# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 209 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.506 0.229 0.142 0.090 0.029 0.004 0.001 2 Q 0.676 0.230 0.068 0.020 0.005 0.001 0.001 3 P 0.750 0.196 0.041 0.011 0.002 0.001 0.001 4 E 0.741 0.218 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 5 T 0.411 0.408 0.130 0.043 0.007 0.001 0.001 6 S 0.051 0.094 0.225 0.352 0.230 0.047 0.001 7 A 0.182 0.362 0.277 0.133 0.038 0.007 0.001 8 Q 0.245 0.413 0.211 0.098 0.028 0.005 0.001 9 Y 0.010 0.031 0.090 0.200 0.357 0.277 0.035 10 Q 0.008 0.027 0.067 0.158 0.352 0.330 0.058 11 H 0.041 0.185 0.280 0.262 0.154 0.068 0.010 12 R 0.019 0.089 0.243 0.304 0.255 0.074 0.016 13 F 0.001 0.002 0.005 0.013 0.099 0.574 0.306 14 S 0.004 0.026 0.104 0.266 0.334 0.221 0.044 15 Q 0.023 0.151 0.297 0.308 0.134 0.076 0.011 16 A 0.006 0.022 0.080 0.223 0.400 0.247 0.021 17 I 0.008 0.014 0.027 0.082 0.271 0.510 0.088 18 R 0.045 0.177 0.306 0.288 0.139 0.041 0.003 19 G 0.167 0.317 0.255 0.175 0.068 0.017 0.001 20 G 0.292 0.298 0.221 0.138 0.042 0.008 0.001 21 E 0.555 0.277 0.102 0.046 0.017 0.004 0.001 22 A 0.330 0.221 0.211 0.161 0.064 0.013 0.001 23 A 0.494 0.261 0.156 0.066 0.020 0.003 0.001 24 D 0.584 0.313 0.076 0.022 0.005 0.001 0.001 25 G 0.480 0.301 0.132 0.063 0.020 0.004 0.001 26 L 0.154 0.144 0.253 0.260 0.152 0.035 0.002 27 P 0.417 0.339 0.153 0.062 0.023 0.006 0.001 28 Q 0.292 0.319 0.218 0.116 0.042 0.011 0.001 29 D 0.166 0.324 0.219 0.185 0.083 0.021 0.002 30 R 0.014 0.062 0.152 0.283 0.277 0.189 0.022 31 L 0.006 0.015 0.031 0.086 0.288 0.475 0.099 32 N 0.019 0.106 0.226 0.313 0.203 0.115 0.018 33 V 0.004 0.011 0.031 0.092 0.245 0.389 0.229 34 Y 0.001 0.004 0.008 0.017 0.086 0.448 0.436 35 I 0.005 0.024 0.083 0.195 0.280 0.278 0.135 36 R 0.026 0.137 0.243 0.272 0.175 0.115 0.033 37 L 0.006 0.024 0.068 0.174 0.362 0.304 0.062 38 I 0.004 0.008 0.016 0.060 0.211 0.495 0.207 39 R 0.010 0.058 0.150 0.234 0.286 0.221 0.041 40 N 0.046 0.174 0.291 0.280 0.138 0.062 0.009 41 N 0.021 0.083 0.218 0.291 0.266 0.102 0.020 42 I 0.003 0.006 0.010 0.036 0.166 0.556 0.224 43 H 0.013 0.070 0.201 0.317 0.258 0.129 0.013 44 S 0.063 0.256 0.315 0.256 0.073 0.033 0.004 45 F 0.006 0.017 0.064 0.179 0.355 0.316 0.063 46 I 0.005 0.010 0.016 0.051 0.209 0.520 0.189 47 D 0.052 0.216 0.314 0.248 0.118 0.045 0.006 48 R 0.082 0.261 0.281 0.253 0.085 0.033 0.005 49 C 0.020 0.044 0.084 0.182 0.317 0.306 0.047 50 Y 0.022 0.040 0.077 0.201 0.353 0.268 0.039 51 T 0.162 0.309 0.246 0.147 0.088 0.043 0.007 52 E 0.067 0.136 0.226 0.284 0.183 0.086 0.018 53 T 0.049 0.068 0.082 0.146 0.278 0.306 0.071 54 R 0.088 0.184 0.253 0.236 0.171 0.062 0.006 55 Q 0.160 0.363 0.260 0.136 0.061 0.019 0.001 56 Y 0.042 0.093 0.238 0.332 0.222 0.070 0.003 57 F 0.066 0.093 0.219 0.360 0.211 0.049 0.002 58 D 0.489 0.363 0.103 0.030 0.013 0.002 0.001 59 S 0.624 0.307 0.049 0.016 0.003 0.001 0.001 60 K 0.626 0.330 0.034 0.009 0.002 0.001 0.001 61 E 0.112 0.293 0.309 0.229 0.048 0.008 0.001 62 W 0.033 0.061 0.194 0.315 0.326 0.069 0.002 63 S 0.175 0.425 0.274 0.098 0.025 0.003 0.001 64 R 0.096 0.293 0.359 0.191 0.053 0.007 0.001 65 L 0.015 0.033 0.068 0.197 0.393 0.268 0.026 66 K 0.023 0.113 0.248 0.377 0.184 0.052 0.003 67 E 0.157 0.372 0.265 0.137 0.050 0.018 0.001 68 G 0.058 0.179 0.271 0.304 0.147 0.038 0.002 69 F 0.013 0.036 0.078 0.196 0.367 0.281 0.028 70 V 0.029 0.060 0.125 0.247 0.301 0.206 0.033 71 R 0.135 0.291 0.271 0.180 0.093 0.028 0.003 72 D 0.195 0.290 0.229 0.188 0.071 0.024 0.003 73 A 0.143 0.162 0.218 0.240 0.165 0.066 0.006 74 R 0.299 0.289 0.198 0.131 0.056 0.024 0.003 75 A 0.216 0.143 0.165 0.196 0.176 0.088 0.017 76 Q 0.259 0.270 0.185 0.143 0.086 0.047 0.010 77 T 0.171 0.189 0.180 0.181 0.150 0.105 0.025 78 P 0.156 0.172 0.178 0.194 0.162 0.107 0.031 79 Y 0.113 0.144 0.171 0.190 0.184 0.141 0.056 80 F 0.044 0.044 0.056 0.112 0.197 0.335 0.211 81 Q 0.060 0.111 0.165 0.225 0.221 0.166 0.052 82 E 0.073 0.167 0.223 0.244 0.179 0.093 0.023 83 I 0.025 0.054 0.092 0.167 0.258 0.304 0.100 84 P 0.022 0.044 0.084 0.183 0.274 0.306 0.087 85 G 0.142 0.292 0.288 0.170 0.071 0.032 0.006 86 E 0.043 0.142 0.279 0.305 0.163 0.056 0.012 87 F 0.006 0.014 0.022 0.065 0.236 0.510 0.147 88 L 0.009 0.041 0.123 0.319 0.299 0.192 0.017 89 Q 0.100 0.347 0.270 0.172 0.077 0.031 0.003 90 Y 0.008 0.032 0.112 0.280 0.356 0.195 0.017 91 C 0.012 0.026 0.057 0.128 0.343 0.389 0.045 92 Q 0.141 0.360 0.278 0.151 0.058 0.011 0.001 93 S 0.227 0.383 0.205 0.125 0.049 0.011 0.001 94 P 0.165 0.217 0.265 0.234 0.102 0.016 0.001 95 P 0.421 0.362 0.128 0.059 0.026 0.004 0.001 96 L 0.296 0.320 0.200 0.120 0.052 0.011 0.001 97 S 0.133 0.189 0.274 0.241 0.128 0.034 0.002 98 D 0.320 0.378 0.191 0.081 0.023 0.006 0.001 99 G 0.038 0.098 0.244 0.294 0.225 0.087 0.015 100 I 0.005 0.009 0.018 0.042 0.179 0.506 0.241 101 L 0.005 0.021 0.066 0.173 0.247 0.362 0.126 102 A 0.018 0.086 0.159 0.207 0.209 0.218 0.104 103 L 0.001 0.004 0.013 0.043 0.137 0.420 0.382 104 M 0.001 0.001 0.003 0.011 0.069 0.427 0.488 105 D 0.006 0.038 0.098 0.187 0.203 0.271 0.197 106 F 0.005 0.016 0.037 0.099 0.213 0.379 0.251 107 E 0.008 0.024 0.046 0.098 0.233 0.397 0.194 108 Y 0.008 0.020 0.037 0.088 0.204 0.387 0.256 109 T 0.029 0.082 0.141 0.218 0.250 0.203 0.078 110 Q 0.079 0.160 0.208 0.226 0.181 0.116 0.030 111 L 0.034 0.064 0.100 0.198 0.282 0.255 0.066 112 L 0.053 0.077 0.103 0.203 0.267 0.247 0.052 113 A 0.121 0.175 0.235 0.237 0.153 0.070 0.009 114 E 0.157 0.289 0.268 0.186 0.074 0.024 0.002 115 V 0.080 0.095 0.161 0.272 0.266 0.119 0.007 116 A 0.311 0.287 0.200 0.132 0.058 0.011 0.001 117 Q 0.550 0.337 0.078 0.026 0.008 0.002 0.001 118 I 0.229 0.184 0.246 0.235 0.090 0.015 0.001 119 P 0.577 0.291 0.090 0.032 0.009 0.001 0.001 120 D 0.580 0.299 0.084 0.028 0.007 0.001 0.001 121 I 0.262 0.164 0.237 0.221 0.099 0.017 0.001 122 P 0.584 0.295 0.081 0.028 0.010 0.002 0.001 123 D 0.458 0.287 0.147 0.078 0.025 0.006 0.001 124 I 0.353 0.258 0.205 0.122 0.050 0.011 0.001 125 H 0.319 0.332 0.204 0.100 0.035 0.010 0.001 126 Y 0.136 0.121 0.211 0.268 0.194 0.066 0.005 127 S 0.317 0.255 0.205 0.139 0.063 0.019 0.002 128 N 0.484 0.307 0.123 0.058 0.022 0.006 0.001 129 D 0.448 0.333 0.127 0.062 0.022 0.007 0.001 130 S 0.118 0.124 0.166 0.251 0.228 0.100 0.014 131 K 0.119 0.252 0.262 0.211 0.100 0.048 0.008 132 Y 0.070 0.063 0.094 0.184 0.260 0.265 0.064 133 T 0.088 0.155 0.201 0.228 0.177 0.119 0.031 134 P 0.060 0.078 0.099 0.167 0.228 0.262 0.107 135 S 0.074 0.124 0.167 0.200 0.186 0.168 0.081 136 P 0.058 0.106 0.148 0.195 0.200 0.198 0.095 137 A 0.046 0.071 0.102 0.160 0.194 0.247 0.180 138 A 0.035 0.034 0.050 0.112 0.191 0.334 0.244 139 F 0.032 0.074 0.123 0.190 0.214 0.236 0.132 140 I 0.027 0.037 0.053 0.110 0.190 0.341 0.242 141 R 0.026 0.066 0.104 0.211 0.271 0.246 0.076 142 Q 0.082 0.179 0.197 0.222 0.176 0.113 0.030 143 Y 0.039 0.079 0.140 0.255 0.267 0.183 0.037 144 R 0.118 0.236 0.225 0.211 0.126 0.071 0.013 145 Y 0.057 0.081 0.166 0.270 0.273 0.138 0.014 146 D 0.246 0.370 0.212 0.111 0.044 0.015 0.001 147 V 0.073 0.073 0.123 0.266 0.280 0.168 0.016 148 T 0.162 0.210 0.223 0.213 0.143 0.046 0.003 149 H 0.362 0.311 0.189 0.096 0.035 0.008 0.001 150 D 0.504 0.323 0.112 0.045 0.013 0.003 0.001 151 L 0.319 0.227 0.205 0.165 0.068 0.014 0.001 152 Q 0.512 0.267 0.132 0.061 0.023 0.004 0.001 153 E 0.498 0.315 0.122 0.047 0.015 0.003 0.001 154 A 0.293 0.291 0.206 0.133 0.062 0.014 0.001 155 E 0.132 0.246 0.256 0.198 0.123 0.040 0.004 156 T 0.021 0.091 0.191 0.309 0.253 0.122 0.013 157 A 0.003 0.012 0.050 0.146 0.333 0.394 0.063 158 L 0.001 0.002 0.005 0.016 0.100 0.535 0.342 159 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.047 0.351 0.588 160 I 0.001 0.002 0.006 0.022 0.071 0.291 0.607 161 W 0.001 0.002 0.006 0.012 0.066 0.433 0.481 162 R 0.003 0.020 0.083 0.221 0.339 0.268 0.066 163 N 0.025 0.108 0.181 0.266 0.271 0.139 0.011 164 A 0.204 0.311 0.183 0.149 0.119 0.032 0.001 165 E 0.529 0.333 0.088 0.032 0.013 0.005 0.001 166 D 0.137 0.209 0.303 0.262 0.071 0.017 0.001 167 D 0.224 0.389 0.242 0.104 0.031 0.008 0.001 168 V 0.049 0.062 0.111 0.254 0.313 0.187 0.025 169 M 0.034 0.125 0.197 0.268 0.239 0.127 0.010 170 Y 0.036 0.098 0.156 0.240 0.254 0.193 0.024 171 Q 0.060 0.178 0.249 0.246 0.190 0.069 0.008 172 T 0.048 0.157 0.235 0.284 0.188 0.078 0.010 173 L 0.034 0.048 0.109 0.246 0.317 0.212 0.036 174 D 0.220 0.368 0.205 0.118 0.064 0.022 0.002 175 G 0.177 0.286 0.235 0.181 0.080 0.036 0.006 176 F 0.048 0.099 0.193 0.272 0.252 0.118 0.018 177 D 0.045 0.152 0.216 0.246 0.191 0.129 0.022 178 M 0.011 0.023 0.060 0.150 0.320 0.345 0.090 179 M 0.011 0.034 0.098 0.183 0.282 0.282 0.110 180 L 0.001 0.004 0.009 0.021 0.069 0.367 0.529 181 L 0.002 0.006 0.015 0.045 0.137 0.382 0.414 182 E 0.011 0.064 0.148 0.240 0.271 0.204 0.062 183 I 0.006 0.029 0.074 0.187 0.300 0.326 0.077 184 M 0.005 0.013 0.030 0.100 0.252 0.487 0.114 185 G 0.040 0.127 0.217 0.288 0.226 0.091 0.010 186 S 0.169 0.302 0.242 0.162 0.087 0.033 0.004 187 S 0.193 0.274 0.200 0.186 0.104 0.039 0.003 188 A 0.179 0.265 0.226 0.171 0.111 0.045 0.004 189 L 0.066 0.137 0.266 0.299 0.179 0.050 0.004 190 S 0.077 0.157 0.224 0.220 0.216 0.093 0.013 191 F 0.017 0.041 0.075 0.156 0.299 0.351 0.060 192 D 0.127 0.317 0.271 0.176 0.081 0.025 0.002 193 T 0.050 0.212 0.340 0.281 0.094 0.021 0.003 194 L 0.002 0.005 0.011 0.037 0.205 0.575 0.166 195 A 0.003 0.020 0.071 0.240 0.342 0.290 0.034 196 Q 0.052 0.282 0.309 0.217 0.089 0.045 0.005 197 T 0.007 0.040 0.169 0.344 0.317 0.111 0.012 198 L 0.002 0.006 0.009 0.028 0.187 0.614 0.155 199 V 0.018 0.097 0.233 0.341 0.222 0.079 0.010 200 E 0.168 0.386 0.234 0.139 0.050 0.020 0.002 201 F 0.027 0.087 0.198 0.305 0.274 0.102 0.006 202 M 0.053 0.085 0.141 0.242 0.322 0.145 0.012 203 P 0.185 0.283 0.240 0.158 0.100 0.032 0.003 204 K 0.319 0.326 0.197 0.108 0.035 0.013 0.002 205 A 0.178 0.177 0.220 0.234 0.134 0.050 0.006 206 D 0.210 0.267 0.242 0.170 0.075 0.032 0.004 207 N 0.088 0.118 0.144 0.209 0.233 0.168 0.039 208 W 0.051 0.070 0.106 0.175 0.249 0.268 0.080 209 K 0.068 0.160 0.263 0.255 0.136 0.093 0.025 210 N 0.060 0.119 0.175 0.216 0.215 0.160 0.056 211 I 0.018 0.030 0.046 0.104 0.217 0.372 0.212 212 L 0.010 0.021 0.034 0.083 0.184 0.413 0.253 213 L 0.016 0.063 0.132 0.219 0.227 0.244 0.098 214 G 0.027 0.091 0.161 0.234 0.269 0.174 0.045 215 K 0.015 0.072 0.130 0.214 0.317 0.204 0.047 216 W 0.010 0.036 0.065 0.174 0.308 0.339 0.069 217 S 0.043 0.170 0.282 0.275 0.153 0.071 0.006 218 G 0.050 0.215 0.337 0.277 0.088 0.030 0.003 219 W 0.011 0.030 0.087 0.248 0.390 0.214 0.021 220 I 0.015 0.047 0.094 0.251 0.365 0.203 0.023 221 E 0.077 0.288 0.286 0.220 0.090 0.035 0.004 222 Q 0.075 0.256 0.291 0.251 0.095 0.030 0.002 223 R 0.041 0.156 0.259 0.321 0.165 0.054 0.004 224 I 0.011 0.030 0.084 0.243 0.329 0.272 0.031 225 I 0.019 0.032 0.053 0.133 0.255 0.381 0.127 226 I 0.033 0.095 0.198 0.309 0.224 0.120 0.020 227 P 0.129 0.271 0.232 0.197 0.119 0.046 0.006 228 S 0.075 0.161 0.207 0.262 0.190 0.096 0.009 229 L 0.099 0.150 0.201 0.243 0.216 0.084 0.007 230 S 0.225 0.265 0.222 0.161 0.094 0.032 0.002 231 A 0.344 0.294 0.186 0.108 0.051 0.015 0.001 232 I 0.297 0.242 0.184 0.160 0.087 0.028 0.002 233 S 0.336 0.265 0.210 0.122 0.049 0.016 0.001 234 E 0.335 0.233 0.206 0.153 0.055 0.016 0.001 235 N 0.384 0.310 0.169 0.088 0.036 0.013 0.001 236 M 0.169 0.102 0.136 0.244 0.225 0.111 0.013 237 E 0.454 0.320 0.134 0.058 0.023 0.010 0.001 238 G 0.337 0.243 0.189 0.149 0.053 0.025 0.004 239 N 0.296 0.227 0.171 0.145 0.101 0.049 0.010 240 S 0.217 0.155 0.161 0.185 0.159 0.100 0.022 241 P 0.286 0.224 0.178 0.137 0.096 0.061 0.018 242 S 0.223 0.186 0.160 0.163 0.133 0.104 0.032 243 Q 0.230 0.163 0.146 0.170 0.156 0.106 0.030 244 N 0.397 0.287 0.143 0.085 0.052 0.030 0.006 245 H 0.226 0.180 0.168 0.175 0.137 0.091 0.023 246 L 0.193 0.118 0.137 0.185 0.186 0.146 0.035 247 S 0.358 0.228 0.184 0.128 0.064 0.032 0.006 248 A 0.626 0.216 0.088 0.044 0.017 0.007 0.001