# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 209 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.171 0.022 0.062 0.021 0.032 0.069 0.032 0.590 2 Q 0.160 0.009 0.032 0.017 0.030 0.277 0.009 0.467 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 E 0.003 0.002 0.004 0.003 0.011 0.146 0.001 0.831 5 T 0.198 0.006 0.003 0.001 0.002 0.245 0.006 0.539 6 S 0.234 0.149 0.008 0.002 0.009 0.063 0.003 0.531 7 A 0.035 0.225 0.006 0.002 0.006 0.155 0.002 0.570 8 Q 0.030 0.367 0.002 0.001 0.001 0.231 0.003 0.365 9 Y 0.021 0.923 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.046 10 Q 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 11 H 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 12 R 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 13 F 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 14 S 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 15 Q 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 16 A 0.011 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 17 I 0.047 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 18 R 0.146 0.723 0.026 0.005 0.005 0.005 0.045 0.044 19 G 0.312 0.296 0.058 0.008 0.009 0.011 0.094 0.212 20 G 0.130 0.097 0.120 0.009 0.008 0.019 0.045 0.571 21 E 0.034 0.024 0.037 0.006 0.007 0.047 0.016 0.829 22 A 0.051 0.020 0.114 0.010 0.021 0.080 0.010 0.694 23 A 0.032 0.021 0.037 0.009 0.015 0.152 0.005 0.728 24 D 0.082 0.028 0.028 0.008 0.012 0.136 0.015 0.689 25 G 0.493 0.017 0.013 0.004 0.004 0.040 0.052 0.377 26 L 0.590 0.012 0.066 0.011 0.014 0.111 0.009 0.187 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 28 Q 0.001 0.003 0.003 0.004 0.029 0.036 0.001 0.924 29 D 0.068 0.014 0.004 0.003 0.005 0.092 0.005 0.810 30 R 0.323 0.108 0.005 0.004 0.006 0.145 0.006 0.403 31 L 0.096 0.749 0.017 0.010 0.008 0.017 0.003 0.100 32 N 0.044 0.708 0.015 0.010 0.014 0.032 0.005 0.172 33 V 0.021 0.769 0.011 0.011 0.012 0.017 0.004 0.157 34 Y 0.010 0.918 0.004 0.005 0.010 0.009 0.003 0.040 35 I 0.004 0.943 0.004 0.003 0.004 0.005 0.002 0.035 36 R 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 37 L 0.007 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 38 I 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 39 R 0.004 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 40 N 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 41 N 0.046 0.884 0.004 0.002 0.001 0.005 0.017 0.041 42 I 0.022 0.926 0.009 0.002 0.002 0.004 0.006 0.029 43 H 0.009 0.879 0.012 0.002 0.005 0.018 0.005 0.071 44 S 0.016 0.849 0.003 0.001 0.002 0.029 0.005 0.095 45 F 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.034 46 I 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 47 D 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 48 R 0.056 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.029 49 C 0.202 0.668 0.009 0.001 0.001 0.004 0.056 0.058 50 Y 0.068 0.732 0.049 0.005 0.005 0.010 0.018 0.112 51 T 0.005 0.241 0.026 0.003 0.004 0.021 0.003 0.697 52 E 0.020 0.466 0.022 0.006 0.008 0.069 0.007 0.402 53 T 0.031 0.810 0.023 0.003 0.005 0.023 0.006 0.099 54 R 0.015 0.886 0.016 0.005 0.006 0.010 0.004 0.058 55 Q 0.021 0.904 0.009 0.004 0.004 0.007 0.006 0.046 56 Y 0.193 0.636 0.015 0.008 0.009 0.018 0.038 0.083 57 F 0.181 0.633 0.027 0.010 0.010 0.014 0.021 0.103 58 D 0.148 0.257 0.053 0.012 0.023 0.058 0.045 0.404 59 S 0.099 0.125 0.044 0.006 0.018 0.043 0.019 0.646 60 K 0.021 0.087 0.010 0.002 0.005 0.140 0.007 0.728 61 E 0.042 0.096 0.003 0.001 0.003 0.469 0.007 0.378 62 W 0.057 0.629 0.009 0.002 0.004 0.042 0.005 0.252 63 S 0.015 0.740 0.004 0.001 0.003 0.027 0.003 0.206 64 R 0.015 0.829 0.003 0.001 0.001 0.011 0.003 0.137 65 L 0.016 0.923 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.050 66 K 0.016 0.922 0.002 0.001 0.002 0.006 0.004 0.046 67 E 0.006 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 68 G 0.007 0.952 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.031 69 F 0.005 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 70 V 0.007 0.947 0.004 0.002 0.004 0.003 0.003 0.030 71 R 0.008 0.954 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.024 72 D 0.033 0.904 0.004 0.002 0.001 0.003 0.017 0.036 73 A 0.144 0.734 0.014 0.004 0.003 0.004 0.036 0.060 74 R 0.066 0.429 0.044 0.010 0.009 0.026 0.033 0.383 75 A 0.065 0.124 0.039 0.012 0.017 0.058 0.027 0.656 76 Q 0.201 0.110 0.042 0.008 0.012 0.140 0.051 0.435 77 T 0.226 0.059 0.038 0.008 0.009 0.100 0.014 0.546 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 79 Y 0.017 0.024 0.017 0.013 0.037 0.311 0.004 0.577 80 F 0.305 0.096 0.031 0.011 0.034 0.104 0.010 0.409 81 Q 0.146 0.376 0.022 0.017 0.030 0.094 0.009 0.306 82 E 0.266 0.227 0.021 0.011 0.014 0.137 0.018 0.306 83 I 0.194 0.404 0.023 0.008 0.014 0.054 0.012 0.292 84 P 0.033 0.316 0.017 0.006 0.022 0.036 0.008 0.561 85 G 0.030 0.327 0.012 0.006 0.014 0.051 0.010 0.549 86 E 0.065 0.438 0.008 0.003 0.005 0.085 0.014 0.382 87 F 0.051 0.722 0.007 0.003 0.006 0.023 0.007 0.181 88 L 0.013 0.840 0.008 0.003 0.007 0.010 0.003 0.114 89 Q 0.018 0.855 0.004 0.003 0.004 0.016 0.005 0.096 90 Y 0.072 0.838 0.005 0.002 0.003 0.007 0.012 0.061 91 C 0.110 0.821 0.004 0.003 0.003 0.004 0.018 0.037 92 Q 0.204 0.539 0.040 0.008 0.009 0.016 0.093 0.090 93 S 0.377 0.210 0.051 0.011 0.011 0.017 0.090 0.234 94 P 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.984 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 96 L 0.048 0.006 0.033 0.007 0.012 0.165 0.008 0.720 97 S 0.305 0.009 0.025 0.004 0.006 0.107 0.007 0.537 98 D 0.026 0.012 0.010 0.002 0.004 0.035 0.001 0.911 99 G 0.025 0.026 0.006 0.002 0.004 0.327 0.002 0.609 100 I 0.112 0.198 0.008 0.003 0.008 0.332 0.006 0.333 101 L 0.021 0.786 0.003 0.002 0.006 0.028 0.002 0.151 102 A 0.016 0.878 0.001 0.001 0.002 0.020 0.003 0.079 103 L 0.026 0.943 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.022 104 M 0.020 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 105 D 0.012 0.959 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.017 106 F 0.016 0.942 0.004 0.002 0.002 0.002 0.006 0.025 107 E 0.008 0.954 0.006 0.002 0.002 0.004 0.003 0.020 108 Y 0.004 0.958 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.024 109 T 0.005 0.977 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 110 Q 0.006 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 111 L 0.010 0.968 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.010 112 L 0.020 0.930 0.011 0.004 0.006 0.002 0.007 0.020 113 A 0.033 0.841 0.009 0.009 0.011 0.007 0.015 0.074 114 E 0.139 0.606 0.016 0.010 0.014 0.030 0.043 0.143 115 V 0.154 0.635 0.028 0.008 0.020 0.014 0.019 0.122 116 A 0.078 0.389 0.018 0.013 0.017 0.052 0.038 0.395 117 Q 0.383 0.098 0.014 0.007 0.007 0.041 0.136 0.315 118 I 0.756 0.039 0.029 0.006 0.006 0.015 0.024 0.125 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 120 D 0.003 0.001 0.006 0.004 0.008 0.018 0.003 0.958 121 I 0.341 0.007 0.078 0.019 0.026 0.072 0.010 0.447 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 123 D 0.006 0.003 0.013 0.006 0.025 0.050 0.001 0.896 124 I 0.180 0.018 0.033 0.012 0.021 0.142 0.007 0.587 125 H 0.300 0.047 0.017 0.018 0.028 0.163 0.012 0.414 126 Y 0.424 0.081 0.043 0.022 0.047 0.067 0.013 0.302 127 S 0.193 0.096 0.045 0.026 0.058 0.135 0.019 0.429 128 N 0.129 0.052 0.024 0.017 0.029 0.062 0.027 0.661 129 D 0.129 0.033 0.021 0.012 0.018 0.074 0.022 0.690 130 S 0.159 0.033 0.057 0.028 0.030 0.109 0.029 0.555 131 K 0.124 0.018 0.094 0.033 0.053 0.176 0.021 0.480 132 Y 0.076 0.025 0.111 0.037 0.067 0.133 0.013 0.537 133 T 0.053 0.019 0.104 0.076 0.088 0.126 0.007 0.528 134 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 135 S 0.019 0.005 0.038 0.043 0.108 0.368 0.004 0.414 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 137 A 0.016 0.013 0.012 0.022 0.056 0.394 0.003 0.484 138 A 0.459 0.052 0.026 0.023 0.035 0.175 0.010 0.220 139 F 0.206 0.309 0.047 0.086 0.096 0.063 0.010 0.183 140 I 0.064 0.198 0.069 0.111 0.181 0.054 0.007 0.315 141 R 0.058 0.222 0.088 0.218 0.258 0.034 0.013 0.111 142 Q 0.066 0.296 0.049 0.145 0.199 0.032 0.023 0.190 143 Y 0.079 0.148 0.150 0.157 0.223 0.040 0.035 0.169 144 R 0.070 0.063 0.067 0.080 0.096 0.060 0.019 0.546 145 Y 0.072 0.043 0.117 0.074 0.105 0.062 0.017 0.510 146 D 0.025 0.022 0.050 0.040 0.052 0.086 0.007 0.719 147 V 0.045 0.026 0.048 0.029 0.060 0.071 0.007 0.713 148 T 0.068 0.052 0.055 0.033 0.078 0.340 0.011 0.363 149 H 0.162 0.045 0.029 0.017 0.030 0.232 0.016 0.469 150 D 0.084 0.076 0.013 0.009 0.015 0.183 0.007 0.612 151 L 0.045 0.055 0.009 0.005 0.018 0.065 0.006 0.797 152 Q 0.045 0.071 0.006 0.006 0.017 0.213 0.009 0.633 153 E 0.098 0.094 0.004 0.005 0.013 0.309 0.017 0.460 154 A 0.230 0.285 0.005 0.009 0.018 0.090 0.018 0.346 155 E 0.078 0.195 0.008 0.014 0.018 0.087 0.026 0.573 156 T 0.118 0.142 0.036 0.049 0.041 0.126 0.041 0.448 157 A 0.240 0.130 0.091 0.117 0.165 0.105 0.023 0.130 158 L 0.057 0.057 0.118 0.266 0.407 0.035 0.007 0.053 159 L 0.010 0.014 0.170 0.355 0.404 0.013 0.002 0.031 160 I 0.003 0.008 0.151 0.435 0.357 0.009 0.002 0.035 161 W 0.002 0.007 0.154 0.364 0.414 0.009 0.002 0.048 162 R 0.004 0.006 0.122 0.330 0.441 0.024 0.002 0.070 163 N 0.007 0.008 0.057 0.185 0.406 0.060 0.005 0.271 164 A 0.016 0.003 0.021 0.032 0.114 0.058 0.006 0.750 165 E 0.025 0.003 0.007 0.010 0.020 0.446 0.013 0.476 166 D 0.264 0.010 0.009 0.018 0.013 0.244 0.054 0.389 167 D 0.315 0.028 0.038 0.025 0.031 0.201 0.020 0.342 168 V 0.032 0.024 0.115 0.080 0.104 0.113 0.006 0.526 169 M 0.021 0.017 0.205 0.218 0.338 0.062 0.005 0.134 170 Y 0.015 0.020 0.075 0.092 0.239 0.028 0.002 0.529 171 Q 0.014 0.017 0.382 0.188 0.279 0.031 0.005 0.084 172 T 0.028 0.027 0.093 0.081 0.092 0.072 0.008 0.598 173 L 0.061 0.029 0.309 0.055 0.146 0.079 0.011 0.310 174 D 0.017 0.013 0.026 0.009 0.024 0.303 0.003 0.606 175 G 0.028 0.027 0.011 0.004 0.015 0.075 0.004 0.837 176 F 0.023 0.047 0.004 0.001 0.003 0.340 0.003 0.578 177 D 0.042 0.161 0.002 0.001 0.002 0.491 0.006 0.295 178 M 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.030 179 M 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 180 L 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 181 L 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 182 E 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 183 I 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 184 M 0.031 0.933 0.004 0.001 0.002 0.001 0.011 0.016 185 G 0.153 0.745 0.009 0.002 0.002 0.004 0.036 0.050 186 S 0.232 0.541 0.055 0.003 0.002 0.007 0.066 0.095 187 S 0.461 0.156 0.035 0.002 0.002 0.013 0.120 0.210 188 A 0.445 0.042 0.130 0.004 0.003 0.027 0.070 0.279 189 L 0.093 0.024 0.379 0.008 0.008 0.187 0.014 0.287 190 S 0.040 0.014 0.062 0.004 0.008 0.435 0.006 0.432 191 F 0.042 0.054 0.099 0.004 0.024 0.097 0.003 0.677 192 D 0.011 0.030 0.016 0.001 0.004 0.400 0.002 0.537 193 T 0.015 0.024 0.001 0.001 0.001 0.834 0.001 0.124 194 L 0.047 0.861 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.079 195 A 0.007 0.921 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.059 196 Q 0.027 0.880 0.004 0.002 0.002 0.004 0.007 0.075 197 T 0.044 0.899 0.003 0.001 0.002 0.002 0.007 0.043 198 L 0.043 0.851 0.005 0.001 0.007 0.005 0.008 0.080 199 V 0.021 0.873 0.004 0.001 0.003 0.006 0.006 0.085 200 E 0.127 0.727 0.006 0.002 0.001 0.006 0.033 0.098 201 F 0.321 0.414 0.044 0.002 0.001 0.005 0.129 0.085 202 M 0.240 0.367 0.097 0.010 0.011 0.014 0.032 0.229 203 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 204 K 0.021 0.028 0.018 0.007 0.016 0.114 0.007 0.789 205 A 0.353 0.042 0.038 0.002 0.003 0.055 0.017 0.490 206 D 0.121 0.125 0.036 0.005 0.006 0.151 0.008 0.549 207 N 0.106 0.140 0.020 0.003 0.005 0.121 0.006 0.599 208 W 0.115 0.350 0.023 0.004 0.010 0.137 0.008 0.354 209 K 0.081 0.516 0.014 0.004 0.008 0.104 0.010 0.263 210 N 0.061 0.710 0.008 0.002 0.003 0.031 0.007 0.176 211 I 0.045 0.842 0.007 0.002 0.004 0.014 0.006 0.080 212 L 0.019 0.904 0.006 0.002 0.004 0.010 0.005 0.051 213 L 0.021 0.912 0.007 0.003 0.005 0.007 0.005 0.040 214 G 0.047 0.870 0.006 0.002 0.003 0.007 0.009 0.056 215 K 0.052 0.855 0.008 0.002 0.003 0.008 0.013 0.060 216 W 0.060 0.811 0.015 0.003 0.005 0.011 0.016 0.080 217 S 0.050 0.767 0.017 0.004 0.006 0.018 0.017 0.122 218 G 0.162 0.540 0.014 0.004 0.004 0.017 0.032 0.228 219 W 0.090 0.665 0.044 0.005 0.008 0.019 0.016 0.153 220 I 0.032 0.700 0.020 0.007 0.019 0.027 0.012 0.183 221 E 0.059 0.655 0.022 0.010 0.014 0.033 0.021 0.186 222 Q 0.181 0.506 0.041 0.013 0.010 0.029 0.057 0.163 223 R 0.359 0.235 0.062 0.018 0.008 0.021 0.073 0.224 224 I 0.086 0.144 0.398 0.043 0.039 0.044 0.027 0.219 225 I 0.052 0.110 0.270 0.076 0.131 0.080 0.022 0.258 226 I 0.034 0.070 0.345 0.122 0.118 0.037 0.007 0.268 227 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.989 228 S 0.016 0.034 0.111 0.045 0.106 0.144 0.007 0.536 229 L 0.153 0.089 0.059 0.035 0.050 0.098 0.016 0.500 230 S 0.108 0.119 0.047 0.037 0.065 0.115 0.018 0.490 231 A 0.163 0.093 0.028 0.021 0.039 0.112 0.015 0.529 232 I 0.166 0.147 0.027 0.016 0.031 0.118 0.019 0.477 233 S 0.160 0.192 0.032 0.025 0.041 0.136 0.026 0.388 234 E 0.220 0.201 0.052 0.036 0.039 0.084 0.030 0.338 235 N 0.188 0.140 0.038 0.031 0.040 0.085 0.037 0.441 236 M 0.277 0.083 0.100 0.035 0.057 0.066 0.022 0.358 237 E 0.031 0.048 0.045 0.022 0.036 0.315 0.011 0.492 238 G 0.084 0.034 0.021 0.013 0.029 0.156 0.020 0.643 239 N 0.236 0.088 0.048 0.014 0.019 0.151 0.029 0.414 240 S 0.111 0.032 0.048 0.019 0.017 0.157 0.017 0.599 241 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.990 242 S 0.015 0.025 0.021 0.030 0.094 0.363 0.004 0.449 243 Q 0.290 0.103 0.029 0.019 0.082 0.168 0.007 0.301 244 N 0.077 0.370 0.019 0.037 0.047 0.160 0.010 0.281 245 H 0.321 0.199 0.017 0.026 0.033 0.089 0.026 0.289 246 L 0.306 0.351 0.056 0.029 0.043 0.043 0.016 0.157 247 S 0.107 0.259 0.025 0.046 0.101 0.129 0.027 0.305 248 A 0.050 0.115 0.021 0.017 0.050 0.035 0.012 0.699