(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0443 FP12834A, Neisseria gonorrhoeae, 248 residues
                                         10                  20        
                                         |                   |        
   1 ....M...Q.....P..E..T..S..A...Q..Y..Q...HRF.SQAI..R..G..G....E...
   2 ....M...-.....-..-..D..F..K...Q..V..Q...QSF.IDYI..R..D..Psr..P...
   3 ....M...Q.....P..E..I..S..A...Q..Y..Q...HRF.AQAI..R..E..G....E...
   4 ....M...-.....-..-..D..F..K...Q..V..Q...QSF.IDYI..R..D..Psr..P...
   5 ....M...Q.....P..E..T..S..A...Q..Y..Q...HRF.SQAI..R..G..G....E...
   6 tav.-...Q.....P..E..T..S..A...Q..Y..Q...HRF.AQAI..R..G..G....E...
   7 ....M...Q.....P..Ks.S..L..K...E..T..Q...QAL.ANAI..R..L..Gna..D...
   8 ....M...Q.....P..Ks.S..L..K...E..T..Q...QAL.ANAI..R..L..Gna..D...
   9 ....M...-.....-..-..N..F..K...Q..V..Q...QSF.IDYI..R..D..Pak..P...
  10 ....M...Q.....P..Ks.S..L..K...E..T..Q...QAL.ANAI..R..L..Gns..D...
  11 ....M...Q.....P..K..S..Ll.K...E..T..Q...QAL.ANAI..R..L..Gna..D...
  12 ....M...Q.....P..E..T..S..A...Q..Y..Q...HRF.AQAI..R..G..G....E...
  13 ....M...Q.....P..Ks.S..L..K...E..T..Q...QAL.ANAI..R..L..Gna..D...
  14 ....M...Q.....P..K..S..Ll.K...E..T..Q...QAL.ANAI..R..L..Gna..D...
  15 ....M...-.....-..-..D..F..K...Q..V..Q...QSF.IDYI..R..D..Psr..P...
  16 ....M...L.....P..Ks.S..L..K...E..T..Q...QAL.ANAI..R..L..Gna..D...
  17 ....M...L.....P..Ks.S..L..K...E..T..Q...QAL.ANAI..R..L..Gna..D...
  18 ....M...-.....-..-..N..F..K...Q..V..Q...QSF.IDYI..R..D..Pak..P...
  19 ....M...T.....-..-..N..F..K...L..I..Q...QQF.MAHI..R..N..Pehq.P...
  20 ....M...Q.....P..Ks.S..L..K...E..T..Q...QAL.ANAI..R..L..Gna..D...
  21 ....M...-.....-..-..D..F..K...Q..V..Q...QSF.IDYI..R..D..Pqk..P...
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  24 m...M...-.....-..-..-..F..K...Q..V..Q...QDF.MDYI..R..D..Pnq..P...
  25 ....M...-.....-..-..D..F..T...Q..V..Q...QSF.IDYI..R..D..Pqn..P...
  26 ....M...-.....-..-..G..F..I...E..V..Q...QQF.MDYI..R..D..Psl..P...
  27 ....M...-.....-..-..-..-..K...E..T..Q...QAL.ANAI..R..L..Gna..D...
  28 ....M...K.....D..K..N..F..Q...R..L..Q...REL.AAHL..R..N..Pnrh.P...
  29 ....M...N.....KqlP..E..F..Q...E..H..Q...YAF.AAHI..R..N..P....Dkna
  30 ....M...-.....-..-..N..H..T...T..L..Q...RRF.AARI..R..D..Pqq..A...
  31 ....M...-.....-..-..S..F..T...K..V..Q...QSF.IDYI..K..E..Psr..Q...
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  34 ....M...-.....-..-..N..H..T...T..L..Q...RRF.AARI..R..D..Pqq..A...
  35 ....M...-.....-..-..N..H..T...T..L..Q...RRF.AARI..R..D..Pqq..A...
  36 ....M...-.....-..-..N..H..T...T..L..Q...RRF.AARI..R..D..Pqq..A...
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  38 ....M...-.....-..-..T..I..E...Q..V..T...RQL.TSYI..R..D..Pesv.D...
  39 ....M...-.....-..-..S..F..I...E..I..Q...NEF.MAHI..R..K..Psqn.K...
  40 ....M...-.....-..-..S..F..T...Q..V..Q...QSF.IDYI..K..D..Pss..P...
  41 ....M...-.....-..-..S..F..I...D..V..Q...NEF.MAHI..R..E..Pkkn.K...
  42 ....M...-.....-..-..H..F..L...E..I..Q...QSF.IDHI..K..E..Pss..T...
  43 ....M...-.....D..E..R..L..R...Q..Q..Q...FSL.ARHL..R..D..Plgn.A...
  44 ....M...-.....-..-..S..F..V...K..V..Q...QNF.MDCI..K..D..Psl..Q...
  45 ....M...-.....A..K..N..L..A...Q..T..Q...QEF.VQAI..R..E..K....D...
  46 ....M...-.....-..-..K..F..D...V..I..Q...QSF.IDYI..K..Q..Psr..P...
  47 ....M...-.....D..E..R..L..R...Q..Q..Q...FSL.ARHL..R..D..Plgn.A...
  48 ....-...-.....-..-..-..-..M...T..R..E...AEF.TTAI..L..D..Arl..P...
  49 tgl.-...N.....P..D..C..L..C...E..R..Q...RNF.AAAL..L..E..Pdm..P...
  50 ....M...-.....D..E..R..L..R...Q..Q..Q...FSL.ARHL..R..D..Plgn.A...
  51 ....M...-.....-..-..S..F..K...D..I..Q...ADF.IEAI..R..R..Pdl..P...
  52 ....M...-.....D..E..R..L..R...Q..Q..Q...FSL.ARHL..R..D..Plgn.A...
  53 ....M...R.....S..-..S..L..S...H..P..QvdaASF.GRAL..L..D..Pqs..A...
  54 ....M...K.....-..-..S..L..L...T..L..Q...TQF.QEFI..Y..S..Gqg..S...
  55 ....M...Y.....-..-..D..F..Q...K..T..Q...LAF.IDHL..K..D..Path.P...
  56 ....M...N.....A..-..D..F..Q...Q..F..Q...REF.ARHL..R..D..Phha.P...
  57 ....M...A.....D..K..QtaL..A...Q..T..Q...RAF.ANAI..R..T..K....D...
  58 vee.-...H.....K..P..L..L..K...E..I..Q...AEF.ANAI..R..H..N....D...
  59 apra-...-.....R..P..S..A..S...S..Y..A...RQF.AAAL..L..D..Pqq..P...
  60 ....M...-.....-..-..D..F..A...A..R..Q...AAF.ADAL..L..H..Pdr..P...
  61 qva.-...S.....Q..P..A..F..Q...R..A..Q...FEL.AAHI..R..N..Pqtn.P...
  62 ....M...-.....A..K..N..L..A...Q..A..Q...QEF.VQAI..R..E..K....D...
  63 ....Mp..Q.....P..P..E..F..Q...R..F..Q...YAF.TAHL..R..D..Prak.P...
  64 ....M...K.....-..-..S..L..L...T..L..Q...TQF.QEFI..Y..S..Gqg..S...
  65 ....M...K.....-..-..S..L..L...T..L..Q...TQF.QEFI..Y..S..Gqg..S...
  66 ldp.-...S.....S..R..R..IepL...T..Y..A...ADF.APAL..T..N..Pda..G...
  67 ....M...A.....E..T..GfaF..Q...R..L..Q...RAF.ASHI..R..D..Parh.P...
  68 aag.M...V.....-..-..R..S..A...D..R..Q...ADF.TRAL..L..D..Plk..P...
  69 ....M...Q.....A..E..H..Ls.G...G..H..A...AAF.APGL..T..D..P....S...
  70 ....M...-.....A..D..S..L..R...E..Q..Q...FTL.ARHL..R..D..Pvan.P...
  71 m...M...S.....-..-..A..L..P...A..A..Q...SAF.AAAL..T..T..Ada..P...
  72 ....M...K.....-..-..S..L..L...T..L..Q...TQF.QEFI..Y..S..Gqg..S...
  73 ....M...-.....-..P..S..L..H...E..I..Q...CRF.ARAV..L..E..Q....Dpaa
  74 ....-...-.....-..-..-..-..-...-..M..Q...RGF.AARI..R..D..Pqa..S...
  75 ....M...-.....-..-..T..V..S...-..-..Q...TEF.THAM..M..D..Agq..P...
  76 ....M...-.....N..E..T..L..R...A..Q..Q...YAL.ARHL..R..D..Pqrh.A...
  77 ....M...-.....-..-..S..-..-...-..-..Q...TAF.TDAL..L..R..Pda..P...
  78 ....M...-.....P..P..NeiL..P...E..Tg.Q...PAF.GAAL..L..D..Pdl..P...
  79 ....M...-.....-..-..T..V..S...-..-..Q...TEF.THAM..M..D..Agq..P...
  80 ....M...-.....D..E..R..L..R...Q..Q..Q...FSL.ARHL..R..D..Plgn.A...
  81 ....M...-.....-..-..A..Ls.V...D..R..Q...KEF.AAAL..L..D..Peq..P...
  82 ....M...-.....-..-..T..V..-...-..T..Q...AEF.ARAM..M..D..Age..P...
  83 ....M...-.....-..-..S..V..S...Q..T..Q...--F.HTAL..L..D..Pas..A...
  84 ....M...Ada...P..D..R..L..R...A..Q..Q...HAF.TAHL..R..D..Pqgv.P...
  85 ....M...Q.....P..KssN..L..K...A..T..Q...AAL.AKAV..R..L..Gha..D...
  86 ....M...R.....S..D..A..A..As..D..Y..A...CAF.APGL..T..N..Psi..G...
  87 ....M...A.....Nl.P..H..F..Q...K..L..Q...YTF.TAHI..R..N..Pkhn.P...
  88 ....M...R.....S..D..A..A..As..D..Y..A...CAF.APGL..T..N..Psi..G...
  89 ....M...Q.....P..KssN..L..K...A..T..Q...AAL.AKAV..R..L..Gha..D...
  90 ....M...R.....T..D..A..A..As..D..Y..A...CAF.APGL..T..N..Psi..G...
  91 ....M...-.....N..E..T..L..R...A..Q..Q...YAL.ARHL..R..D..Pqrh.A...
  92 ....M...-.....-..-..S..G..T...D..-..Q...GLF.RAAV..M..N..Paa..A...
  93 ....M...-.....S..E..-..-..-...-..-..Q...TVF.ASAL..L..D..Paq..P...
  94 ....M...S.....K..M..T..F..K...E..I..Q...NRF.VEQL..K..A..P....Ekf6
  95 ....M...-.....A..E..T..L..R...E..Q..Q...MRM.ASFI..R..D..Pqas.P...
  96 ....M...-.....-..P..T..I..K...Q..M..Q...EFF.LNTV..L..N..Qq...Dia7
  97 ....-...-.....-..-..-..-..M...T..D..Q...TSF.RAAL..L..D..Psr..P...
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  99 ....Mp..Q.....S..P..S..L..L...E..L..Q...RAF.ADSM..L..G..Ehy..Plaa
 100 ....M...-.....-..-..S..V..D...-..-..Q...THF.RTAL..L..D..Saa..A...
 101 ....Ml..Q.....P..E..P..A..S...D..Y..A...TQF.AAAL..L..N..P....Dre8
 102 ....M...-.....-..-..S..G..I...Q..Q..Q...RDF.AARI..R..Q..Peaq.S...
 103 ....M...T.....-..-..T..L..-...-..-..-...HRF.RTPL..L..D..Ptq..D...
 104 ....M...S.....-..-..R..L..A...E..I..Q...QQF.MQYL..L..S..D....G...
 105 ....-...-.....-..-..-..-..-...-..-..-...---.---M..L..D..Pgl..P...
 106 ....M...T.....-..-..T..L..-...-..-..-...HRF.RTPL..L..D..Ptq..D...
 107 ....M...-.....A..K..E..F..K...I..L..Q...RQF.AQSI..R..Y..P....Dqei
 108 ....M...T.....A..P..S..L..A...A..Q..Q...EEF.MALL..L..D..Dar..D...
 109 lpv.M...-.....-..P..R..M..K...Q..I..Q...EFF.LNTV..F..N..Qq...Dta7
 110 ....M...N.....A..Pa.A..L..R...Q..F..Q...HDF.GRRL..R..D..Pgha.P...
 111 ....M...-.....-..-..T..V..-...-..T..Q...SAF.KAAV..L..D..Paa..T...
 112 ....M...S.....-..-..N..V..G...Q..L..-...-EF.SEAI..L..D..Pts..E...
 113 ....M...-.....-..P..R..M..K...Q..I..Q...EFF.LNTV..L..N..Qq...Dta7
 114 tsv.M...S.....-..-..S..L..A...-..-..-...GDF.AAAL..R..D..Pla..T...
 115 ....MtqtD.....P..K..Ta.L..G...S..Vd.Q...ATF.TQAM..M..D..Atq..D...
 116 ....M...-.....-..P..R..M..K...Q..I..Q...EFF.LNTV..L..N..Qq...Dta7
 117 ....-...-.....-..-..-..-..-...T..Is.Q...TCF.RDAL..F..D..Rak..P...
 118 ....M...Stp...P..P..E..L..R...E..L..Q...RLF.YGAI..S..T..K....D...
 119 ....M...-.....-..-..T..V..E...Q..T..Q...--F.RAAL..L..D..A....Qav.
 120 ....M...-.....-..-..S..-..-...-..-..Q...QAF.HHAL..L..D..Par..P...
 121 ....M...R.....N..T..L..L..E...T..I..Q...KEW.IAQF..K..E..E....A...
 122 ....M...-.....-..-..N..L..A...T..L..Q...SQF.AKAL..H..Y..Q....A...
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 124 rrp.M...Q.....P..D..S..H..A...A..Q..Q...QAF.EAAL..W..Q..Q....D...
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 126 ....M...S.....-..-..Q..L..Q...Q..L..Q...HAF.MDYL..L..A..Saav.D...
 127 ....M...S.....-..-..Q..L..Q...Q..L..Q...HAF.MDYL..L..A..Saav.D...
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 129 ....M...S.....-..-..D..L..S...R..L..Q...HDF.LTAI..StaE..G....G...
 130 ....M...-.....-..-..G..A..-...-..-..-...QAF.IAAL..T..A..Aga..E...
 131 ....M...S.....-..-..S..-..-...R..T..Q...SLF.AAAL..L..S..Eng..S...
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 134 ....M...R.....A..P..D..-..-...T..L..Q...QAF.ANAI..I..D..Te...P...
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 136 eaa.-...-.....-..-..D..D..L...D..Y..P...APF.VAGL..L..D..P....A...
 137 ....M...R.....N..T..L..L..E...T..I..Q...KEW.IAQF..K..E..E....A...
 138 ....M...S.....-..-..Q..L..Q...Q..L..Q...HAF.MNYL..L..A..Saav.D...
 139 ....M...S.....-..-..Q..L..Q...Q..L..Q...HAF.MDYL..L..A..Saav.D...
 140 ....-...-.....-..-..-..-..-...-..M..Q...YLF.SNHI..R..N..P....En14
 141 ....M...D.....-..-..N..L..L...R..Q..Q...QAL.TRYL..R..D..Pehe.A...
 142 ....M...N.....-..-..S..-..-...-..-..Q...TAF.ANAV..L..N..Pel..P...
 143 ....-...-.....-..-..-..-..-...-..M..Q...QQL.YQAL..L..D..P....Dlm.
 144 ....M...Tdya..P..R..S..L..A...D..L..Q...AGL.QNYV..L..G..D....G...
 145 ....M...-.....-..-..S..G..-...-..-..Q...GEF.ARAL..LsaE..P....G...
 146 ....M...H.....P..-..-..-..-...-..-..Q...AAF.ARAL..L..D..Pla..P...
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 148 ....M...-.....-..-..T..V..E...Q..T..Q...--F.RAAL..L..D..Aqa..A...
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 151 ....M...-.....N..L..S..L..G...Q..F..Q...QAF.IEAL..Y..S..R....P...
 152 ....M...T.....-..-..D..L..A...D..R..Q...EAF.LKAI..L..D..Dra..A...
 153 ....M...S.....-..-..Q..L..R...E..I..Q...QQF.MDYL..L..A..SaaqtP...
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 155 ....-...-.....-..-..-..-..-...-..-..-...-PW.PTAL..L..T..Ad...D...
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 157 ....M...N.....PrtP..T..L..A...E..L..Q...RAV.RRSL..S..D..Gv...Gvg9
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 160 ....M...D.....K..L..P..L..A...S..L..Q...QKL.IDYL..V..D..D....D...
 161 ....M...-.....S..Y..S..L..A...D..V..Q...SEF.ANAL..R..Y..Q....N...
 162 ....M...H.....P..-..-..-..-...-..-..Q...AAF.ARAL..L..D..Pla..P...
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 164 ....M...-.....-..-..R..L..A...Q..W..Q...NSF.MEAL..S..P..E....G...
 165 ....M...-.....-..-..S..L..I...A..L..Q...TAF.ETYL..T..G..Ds...A...
 166 ....M...N.....PrsP..T..L..A...E..L..Q...QAV.RLSL..L..GvaD....Daaa
 167 ....M...S.....H..-..S..L..A...N..V..Q...SEF.ANAL..C..Y..Q....N...
 168 ....M...T.....-..-..T..L..A...E..L..Q...TNF.IHDC..L..S..G....S...
 169 ....M...-.....-..-..R..L..A...Q..W..Q...SAF.IHAL..E..P..H....G...
 170 ....M...S.....N..Dt.S..L..R...A..M..Q...AWM.QAAL..I..N..P....R...
 171 ....M...N.....N..-..T..L..E...R..F..Q...DDF.VQAI..Y..G..Dl...G...
 172 ....M...-.....-..-..N..G..H...D..W..Q...HAL.LEAI..A..D..Pa...Q...
 173 ....M...S.....-..-..S..I..E...T..L..Q...SVV.ARAV..L..T..T....G...
 174 ....M...-.....-..-..N..L..A...T..L..Q...SQF.AKAL..H..Y..Q....A...
 175 ....M...-.....-..P..T..L..I...E..L..Q...HAI.RQSL..Q..S..Gv...Dga7
 176 ....M...S.....-..-..E..L..A...C..R..Q...QQF.AEGL..L..G..Qsv..A...
 177 ....M...S.....-..-..T..L..R...E..I..Q...HRW.AAAV..M..H..Pl...T...
 178 ....M...-.....S..Y..S..L..S...D..V..Q...SEF.ANAL..R..Y..Q....N...
 179 ....M...S.....-..-..E..L..L...A..F..Q...DAF.VAAL..A..G..E....Der6
 180 ....M...S.....D..Ph.P..L..M...T..L..Q...RWM.QSVI..T..N..Pr...G...
 181 ast.-...K.....D..P..Q..L..I...E..R..W...RRH.PDLL..R..G..A....G...
 182 ....M...Ni....S..E..S..I..K...T..K..M...QNF.THAI..R..Y..D....D...
 183 ....M...N.....A..G..V..L..I...E..Q..Q...RRL.SRAV..V..E..D....Aaag
 184 ....M...N.....A..-..N..G..H...H..F..Q...DDF.LRAI..L..A..P....Pgi7
 185 ....-...-.....-..-..-..-..-...-..M..Q...NSL.YQAL..L..E..Phs..R...
 186 ....M...S.....-..-..E..L..E...R..L..Q...AEF.QRSI..L..G..Q....Nsa6
 187 ....M...-.....N..L..S..L..G...Q..F..Q...AAF.VDAL..Y..L..R....P...
 188 ....M...-.....-..-..T..L..N...E..L..Q...QRF.SQAL..L..Y..Q....S...
 189 ....M...-.....-..-..H..L..H...D..W..Q...AHL.VGQL..T..-..-....A...
 190 ....M...Ni....S..E..S..I..K...T..K..M...QNF.THAI..R..Y..D....D...
 191 ....M...-.....-..-..R..L..A...D..W..Q...KAF.IQAL..E..P..Q....G...
 192 ....M...Ni....S..E..S..I..K...T..K..M...QNF.THAI..R..Y..D....D...
 193 ....M...-.....-..-..R..L..H...D..W..E...ARL.VGQL..T..A..D....Q...
 194 ast.-...K.....D..P..Q..L..I...E..R..W...RRH.PDLL..R..G..A....G...
 195 ....M...-.....-..-..S..L..L...A..L..Q...RGF.RDQI..L..A..E....Q...
 196 ....M...Ni....S..E..S..I..K...T..K..M...QNF.THAI..R..Y..D....D...
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 210 RLLRVDTLGYCAIEAI.....-..D.GR..RS.AA..D.I.C....H..RL.L.G..N..R...R
 211 RLLRVDTLGYFAIEAI.....-..D.GR..RS.AA..D.I.C....H..RL.L.G..N..R...R
 212 SYQRISTLEYAVLSSV.....L..E.KG..I-.--..D.I.F....E..S-.E.D..F..K...Q
 213 RRAAISEAEFFLLSRL.....Q..Q.G-..LK.IG..EaI.Y....E..FA.D.A..G..L...M
 214 RLLRVDTLGYFAIEAI.....-..D.GR..RS.AA..D.I.C....H..RL.L.G..N..R...R
 215 RLLRVDTLGYFAIEAI.....-..D.GR..RS.AA..D.I.C....H..RL.L.G..N..R...R
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