# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.1723 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.687 0.192 0.076 0.035 0.009 0.001 0.001 2 Q 0.708 0.199 0.062 0.024 0.006 0.001 0.001 3 P 0.797 0.172 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 4 E 0.752 0.210 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 5 T 0.468 0.369 0.118 0.036 0.007 0.001 0.001 6 S 0.098 0.103 0.226 0.321 0.205 0.045 0.002 7 A 0.291 0.367 0.216 0.089 0.031 0.005 0.001 8 Q 0.302 0.374 0.188 0.098 0.031 0.006 0.001 9 Y 0.037 0.077 0.163 0.265 0.294 0.148 0.017 10 Q 0.027 0.050 0.091 0.181 0.313 0.288 0.050 11 H 0.082 0.196 0.264 0.232 0.149 0.068 0.010 12 R 0.057 0.145 0.263 0.279 0.181 0.062 0.013 13 F 0.003 0.007 0.012 0.029 0.126 0.517 0.305 14 S 0.009 0.024 0.064 0.171 0.280 0.323 0.129 15 Q 0.049 0.185 0.275 0.255 0.134 0.083 0.018 16 A 0.015 0.042 0.107 0.230 0.329 0.234 0.044 17 I 0.010 0.013 0.019 0.052 0.190 0.538 0.178 18 R 0.044 0.139 0.243 0.282 0.188 0.091 0.013 19 G 0.131 0.225 0.229 0.217 0.134 0.059 0.005 20 G 0.183 0.226 0.231 0.200 0.119 0.039 0.002 21 E 0.385 0.305 0.159 0.098 0.041 0.011 0.001 22 A 0.314 0.259 0.194 0.143 0.071 0.018 0.001 23 A 0.486 0.246 0.153 0.082 0.028 0.005 0.001 24 D 0.732 0.219 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001 25 G 0.520 0.315 0.116 0.040 0.007 0.001 0.001 26 L 0.129 0.111 0.232 0.302 0.187 0.038 0.002 27 P 0.435 0.378 0.123 0.045 0.015 0.003 0.001 28 Q 0.424 0.369 0.133 0.054 0.016 0.004 0.001 29 D 0.147 0.285 0.227 0.212 0.105 0.023 0.002 30 R 0.020 0.081 0.179 0.296 0.260 0.149 0.014 31 L 0.011 0.027 0.061 0.139 0.319 0.378 0.066 32 N 0.031 0.153 0.272 0.295 0.172 0.069 0.008 33 V 0.006 0.020 0.057 0.154 0.333 0.312 0.119 34 Y 0.001 0.006 0.011 0.027 0.121 0.500 0.334 35 I 0.004 0.025 0.095 0.258 0.301 0.255 0.063 36 R 0.027 0.126 0.242 0.287 0.177 0.112 0.029 37 L 0.004 0.010 0.030 0.100 0.264 0.436 0.157 38 I 0.003 0.004 0.007 0.027 0.114 0.449 0.396 39 R 0.016 0.071 0.182 0.258 0.222 0.189 0.061 40 N 0.036 0.111 0.210 0.262 0.210 0.137 0.035 41 N 0.020 0.044 0.094 0.194 0.248 0.281 0.118 42 I 0.011 0.015 0.024 0.070 0.200 0.441 0.240 43 H 0.062 0.151 0.219 0.233 0.191 0.118 0.027 44 S 0.082 0.160 0.179 0.215 0.178 0.142 0.043 45 F 0.022 0.028 0.056 0.146 0.223 0.345 0.180 46 I 0.021 0.028 0.038 0.094 0.206 0.399 0.215 47 D 0.097 0.189 0.221 0.197 0.164 0.101 0.030 48 R 0.094 0.183 0.239 0.268 0.120 0.073 0.023 49 C 0.040 0.050 0.066 0.130 0.257 0.347 0.109 50 Y 0.043 0.065 0.088 0.172 0.272 0.283 0.076 51 T 0.125 0.161 0.177 0.190 0.174 0.134 0.038 52 E 0.096 0.145 0.194 0.240 0.179 0.115 0.031 53 T 0.074 0.084 0.097 0.146 0.269 0.272 0.057 54 R 0.177 0.244 0.250 0.183 0.106 0.036 0.003 55 Q 0.338 0.381 0.160 0.080 0.031 0.010 0.001 56 Y 0.093 0.150 0.305 0.281 0.132 0.038 0.001 57 F 0.128 0.116 0.252 0.336 0.142 0.026 0.001 58 D 0.702 0.256 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 59 S 0.736 0.215 0.034 0.012 0.002 0.001 0.001 60 K 0.794 0.190 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 61 E 0.412 0.417 0.121 0.044 0.006 0.001 0.001 62 W 0.077 0.097 0.282 0.323 0.194 0.026 0.001 63 S 0.309 0.390 0.209 0.071 0.019 0.002 0.001 64 R 0.347 0.406 0.174 0.057 0.014 0.002 0.001 65 L 0.044 0.069 0.160 0.330 0.305 0.087 0.005 66 K 0.087 0.217 0.277 0.256 0.128 0.033 0.001 67 E 0.275 0.372 0.201 0.102 0.039 0.010 0.001 68 G 0.173 0.322 0.253 0.177 0.061 0.013 0.001 69 F 0.028 0.058 0.123 0.255 0.340 0.182 0.013 70 V 0.051 0.078 0.155 0.269 0.279 0.150 0.017 71 R 0.183 0.314 0.263 0.154 0.067 0.018 0.001 72 D 0.276 0.325 0.214 0.134 0.038 0.011 0.001 73 A 0.224 0.196 0.216 0.216 0.111 0.035 0.002 74 R 0.320 0.322 0.190 0.109 0.041 0.016 0.002 75 A 0.163 0.098 0.152 0.238 0.223 0.108 0.018 76 Q 0.323 0.325 0.162 0.101 0.059 0.026 0.004 77 T 0.213 0.209 0.174 0.170 0.132 0.084 0.019 78 P 0.181 0.162 0.154 0.176 0.169 0.119 0.038 79 Y 0.153 0.159 0.148 0.170 0.166 0.144 0.060 80 F 0.070 0.063 0.086 0.139 0.201 0.276 0.165 81 Q 0.107 0.135 0.161 0.192 0.192 0.158 0.054 82 E 0.127 0.198 0.205 0.205 0.164 0.081 0.020 83 I 0.059 0.078 0.098 0.158 0.227 0.274 0.107 84 P 0.067 0.092 0.147 0.218 0.241 0.189 0.045 85 G 0.286 0.352 0.206 0.103 0.034 0.015 0.003 86 E 0.064 0.115 0.197 0.267 0.239 0.097 0.021 87 F 0.011 0.022 0.030 0.066 0.201 0.496 0.175 88 L 0.015 0.043 0.116 0.279 0.300 0.217 0.029 89 Q 0.106 0.338 0.286 0.169 0.073 0.026 0.002 90 Y 0.014 0.042 0.122 0.280 0.349 0.179 0.015 91 C 0.015 0.028 0.058 0.130 0.327 0.396 0.046 92 Q 0.100 0.250 0.299 0.238 0.091 0.020 0.001 93 S 0.354 0.389 0.151 0.070 0.029 0.007 0.001 94 P 0.281 0.297 0.225 0.146 0.043 0.007 0.001 95 P 0.379 0.317 0.166 0.095 0.037 0.006 0.001 96 L 0.209 0.232 0.264 0.189 0.088 0.017 0.001 97 S 0.367 0.280 0.179 0.113 0.049 0.011 0.001 98 D 0.530 0.347 0.084 0.028 0.009 0.002 0.001 99 G 0.090 0.186 0.293 0.281 0.112 0.034 0.004 100 I 0.020 0.032 0.062 0.112 0.263 0.397 0.114 101 L 0.015 0.036 0.083 0.188 0.264 0.315 0.099 102 A 0.035 0.111 0.172 0.220 0.224 0.184 0.054 103 L 0.005 0.012 0.030 0.079 0.186 0.413 0.275 104 M 0.002 0.005 0.010 0.028 0.104 0.434 0.417 105 D 0.015 0.056 0.103 0.169 0.213 0.261 0.182 106 F 0.014 0.029 0.057 0.123 0.221 0.323 0.232 107 E 0.010 0.023 0.036 0.069 0.183 0.419 0.260 108 Y 0.011 0.018 0.036 0.084 0.167 0.335 0.348 109 T 0.020 0.040 0.064 0.117 0.198 0.320 0.241 110 Q 0.061 0.115 0.173 0.216 0.195 0.156 0.084 111 L 0.013 0.019 0.029 0.075 0.204 0.416 0.245 112 L 0.029 0.066 0.101 0.190 0.237 0.268 0.109 113 A 0.032 0.046 0.083 0.192 0.250 0.301 0.096 114 E 0.079 0.224 0.244 0.221 0.157 0.066 0.008 115 V 0.037 0.070 0.117 0.222 0.313 0.221 0.020 116 A 0.140 0.229 0.241 0.220 0.135 0.033 0.002 117 Q 0.299 0.351 0.196 0.108 0.035 0.010 0.001 118 I 0.206 0.168 0.232 0.238 0.130 0.026 0.001 119 P 0.531 0.306 0.105 0.043 0.012 0.002 0.001 120 D 0.460 0.331 0.124 0.060 0.020 0.005 0.001 121 I 0.256 0.195 0.223 0.207 0.098 0.020 0.001 122 P 0.460 0.284 0.150 0.075 0.026 0.005 0.001 123 D 0.544 0.291 0.107 0.042 0.013 0.003 0.001 124 I 0.316 0.205 0.206 0.175 0.078 0.018 0.001 125 H 0.430 0.313 0.149 0.072 0.027 0.008 0.001 126 Y 0.213 0.207 0.233 0.202 0.102 0.040 0.003 127 S 0.253 0.192 0.196 0.182 0.125 0.048 0.005 128 N 0.359 0.295 0.171 0.104 0.050 0.019 0.002 129 D 0.341 0.289 0.180 0.115 0.052 0.020 0.003 130 S 0.235 0.221 0.189 0.183 0.116 0.049 0.007 131 K 0.137 0.246 0.224 0.196 0.119 0.066 0.012 132 Y 0.058 0.058 0.087 0.178 0.271 0.276 0.072 133 T 0.061 0.124 0.175 0.224 0.201 0.171 0.045 134 P 0.044 0.065 0.085 0.149 0.218 0.294 0.146 135 S 0.051 0.087 0.132 0.188 0.203 0.227 0.112 136 P 0.054 0.106 0.145 0.194 0.204 0.201 0.097 137 A 0.037 0.057 0.093 0.159 0.208 0.267 0.179 138 A 0.030 0.031 0.046 0.104 0.175 0.351 0.262 139 F 0.027 0.064 0.111 0.188 0.215 0.250 0.144 140 I 0.035 0.053 0.085 0.149 0.222 0.302 0.155 141 R 0.038 0.108 0.164 0.234 0.247 0.173 0.036 142 Q 0.091 0.194 0.198 0.224 0.166 0.102 0.024 143 Y 0.025 0.049 0.100 0.230 0.320 0.234 0.042 144 R 0.097 0.244 0.242 0.215 0.126 0.066 0.009 145 Y 0.040 0.068 0.150 0.274 0.291 0.160 0.017 146 D 0.175 0.350 0.243 0.147 0.063 0.020 0.002 147 V 0.049 0.054 0.090 0.223 0.321 0.236 0.025 148 T 0.134 0.226 0.232 0.208 0.145 0.051 0.004 149 H 0.199 0.254 0.263 0.189 0.070 0.023 0.001 150 D 0.288 0.271 0.214 0.147 0.062 0.017 0.001 151 L 0.296 0.229 0.197 0.169 0.084 0.024 0.001 152 Q 0.465 0.257 0.141 0.082 0.043 0.011 0.001 153 E 0.446 0.329 0.134 0.062 0.022 0.007 0.001 154 A 0.201 0.207 0.236 0.203 0.113 0.036 0.004 155 E 0.142 0.243 0.266 0.199 0.100 0.043 0.006 156 T 0.029 0.075 0.140 0.250 0.289 0.182 0.035 157 A 0.006 0.017 0.043 0.120 0.279 0.418 0.117 158 L 0.002 0.005 0.010 0.025 0.113 0.492 0.353 159 L 0.002 0.005 0.013 0.037 0.092 0.375 0.476 160 I 0.002 0.005 0.014 0.045 0.113 0.342 0.479 161 W 0.001 0.006 0.014 0.025 0.104 0.487 0.363 162 R 0.011 0.046 0.133 0.267 0.296 0.204 0.044 163 N 0.062 0.157 0.209 0.263 0.199 0.102 0.009 164 A 0.277 0.276 0.175 0.145 0.098 0.028 0.001 165 E 0.593 0.294 0.072 0.026 0.011 0.004 0.001 166 D 0.276 0.269 0.209 0.166 0.063 0.016 0.001 167 D 0.273 0.385 0.200 0.096 0.035 0.010 0.001 168 V 0.068 0.078 0.136 0.260 0.280 0.157 0.021 169 M 0.054 0.150 0.213 0.238 0.228 0.108 0.009 170 Y 0.053 0.101 0.151 0.240 0.253 0.178 0.024 171 Q 0.095 0.168 0.219 0.224 0.197 0.085 0.012 172 T 0.069 0.183 0.253 0.267 0.143 0.073 0.011 173 L 0.055 0.064 0.132 0.245 0.286 0.184 0.033 174 D 0.249 0.335 0.217 0.125 0.053 0.020 0.002 175 G 0.221 0.294 0.221 0.159 0.066 0.033 0.007 176 F 0.047 0.048 0.090 0.204 0.314 0.235 0.062 177 D 0.059 0.161 0.199 0.232 0.183 0.137 0.029 178 M 0.028 0.050 0.104 0.195 0.278 0.268 0.078 179 M 0.026 0.056 0.113 0.185 0.261 0.248 0.112 180 L 0.006 0.013 0.024 0.053 0.128 0.405 0.372 181 L 0.008 0.017 0.033 0.090 0.200 0.386 0.267 182 E 0.033 0.139 0.219 0.251 0.221 0.117 0.019 183 I 0.018 0.062 0.133 0.265 0.294 0.201 0.028 184 M 0.016 0.030 0.066 0.166 0.310 0.365 0.047 185 G 0.134 0.240 0.243 0.217 0.128 0.035 0.002 186 S 0.413 0.338 0.138 0.072 0.029 0.009 0.001 187 S 0.366 0.275 0.177 0.126 0.043 0.012 0.001 188 A 0.364 0.272 0.171 0.120 0.053 0.019 0.001 189 L 0.241 0.194 0.214 0.188 0.120 0.039 0.003 190 S 0.282 0.229 0.192 0.156 0.096 0.040 0.005 191 F 0.195 0.185 0.204 0.195 0.135 0.075 0.011 192 D 0.310 0.254 0.189 0.142 0.072 0.028 0.004 193 T 0.417 0.321 0.147 0.072 0.031 0.011 0.002 194 L 0.146 0.163 0.186 0.233 0.169 0.086 0.016 195 A 0.095 0.117 0.147 0.217 0.233 0.166 0.026 196 Q 0.137 0.202 0.235 0.221 0.130 0.066 0.009 197 T 0.160 0.238 0.231 0.200 0.114 0.050 0.008 198 L 0.058 0.080 0.113 0.203 0.278 0.229 0.039 199 V 0.067 0.113 0.158 0.241 0.264 0.141 0.016 200 E 0.218 0.333 0.217 0.131 0.071 0.028 0.003 201 F 0.086 0.149 0.225 0.281 0.184 0.069 0.006 202 M 0.109 0.143 0.204 0.240 0.215 0.086 0.005 203 P 0.269 0.247 0.230 0.164 0.072 0.017 0.001 204 K 0.578 0.299 0.080 0.030 0.010 0.002 0.001 205 A 0.398 0.243 0.179 0.129 0.040 0.010 0.001 206 D 0.527 0.251 0.125 0.066 0.025 0.006 0.001 207 N 0.491 0.330 0.111 0.048 0.015 0.005 0.001 208 W 0.135 0.133 0.202 0.257 0.193 0.072 0.008 209 K 0.179 0.266 0.249 0.182 0.086 0.035 0.003 210 N 0.147 0.217 0.220 0.199 0.138 0.069 0.010 211 I 0.067 0.086 0.130 0.219 0.256 0.196 0.046 212 L 0.062 0.085 0.115 0.183 0.255 0.243 0.057 213 L 0.086 0.152 0.198 0.223 0.182 0.130 0.029 214 G 0.176 0.216 0.205 0.193 0.136 0.064 0.010 215 K 0.152 0.240 0.224 0.196 0.125 0.056 0.008 216 W 0.075 0.119 0.154 0.223 0.249 0.156 0.024 217 S 0.125 0.175 0.236 0.243 0.147 0.066 0.007 218 G 0.316 0.336 0.193 0.101 0.038 0.015 0.002 219 W 0.126 0.177 0.235 0.253 0.141 0.060 0.009 220 I 0.067 0.062 0.101 0.212 0.309 0.211 0.037 221 E 0.116 0.267 0.248 0.203 0.103 0.054 0.009 222 Q 0.098 0.154 0.162 0.214 0.208 0.137 0.028 223 R 0.044 0.125 0.187 0.256 0.230 0.133 0.024 224 I 0.020 0.036 0.057 0.131 0.238 0.382 0.136 225 I 0.020 0.026 0.047 0.112 0.189 0.349 0.257 226 I 0.028 0.047 0.070 0.132 0.202 0.316 0.204 227 P 0.049 0.076 0.125 0.193 0.244 0.223 0.091 228 S 0.110 0.219 0.219 0.214 0.132 0.086 0.019 229 L 0.084 0.114 0.156 0.218 0.246 0.156 0.027 230 S 0.203 0.203 0.183 0.183 0.151 0.068 0.009 231 A 0.296 0.298 0.190 0.121 0.062 0.029 0.004 232 I 0.190 0.167 0.186 0.222 0.161 0.067 0.007 233 S 0.408 0.270 0.154 0.098 0.050 0.018 0.002 234 E 0.457 0.246 0.149 0.096 0.038 0.012 0.001 235 N 0.464 0.270 0.145 0.080 0.029 0.011 0.001 236 M 0.265 0.143 0.166 0.200 0.156 0.063 0.007 237 E 0.511 0.276 0.117 0.059 0.025 0.010 0.001 238 G 0.523 0.235 0.116 0.078 0.032 0.013 0.002 239 N 0.473 0.236 0.136 0.089 0.044 0.018 0.003 240 S 0.413 0.207 0.142 0.117 0.076 0.038 0.006 241 P 0.405 0.201 0.142 0.118 0.079 0.043 0.010 242 S 0.431 0.234 0.136 0.099 0.059 0.034 0.007 243 Q 0.426 0.224 0.149 0.105 0.058 0.030 0.007 244 N 0.408 0.227 0.144 0.111 0.067 0.035 0.007 245 H 0.319 0.186 0.161 0.143 0.105 0.069 0.016 246 L 0.302 0.146 0.153 0.179 0.124 0.078 0.018 247 S 0.583 0.224 0.094 0.053 0.028 0.015 0.003 248 A 0.577 0.191 0.097 0.074 0.037 0.020 0.004