# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 208 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.005 0.030 0.009 0.023 0.179 0.052 0.698 2 Q 0.064 0.168 0.008 0.014 0.008 0.121 0.169 0.447 3 P 0.235 0.427 0.001 0.001 0.001 0.039 0.050 0.246 4 E 0.027 0.540 0.003 0.001 0.001 0.036 0.138 0.254 5 T 0.006 0.871 0.002 0.001 0.001 0.009 0.050 0.061 6 S 0.006 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.006 7 A 0.002 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.008 8 Q 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 9 Y 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 10 Q 0.011 0.310 0.007 0.001 0.001 0.005 0.657 0.007 11 H 0.002 0.726 0.006 0.005 0.001 0.009 0.231 0.020 12 R 0.011 0.928 0.005 0.001 0.001 0.005 0.020 0.029 13 F 0.014 0.927 0.004 0.002 0.001 0.006 0.029 0.017 14 S 0.051 0.726 0.006 0.002 0.002 0.024 0.091 0.097 15 Q 0.151 0.467 0.027 0.004 0.005 0.040 0.096 0.208 16 A 0.272 0.077 0.031 0.006 0.011 0.066 0.128 0.410 17 I 0.048 0.047 0.034 0.010 0.018 0.151 0.055 0.637 18 R 0.023 0.054 0.018 0.005 0.015 0.108 0.020 0.757 19 G 0.085 0.071 0.013 0.006 0.007 0.089 0.036 0.693 20 G 0.106 0.051 0.011 0.008 0.007 0.104 0.043 0.670 21 E 0.057 0.028 0.044 0.012 0.015 0.103 0.087 0.654 22 A 0.584 0.014 0.010 0.003 0.003 0.033 0.028 0.324 23 A 0.529 0.007 0.007 0.001 0.003 0.034 0.065 0.354 24 D 0.002 0.003 0.022 0.002 0.006 0.128 0.013 0.824 25 G 0.012 0.009 0.003 0.003 0.006 0.119 0.010 0.837 26 L 0.063 0.082 0.012 0.032 0.011 0.151 0.049 0.602 27 P 0.204 0.412 0.008 0.003 0.006 0.042 0.052 0.273 28 Q 0.096 0.286 0.009 0.004 0.005 0.057 0.299 0.245 29 D 0.013 0.503 0.036 0.017 0.013 0.073 0.121 0.224 30 R 0.014 0.887 0.005 0.003 0.018 0.008 0.026 0.038 31 L 0.001 0.956 0.003 0.005 0.005 0.003 0.018 0.010 32 N 0.001 0.872 0.007 0.008 0.006 0.001 0.103 0.002 33 V 0.001 0.938 0.004 0.008 0.005 0.001 0.038 0.004 34 Y 0.002 0.978 0.003 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 35 I 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 36 R 0.003 0.830 0.004 0.001 0.002 0.003 0.149 0.008 37 L 0.002 0.812 0.010 0.003 0.002 0.005 0.154 0.011 38 I 0.005 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 39 R 0.010 0.915 0.003 0.001 0.001 0.005 0.046 0.020 40 N 0.003 0.701 0.014 0.004 0.002 0.015 0.219 0.043 41 N 0.008 0.898 0.006 0.001 0.001 0.004 0.062 0.020 42 I 0.008 0.956 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.010 43 H 0.005 0.922 0.002 0.001 0.001 0.004 0.047 0.019 44 S 0.013 0.847 0.005 0.001 0.001 0.007 0.073 0.053 45 F 0.125 0.630 0.030 0.003 0.002 0.017 0.127 0.067 46 I 0.306 0.479 0.012 0.002 0.001 0.019 0.057 0.124 47 D 0.235 0.037 0.009 0.001 0.002 0.094 0.096 0.526 48 R 0.022 0.107 0.016 0.002 0.004 0.144 0.063 0.642 49 C 0.010 0.037 0.036 0.001 0.003 0.178 0.155 0.579 50 Y 0.024 0.580 0.010 0.008 0.002 0.065 0.104 0.207 51 T 0.063 0.621 0.011 0.003 0.003 0.039 0.057 0.204 52 E 0.058 0.620 0.036 0.005 0.004 0.026 0.064 0.187 53 T 0.193 0.322 0.063 0.005 0.006 0.043 0.153 0.214 54 R 0.198 0.207 0.073 0.008 0.011 0.055 0.128 0.321 55 Q 0.121 0.064 0.020 0.006 0.021 0.080 0.043 0.645 56 Y 0.047 0.062 0.028 0.011 0.023 0.148 0.051 0.630 57 F 0.014 0.128 0.040 0.008 0.018 0.145 0.050 0.597 58 D 0.057 0.816 0.003 0.001 0.002 0.016 0.035 0.070 59 S 0.080 0.707 0.002 0.001 0.001 0.015 0.136 0.059 60 K 0.004 0.774 0.005 0.001 0.001 0.017 0.104 0.094 61 E 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.011 62 W 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 63 S 0.003 0.924 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 0.011 64 R 0.005 0.931 0.002 0.001 0.001 0.003 0.042 0.016 65 L 0.011 0.928 0.003 0.001 0.001 0.002 0.047 0.008 66 K 0.016 0.896 0.003 0.001 0.001 0.007 0.050 0.026 67 E 0.014 0.895 0.002 0.001 0.001 0.008 0.025 0.054 68 G 0.030 0.772 0.014 0.002 0.004 0.016 0.069 0.091 69 F 0.086 0.543 0.051 0.011 0.008 0.032 0.169 0.100 70 V 0.268 0.113 0.037 0.011 0.014 0.063 0.160 0.335 71 R 0.087 0.028 0.022 0.007 0.011 0.100 0.023 0.721 72 D 0.028 0.039 0.037 0.005 0.010 0.114 0.024 0.742 73 A 0.207 0.071 0.021 0.006 0.006 0.093 0.047 0.549 74 R 0.375 0.023 0.006 0.002 0.002 0.059 0.093 0.440 75 A 0.004 0.007 0.020 0.003 0.005 0.151 0.025 0.786 76 Q 0.030 0.088 0.013 0.003 0.007 0.098 0.018 0.743 77 T 0.225 0.267 0.006 0.009 0.004 0.086 0.076 0.326 78 P 0.102 0.319 0.017 0.009 0.010 0.076 0.072 0.394 79 Y 0.209 0.320 0.032 0.004 0.020 0.046 0.094 0.276 80 F 0.159 0.105 0.047 0.015 0.016 0.087 0.183 0.387 81 Q 0.024 0.124 0.026 0.035 0.038 0.128 0.034 0.591 82 E 0.066 0.363 0.015 0.008 0.026 0.059 0.030 0.433 83 I 0.068 0.674 0.007 0.007 0.006 0.027 0.054 0.156 84 P 0.099 0.676 0.004 0.004 0.004 0.024 0.078 0.111 85 G 0.033 0.729 0.007 0.008 0.007 0.022 0.055 0.140 86 E 0.057 0.755 0.008 0.003 0.010 0.013 0.031 0.123 87 F 0.080 0.769 0.010 0.008 0.007 0.017 0.046 0.064 88 L 0.182 0.370 0.023 0.016 0.025 0.043 0.158 0.182 89 Q 0.170 0.099 0.031 0.019 0.030 0.062 0.132 0.457 90 Y 0.163 0.039 0.033 0.017 0.021 0.076 0.059 0.592 91 C 0.067 0.008 0.061 0.017 0.021 0.154 0.053 0.619 92 Q 0.019 0.010 0.029 0.006 0.009 0.113 0.012 0.803 93 S 0.058 0.011 0.014 0.004 0.003 0.107 0.019 0.785 94 P 0.123 0.015 0.012 0.005 0.003 0.116 0.038 0.690 95 P 0.017 0.020 0.019 0.002 0.003 0.106 0.021 0.813 96 L 0.075 0.171 0.014 0.001 0.002 0.076 0.034 0.626 97 S 0.205 0.430 0.005 0.002 0.001 0.041 0.099 0.217 98 D 0.034 0.590 0.010 0.005 0.003 0.043 0.048 0.267 99 G 0.083 0.703 0.010 0.002 0.007 0.015 0.053 0.126 100 I 0.030 0.815 0.008 0.006 0.005 0.013 0.060 0.063 101 L 0.041 0.728 0.014 0.008 0.010 0.014 0.130 0.057 102 A 0.032 0.828 0.004 0.008 0.011 0.009 0.045 0.064 103 L 0.025 0.912 0.005 0.003 0.010 0.006 0.010 0.029 104 M 0.012 0.947 0.003 0.002 0.007 0.004 0.013 0.012 105 D 0.009 0.167 0.008 0.006 0.009 0.015 0.756 0.029 106 F 0.003 0.722 0.011 0.020 0.007 0.011 0.209 0.016 107 E 0.027 0.917 0.006 0.002 0.003 0.003 0.030 0.012 108 Y 0.021 0.896 0.003 0.003 0.001 0.008 0.033 0.034 109 T 0.014 0.794 0.008 0.003 0.004 0.024 0.086 0.066 110 Q 0.039 0.797 0.013 0.003 0.005 0.017 0.067 0.059 111 L 0.151 0.637 0.006 0.004 0.004 0.015 0.090 0.093 112 L 0.096 0.495 0.008 0.012 0.009 0.052 0.051 0.277 113 A 0.117 0.254 0.030 0.012 0.028 0.078 0.056 0.426 114 E 0.311 0.112 0.026 0.010 0.018 0.051 0.038 0.433 115 V 0.439 0.014 0.009 0.007 0.010 0.057 0.029 0.436 116 A 0.021 0.010 0.028 0.014 0.024 0.112 0.016 0.776 117 Q 0.050 0.006 0.017 0.004 0.008 0.077 0.009 0.829 118 I 0.346 0.008 0.009 0.006 0.003 0.060 0.080 0.488 119 P 0.010 0.004 0.023 0.004 0.006 0.106 0.026 0.820 120 D 0.013 0.011 0.015 0.002 0.004 0.071 0.012 0.871 121 I 0.055 0.048 0.019 0.010 0.006 0.109 0.066 0.686 122 P 0.126 0.197 0.030 0.010 0.012 0.085 0.058 0.483 123 D 0.201 0.051 0.035 0.005 0.016 0.078 0.171 0.444 124 I 0.017 0.006 0.108 0.021 0.019 0.124 0.370 0.336 125 H 0.054 0.017 0.084 0.016 0.032 0.130 0.093 0.573 126 Y 0.109 0.003 0.036 0.010 0.010 0.122 0.151 0.558 127 S 0.035 0.003 0.034 0.021 0.014 0.173 0.040 0.680 128 N 0.020 0.001 0.010 0.002 0.004 0.099 0.006 0.858 129 D 0.023 0.001 0.026 0.017 0.013 0.127 0.024 0.770 130 S 0.030 0.005 0.075 0.027 0.047 0.134 0.039 0.642 131 K 0.008 0.002 0.085 0.021 0.039 0.123 0.021 0.701 132 Y 0.006 0.001 0.073 0.035 0.061 0.129 0.024 0.669 133 T 0.009 0.006 0.209 0.111 0.113 0.126 0.055 0.372 134 P 0.030 0.011 0.046 0.014 0.021 0.098 0.030 0.751 135 S 0.153 0.189 0.044 0.036 0.030 0.076 0.213 0.258 136 P 0.111 0.258 0.052 0.020 0.036 0.076 0.095 0.354 137 A 0.036 0.195 0.047 0.050 0.097 0.078 0.108 0.389 138 A 0.035 0.191 0.075 0.080 0.182 0.069 0.115 0.252 139 F 0.038 0.135 0.059 0.185 0.239 0.040 0.154 0.150 140 I 0.078 0.054 0.059 0.130 0.178 0.077 0.131 0.292 141 R 0.066 0.034 0.060 0.137 0.235 0.073 0.073 0.321 142 Q 0.060 0.009 0.047 0.060 0.114 0.120 0.045 0.545 143 Y 0.143 0.026 0.042 0.054 0.088 0.106 0.060 0.482 144 R 0.031 0.005 0.024 0.016 0.026 0.135 0.060 0.703 145 Y 0.013 0.012 0.052 0.036 0.043 0.148 0.053 0.644 146 D 0.031 0.020 0.028 0.022 0.026 0.128 0.055 0.690 147 V 0.063 0.052 0.032 0.028 0.022 0.099 0.052 0.653 148 T 0.183 0.107 0.015 0.012 0.014 0.075 0.062 0.533 149 H 0.125 0.074 0.022 0.009 0.016 0.099 0.054 0.601 150 D 0.083 0.079 0.023 0.012 0.022 0.106 0.076 0.598 151 L 0.287 0.070 0.011 0.010 0.017 0.077 0.095 0.433 152 Q 0.130 0.035 0.009 0.010 0.014 0.098 0.163 0.540 153 E 0.026 0.028 0.018 0.010 0.019 0.144 0.065 0.690 154 A 0.076 0.071 0.025 0.016 0.028 0.142 0.085 0.557 155 E 0.045 0.067 0.038 0.041 0.052 0.175 0.098 0.484 156 T 0.011 0.044 0.101 0.061 0.179 0.138 0.141 0.325 157 A 0.003 0.024 0.159 0.143 0.358 0.057 0.098 0.156 158 L 0.002 0.016 0.263 0.242 0.275 0.042 0.047 0.113 159 L 0.003 0.017 0.229 0.309 0.298 0.023 0.058 0.063 160 I 0.011 0.007 0.113 0.266 0.357 0.042 0.053 0.153 161 W 0.009 0.004 0.101 0.241 0.324 0.089 0.059 0.174 162 R 0.017 0.007 0.066 0.069 0.123 0.112 0.047 0.559 163 N 0.357 0.029 0.012 0.027 0.033 0.074 0.175 0.294 164 A 0.169 0.030 0.007 0.013 0.014 0.104 0.082 0.581 165 E 0.027 0.016 0.007 0.014 0.027 0.088 0.027 0.796 166 D 0.024 0.026 0.019 0.043 0.134 0.108 0.040 0.606 167 D 0.019 0.029 0.046 0.191 0.295 0.075 0.071 0.274 168 V 0.012 0.006 0.034 0.118 0.189 0.094 0.105 0.442 169 M 0.012 0.019 0.097 0.333 0.256 0.057 0.087 0.138 170 Y 0.057 0.012 0.043 0.074 0.123 0.076 0.049 0.567 171 Q 0.036 0.023 0.113 0.189 0.120 0.091 0.069 0.359 172 T 0.031 0.020 0.027 0.025 0.043 0.123 0.047 0.684 173 L 0.036 0.128 0.046 0.029 0.034 0.101 0.094 0.534 174 D 0.080 0.731 0.004 0.004 0.004 0.017 0.048 0.113 175 G 0.047 0.784 0.004 0.003 0.002 0.013 0.074 0.074 176 F 0.010 0.890 0.003 0.001 0.001 0.005 0.054 0.036 177 D 0.016 0.868 0.003 0.001 0.002 0.002 0.093 0.016 178 M 0.005 0.894 0.002 0.002 0.001 0.002 0.084 0.010 179 M 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 180 L 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 181 L 0.019 0.802 0.005 0.003 0.002 0.007 0.146 0.016 182 E 0.120 0.138 0.012 0.003 0.003 0.019 0.645 0.059 183 I 0.030 0.020 0.054 0.007 0.003 0.075 0.522 0.290 184 M 0.075 0.031 0.055 0.005 0.002 0.122 0.108 0.602 185 G 0.268 0.018 0.017 0.001 0.001 0.083 0.019 0.595 186 S 0.059 0.007 0.013 0.001 0.001 0.098 0.018 0.804 187 S 0.015 0.012 0.013 0.001 0.001 0.104 0.014 0.841 188 A 0.009 0.013 0.014 0.001 0.002 0.108 0.016 0.837 189 L 0.006 0.034 0.090 0.006 0.005 0.155 0.134 0.570 190 S 0.010 0.794 0.018 0.002 0.003 0.031 0.059 0.082 191 F 0.030 0.925 0.005 0.001 0.001 0.005 0.019 0.014 192 D 0.023 0.759 0.011 0.002 0.002 0.015 0.137 0.051 193 T 0.002 0.070 0.028 0.001 0.002 0.023 0.833 0.039 194 L 0.002 0.860 0.015 0.002 0.002 0.015 0.077 0.028 195 A 0.007 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.027 0.006 196 Q 0.007 0.890 0.001 0.002 0.001 0.009 0.020 0.070 197 T 0.033 0.745 0.009 0.001 0.002 0.021 0.078 0.111 198 L 0.295 0.381 0.047 0.002 0.002 0.029 0.127 0.117 199 V 0.469 0.032 0.006 0.001 0.001 0.039 0.105 0.346 200 E 0.008 0.023 0.008 0.001 0.003 0.101 0.014 0.842 201 F 0.013 0.047 0.018 0.001 0.004 0.108 0.012 0.797 202 M 0.324 0.171 0.012 0.003 0.001 0.072 0.099 0.318 203 P 0.113 0.138 0.008 0.001 0.001 0.078 0.099 0.563 204 K 0.021 0.361 0.016 0.001 0.002 0.076 0.094 0.429 205 A 0.041 0.692 0.007 0.001 0.001 0.030 0.082 0.147 206 D 0.016 0.290 0.009 0.001 0.001 0.036 0.537 0.109 207 N 0.004 0.817 0.006 0.001 0.001 0.016 0.089 0.067 208 W 0.012 0.914 0.003 0.001 0.001 0.003 0.056 0.012 209 K 0.003 0.952 0.002 0.001 0.001 0.003 0.027 0.013 210 N 0.008 0.894 0.003 0.001 0.001 0.007 0.058 0.029 211 I 0.023 0.867 0.006 0.001 0.001 0.008 0.065 0.029 212 L 0.045 0.822 0.008 0.001 0.001 0.010 0.078 0.036 213 L 0.035 0.246 0.011 0.002 0.001 0.038 0.559 0.109 214 G 0.011 0.449 0.019 0.003 0.002 0.056 0.289 0.172 215 K 0.042 0.735 0.010 0.001 0.001 0.025 0.034 0.152 216 W 0.027 0.868 0.002 0.001 0.001 0.011 0.021 0.070 217 S 0.024 0.690 0.005 0.001 0.001 0.029 0.063 0.187 218 G 0.028 0.519 0.027 0.002 0.003 0.036 0.207 0.179 219 W 0.089 0.115 0.104 0.009 0.005 0.055 0.417 0.206 220 I 0.559 0.040 0.021 0.003 0.003 0.036 0.082 0.255 221 E 0.046 0.009 0.036 0.002 0.004 0.108 0.041 0.754 222 Q 0.005 0.007 0.128 0.005 0.013 0.134 0.029 0.679 223 R 0.010 0.014 0.225 0.027 0.045 0.124 0.064 0.490 224 I 0.002 0.004 0.246 0.050 0.048 0.112 0.020 0.518 225 I 0.015 0.022 0.463 0.063 0.100 0.058 0.057 0.222 226 I 0.056 0.018 0.341 0.036 0.037 0.068 0.180 0.263 227 P 0.043 0.032 0.271 0.032 0.040 0.099 0.109 0.374 228 S 0.127 0.104 0.088 0.016 0.047 0.094 0.073 0.452 229 L 0.113 0.061 0.053 0.027 0.030 0.120 0.181 0.415 230 S 0.052 0.130 0.029 0.032 0.045 0.144 0.104 0.463 231 A 0.093 0.141 0.039 0.020 0.050 0.100 0.173 0.384 232 I 0.165 0.050 0.013 0.033 0.026 0.099 0.103 0.511 233 S 0.072 0.034 0.017 0.022 0.050 0.155 0.086 0.565 234 E 0.015 0.012 0.026 0.013 0.024 0.122 0.022 0.767 235 N 0.491 0.032 0.008 0.007 0.010 0.055 0.119 0.277 236 M 0.214 0.019 0.012 0.007 0.006 0.101 0.076 0.564 237 E 0.029 0.005 0.020 0.002 0.007 0.132 0.034 0.770 238 G 0.004 0.005 0.009 0.006 0.008 0.187 0.023 0.758 239 N 0.023 0.033 0.017 0.014 0.016 0.172 0.027 0.698 240 S 0.116 0.122 0.022 0.024 0.025 0.105 0.224 0.362 241 P 0.048 0.170 0.048 0.017 0.026 0.092 0.141 0.458 242 S 0.265 0.307 0.036 0.010 0.020 0.047 0.096 0.220 243 Q 0.174 0.098 0.027 0.026 0.027 0.092 0.199 0.356 244 N 0.040 0.062 0.014 0.029 0.044 0.114 0.056 0.641 245 H 0.159 0.072 0.020 0.014 0.048 0.114 0.109 0.462 246 L 0.113 0.044 0.015 0.033 0.029 0.131 0.097 0.539 247 S 0.164 0.072 0.011 0.014 0.027 0.102 0.083 0.527 248 A 0.050 0.030 0.016 0.016 0.022 0.136 0.054 0.676