# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 209 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.007 0.013 0.018 0.025 0.125 0.030 0.771 2 Q 0.113 0.109 0.010 0.013 0.011 0.105 0.216 0.424 3 P 0.225 0.485 0.003 0.003 0.003 0.041 0.066 0.174 4 E 0.057 0.535 0.006 0.003 0.003 0.052 0.035 0.310 5 T 0.024 0.852 0.001 0.001 0.001 0.012 0.034 0.075 6 S 0.014 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.015 7 A 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.012 8 Q 0.002 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.006 9 Y 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 10 Q 0.004 0.275 0.003 0.001 0.001 0.001 0.713 0.003 11 H 0.003 0.431 0.003 0.001 0.001 0.003 0.550 0.008 12 R 0.006 0.948 0.003 0.001 0.001 0.004 0.023 0.016 13 F 0.015 0.938 0.005 0.001 0.001 0.004 0.014 0.022 14 S 0.068 0.684 0.018 0.002 0.002 0.024 0.114 0.089 15 Q 0.095 0.402 0.034 0.004 0.003 0.040 0.202 0.220 16 A 0.270 0.208 0.083 0.005 0.005 0.086 0.102 0.241 17 I 0.295 0.045 0.076 0.005 0.006 0.112 0.069 0.392 18 R 0.044 0.017 0.024 0.002 0.004 0.083 0.018 0.808 19 G 0.039 0.036 0.037 0.003 0.005 0.072 0.026 0.782 20 G 0.070 0.044 0.027 0.007 0.006 0.161 0.029 0.657 21 E 0.062 0.013 0.092 0.013 0.010 0.138 0.070 0.602 22 A 0.442 0.016 0.012 0.003 0.003 0.060 0.018 0.447 23 A 0.724 0.005 0.009 0.001 0.001 0.030 0.047 0.182 24 D 0.014 0.005 0.007 0.002 0.003 0.108 0.013 0.848 25 G 0.005 0.006 0.004 0.001 0.003 0.062 0.005 0.914 26 L 0.062 0.084 0.015 0.014 0.006 0.126 0.032 0.661 27 P 0.226 0.554 0.005 0.003 0.004 0.025 0.045 0.139 28 Q 0.119 0.439 0.011 0.003 0.006 0.044 0.121 0.257 29 D 0.010 0.629 0.018 0.014 0.020 0.040 0.101 0.168 30 R 0.006 0.924 0.003 0.002 0.005 0.007 0.017 0.037 31 L 0.002 0.954 0.003 0.002 0.004 0.005 0.014 0.015 32 N 0.001 0.943 0.007 0.004 0.006 0.002 0.030 0.005 33 V 0.002 0.924 0.005 0.003 0.004 0.003 0.054 0.006 34 Y 0.003 0.960 0.004 0.002 0.002 0.001 0.028 0.002 35 I 0.005 0.936 0.002 0.002 0.002 0.001 0.046 0.006 36 R 0.004 0.650 0.009 0.003 0.004 0.008 0.282 0.039 37 L 0.004 0.501 0.011 0.006 0.004 0.011 0.441 0.022 38 I 0.012 0.950 0.002 0.001 0.001 0.003 0.019 0.012 39 R 0.036 0.813 0.004 0.001 0.002 0.011 0.067 0.066 40 N 0.005 0.329 0.007 0.004 0.003 0.018 0.546 0.087 41 N 0.007 0.895 0.002 0.001 0.001 0.008 0.062 0.023 42 I 0.013 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.013 43 H 0.010 0.898 0.010 0.001 0.001 0.006 0.051 0.023 44 S 0.019 0.844 0.010 0.001 0.002 0.009 0.070 0.044 45 F 0.086 0.594 0.071 0.002 0.001 0.017 0.188 0.041 46 I 0.209 0.530 0.024 0.002 0.002 0.022 0.120 0.090 47 D 0.077 0.181 0.013 0.001 0.001 0.035 0.176 0.516 48 R 0.010 0.464 0.014 0.001 0.002 0.056 0.049 0.404 49 C 0.018 0.320 0.033 0.003 0.005 0.079 0.320 0.223 50 Y 0.039 0.585 0.019 0.006 0.004 0.041 0.194 0.111 51 T 0.036 0.790 0.017 0.002 0.004 0.023 0.048 0.080 52 E 0.030 0.754 0.046 0.005 0.006 0.020 0.064 0.077 53 T 0.105 0.614 0.054 0.007 0.012 0.032 0.081 0.096 54 R 0.140 0.236 0.071 0.014 0.014 0.054 0.181 0.290 55 Q 0.074 0.229 0.071 0.011 0.016 0.105 0.093 0.402 56 Y 0.054 0.164 0.055 0.012 0.014 0.127 0.059 0.517 57 F 0.020 0.216 0.035 0.008 0.010 0.106 0.039 0.567 58 D 0.088 0.742 0.005 0.002 0.002 0.016 0.048 0.097 59 S 0.074 0.400 0.005 0.001 0.001 0.025 0.391 0.102 60 K 0.012 0.520 0.005 0.002 0.002 0.022 0.353 0.085 61 E 0.012 0.920 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.025 62 W 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.009 63 S 0.009 0.929 0.002 0.001 0.001 0.003 0.042 0.015 64 R 0.009 0.891 0.002 0.001 0.001 0.006 0.069 0.022 65 L 0.011 0.903 0.005 0.001 0.001 0.006 0.062 0.013 66 K 0.014 0.932 0.002 0.001 0.001 0.004 0.034 0.013 67 E 0.011 0.847 0.008 0.001 0.001 0.008 0.080 0.045 68 G 0.013 0.746 0.042 0.003 0.003 0.016 0.127 0.051 69 F 0.086 0.546 0.093 0.009 0.009 0.032 0.141 0.084 70 V 0.232 0.227 0.109 0.012 0.010 0.057 0.108 0.244 71 R 0.060 0.064 0.072 0.008 0.009 0.086 0.072 0.629 72 D 0.038 0.018 0.034 0.004 0.005 0.094 0.039 0.769 73 A 0.161 0.019 0.019 0.008 0.008 0.106 0.103 0.575 74 R 0.123 0.017 0.012 0.004 0.005 0.135 0.046 0.658 75 A 0.014 0.014 0.011 0.005 0.008 0.144 0.020 0.785 76 Q 0.025 0.072 0.011 0.004 0.006 0.083 0.021 0.777 77 T 0.219 0.384 0.015 0.007 0.007 0.068 0.082 0.218 78 P 0.097 0.269 0.084 0.017 0.017 0.084 0.093 0.340 79 Y 0.218 0.258 0.051 0.013 0.028 0.066 0.099 0.267 80 F 0.247 0.117 0.072 0.012 0.017 0.073 0.160 0.302 81 Q 0.027 0.102 0.058 0.026 0.041 0.119 0.080 0.546 82 E 0.022 0.079 0.020 0.006 0.011 0.082 0.030 0.749 83 I 0.132 0.305 0.031 0.019 0.014 0.086 0.131 0.282 84 P 0.171 0.475 0.014 0.005 0.009 0.043 0.067 0.216 85 G 0.113 0.343 0.017 0.006 0.009 0.055 0.069 0.389 86 E 0.025 0.440 0.037 0.015 0.012 0.072 0.058 0.342 87 F 0.088 0.699 0.016 0.003 0.005 0.025 0.039 0.125 88 L 0.215 0.333 0.060 0.008 0.008 0.054 0.129 0.193 89 Q 0.100 0.143 0.073 0.013 0.015 0.066 0.222 0.368 90 Y 0.291 0.062 0.065 0.006 0.012 0.077 0.121 0.367 91 C 0.118 0.021 0.053 0.014 0.018 0.150 0.069 0.556 92 Q 0.020 0.006 0.019 0.004 0.007 0.076 0.016 0.852 93 S 0.040 0.009 0.010 0.005 0.008 0.100 0.092 0.735 94 P 0.108 0.023 0.016 0.007 0.007 0.199 0.105 0.534 95 P 0.029 0.022 0.010 0.005 0.006 0.162 0.040 0.726 96 L 0.062 0.136 0.006 0.002 0.002 0.074 0.032 0.686 97 S 0.197 0.622 0.004 0.001 0.001 0.023 0.070 0.082 98 D 0.043 0.689 0.012 0.002 0.003 0.041 0.047 0.163 99 G 0.033 0.779 0.020 0.003 0.005 0.020 0.054 0.086 100 I 0.068 0.803 0.012 0.003 0.004 0.014 0.050 0.045 101 L 0.043 0.683 0.028 0.004 0.005 0.025 0.108 0.105 102 A 0.004 0.929 0.005 0.001 0.002 0.006 0.010 0.041 103 L 0.004 0.954 0.006 0.001 0.001 0.005 0.006 0.024 104 M 0.004 0.929 0.008 0.003 0.003 0.006 0.034 0.013 105 D 0.002 0.120 0.003 0.001 0.001 0.003 0.864 0.007 106 F 0.001 0.351 0.002 0.001 0.001 0.002 0.641 0.003 107 E 0.001 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 108 Y 0.018 0.928 0.007 0.003 0.004 0.004 0.020 0.016 109 T 0.029 0.736 0.013 0.006 0.006 0.016 0.134 0.059 110 Q 0.056 0.532 0.033 0.012 0.009 0.029 0.166 0.164 111 L 0.077 0.637 0.011 0.007 0.007 0.044 0.044 0.172 112 L 0.189 0.288 0.038 0.008 0.010 0.080 0.076 0.311 113 A 0.051 0.075 0.103 0.036 0.030 0.090 0.139 0.476 114 E 0.166 0.072 0.035 0.009 0.013 0.055 0.067 0.583 115 V 0.509 0.019 0.025 0.006 0.006 0.061 0.056 0.319 116 A 0.019 0.005 0.025 0.010 0.010 0.112 0.028 0.792 117 Q 0.024 0.003 0.005 0.001 0.003 0.042 0.010 0.911 118 I 0.130 0.010 0.024 0.011 0.008 0.140 0.057 0.621 119 P 0.029 0.016 0.032 0.010 0.012 0.168 0.027 0.705 120 D 0.032 0.028 0.007 0.002 0.005 0.074 0.010 0.841 121 I 0.086 0.143 0.038 0.013 0.008 0.117 0.041 0.555 122 P 0.189 0.495 0.017 0.004 0.006 0.041 0.049 0.200 123 D 0.319 0.188 0.033 0.005 0.007 0.051 0.160 0.237 124 I 0.053 0.056 0.049 0.017 0.016 0.095 0.386 0.327 125 H 0.152 0.060 0.035 0.010 0.018 0.100 0.097 0.527 126 Y 0.166 0.019 0.019 0.010 0.018 0.134 0.053 0.582 127 S 0.052 0.009 0.020 0.006 0.010 0.100 0.056 0.747 128 N 0.126 0.012 0.011 0.006 0.016 0.109 0.034 0.685 129 D 0.047 0.003 0.018 0.012 0.025 0.146 0.052 0.697 130 S 0.026 0.002 0.051 0.035 0.060 0.143 0.044 0.640 131 K 0.012 0.001 0.054 0.034 0.077 0.099 0.033 0.691 132 Y 0.010 0.001 0.053 0.033 0.034 0.115 0.026 0.728 133 T 0.012 0.006 0.093 0.052 0.053 0.152 0.038 0.594 134 P 0.036 0.021 0.018 0.008 0.010 0.086 0.024 0.797 135 S 0.394 0.247 0.019 0.012 0.009 0.055 0.076 0.188 136 P 0.105 0.432 0.019 0.010 0.017 0.059 0.042 0.317 137 A 0.052 0.338 0.039 0.021 0.079 0.076 0.099 0.295 138 A 0.043 0.173 0.076 0.081 0.130 0.071 0.154 0.272 139 F 0.044 0.093 0.064 0.181 0.234 0.068 0.145 0.173 140 I 0.032 0.047 0.111 0.080 0.162 0.074 0.112 0.382 141 R 0.050 0.039 0.091 0.151 0.254 0.079 0.067 0.270 142 Q 0.046 0.016 0.070 0.073 0.115 0.079 0.066 0.536 143 Y 0.046 0.041 0.044 0.071 0.104 0.122 0.052 0.519 144 R 0.025 0.017 0.060 0.043 0.077 0.105 0.088 0.585 145 Y 0.050 0.031 0.051 0.070 0.073 0.116 0.126 0.483 146 D 0.097 0.038 0.087 0.064 0.075 0.083 0.087 0.469 147 V 0.072 0.034 0.052 0.048 0.064 0.102 0.063 0.567 148 T 0.067 0.028 0.055 0.036 0.050 0.079 0.071 0.614 149 H 0.052 0.020 0.034 0.045 0.038 0.112 0.051 0.649 150 D 0.099 0.031 0.017 0.015 0.018 0.101 0.053 0.665 151 L 0.285 0.032 0.010 0.009 0.011 0.089 0.061 0.503 152 Q 0.073 0.019 0.007 0.006 0.010 0.094 0.063 0.729 153 E 0.059 0.055 0.008 0.006 0.013 0.094 0.069 0.695 154 A 0.080 0.119 0.019 0.022 0.046 0.147 0.065 0.502 155 E 0.042 0.116 0.046 0.045 0.129 0.139 0.066 0.415 156 T 0.010 0.088 0.081 0.075 0.266 0.071 0.064 0.344 157 A 0.003 0.021 0.104 0.202 0.496 0.031 0.061 0.082 158 L 0.005 0.008 0.088 0.321 0.457 0.019 0.044 0.059 159 L 0.003 0.003 0.077 0.405 0.454 0.010 0.016 0.032 160 I 0.005 0.005 0.078 0.301 0.514 0.019 0.016 0.062 161 W 0.003 0.003 0.071 0.315 0.461 0.027 0.025 0.095 162 R 0.017 0.004 0.043 0.201 0.257 0.074 0.041 0.364 163 N 0.480 0.020 0.016 0.041 0.039 0.057 0.114 0.233 164 A 0.232 0.027 0.007 0.014 0.018 0.091 0.037 0.573 165 E 0.038 0.018 0.006 0.005 0.017 0.080 0.025 0.811 166 D 0.027 0.044 0.021 0.033 0.067 0.110 0.052 0.647 167 D 0.032 0.033 0.041 0.088 0.157 0.108 0.072 0.469 168 V 0.015 0.015 0.075 0.154 0.181 0.067 0.117 0.376 169 M 0.020 0.018 0.084 0.190 0.313 0.057 0.089 0.229 170 Y 0.039 0.014 0.071 0.137 0.207 0.050 0.099 0.383 171 Q 0.015 0.027 0.080 0.197 0.195 0.076 0.054 0.356 172 T 0.017 0.065 0.037 0.036 0.077 0.101 0.045 0.622 173 L 0.035 0.205 0.028 0.038 0.024 0.090 0.114 0.465 174 D 0.035 0.854 0.003 0.003 0.003 0.010 0.045 0.048 175 G 0.014 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.014 176 F 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.007 177 D 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.003 178 M 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 179 M 0.001 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 180 L 0.004 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 181 L 0.020 0.822 0.028 0.002 0.001 0.003 0.116 0.009 182 E 0.057 0.384 0.041 0.005 0.003 0.014 0.426 0.070 183 I 0.060 0.069 0.042 0.001 0.001 0.032 0.695 0.099 184 M 0.188 0.161 0.045 0.005 0.004 0.077 0.207 0.313 185 G 0.183 0.039 0.007 0.001 0.002 0.050 0.019 0.697 186 S 0.015 0.016 0.004 0.001 0.001 0.065 0.027 0.871 187 S 0.034 0.166 0.021 0.004 0.007 0.161 0.099 0.507 188 A 0.099 0.158 0.019 0.003 0.004 0.173 0.046 0.497 189 L 0.019 0.107 0.043 0.006 0.003 0.103 0.288 0.432 190 S 0.012 0.945 0.002 0.001 0.001 0.004 0.020 0.017 191 F 0.020 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.006 192 D 0.016 0.812 0.008 0.001 0.001 0.007 0.124 0.032 193 T 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.004 194 L 0.006 0.891 0.001 0.001 0.001 0.003 0.093 0.006 195 A 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.014 196 Q 0.011 0.789 0.009 0.001 0.001 0.011 0.098 0.080 197 T 0.071 0.581 0.036 0.001 0.002 0.024 0.234 0.051 198 L 0.413 0.393 0.031 0.001 0.001 0.015 0.098 0.048 199 V 0.433 0.136 0.043 0.001 0.001 0.049 0.061 0.276 200 E 0.013 0.068 0.033 0.001 0.001 0.053 0.031 0.801 201 F 0.027 0.149 0.047 0.001 0.001 0.085 0.039 0.651 202 M 0.266 0.219 0.120 0.002 0.001 0.082 0.096 0.214 203 P 0.110 0.159 0.019 0.001 0.001 0.084 0.120 0.506 204 K 0.058 0.725 0.008 0.001 0.001 0.016 0.041 0.151 205 A 0.056 0.776 0.006 0.001 0.001 0.025 0.027 0.110 206 D 0.016 0.331 0.013 0.001 0.001 0.021 0.526 0.092 207 N 0.012 0.889 0.002 0.001 0.001 0.007 0.068 0.021 208 W 0.015 0.938 0.002 0.001 0.001 0.004 0.029 0.012 209 K 0.007 0.927 0.004 0.001 0.001 0.004 0.037 0.020 210 N 0.015 0.741 0.009 0.001 0.001 0.015 0.175 0.043 211 I 0.012 0.893 0.008 0.001 0.001 0.007 0.064 0.015 212 L 0.047 0.845 0.012 0.001 0.001 0.008 0.062 0.024 213 L 0.022 0.179 0.018 0.001 0.001 0.020 0.687 0.073 214 G 0.009 0.318 0.025 0.002 0.002 0.026 0.528 0.090 215 K 0.048 0.818 0.013 0.001 0.001 0.018 0.036 0.064 216 W 0.038 0.799 0.006 0.001 0.001 0.022 0.036 0.096 217 S 0.027 0.653 0.020 0.002 0.003 0.031 0.089 0.175 218 G 0.038 0.592 0.035 0.004 0.005 0.043 0.170 0.112 219 W 0.080 0.238 0.247 0.012 0.010 0.062 0.236 0.116 220 I 0.326 0.113 0.119 0.011 0.014 0.067 0.112 0.237 221 E 0.063 0.036 0.042 0.004 0.008 0.070 0.049 0.729 222 Q 0.013 0.019 0.103 0.011 0.031 0.132 0.038 0.653 223 R 0.017 0.012 0.156 0.055 0.100 0.143 0.064 0.455 224 I 0.009 0.009 0.174 0.116 0.144 0.126 0.066 0.357 225 I 0.014 0.017 0.242 0.066 0.122 0.086 0.055 0.399 226 I 0.094 0.033 0.139 0.149 0.119 0.083 0.119 0.265 227 P 0.051 0.057 0.088 0.047 0.065 0.105 0.103 0.483 228 S 0.111 0.104 0.047 0.020 0.038 0.117 0.057 0.506 229 L 0.084 0.064 0.048 0.038 0.045 0.109 0.158 0.454 230 S 0.082 0.093 0.020 0.018 0.027 0.103 0.113 0.546 231 A 0.080 0.085 0.034 0.032 0.046 0.112 0.132 0.479 232 I 0.113 0.073 0.017 0.021 0.029 0.132 0.054 0.562 233 S 0.139 0.058 0.026 0.020 0.029 0.103 0.097 0.528 234 E 0.034 0.019 0.021 0.015 0.026 0.141 0.042 0.703 235 N 0.224 0.029 0.023 0.017 0.026 0.098 0.105 0.478 236 M 0.168 0.030 0.016 0.018 0.020 0.128 0.071 0.550 237 E 0.064 0.022 0.015 0.006 0.016 0.129 0.021 0.728 238 G 0.011 0.012 0.017 0.011 0.017 0.129 0.034 0.769 239 N 0.061 0.081 0.021 0.010 0.010 0.133 0.073 0.612 240 S 0.412 0.197 0.018 0.008 0.008 0.070 0.105 0.183 241 P 0.075 0.154 0.025 0.010 0.012 0.114 0.088 0.522 242 S 0.176 0.285 0.016 0.005 0.012 0.066 0.083 0.358 243 Q 0.119 0.134 0.027 0.017 0.025 0.121 0.200 0.358 244 N 0.073 0.169 0.023 0.019 0.040 0.119 0.118 0.439 245 H 0.078 0.111 0.039 0.021 0.045 0.122 0.096 0.488 246 L 0.039 0.057 0.037 0.041 0.059 0.144 0.088 0.535 247 S 0.147 0.085 0.032 0.028 0.049 0.090 0.143 0.426 248 A 0.078 0.057 0.020 0.032 0.042 0.121 0.074 0.579