# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 208 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.525 0.190 0.168 0.080 0.030 0.007 0.001 2 Q 0.635 0.202 0.115 0.037 0.009 0.001 0.001 3 P 0.756 0.158 0.063 0.019 0.003 0.001 0.001 4 E 0.867 0.100 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 5 T 0.543 0.305 0.118 0.026 0.006 0.002 0.001 6 S 0.098 0.145 0.194 0.268 0.222 0.070 0.004 7 A 0.132 0.318 0.226 0.236 0.072 0.016 0.001 8 Q 0.102 0.244 0.325 0.190 0.107 0.028 0.003 9 Y 0.007 0.019 0.062 0.163 0.345 0.351 0.052 10 Q 0.003 0.013 0.051 0.135 0.346 0.358 0.094 11 H 0.015 0.118 0.245 0.259 0.222 0.115 0.026 12 R 0.008 0.074 0.205 0.324 0.254 0.105 0.029 13 F 0.001 0.003 0.006 0.021 0.122 0.567 0.281 14 S 0.003 0.021 0.081 0.222 0.330 0.262 0.081 15 Q 0.020 0.179 0.299 0.262 0.144 0.077 0.019 16 A 0.008 0.039 0.108 0.237 0.313 0.261 0.036 17 I 0.006 0.013 0.027 0.089 0.291 0.467 0.107 18 R 0.036 0.146 0.246 0.294 0.205 0.067 0.006 19 G 0.171 0.287 0.264 0.183 0.076 0.018 0.001 20 G 0.390 0.328 0.176 0.080 0.020 0.006 0.001 21 E 0.572 0.311 0.083 0.026 0.006 0.002 0.001 22 A 0.205 0.227 0.239 0.197 0.115 0.018 0.001 23 A 0.357 0.319 0.179 0.118 0.024 0.003 0.001 24 D 0.627 0.285 0.062 0.021 0.004 0.001 0.001 25 G 0.408 0.322 0.170 0.069 0.026 0.004 0.001 26 L 0.101 0.166 0.260 0.303 0.147 0.023 0.001 27 P 0.437 0.393 0.109 0.051 0.009 0.002 0.001 28 Q 0.329 0.323 0.187 0.109 0.045 0.006 0.001 29 D 0.141 0.294 0.293 0.183 0.069 0.018 0.001 30 R 0.015 0.051 0.135 0.282 0.314 0.185 0.019 31 L 0.009 0.039 0.106 0.236 0.328 0.260 0.023 32 N 0.038 0.187 0.340 0.260 0.119 0.046 0.010 33 V 0.008 0.022 0.050 0.104 0.239 0.428 0.149 34 Y 0.006 0.016 0.030 0.090 0.238 0.419 0.201 35 I 0.016 0.056 0.129 0.272 0.262 0.204 0.062 36 R 0.077 0.221 0.298 0.199 0.121 0.064 0.020 37 L 0.017 0.064 0.125 0.205 0.257 0.269 0.062 38 I 0.007 0.018 0.027 0.076 0.223 0.446 0.202 39 R 0.028 0.099 0.181 0.274 0.218 0.157 0.042 40 N 0.105 0.209 0.221 0.210 0.150 0.085 0.020 41 N 0.022 0.099 0.251 0.293 0.216 0.097 0.022 42 I 0.005 0.007 0.011 0.037 0.174 0.588 0.180 43 H 0.017 0.093 0.244 0.331 0.229 0.074 0.011 44 S 0.064 0.331 0.311 0.199 0.062 0.028 0.005 45 F 0.009 0.033 0.112 0.288 0.352 0.188 0.018 46 I 0.008 0.019 0.039 0.129 0.351 0.376 0.078 47 D 0.091 0.342 0.309 0.183 0.059 0.015 0.002 48 R 0.093 0.321 0.256 0.207 0.093 0.027 0.004 49 C 0.016 0.055 0.103 0.196 0.298 0.295 0.039 50 Y 0.014 0.047 0.121 0.257 0.306 0.206 0.049 51 T 0.091 0.292 0.267 0.197 0.106 0.040 0.007 52 E 0.032 0.110 0.218 0.298 0.229 0.095 0.017 53 T 0.015 0.021 0.034 0.089 0.269 0.486 0.087 54 R 0.043 0.135 0.239 0.284 0.197 0.089 0.013 55 Q 0.107 0.341 0.293 0.171 0.061 0.024 0.003 56 Y 0.035 0.075 0.174 0.333 0.262 0.115 0.006 57 F 0.049 0.104 0.180 0.320 0.236 0.105 0.007 58 D 0.390 0.367 0.176 0.047 0.016 0.004 0.001 59 S 0.488 0.348 0.113 0.041 0.009 0.001 0.001 60 K 0.465 0.387 0.102 0.037 0.007 0.002 0.001 61 E 0.076 0.157 0.299 0.262 0.175 0.030 0.001 62 W 0.017 0.036 0.113 0.312 0.373 0.144 0.007 63 S 0.146 0.378 0.339 0.102 0.028 0.006 0.001 64 R 0.064 0.314 0.314 0.199 0.089 0.018 0.001 65 L 0.007 0.020 0.055 0.176 0.427 0.293 0.023 66 K 0.016 0.079 0.152 0.271 0.269 0.180 0.033 67 E 0.040 0.214 0.291 0.287 0.126 0.037 0.005 68 G 0.034 0.185 0.282 0.286 0.156 0.050 0.007 69 F 0.012 0.036 0.083 0.194 0.367 0.275 0.033 70 V 0.017 0.032 0.055 0.149 0.340 0.351 0.057 71 R 0.084 0.211 0.268 0.259 0.130 0.042 0.005 72 D 0.186 0.326 0.257 0.143 0.060 0.024 0.004 73 A 0.106 0.169 0.183 0.259 0.174 0.096 0.013 74 R 0.285 0.312 0.193 0.122 0.054 0.028 0.006 75 A 0.106 0.139 0.153 0.225 0.237 0.123 0.018 76 Q 0.150 0.189 0.197 0.208 0.145 0.090 0.023 77 T 0.117 0.154 0.180 0.211 0.174 0.129 0.035 78 P 0.160 0.184 0.172 0.176 0.154 0.117 0.037 79 Y 0.071 0.113 0.160 0.221 0.211 0.157 0.066 80 F 0.042 0.037 0.045 0.083 0.178 0.404 0.211 81 Q 0.071 0.122 0.166 0.249 0.196 0.148 0.048 82 E 0.107 0.185 0.220 0.188 0.149 0.115 0.037 83 I 0.032 0.060 0.102 0.195 0.246 0.271 0.094 84 P 0.028 0.066 0.102 0.179 0.261 0.278 0.086 85 G 0.118 0.281 0.256 0.208 0.090 0.039 0.009 86 E 0.043 0.158 0.287 0.280 0.166 0.056 0.010 87 F 0.006 0.012 0.023 0.071 0.238 0.548 0.102 88 L 0.009 0.040 0.153 0.303 0.340 0.133 0.022 89 Q 0.054 0.350 0.367 0.163 0.046 0.017 0.003 90 Y 0.013 0.058 0.181 0.326 0.308 0.109 0.006 91 C 0.008 0.015 0.033 0.144 0.407 0.361 0.033 92 Q 0.126 0.350 0.334 0.136 0.044 0.010 0.001 93 S 0.235 0.394 0.201 0.120 0.041 0.008 0.001 94 P 0.246 0.325 0.230 0.143 0.045 0.011 0.001 95 P 0.472 0.336 0.112 0.061 0.014 0.004 0.001 96 L 0.233 0.240 0.236 0.153 0.109 0.027 0.002 97 S 0.093 0.163 0.229 0.306 0.143 0.060 0.005 98 D 0.235 0.318 0.252 0.118 0.055 0.020 0.002 99 G 0.051 0.131 0.208 0.270 0.229 0.095 0.016 100 I 0.014 0.022 0.034 0.076 0.176 0.469 0.210 101 L 0.021 0.069 0.127 0.238 0.275 0.203 0.066 102 A 0.033 0.120 0.195 0.290 0.197 0.110 0.055 103 L 0.010 0.022 0.045 0.101 0.229 0.353 0.241 104 M 0.005 0.010 0.017 0.038 0.114 0.430 0.385 105 D 0.018 0.064 0.114 0.240 0.231 0.195 0.138 106 F 0.016 0.026 0.035 0.071 0.161 0.339 0.352 107 E 0.021 0.050 0.071 0.128 0.181 0.303 0.246 108 Y 0.023 0.039 0.056 0.118 0.191 0.310 0.263 109 T 0.041 0.069 0.084 0.143 0.211 0.271 0.181 110 Q 0.077 0.111 0.132 0.167 0.169 0.209 0.136 111 L 0.065 0.074 0.097 0.157 0.210 0.254 0.142 112 L 0.079 0.081 0.113 0.166 0.218 0.251 0.093 113 A 0.159 0.170 0.178 0.190 0.152 0.115 0.037 114 E 0.159 0.208 0.248 0.181 0.123 0.069 0.011 115 V 0.117 0.099 0.150 0.225 0.249 0.143 0.017 116 A 0.247 0.269 0.196 0.185 0.072 0.028 0.003 117 Q 0.490 0.291 0.149 0.046 0.017 0.006 0.001 118 I 0.167 0.169 0.206 0.273 0.146 0.036 0.002 119 P 0.516 0.321 0.103 0.047 0.009 0.003 0.001 120 D 0.299 0.300 0.198 0.122 0.064 0.015 0.001 121 I 0.133 0.125 0.202 0.296 0.176 0.065 0.004 122 P 0.275 0.307 0.229 0.122 0.048 0.017 0.002 123 D 0.223 0.251 0.226 0.177 0.090 0.031 0.003 124 I 0.227 0.253 0.220 0.179 0.086 0.032 0.003 125 H 0.194 0.291 0.237 0.166 0.081 0.029 0.003 126 Y 0.094 0.103 0.142 0.276 0.253 0.122 0.010 127 S 0.235 0.276 0.244 0.150 0.070 0.023 0.003 128 N 0.327 0.357 0.155 0.107 0.038 0.014 0.002 129 D 0.211 0.215 0.207 0.182 0.125 0.053 0.008 130 S 0.140 0.199 0.179 0.227 0.150 0.089 0.015 131 K 0.128 0.201 0.252 0.215 0.127 0.062 0.015 132 Y 0.036 0.052 0.079 0.150 0.253 0.340 0.091 133 T 0.050 0.124 0.172 0.246 0.201 0.145 0.063 134 P 0.030 0.044 0.054 0.106 0.194 0.339 0.232 135 S 0.049 0.099 0.138 0.208 0.209 0.182 0.116 136 P 0.033 0.071 0.087 0.145 0.192 0.264 0.206 137 A 0.027 0.047 0.074 0.128 0.200 0.279 0.246 138 A 0.021 0.032 0.040 0.078 0.158 0.355 0.316 139 F 0.030 0.071 0.113 0.203 0.224 0.220 0.140 140 I 0.023 0.025 0.040 0.077 0.183 0.374 0.278 141 R 0.045 0.079 0.107 0.182 0.220 0.253 0.114 142 Q 0.095 0.145 0.191 0.199 0.178 0.138 0.055 143 Y 0.057 0.083 0.118 0.221 0.250 0.215 0.057 144 R 0.147 0.225 0.229 0.183 0.115 0.084 0.017 145 Y 0.090 0.149 0.166 0.268 0.211 0.103 0.012 146 D 0.248 0.313 0.236 0.123 0.053 0.023 0.003 147 V 0.059 0.069 0.130 0.274 0.299 0.158 0.010 148 T 0.217 0.259 0.257 0.173 0.070 0.023 0.001 149 H 0.427 0.314 0.161 0.072 0.020 0.005 0.001 150 D 0.395 0.373 0.164 0.052 0.013 0.002 0.001 151 L 0.077 0.097 0.169 0.359 0.244 0.054 0.001 152 Q 0.434 0.334 0.163 0.057 0.011 0.002 0.001 153 E 0.605 0.292 0.074 0.023 0.005 0.001 0.001 154 A 0.306 0.306 0.226 0.116 0.040 0.007 0.001 155 E 0.148 0.283 0.310 0.172 0.063 0.022 0.001 156 T 0.029 0.132 0.254 0.283 0.227 0.071 0.005 157 A 0.002 0.012 0.037 0.113 0.326 0.429 0.081 158 L 0.001 0.002 0.008 0.024 0.103 0.548 0.314 159 L 0.001 0.002 0.004 0.014 0.044 0.339 0.596 160 I 0.001 0.001 0.004 0.011 0.047 0.357 0.579 161 W 0.001 0.003 0.011 0.053 0.204 0.429 0.298 162 R 0.006 0.027 0.108 0.240 0.274 0.287 0.057 163 N 0.074 0.198 0.264 0.209 0.150 0.093 0.012 164 A 0.167 0.282 0.240 0.193 0.087 0.028 0.003 165 E 0.577 0.285 0.090 0.035 0.008 0.003 0.001 166 D 0.190 0.231 0.218 0.199 0.128 0.033 0.002 167 D 0.210 0.308 0.261 0.153 0.050 0.017 0.002 168 V 0.038 0.068 0.128 0.219 0.314 0.211 0.022 169 M 0.055 0.137 0.217 0.267 0.190 0.119 0.015 170 Y 0.027 0.052 0.103 0.203 0.338 0.238 0.039 171 Q 0.081 0.170 0.225 0.235 0.163 0.104 0.021 172 T 0.080 0.182 0.239 0.235 0.165 0.083 0.016 173 L 0.036 0.052 0.093 0.235 0.321 0.228 0.034 174 D 0.231 0.307 0.251 0.134 0.050 0.023 0.004 175 G 0.160 0.302 0.229 0.161 0.091 0.046 0.009 176 F 0.031 0.084 0.126 0.246 0.288 0.189 0.037 177 D 0.032 0.124 0.198 0.257 0.173 0.155 0.060 178 M 0.010 0.029 0.065 0.135 0.294 0.379 0.088 179 M 0.008 0.037 0.095 0.235 0.314 0.230 0.083 180 L 0.001 0.002 0.004 0.010 0.047 0.392 0.544 181 L 0.002 0.004 0.011 0.033 0.115 0.432 0.404 182 E 0.010 0.074 0.148 0.286 0.204 0.183 0.095 183 I 0.009 0.041 0.125 0.262 0.295 0.219 0.048 184 M 0.011 0.019 0.043 0.123 0.319 0.410 0.076 185 G 0.061 0.193 0.250 0.282 0.160 0.051 0.004 186 S 0.341 0.337 0.194 0.088 0.031 0.009 0.001 187 S 0.371 0.351 0.158 0.080 0.028 0.011 0.001 188 A 0.211 0.328 0.234 0.153 0.055 0.018 0.001 189 L 0.064 0.141 0.203 0.303 0.220 0.066 0.003 190 S 0.074 0.198 0.301 0.243 0.139 0.041 0.003 191 F 0.012 0.028 0.064 0.194 0.343 0.328 0.031 192 D 0.107 0.255 0.374 0.179 0.065 0.017 0.002 193 T 0.050 0.266 0.327 0.227 0.091 0.034 0.005 194 L 0.005 0.016 0.039 0.126 0.320 0.415 0.078 195 A 0.003 0.013 0.045 0.148 0.323 0.382 0.086 196 Q 0.045 0.261 0.350 0.220 0.088 0.030 0.006 197 T 0.010 0.070 0.209 0.367 0.249 0.082 0.013 198 L 0.004 0.009 0.017 0.050 0.233 0.578 0.109 199 V 0.018 0.089 0.203 0.342 0.251 0.086 0.011 200 E 0.157 0.443 0.244 0.108 0.034 0.012 0.002 201 F 0.035 0.101 0.202 0.330 0.230 0.096 0.006 202 M 0.067 0.110 0.161 0.267 0.257 0.121 0.016 203 P 0.286 0.367 0.185 0.112 0.037 0.012 0.001 204 K 0.396 0.293 0.184 0.079 0.035 0.011 0.002 205 A 0.115 0.159 0.205 0.255 0.167 0.088 0.011 206 D 0.222 0.267 0.218 0.160 0.084 0.041 0.008 207 N 0.122 0.174 0.188 0.209 0.173 0.109 0.026 208 W 0.062 0.082 0.111 0.186 0.245 0.233 0.080 209 K 0.083 0.167 0.194 0.222 0.166 0.117 0.051 210 N 0.084 0.136 0.156 0.200 0.191 0.161 0.072 211 I 0.028 0.043 0.078 0.125 0.216 0.333 0.177 212 L 0.016 0.031 0.044 0.092 0.185 0.373 0.259 213 L 0.024 0.061 0.130 0.191 0.250 0.232 0.112 214 G 0.045 0.133 0.175 0.219 0.200 0.168 0.061 215 K 0.021 0.066 0.156 0.244 0.267 0.187 0.061 216 W 0.009 0.016 0.034 0.093 0.285 0.439 0.124 217 S 0.040 0.183 0.298 0.267 0.143 0.058 0.011 218 G 0.046 0.260 0.280 0.262 0.108 0.038 0.005 219 W 0.012 0.029 0.074 0.196 0.381 0.284 0.024 220 I 0.012 0.051 0.109 0.255 0.332 0.209 0.032 221 E 0.085 0.335 0.278 0.185 0.076 0.033 0.007 222 Q 0.043 0.159 0.187 0.319 0.205 0.077 0.011 223 R 0.065 0.203 0.267 0.243 0.139 0.073 0.011 224 I 0.019 0.047 0.094 0.206 0.315 0.261 0.058 225 I 0.023 0.035 0.053 0.104 0.229 0.427 0.129 226 I 0.037 0.095 0.155 0.287 0.252 0.145 0.030 227 P 0.165 0.259 0.221 0.179 0.104 0.056 0.016 228 S 0.103 0.144 0.194 0.229 0.181 0.126 0.024 229 L 0.152 0.175 0.187 0.204 0.171 0.095 0.015 230 S 0.271 0.249 0.192 0.167 0.083 0.034 0.004 231 A 0.411 0.270 0.165 0.092 0.043 0.017 0.002 232 I 0.224 0.212 0.209 0.179 0.115 0.056 0.006 233 S 0.300 0.222 0.201 0.165 0.079 0.029 0.003 234 E 0.394 0.284 0.150 0.110 0.043 0.017 0.002 235 N 0.296 0.217 0.199 0.142 0.101 0.041 0.005 236 M 0.218 0.168 0.188 0.213 0.141 0.062 0.011 237 E 0.470 0.281 0.143 0.074 0.021 0.009 0.002 238 G 0.272 0.236 0.188 0.142 0.106 0.048 0.008 239 N 0.132 0.138 0.155 0.191 0.177 0.165 0.043 240 S 0.094 0.106 0.138 0.192 0.226 0.185 0.059 241 P 0.145 0.210 0.177 0.202 0.142 0.090 0.032 242 S 0.089 0.086 0.102 0.147 0.204 0.244 0.130 243 Q 0.099 0.082 0.101 0.144 0.188 0.246 0.140 244 N 0.148 0.184 0.187 0.207 0.139 0.095 0.040 245 H 0.164 0.152 0.166 0.183 0.176 0.122 0.038 246 L 0.146 0.105 0.116 0.169 0.205 0.201 0.057 247 S 0.273 0.226 0.181 0.146 0.106 0.055 0.012 248 A 0.386 0.249 0.146 0.131 0.059 0.025 0.005