0.026 0.013 0.022 0.143 0.029 0.707 76 Q 0.021 0.151 0.026 0.014 0.031 0.103 0.039 0.614 77 T 0.154 0.297 0.020 0.019 0.024 0.063 0.197 0.227 78 P 0.122 0.235 0.032 0.030 0.037 0.085 0.172 0.287 79 Y 0.116 0.175 0.038 0.026 0.049 0.079 0.171 0.347 80 F 0.190 0.083 0.044 0.013 0.025 0.090 0.172 0.384 81 Q 0.041 0.026 0.060 0.027 0.045 0.140 0.071 0.591 82 E 0.028 0.055 0.018 0.018 0.027 0.106 0.022 0.728 83 I 0.119 0.401 0.012 0.010 0.010 0.076 0.085 0.288 84 P 0.036 0.661 0.003 0.003 0.005 0.041 0.038 0.212 85 G 0.051 0.606 0.007 0.009 0.019 0.045 0.073 0.190 86 E 0.030 0.529 0.032 0.035 0.049 0.040 0.182 0.103 87 F 0.024 0.689 0.027 0.021 0.054 0.021 0.051 0.112 88 L 0.084 0.440 0.054 0.056 0.087 0.026 0.119 0.133 89 Q 0.102 0.087 0.125 0.104 0.127 0.050 0.207 0.200 90 Y 0.119 0.048 0.055 0.066 0.090 0.072 0.147 0.403 91 C 0.144 0.030 0.056 0.063 0.060 0.124 0.077 0.446 92 Q 0.034 0.010 0.016 0.014 0.031 0.110 0.017 0.769 93 S 0.167 0.013 0.006 0.007 0.010 0.068 0.037 0.692 94 P 0.054 0.010 0.012 0.012 0.015 0.146 0.035 0.717 95 P 0.005 0.012 0.007 0.004 0.007 0.143 0.013 0.809 96 L 0.070 0.368 0.007 0.004 0.005 0.064 0.072 0.410 97 S 0.091 0.808 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.062 98 D 0.031 0.816 0.003 0.002 0.003 0.021 0.023 0.102 99 G 0.012 0.899 0.002 0.001 0.003 0.010 0.038 0.034 100 I 0.009 0.902 0.004 0.002 0.004 0.006 0.050 0.025 101 L 0.010 0.843 0.007 0.003 0.005 0.006 0.096 0.029 102 A 0.013 0.871 0.006 0.004 0.006 0.007 0.060 0.034 103 L 0.003 0.951 0.003 0.002 0.002 0.003 0.015 0.022 104 M 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 105 D 0.005 0.497 0.003 0.001 0.002 0.003 0.476 0.013 106 F 0.003 0.431 0.005 0.001 0.001 0.002 0.550 0.007 107 E 0.003 0.954 0.002 0.002 0.002 0.002 0.028 0.007 108 Y 0.003 0.939 0.006 0.001 0.002 0.002 0.032 0.015 109 T 0.007 0.924 0.004 0.004 0.008 0.004 0.027 0.021 110 Q 0.012 0.783 0.018 0.014 0.025 0.016 0.050 0.082 111 L 0.008 0.881 0.011 0.014 0.024 0.007 0.018 0.038 112 L 0.034 0.619 0.023 0.027 0.041 0.023 0.075 0.158 113 A 0.070 0.239 0.087 0.077 0.076 0.047 0.153 0.251 114 E 0.141 0.142 0.063 0.070 0.102 0.055 0.114 0.313 115 V 0.246 0.045 0.027 0.032 0.032 0.069 0.075 0.473 116 A 0.030 0.013 0.036 0.022 0.038 0.128 0.028 0.705 117 Q 0.046 0.020 0.012 0.008 0.018 0.070 0.024 0.802 118 I 0.267 0.023 0.009 0.012 0.010 0.081 0.078 0.520 119 P 0.014 0.011 0.011 0.007 0.011 0.129 0.019 0.798 120 D 0.065 0.039 0.011 0.007 0.013 0.077 0.032 0.757 121 I 0.235 0.054 0.014 0.011 0.011 0.101 0.106 0.468 122 P 0.051 0.040 0.012 0.009 0.011 0.127 0.032 0.718 123 D 0.188 0.079 0.011 0.010 0.017 0.080 0.153 0.461 124 I 0.078 0.033 0.040 0.013 0.018 0.160 0.159 0.500 125 H 0.095 0.035 0.042 0.035 0.042 0.133 0.075 0.543 126 Y 0.194 0.013 0.026 0.018 0.029 0.087 0.080 0.552 127 S 0.168 0.009 0.030 0.018 0.022 0.115 0.056 0.582 128 N 0.103 0.007 0.012 0.012 0.021 0.122 0.038 0.686 129 D 0.054 0.004 0.015 0.008 0.014 0.108 0.036 0.760 130 S 0.046 0.004 0.043 0.035 0.045 0.154 0.049 0.623 131 K 0.030 0.003 0.047 0.026 0.043 0.124 0.030 0.699 132 Y 0.016 0.004 0.067 0.046 0.047 0.139 0.033 0.647 133 T 0.021 0.052 0.060 0.032 0.052 0.152 0.074 0.557 134 P 0.015 0.144 0.030 0.019 0.030 0.112 0.044 0.606 135 S 0.062 0.635 0.015 0.014 0.013 0.037 0.125 0.100 136 P 0.027 0.727 0.016 0.010 0.024 0.032 0.066 0.097 137 A 0.024 0.511 0.035 0.031 0.074 0.034 0.116 0.174 138 A 0.036 0.423 0.064 0.058 0.113 0.035 0.146 0.125 139 F 0.078 0.160 0.097 0.117 0.139 0.049 0.160 0.199 140 I 0.150 0.074 0.077 0.096 0.114 0.055 0.117 0.319 141 R 0.130 0.020 0.072 0.107 0.161 0.086 0.058 0.364 142 Q 0.037 0.005 0.023 0.027 0.044 0.093 0.041 0.730 143 Y 0.038 0.008 0.033 0.060 0.065 0.144 0.035 0.617 144 R 0.025 0.009 0.027 0.026 0.047 0.103 0.054 0.710 145 Y 0.017 0.014 0.032 0.056 0.057 0.123 0.041 0.659 146 D 0.077 0.070 0.061 0.038 0.056 0.102 0.112 0.484 147 V 0.082 0.073 0.057 0.039 0.048 0.100 0.080 0.520 148 T 0.120 0.108 0.063 0.028 0.056 0.085 0.079 0.461 149 H 0.068 0.056 0.041 0.033 0.050 0.111 0.062 0.579 150 D 0.071 0.055 0.035 0.025 0.040 0.097 0.076 0.600 151 L 0.250 0.032 0.010 0.013 0.017 0.086 0.121 0.471 152 Q 0.063 0.007 0.014 0.015 0.021 0.138 0.085 0.658 153 E 0.040 0.010 0.010 0.007 0.014 0.125 0.057 0.738 154 A 0.088 0.029 0.022 0.015 0.019 0.183 0.075 0.569 155 E 0.010 0.019 0.082 0.027 0.062 0.182 0.042 0.576 156 T 0.003 0.010 0.185 0.065 0.219 0.096 0.096 0.325 157 A 0.001 0.006 0.413 0.105 0.284 0.024 0.082 0.085 158 L 0.002 0.005 0.371 0.176 0.307 0.015 0.064 0.059 159 L 0.004 0.002 0.266 0.296 0.329 0.009 0.058 0.037 160 I 0.004 0.002 0.232 0.264 0.310 0.021 0.068 0.098 161 W 0.006 0.002 0.140 0.270 0.317 0.067 0.049 0.149 162 R 0.005 0.003 0.098 0.164 0.234 0.092 0.031 0.373 163 N 0.389 0.040 0.013 0.037 0.033 0.054 0.250 0.185 164 A 0.179 0.122 0.010 0.019 0.023 0.100 0.101 0.445 165 E 0.040 0.096 0.006 0.012 0.025 0.096 0.043 0.683 166 D 0.038 0.211 0.013 0.064 0.115 0.097 0.080 0.381 167 D 0.018 0.083 0.020 0.120 0.326 0.062 0.144 0.227 168 V 0.018 0.037 0.036 0.242 0.220 0.042 0.201 0.204 169 M 0.025 0.045 0.057 0.247 0.381 0.034 0.081 0.130 170 Y 0.067 0.023 0.059 0.156 0.223 0.055 0.105 0.312 171 Q 0.032 0.012 0.079 0.228 0.306 0.050 0.045 0.247 172 T 0.015 0.019 0.031 0.121 0.198 0.094 0.056 0.466 173 L 0.018 0.031 0.025 0.043 0.046 0.134 0.055 0.648 174 D 0.108 0.513 0.009 0.014 0.014 0.039 0.167 0.135 175 G 0.022 0.655 0.005 0.005 0.013 0.037 0.055 0.209 176 F 0.005 0.793 0.009 0.010 0.017 0.016 0.052 0.098 177 D 0.004 0.931 0.004 0.005 0.011 0.004 0.021 0.021 178 M 0.007 0.818 0.020 0.011 0.018 0.007 0.075 0.042 179 M 0.006 0.886 0.014 0.012 0.015 0.004 0.042 0.020 180 L 0.012 0.911 0.009 0.006 0.010 0.004 0.023 0.025 181 L 0.049 0.547 0.056 0.014 0.015 0.014 0.247 0.059 182 E 0.126 0.277 0.043 0.020 0.017 0.043 0.328 0.145 183 I 0.091 0.092 0.070 0.011 0.012 0.069 0.352 0.302 184 M 0.112 0.106 0.049 0.008 0.009 0.122 0.108 0.486 185 G 0.141 0.131 0.010 0.003 0.006 0.078 0.032 0.598 186 S 0.067 0.066 0.008 0.003 0.004 0.094 0.086 0.672 187 S 0.068 0.213 0.011 0.004 0.006 0.102 0.152 0.444 188 A 0.097 0.244 0.016 0.003 0.006 0.082 0.192 0.360 189 L 0.033 0.185 0.034 0.005 0.006 0.074 0.361 0.303 190 S 0.021 0.731 0.009 0.002 0.004 0.031 0.057 0.145 191 F 0.008 0.939 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 0.030 192 D 0.020 0.846 0.003 0.001 0.001 0.008 0.094 0.026 193 T 0.008 0.176 0.006 0.001 0.001 0.008 0.783 0.017 194 L 0.011 0.841 0.011 0.001 0.002 0.008 0.104 0.023 195 A 0.021 0.904 0.008 0.001 0.002 0.006 0.033 0.025 196 Q 0.028 0.788 0.011 0.002 0.003 0.013 0.072 0.083 197 T 0.041 0.670 0.024 0.006 0.009 0.031 0.105 0.114 198 L 0.113 0.389 0.066 0.009 0.012 0.041 0.244 0.125 199 V 0.268 0.163 0.029 0.008 0.010 0.078 0.123 0.321 200 E 0.038 0.067 0.019 0.005 0.009 0.095 0.045 0.723 201 F 0.022 0.140 0.019 0.006 0.011 0.095 0.025 0.681 202 M 0.169 0.197 0.020 0.006 0.008 0.088 0.105 0.407 203 P 0.166 0.110 0.016 0.003 0.004 0.089 0.128 0.484 204 K 0.152 0.203 0.010 0.003 0.004 0.066 0.061 0.502 205 A 0.112 0.299 0.008 0.002 0.003 0.067 0.059 0.449 206 D 0.032 0.252 0.013 0.003 0.004 0.117 0.096 0.482 207 N 0.028 0.762 0.004 0.002 0.003 0.024 0.059 0.119 208 W 0.024 0.870 0.004 0.002 0.003 0.011 0.029 0.057 209 K 0.018 0.856 0.009 0.004 0.006 0.013 0.038 0.056 210 N 0.057 0.561 0.034 0.009 0.017 0.029 0.182 0.111 211 I 0.063 0.573 0.056 0.013 0.019 0.031 0.103 0.142 212 L 0.087 0.586 0.022 0.014 0.020 0.038 0.066 0.167 213 L 0.051 0.243 0.030 0.009 0.013 0.059 0.255 0.339 214 G 0.049 0.241 0.031 0.012 0.019 0.069 0.316 0.263 215 K 0.066 0.406 0.028 0.031 0.025 0.074 0.102 0.267 216 W 0.086 0.481 0.019 0.013 0.021 0.044 0.056 0.279 217 S 0.076 0.359 0.014 0.013 0.030 0.064 0.080 0.364 218 G 0.045 0.201 0.034 0.037 0.079 0.092 0.111 0.401 219 W 0.048 0.082 0.053 0.044 0.080 0.092 0.233 0.369 220 I 0.095 0.046 0.062 0.104 0.110 0.103 0.132 0.348 221 E 0.043 0.016 0.062 0.042 0.106 0.092 0.094 0.543 222 Q 0.015 0.009 0.115 0.094 0.189 0.094 0.076 0.409 223 R 0.009 0.006 0.203 0.102 0.176 0.093 0.053 0.358 224 I 0.004 0.004 0.244 0.218 0.168 0.069 0.032 0.261 225 I 0.008 0.008 0.382 0.081 0.101 0.062 0.052 0.307 226 I 0.107 0.022 0.179 0.052 0.071 0.082 0.180 0.306 227 P 0.027 0.033 0.153 0.036 0.052 0.115 0.060 0.525 228 S 0.077 0.148 0.055 0.020 0.033 0.099 0.065 0.503 229 L 0.106 0.119 0.063 0.020 0.028 0.101 0.195 0.369 230 S 0.112 0.173 0.033 0.023 0.028 0.122 0.142 0.368 231 A 0.095 0.052 0.053 0.031 0.051 0.129 0.157 0.433 232 I 0.132 0.047 0.041 0.025 0.040 0.106 0.086 0.524 233 S 0.325 0.051 0.014 0.014 0.020 0.078 0.074 0.425 234 E 0.037 0.018 0.031 0.013 0.022 0.107 0.032 0.739 235 N 0.096 0.013 0.043 0.020 0.032 0.132 0.052 0.611 236 M 0.269 0.008 0.037 0.026 0.026 0.110 0.059 0.466 237 E 0.048 0.005 0.032 0.013 0.021 0.131 0.030 0.721 238 G 0.013 0.005 0.019 0.012 0.027 0.157 0.023 0.744 239 N 0.030 0.026 0.048 0.029 0.035 0.158 0.046 0.628 240 S 0.197 0.078 0.034 0.027 0.029 0.123 0.156 0.355 241 P 0.080 0.062 0.050 0.026 0.039 0.130 0.089 0.524 242 S 0.171 0.089 0.036 0.023 0.048 0.130 0.074 0.429 243 Q 0.159 0.031 0.050 0.029 0.053 0.125 0.136 0.417 244 N 0.056 0.027 0.051 0.065 0.115 0.135 0.068 0.483 245 H 0.045 0.016 0.046 0.062 0.118 0.132 0.053 0.528 246 L 0.033 0.012 0.067 0.096 0.101 0.134 0.040 0.517 247 S 0.117 0.022 0.047 0.054 0.091 0.119 0.115 0.436 248 A 0.054 0.012 0.036 0.035 0.059 0.128 0.063 0.612