This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA Q A 3 3 NATRO P A 4 4 NATAA E A 5 5 NATAA T A 6 6 NATAA S A 7 7 NATAA A A 8 8 NATAA Q A 9 9 NATAA Y A 10 10 NATAA Q A 11 11 NATAA H A 12 12 NATAA R A 13 13 NATAA F A 14 14 NATAA S A 15 15 NATAA Q A 16 16 NATAA A A 17 17 NATAA I A 18 18 NATAA R A 19 19 NATAA G A 20 20 NATAA G A 21 21 NATAA E A 22 22 NATAA A A 23 23 NATAA A A 24 24 NATAA D A 25 25 NATAA G A 26 26 NATAA L A 27 27 NATRO P A 28 28 NATAA Q A 29 29 NATAA D A 30 30 NATAA R A 31 31 NATAA L A 32 32 NATAA N A 33 33 NATAA V A 34 34 NATAA Y A 35 35 NATAA I A 36 36 NATAA R A 37 37 NATAA L A 38 38 NATAA I A 39 39 NATAA R A 40 40 NATAA N A 41 41 NATAA N A 42 42 NATAA I A 43 43 NATAA H A 44 44 NATAA S A 45 45 NATAA F A 46 46 NATAA I A 47 47 NATAA D A 48 48 NATAA R A 49 49 NATRO C A 50 50 NATAA Y A 51 51 NATAA T A 52 52 NATAA E A 53 53 NATAA T A 54 54 NATAA R A 55 55 NATAA Q A 56 56 NATAA Y A 57 57 NATAA F A 58 58 NATAA D A 59 59 NATAA S A 60 60 NATAA K A 61 61 NATAA E A 62 62 NATAA W A 63 63 NATAA S A 64 64 NATAA R A 65 65 NATAA L A 66 66 NATAA K A 67 67 NATAA E A 68 68 NATAA G A 69 69 NATAA F A 70 70 NATAA V A 71 71 NATAA R A 72 72 NATAA D A 73 73 NATAA A A 74 74 NATAA R A 75 75 NATAA A A 76 76 NATAA Q A 77 77 NATAA T A 78 78 NATRO P A 79 79 NATAA Y A 80 80 NATAA F A 81 81 NATAA Q A 82 82 NATAA E A 83 83 NATAA I A 84 84 NATRO P A 85 85 NATAA G A 86 86 NATAA E A 87 87 NATAA F A 88 88 NATAA L A 89 89 NATAA Q A 90 90 NATAA Y A 91 91 NATRO C A 92 92 NATAA Q A 93 93 NATAA S A 94 94 NATRO P A 95 95 NATRO P A 96 96 NATAA L A 97 97 NATAA S A 98 98 NATAA D A 99 99 NATAA G A 100 100 NATAA I A 101 101 NATAA L A 102 102 NATAA A A 103 103 NATAA L A 104 104 NATAA M A 105 105 NATAA D A 106 106 NATAA F A 107 107 NATAA E A 108 108 NATAA Y A 109 109 NATAA T A 110 110 NATAA Q A 111 111 NATAA L A 112 112 NATAA L A 113 113 NATAA A A 114 114 NATAA E A 115 115 NATAA V A 116 116 NATAA A A 117 117 NATAA Q A 118 118 NATAA I A 119 119 NATRO P A 120 120 NATAA D A 121 121 NATAA I A 122 122 NATRO P A 123 123 NATAA D A 124 124 NATAA I A 125 125 NATAA H A 126 126 NATAA Y A 127 127 NATAA S A 128 128 NATAA N A 129 129 NATAA D A 130 130 NATAA S A 131 131 NATAA K A 132 132 NATAA Y A 133 133 NATAA T A 134 134 NATRO P A 135 135 NATAA S A 136 136 NATRO P A 137 137 NATAA A A 138 138 NATAA A A 139 139 NATAA F A 140 140 NATAA I A 141 141 NATAA R A 142 142 NATAA Q A 143 143 NATAA Y A 144 144 NATAA R A 145 145 NATAA Y A 146 146 NATAA D A 147 147 NATAA V A 148 148 NATAA T A 149 149 NATAA H A 150 150 NATAA D A 151 151 NATAA L A 152 152 NATAA Q A 153 153 NATAA E A 154 154 NATAA A A 155 155 NATAA E A 156 156 NATAA T A 157 157 NATAA A A 158 158 NATAA L A 159 159 NATAA L A 160 160 NATAA I A 161 161 NATAA W A 162 162 NATAA R A 163 163 NATAA N A 164 164 NATAA A A 165 165 NATAA E A 166 166 NATAA D A 167 167 NATAA D A 168 168 NATAA V A 169 169 NATAA M A 170 170 NATAA Y A 171 171 NATAA Q A 172 172 NATAA T A 173 173 NATAA L A 174 174 NATAA D A 175 175 NATAA G A 176 176 NATAA F A 177 177 NATAA D A 178 178 NATAA M A 179 179 NATAA M A 180 180 NATAA L A 181 181 NATAA L A 182 182 NATAA E A 183 183 NATAA I A 184 184 NATAA M A 185 185 NATAA G A 186 186 NATAA S A 187 187 NATAA S A 188 188 NATAA A A 189 189 NATAA L A 190 190 NATAA S A 191 191 NATAA F A 192 192 NATAA D A 193 193 NATAA T A 194 194 NATAA L A 195 195 NATAA A A 196 196 NATAA Q A 197 197 NATAA T A 198 198 NATAA L A 199 199 NATAA V A 200 200 NATAA E A 201 201 NATAA F A 202 202 NATAA M A 203 203 NATRO P A 204 204 NATAA K A 205 205 NATAA A A 206 206 NATAA D A 207 207 NATAA N A 208 208 NATAA W A 209 209 NATAA K A 210 210 NATAA N A 211 211 NATAA I A 212 212 NATAA L A 213 213 NATAA L A 214 214 NATAA G A 215 215 NATAA K A 216 216 NATAA W A 217 217 NATAA S A 218 218 NATAA G A 219 219 NATAA W A 220 220 NATAA I A 221 221 NATAA E A 222 222 NATAA Q A 223 223 NATAA R A 224 224 NATAA I A 225 225 NATAA I A 226 226 NATAA I A 227 227 NATRO P A 228 228 NATAA S A 229 229 NATAA L A 230 230 NATAA S A 231 231 NATAA A A 232 232 NATAA I A 233 233 NATAA S A 234 234 NATAA E A 235 235 NATAA N A 236 236 NATAA M A 237 237 NATAA E A 238 238 NATAA G A 239 239 NATAA N A 240 240 NATAA S A 241 241 NATRO P A 242 242 NATAA S A 243 243 NATAA Q A 244 244 NATAA N A 245 245 NATAA H A 246 246 NATAA L A 247 247 NATAA S A 248 248 NATAA A