# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.1723 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.020 0.024 0.013 0.020 0.048 0.009 0.797 2 Q 0.058 0.013 0.025 0.024 0.036 0.099 0.005 0.740 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 4 E 0.021 0.009 0.018 0.009 0.022 0.182 0.003 0.736 5 T 0.180 0.027 0.014 0.004 0.007 0.227 0.011 0.530 6 S 0.164 0.229 0.025 0.005 0.019 0.094 0.007 0.457 7 A 0.041 0.241 0.014 0.004 0.010 0.151 0.004 0.535 8 Q 0.038 0.306 0.005 0.002 0.005 0.268 0.005 0.370 9 Y 0.039 0.816 0.002 0.001 0.002 0.022 0.003 0.114 10 Q 0.013 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.028 11 H 0.005 0.953 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 12 R 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.035 13 F 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 14 S 0.005 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 15 Q 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 16 A 0.031 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 17 I 0.052 0.918 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 18 R 0.077 0.798 0.037 0.004 0.003 0.009 0.024 0.048 19 G 0.097 0.541 0.051 0.006 0.007 0.024 0.053 0.221 20 G 0.179 0.215 0.065 0.007 0.008 0.026 0.043 0.458 21 E 0.089 0.110 0.104 0.016 0.010 0.159 0.021 0.492 22 A 0.064 0.064 0.122 0.012 0.012 0.146 0.011 0.570 23 A 0.122 0.113 0.041 0.014 0.031 0.086 0.013 0.580 24 D 0.066 0.031 0.016 0.005 0.006 0.095 0.015 0.765 25 G 0.275 0.025 0.026 0.005 0.008 0.080 0.045 0.536 26 L 0.304 0.048 0.056 0.020 0.017 0.196 0.011 0.347 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.992 28 Q 0.011 0.022 0.012 0.008 0.034 0.129 0.002 0.783 29 D 0.122 0.125 0.019 0.009 0.020 0.135 0.006 0.566 30 R 0.171 0.354 0.012 0.011 0.018 0.080 0.009 0.344 31 L 0.084 0.681 0.014 0.011 0.021 0.034 0.006 0.149 32 N 0.034 0.734 0.009 0.011 0.019 0.045 0.005 0.144 33 V 0.030 0.763 0.009 0.006 0.011 0.030 0.006 0.146 34 Y 0.014 0.886 0.010 0.005 0.010 0.009 0.003 0.062 35 I 0.006 0.922 0.007 0.006 0.009 0.008 0.002 0.039 36 R 0.003 0.960 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.025 37 L 0.009 0.967 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 38 I 0.010 0.970 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.009 39 R 0.018 0.913 0.024 0.005 0.008 0.004 0.005 0.023 40 N 0.033 0.846 0.010 0.002 0.005 0.010 0.013 0.080 41 N 0.165 0.583 0.029 0.003 0.007 0.027 0.032 0.153 42 I 0.080 0.563 0.115 0.007 0.008 0.061 0.014 0.152 43 H 0.029 0.541 0.071 0.007 0.008 0.109 0.007 0.229 44 S 0.047 0.633 0.013 0.005 0.009 0.053 0.008 0.233 45 F 0.070 0.737 0.029 0.004 0.007 0.019 0.005 0.128 46 I 0.028 0.834 0.047 0.008 0.010 0.016 0.004 0.053 47 D 0.031 0.781 0.035 0.010 0.015 0.017 0.011 0.099 48 R 0.112 0.586 0.030 0.007 0.014 0.031 0.044 0.176 49 C 0.327 0.275 0.101 0.012 0.013 0.042 0.074 0.156 50 Y 0.099 0.197 0.223 0.032 0.021 0.125 0.025 0.281 51 T 0.023 0.084 0.074 0.023 0.029 0.075 0.007 0.685 52 E 0.043 0.126 0.101 0.042 0.129 0.068 0.007 0.484 53 T 0.050 0.270 0.066 0.042 0.077 0.141 0.008 0.347 54 R 0.061 0.366 0.070 0.046 0.083 0.060 0.009 0.306 55 Q 0.085 0.335 0.030 0.034 0.045 0.078 0.021 0.372 56 Y 0.381 0.187 0.024 0.021 0.037 0.043 0.057 0.249 57 F 0.294 0.283 0.042 0.022 0.030 0.053 0.040 0.236 58 D 0.080 0.173 0.025 0.014 0.024 0.150 0.020 0.515 59 S 0.028 0.058 0.018 0.003 0.017 0.035 0.006 0.835 60 K 0.012 0.048 0.004 0.001 0.003 0.242 0.004 0.686 61 E 0.050 0.038 0.003 0.001 0.001 0.765 0.008 0.134 62 W 0.051 0.792 0.004 0.001 0.002 0.042 0.002 0.106 63 S 0.010 0.932 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.050 64 R 0.013 0.916 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.059 65 L 0.017 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.017 66 K 0.014 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 67 E 0.008 0.957 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.022 68 G 0.019 0.939 0.003 0.001 0.001 0.003 0.007 0.027 69 F 0.050 0.895 0.007 0.002 0.002 0.004 0.011 0.028 70 V 0.019 0.872 0.048 0.008 0.006 0.006 0.005 0.035 71 R 0.025 0.755 0.065 0.023 0.022 0.013 0.010 0.088 72 D 0.054 0.659 0.033 0.013 0.026 0.015 0.023 0.176 73 A 0.123 0.490 0.075 0.028 0.038 0.026 0.031 0.189 74 R 0.078 0.165 0.088 0.030 0.022 0.106 0.027 0.484 75 A 0.131 0.116 0.096 0.040 0.060 0.111 0.034 0.412 76 Q 0.202 0.095 0.052 0.023 0.045 0.145 0.048 0.391 77 T 0.260 0.045 0.047 0.031 0.034 0.113 0.017 0.453 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 79 Y 0.031 0.017 0.046 0.055 0.111 0.234 0.005 0.500 80 F 0.246 0.077 0.067 0.037 0.071 0.066 0.009 0.426 81 Q 0.102 0.167 0.070 0.095 0.126 0.072 0.009 0.358 82 E 0.152 0.108 0.062 0.031 0.056 0.056 0.018 0.517 83 I 0.152 0.158 0.045 0.036 0.063 0.092 0.013 0.442 84 P 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.987 85 G 0.012 0.016 0.009 0.004 0.013 0.057 0.005 0.883 86 E 0.343 0.073 0.021 0.008 0.014 0.077 0.012 0.451 87 F 0.129 0.299 0.017 0.012 0.021 0.068 0.007 0.446 88 L 0.060 0.578 0.027 0.024 0.054 0.035 0.004 0.219 89 Q 0.068 0.643 0.013 0.017 0.033 0.037 0.007 0.182 90 Y 0.145 0.607 0.018 0.019 0.029 0.018 0.019 0.145 91 C 0.212 0.597 0.027 0.021 0.029 0.009 0.025 0.080 92 Q 0.183 0.355 0.040 0.038 0.031 0.026 0.062 0.265 93 S 0.098 0.087 0.044 0.018 0.023 0.033 0.040 0.657 94 P 0.021 0.004 0.007 0.002 0.002 0.009 0.003 0.951 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 96 L 0.081 0.006 0.041 0.008 0.020 0.072 0.005 0.766 97 S 0.187 0.013 0.010 0.003 0.009 0.053 0.004 0.720 98 D 0.009 0.004 0.005 0.001 0.004 0.009 0.001 0.969 99 G 0.027 0.026 0.010 0.002 0.007 0.073 0.003 0.852 100 I 0.036 0.044 0.005 0.002 0.003 0.769 0.003 0.137 101 L 0.056 0.544 0.010 0.005 0.011 0.131 0.003 0.240 102 A 0.041 0.868 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.077 103 L 0.087 0.842 0.003 0.001 0.004 0.004 0.010 0.049 104 M 0.079 0.826 0.003 0.003 0.003 0.004 0.049 0.033 105 D 0.339 0.405 0.009 0.006 0.005 0.011 0.122 0.103 106 F 0.109 0.381 0.186 0.014 0.015 0.040 0.034 0.220 107 E 0.049 0.328 0.174 0.040 0.027 0.135 0.014 0.231 108 Y 0.022 0.268 0.065 0.017 0.028 0.202 0.007 0.392 109 T 0.029 0.558 0.093 0.044 0.071 0.046 0.004 0.155 110 Q 0.021 0.762 0.025 0.016 0.043 0.020 0.004 0.109 111 L 0.013 0.869 0.009 0.014 0.022 0.008 0.004 0.060 112 L 0.025 0.830 0.015 0.021 0.039 0.008 0.008 0.054 113 A 0.020 0.847 0.009 0.030 0.035 0.006 0.006 0.047 114 E 0.033 0.693 0.029 0.046 0.070 0.024 0.015 0.090 115 V 0.069 0.726 0.018 0.032 0.053 0.009 0.013 0.081 116 A 0.051 0.692 0.023 0.041 0.065 0.018 0.016 0.095 117 Q 0.164 0.280 0.048 0.037 0.057 0.040 0.069 0.304 118 I 0.241 0.201 0.068 0.047 0.066 0.057 0.030 0.291 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 120 D 0.019 0.007 0.014 0.010 0.021 0.095 0.009 0.824 121 I 0.325 0.014 0.050 0.015 0.024 0.053 0.009 0.510 122 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.986 123 D 0.038 0.005 0.013 0.011 0.025 0.162 0.006 0.740 124 I 0.248 0.024 0.022 0.013 0.027 0.052 0.009 0.604 125 H 0.089 0.042 0.023 0.031 0.038 0.253 0.009 0.516 126 Y 0.170 0.037 0.028 0.027 0.037 0.177 0.019 0.506 127 S 0.185 0.127 0.033 0.044 0.069 0.117 0.014 0.411 128 N 0.090 0.060 0.027 0.025 0.039 0.134 0.021 0.604 129 D 0.209 0.044 0.038 0.018 0.028 0.154 0.053 0.456 130 S 0.402 0.032 0.047 0.024 0.024 0.119 0.051 0.301 131 K 0.174 0.020 0.067 0.037 0.036 0.133 0.024 0.509 132 Y 0.066 0.013 0.123 0.047 0.060 0.105 0.010 0.575 133 T 0.053 0.008 0.157 0.074 0.129 0.106 0.005 0.469 134 P 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.009 0.001 0.977 135 S 0.016 0.003 0.062 0.054 0.135 0.159 0.002 0.570 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 137 A 0.024 0.012 0.024 0.024 0.046 0.410 0.004 0.457 138 A 0.265 0.085 0.077 0.051 0.072 0.172 0.011 0.268 139 F 0.059 0.513 0.040 0.065 0.095 0.036 0.004 0.188 140 I 0.037 0.479 0.052 0.078 0.179 0.022 0.005 0.146 141 R 0.033 0.512 0.042 0.107 0.158 0.025 0.011 0.111 142 Q 0.116 0.390 0.024 0.099 0.130 0.028 0.057 0.157 143 Y 0.199 0.209 0.061 0.119 0.127 0.040 0.056 0.188 144 R 0.082 0.069 0.102 0.074 0.092 0.051 0.032 0.500 145 Y 0.050 0.022 0.131 0.129 0.194 0.071 0.013 0.390 146 D 0.022 0.009 0.046 0.043 0.050 0.116 0.005 0.708 147 V 0.028 0.014 0.115 0.069 0.157 0.065 0.004 0.548 148 T 0.020 0.023 0.128 0.113 0.179 0.178 0.005 0.354 149 H 0.054 0.035 0.071 0.048 0.072 0.127 0.011 0.583 150 D 0.036 0.071 0.066 0.047 0.095 0.174 0.011 0.499 151 L 0.075 0.074 0.047 0.039 0.090 0.111 0.017 0.547 152 Q 0.054 0.064 0.015 0.021 0.028 0.183 0.016 0.618 153 E 0.162 0.064 0.019 0.031 0.048 0.178 0.035 0.464 154 A 0.279 0.126 0.025 0.039 0.068 0.072 0.019 0.371 155 E 0.061 0.028 0.014 0.034 0.029 0.059 0.010 0.764 156 T 0.078 0.021 0.051 0.085 0.122 0.048 0.014 0.582 157 A 0.103 0.018 0.144 0.236 0.242 0.040 0.012 0.206 158 L 0.014 0.005 0.287 0.258 0.268 0.035 0.003 0.129 159 L 0.002 0.001 0.370 0.316 0.272 0.006 0.001 0.032 160 I 0.002 0.001 0.382 0.227 0.327 0.007 0.001 0.054 161 W 0.002 0.001 0.218 0.254 0.374 0.014 0.001 0.135 162 R 0.002 0.001 0.142 0.287 0.409 0.034 0.001 0.123 163 N 0.004 0.003 0.031 0.114 0.199 0.213 0.003 0.434 164 A 0.017 0.004 0.035 0.035 0.130 0.186 0.007 0.585 165 E 0.016 0.004 0.006 0.007 0.018 0.577 0.009 0.363 166 D 0.263 0.012 0.011 0.013 0.022 0.262 0.047 0.370 167 D 0.158 0.133 0.017 0.024 0.034 0.215 0.011 0.407 168 V 0.057 0.186 0.029 0.059 0.107 0.174 0.005 0.383 169 M 0.037 0.231 0.057 0.125 0.263 0.067 0.006 0.213 170 Y 0.049 0.362 0.040 0.082 0.216 0.024 0.009 0.218 171 Q 0.080 0.267 0.112 0.129 0.204 0.033 0.017 0.159 172 T 0.108 0.179 0.070 0.045 0.060 0.037 0.056 0.446 173 L 0.240 0.120 0.148 0.038 0.078 0.035 0.036 0.305 174 D 0.046 0.063 0.040 0.020 0.025 0.197 0.011 0.599 175 G 0.013 0.019 0.015 0.002 0.009 0.046 0.003 0.894 176 F 0.047 0.081 0.024 0.004 0.011 0.359 0.006 0.467 177 D 0.087 0.159 0.011 0.003 0.007 0.501 0.009 0.223 178 M 0.011 0.868 0.005 0.001 0.004 0.021 0.001 0.089 179 M 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.031 180 L 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.017 181 L 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 182 E 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 183 I 0.016 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.015 184 M 0.024 0.953 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 185 G 0.059 0.825 0.020 0.002 0.002 0.011 0.020 0.060 186 S 0.136 0.528 0.061 0.004 0.004 0.031 0.074 0.163 187 S 0.320 0.338 0.040 0.003 0.004 0.028 0.056 0.211 188 A 0.178 0.173 0.050 0.005 0.005 0.056 0.034 0.499 189 L 0.099 0.108 0.183 0.009 0.008 0.160 0.015 0.418 190 S 0.151 0.123 0.040 0.005 0.010 0.156 0.016 0.499 191 F 0.120 0.221 0.040 0.004 0.017 0.060 0.010 0.527 192 D 0.022 0.141 0.018 0.002 0.005 0.128 0.005 0.678 193 T 0.036 0.191 0.008 0.001 0.003 0.346 0.006 0.408 194 L 0.029 0.749 0.003 0.001 0.002 0.056 0.002 0.157 195 A 0.012 0.926 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.042 196 Q 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.031 197 T 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 198 L 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 199 V 0.014 0.967 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 200 E 0.044 0.904 0.008 0.002 0.001 0.004 0.018 0.019 201 F 0.178 0.692 0.010 0.002 0.002 0.004 0.072 0.039 202 M 0.234 0.594 0.022 0.007 0.005 0.007 0.044 0.088 203 P 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 204 K 0.018 0.025 0.031 0.007 0.009 0.099 0.009 0.802 205 A 0.410 0.070 0.032 0.006 0.012 0.057 0.017 0.396 206 D 0.188 0.106 0.026 0.006 0.009 0.130 0.014 0.522 207 N 0.163 0.070 0.028 0.004 0.008 0.137 0.014 0.576 208 W 0.135 0.161 0.024 0.006 0.016 0.100 0.011 0.548 209 K 0.047 0.188 0.017 0.008 0.014 0.264 0.007 0.455 210 N 0.043 0.340 0.014 0.005 0.012 0.232 0.007 0.348 211 I 0.038 0.817 0.007 0.003 0.007 0.016 0.003 0.110 212 L 0.019 0.916 0.004 0.002 0.005 0.010 0.002 0.042 213 L 0.023 0.894 0.005 0.003 0.004 0.010 0.008 0.053 214 G 0.063 0.842 0.005 0.003 0.005 0.008 0.019 0.054 215 K 0.129 0.723 0.011 0.006 0.005 0.017 0.021 0.088 216 W 0.072 0.688 0.024 0.007 0.008 0.025 0.025 0.151 217 S 0.096 0.622 0.044 0.011 0.024 0.016 0.021 0.165 218 G 0.092 0.348 0.022 0.012 0.015 0.056 0.027 0.428 219 W 0.148 0.226 0.037 0.019 0.017 0.125 0.035 0.392 220 I 0.147 0.328 0.060 0.046 0.043 0.075 0.014 0.287 221 E 0.064 0.296 0.073 0.068 0.074 0.093 0.014 0.318 222 Q 0.112 0.228 0.083 0.051 0.085 0.049 0.030 0.362 223 R 0.191 0.209 0.123 0.063 0.080 0.029 0.028 0.277 224 I 0.082 0.052 0.253 0.158 0.118 0.044 0.022 0.272 225 I 0.009 0.012 0.512 0.121 0.162 0.024 0.006 0.152 226 I 0.013 0.007 0.350 0.177 0.210 0.042 0.004 0.198 227 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 228 S 0.004 0.001 0.164 0.041 0.159 0.143 0.002 0.485 229 L 0.066 0.004 0.044 0.024 0.049 0.075 0.006 0.732 230 S 0.044 0.010 0.020 0.023 0.048 0.158 0.005 0.691 231 A 0.107 0.016 0.021 0.028 0.044 0.193 0.009 0.582 232 I 0.208 0.072 0.029 0.035 0.048 0.187 0.012 0.409 233 S 0.149 0.161 0.027 0.047 0.103 0.102 0.013 0.398 234 E 0.078 0.122 0.018 0.023 0.036 0.078 0.014 0.632 235 N 0.150 0.089 0.023 0.029 0.046 0.235 0.044 0.384 236 M 0.345 0.091 0.046 0.027 0.045 0.092 0.040 0.314 237 E 0.086 0.075 0.046 0.030 0.033 0.287 0.023 0.419 238 G 0.164 0.026 0.051 0.026 0.038 0.126 0.034 0.536 239 N 0.160 0.032 0.045 0.023 0.039 0.106 0.026 0.569 240 S 0.087 0.014 0.044 0.042 0.048 0.137 0.008 0.620 241 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 242 S 0.023 0.005 0.031 0.040 0.073 0.335 0.005 0.488 243 Q 0.269 0.018 0.049 0.023 0.045 0.077 0.016 0.503 244 N 0.142 0.056 0.070 0.039 0.050 0.211 0.015 0.418 245 H 0.242 0.027 0.085 0.036 0.055 0.116 0.028 0.411 246 L 0.115 0.060 0.141 0.081 0.103 0.107 0.013 0.379 247 S 0.044 0.042 0.061 0.074 0.116 0.178 0.011 0.474 248 A 0.064 0.048 0.051 0.034 0.104 0.101 0.011 0.588