# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 208 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.035 0.103 0.039 0.079 0.076 0.012 0.587 2 Q 0.046 0.012 0.043 0.022 0.034 0.326 0.005 0.513 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 4 E 0.015 0.009 0.020 0.007 0.020 0.195 0.002 0.732 5 T 0.123 0.027 0.007 0.002 0.003 0.222 0.003 0.613 6 S 0.133 0.275 0.007 0.002 0.006 0.099 0.006 0.472 7 A 0.052 0.473 0.005 0.001 0.002 0.113 0.004 0.351 8 Q 0.024 0.391 0.002 0.001 0.001 0.349 0.003 0.231 9 Y 0.020 0.909 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.044 10 Q 0.005 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 11 H 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 12 R 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 13 F 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 14 S 0.010 0.967 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 15 Q 0.011 0.951 0.013 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 16 A 0.055 0.901 0.009 0.001 0.001 0.002 0.012 0.020 17 I 0.042 0.921 0.012 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 18 R 0.077 0.788 0.024 0.004 0.005 0.014 0.035 0.053 19 G 0.297 0.321 0.028 0.004 0.006 0.015 0.100 0.228 20 G 0.244 0.124 0.073 0.010 0.008 0.051 0.062 0.427 21 E 0.056 0.030 0.049 0.012 0.009 0.108 0.018 0.718 22 A 0.081 0.029 0.062 0.015 0.019 0.098 0.014 0.683 23 A 0.089 0.037 0.042 0.013 0.011 0.139 0.008 0.661 24 D 0.055 0.030 0.020 0.007 0.007 0.138 0.013 0.729 25 G 0.516 0.019 0.019 0.003 0.006 0.046 0.077 0.314 26 L 0.499 0.017 0.065 0.009 0.008 0.145 0.020 0.237 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 28 Q 0.004 0.001 0.003 0.002 0.012 0.033 0.001 0.943 29 D 0.171 0.017 0.025 0.017 0.021 0.139 0.003 0.607 30 R 0.154 0.084 0.017 0.013 0.023 0.183 0.008 0.517 31 L 0.092 0.316 0.035 0.040 0.071 0.069 0.006 0.371 32 N 0.042 0.453 0.042 0.034 0.050 0.088 0.004 0.287 33 V 0.026 0.629 0.026 0.029 0.036 0.027 0.003 0.224 34 Y 0.004 0.915 0.016 0.005 0.019 0.008 0.001 0.032 35 I 0.007 0.925 0.005 0.005 0.012 0.009 0.002 0.037 36 R 0.007 0.951 0.004 0.001 0.003 0.003 0.002 0.027 37 L 0.020 0.946 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 38 I 0.012 0.958 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 39 R 0.012 0.953 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.022 40 N 0.020 0.943 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.024 41 N 0.024 0.920 0.003 0.001 0.001 0.006 0.006 0.041 42 I 0.013 0.937 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.035 43 H 0.013 0.889 0.006 0.001 0.001 0.017 0.004 0.069 44 S 0.012 0.936 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.036 45 F 0.009 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 46 I 0.007 0.981 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 47 D 0.029 0.950 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 48 R 0.051 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 49 C 0.271 0.556 0.004 0.001 0.001 0.007 0.094 0.068 50 Y 0.070 0.744 0.029 0.003 0.002 0.013 0.021 0.119 51 T 0.018 0.258 0.034 0.004 0.003 0.070 0.011 0.602 52 E 0.063 0.335 0.020 0.008 0.005 0.082 0.011 0.474 53 T 0.075 0.689 0.042 0.004 0.007 0.027 0.007 0.150 54 R 0.031 0.835 0.031 0.012 0.010 0.011 0.004 0.067 55 Q 0.044 0.796 0.020 0.007 0.012 0.013 0.007 0.102 56 Y 0.130 0.722 0.012 0.008 0.012 0.012 0.019 0.086 57 F 0.112 0.708 0.023 0.014 0.024 0.015 0.027 0.077 58 D 0.068 0.368 0.039 0.015 0.020 0.054 0.025 0.411 59 S 0.057 0.170 0.019 0.006 0.009 0.078 0.016 0.645 60 K 0.053 0.103 0.010 0.003 0.003 0.170 0.010 0.649 61 E 0.068 0.140 0.006 0.002 0.002 0.379 0.010 0.393 62 W 0.060 0.580 0.016 0.002 0.004 0.113 0.005 0.220 63 S 0.024 0.856 0.010 0.001 0.002 0.024 0.002 0.082 64 R 0.023 0.847 0.004 0.001 0.001 0.012 0.002 0.110 65 L 0.018 0.922 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.041 66 K 0.015 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 67 E 0.014 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 68 G 0.013 0.943 0.003 0.001 0.001 0.004 0.008 0.028 69 F 0.067 0.869 0.005 0.001 0.001 0.004 0.015 0.041 70 V 0.014 0.952 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 71 R 0.044 0.880 0.016 0.004 0.004 0.006 0.012 0.035 72 D 0.164 0.695 0.007 0.003 0.003 0.005 0.033 0.091 73 A 0.236 0.483 0.020 0.004 0.004 0.021 0.068 0.163 74 R 0.110 0.291 0.055 0.014 0.008 0.068 0.043 0.411 75 A 0.081 0.102 0.059 0.017 0.015 0.094 0.025 0.607 76 Q 0.216 0.112 0.052 0.013 0.016 0.100 0.037 0.454 77 T 0.336 0.056 0.049 0.014 0.015 0.087 0.021 0.422 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 79 Y 0.024 0.017 0.018 0.011 0.028 0.439 0.004 0.458 80 F 0.506 0.044 0.023 0.012 0.017 0.084 0.007 0.307 81 Q 0.210 0.276 0.071 0.028 0.036 0.078 0.010 0.290 82 E 0.257 0.164 0.043 0.009 0.019 0.107 0.017 0.385 83 I 0.222 0.213 0.045 0.010 0.020 0.104 0.020 0.366 84 P 0.009 0.022 0.003 0.001 0.003 0.017 0.003 0.943 85 G 0.041 0.062 0.014 0.005 0.008 0.151 0.010 0.710 86 E 0.185 0.120 0.019 0.004 0.004 0.211 0.014 0.444 87 F 0.168 0.416 0.020 0.005 0.008 0.050 0.010 0.322 88 L 0.048 0.671 0.027 0.005 0.011 0.024 0.004 0.210 89 Q 0.036 0.675 0.010 0.003 0.004 0.042 0.006 0.224 90 Y 0.110 0.752 0.006 0.002 0.003 0.015 0.016 0.097 91 C 0.198 0.707 0.018 0.003 0.005 0.005 0.018 0.046 92 Q 0.173 0.604 0.051 0.012 0.012 0.015 0.040 0.095 93 S 0.285 0.233 0.023 0.008 0.013 0.029 0.066 0.343 94 P 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.011 0.006 0.944 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 96 L 0.036 0.003 0.033 0.004 0.005 0.097 0.002 0.819 97 S 0.141 0.021 0.022 0.009 0.006 0.087 0.003 0.711 98 D 0.025 0.023 0.005 0.001 0.002 0.042 0.001 0.902 99 G 0.072 0.067 0.008 0.001 0.002 0.409 0.004 0.436 100 I 0.245 0.333 0.013 0.002 0.004 0.108 0.008 0.286 101 L 0.030 0.726 0.013 0.002 0.004 0.045 0.003 0.177 102 A 0.015 0.796 0.006 0.001 0.001 0.048 0.003 0.130 103 L 0.023 0.932 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.033 104 M 0.014 0.962 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 105 D 0.010 0.962 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 106 F 0.011 0.957 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 107 E 0.007 0.907 0.003 0.001 0.001 0.020 0.005 0.055 108 Y 0.009 0.938 0.005 0.001 0.001 0.012 0.003 0.031 109 T 0.009 0.960 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 110 Q 0.006 0.972 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 111 L 0.016 0.947 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.023 112 L 0.033 0.938 0.005 0.001 0.002 0.001 0.007 0.013 113 A 0.043 0.840 0.018 0.004 0.004 0.010 0.021 0.060 114 E 0.123 0.616 0.019 0.006 0.005 0.029 0.059 0.142 115 V 0.267 0.508 0.054 0.007 0.008 0.010 0.040 0.106 116 A 0.073 0.399 0.049 0.012 0.008 0.072 0.029 0.358 117 Q 0.179 0.139 0.027 0.011 0.015 0.089 0.060 0.480 118 I 0.534 0.070 0.081 0.008 0.008 0.028 0.035 0.236 119 P 0.004 0.003 0.005 0.002 0.001 0.008 0.001 0.976 120 D 0.013 0.004 0.012 0.003 0.008 0.022 0.002 0.936 121 I 0.188 0.022 0.103 0.021 0.028 0.094 0.007 0.538 122 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.985 123 D 0.029 0.008 0.012 0.007 0.015 0.054 0.002 0.873 124 I 0.173 0.058 0.055 0.023 0.035 0.102 0.008 0.546 125 H 0.156 0.097 0.013 0.014 0.024 0.208 0.012 0.475 126 Y 0.251 0.242 0.022 0.016 0.038 0.076 0.023 0.333 127 S 0.174 0.202 0.029 0.019 0.029 0.088 0.035 0.424 128 N 0.160 0.105 0.021 0.014 0.014 0.087 0.045 0.554 129 D 0.299 0.095 0.044 0.019 0.022 0.070 0.053 0.399 130 S 0.170 0.101 0.065 0.051 0.037 0.214 0.033 0.328 131 K 0.162 0.034 0.035 0.039 0.039 0.183 0.021 0.486 132 Y 0.139 0.038 0.094 0.037 0.053 0.064 0.014 0.561 133 T 0.072 0.015 0.100 0.099 0.079 0.143 0.007 0.485 134 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 135 S 0.028 0.005 0.041 0.037 0.093 0.360 0.003 0.432 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 137 A 0.021 0.011 0.017 0.025 0.069 0.325 0.003 0.528 138 A 0.443 0.025 0.025 0.035 0.035 0.139 0.006 0.292 139 F 0.099 0.281 0.081 0.119 0.148 0.053 0.005 0.214 140 I 0.041 0.354 0.095 0.107 0.201 0.023 0.005 0.174 141 R 0.033 0.413 0.063 0.123 0.232 0.016 0.007 0.111 142 Q 0.071 0.370 0.035 0.081 0.178 0.023 0.025 0.218 143 Y 0.119 0.270 0.077 0.091 0.144 0.034 0.045 0.220 144 R 0.105 0.091 0.085 0.059 0.077 0.052 0.045 0.485 145 Y 0.083 0.053 0.139 0.082 0.079 0.077 0.018 0.468 146 D 0.031 0.015 0.037 0.019 0.033 0.066 0.006 0.792 147 V 0.093 0.030 0.080 0.037 0.070 0.123 0.010 0.558 148 T 0.028 0.009 0.018 0.008 0.018 0.065 0.003 0.851 149 H 0.010 0.003 0.005 0.003 0.007 0.019 0.001 0.951 150 D 0.071 0.027 0.024 0.012 0.029 0.109 0.006 0.722 151 L 0.186 0.060 0.017 0.011 0.020 0.098 0.010 0.598 152 Q 0.113 0.138 0.012 0.011 0.023 0.191 0.012 0.500 153 E 0.184 0.130 0.008 0.006 0.012 0.217 0.022 0.423 154 A 0.286 0.209 0.024 0.011 0.020 0.052 0.044 0.354 155 E 0.101 0.180 0.045 0.019 0.024 0.047 0.023 0.560 156 T 0.067 0.187 0.073 0.104 0.115 0.069 0.027 0.359 157 A 0.155 0.108 0.118 0.174 0.209 0.028 0.020 0.189 158 L 0.026 0.044 0.101 0.424 0.322 0.018 0.005 0.059 159 L 0.005 0.011 0.053 0.477 0.419 0.007 0.001 0.027 160 I 0.002 0.010 0.067 0.467 0.419 0.005 0.001 0.028 161 W 0.001 0.003 0.023 0.381 0.570 0.002 0.001 0.020 162 R 0.003 0.004 0.036 0.285 0.560 0.019 0.001 0.091 163 N 0.003 0.002 0.014 0.451 0.459 0.026 0.002 0.042 164 A 0.008 0.004 0.025 0.089 0.196 0.105 0.006 0.566 165 E 0.004 0.001 0.002 0.004 0.006 0.893 0.003 0.087 166 D 0.421 0.008 0.004 0.007 0.008 0.248 0.166 0.138 167 D 0.356 0.045 0.029 0.019 0.020 0.251 0.048 0.233 168 V 0.033 0.027 0.103 0.129 0.165 0.186 0.006 0.351 169 M 0.019 0.017 0.065 0.177 0.504 0.082 0.003 0.133 170 Y 0.018 0.017 0.039 0.184 0.424 0.028 0.002 0.289 171 Q 0.024 0.035 0.121 0.232 0.336 0.073 0.004 0.175 172 T 0.037 0.025 0.070 0.060 0.112 0.049 0.006 0.641 173 L 0.056 0.061 0.137 0.093 0.220 0.088 0.009 0.336 174 D 0.028 0.028 0.024 0.023 0.041 0.256 0.007 0.593 175 G 0.016 0.010 0.004 0.001 0.003 0.070 0.003 0.892 176 F 0.035 0.043 0.009 0.002 0.006 0.403 0.006 0.496 177 D 0.054 0.128 0.004 0.002 0.003 0.419 0.006 0.385 178 M 0.033 0.724 0.005 0.001 0.002 0.045 0.003 0.187 179 M 0.006 0.903 0.004 0.001 0.001 0.027 0.001 0.058 180 L 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 181 L 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 182 E 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 183 I 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 M 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 185 G 0.023 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 186 S 0.058 0.829 0.011 0.001 0.001 0.003 0.055 0.041 187 S 0.214 0.444 0.028 0.002 0.001 0.013 0.154 0.144 188 A 0.328 0.184 0.065 0.004 0.002 0.030 0.075 0.311 189 L 0.100 0.197 0.176 0.013 0.007 0.143 0.015 0.349 190 S 0.071 0.116 0.026 0.005 0.006 0.226 0.007 0.543 191 F 0.050 0.177 0.025 0.002 0.005 0.062 0.004 0.675 192 D 0.013 0.164 0.009 0.001 0.001 0.299 0.003 0.510 193 T 0.022 0.212 0.002 0.001 0.001 0.495 0.002 0.266 194 L 0.022 0.906 0.004 0.001 0.001 0.017 0.002 0.048 195 A 0.006 0.972 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 196 Q 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 197 T 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 198 L 0.013 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 199 V 0.019 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 200 E 0.047 0.912 0.005 0.001 0.001 0.003 0.019 0.013 201 F 0.313 0.535 0.004 0.001 0.001 0.003 0.104 0.042 202 M 0.348 0.393 0.038 0.001 0.001 0.015 0.077 0.128 203 P 0.006 0.010 0.006 0.001 0.001 0.008 0.003 0.967 204 K 0.053 0.031 0.022 0.003 0.003 0.069 0.009 0.809 205 A 0.176 0.063 0.033 0.002 0.001 0.082 0.008 0.636 206 D 0.101 0.135 0.016 0.003 0.002 0.125 0.008 0.609 207 N 0.179 0.224 0.020 0.001 0.002 0.116 0.008 0.451 208 W 0.069 0.450 0.015 0.001 0.003 0.144 0.007 0.311 209 K 0.046 0.535 0.005 0.001 0.002 0.139 0.005 0.267 210 N 0.025 0.779 0.008 0.001 0.001 0.036 0.003 0.147 211 I 0.021 0.903 0.011 0.001 0.001 0.010 0.003 0.052 212 L 0.010 0.952 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.024 213 L 0.016 0.961 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 214 G 0.017 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 215 K 0.040 0.899 0.002 0.001 0.001 0.007 0.012 0.038 216 W 0.021 0.938 0.005 0.001 0.001 0.004 0.006 0.027 217 S 0.022 0.885 0.008 0.001 0.001 0.015 0.009 0.059 218 G 0.044 0.839 0.006 0.001 0.001 0.016 0.012 0.081 219 W 0.087 0.827 0.015 0.001 0.001 0.005 0.012 0.054 220 I 0.015 0.934 0.015 0.002 0.002 0.004 0.003 0.025 221 E 0.032 0.868 0.008 0.003 0.004 0.012 0.009 0.064 222 Q 0.059 0.844 0.011 0.003 0.003 0.004 0.029 0.047 223 R 0.317 0.353 0.044 0.007 0.005 0.014 0.113 0.147 224 I 0.108 0.269 0.310 0.049 0.017 0.036 0.024 0.187 225 I 0.024 0.161 0.360 0.101 0.129 0.027 0.010 0.189 226 I 0.050 0.088 0.268 0.149 0.148 0.049 0.005 0.244 227 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 228 S 0.039 0.038 0.125 0.065 0.152 0.144 0.010 0.429 229 L 0.172 0.045 0.096 0.047 0.072 0.093 0.013 0.462 230 S 0.082 0.060 0.063 0.045 0.072 0.138 0.014 0.526 231 A 0.113 0.044 0.044 0.024 0.049 0.117 0.017 0.594 232 I 0.133 0.068 0.042 0.026 0.045 0.185 0.019 0.483 233 S 0.108 0.121 0.038 0.044 0.062 0.153 0.020 0.456 234 E 0.156 0.128 0.037 0.023 0.044 0.126 0.029 0.457 235 N 0.301 0.089 0.030 0.031 0.041 0.130 0.045 0.332 236 M 0.156 0.063 0.035 0.023 0.026 0.113 0.027 0.558 237 E 0.037 0.043 0.019 0.014 0.016 0.384 0.017 0.470 238 G 0.144 0.019 0.014 0.005 0.007 0.173 0.028 0.610 239 N 0.241 0.048 0.045 0.009 0.013 0.203 0.042 0.398 240 S 0.206 0.032 0.049 0.019 0.017 0.219 0.016 0.442 241 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.987 242 S 0.018 0.024 0.012 0.013 0.038 0.588 0.003 0.304 243 Q 0.299 0.123 0.028 0.020 0.036 0.099 0.010 0.385 244 N 0.085 0.372 0.038 0.021 0.028 0.128 0.011 0.316 245 H 0.176 0.357 0.030 0.027 0.030 0.071 0.021 0.286 246 L 0.153 0.539 0.031 0.020 0.046 0.038 0.020 0.152 247 S 0.097 0.456 0.020 0.068 0.076 0.084 0.024 0.175 248 A 0.066 0.221 0.020 0.015 0.024 0.035 0.017 0.602