# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.114 0.032 0.014 0.022 0.032 0.094 0.081 0.611 2 I 0.218 0.024 0.009 0.015 0.015 0.108 0.080 0.531 3 P 0.044 0.033 0.017 0.028 0.034 0.125 0.046 0.672 4 D 0.046 0.020 0.028 0.024 0.081 0.122 0.090 0.591 5 I 0.024 0.011 0.092 0.104 0.086 0.129 0.099 0.455 6 H 0.035 0.013 0.117 0.132 0.190 0.093 0.078 0.342 7 Y 0.060 0.007 0.067 0.057 0.075 0.089 0.082 0.563 8 S 0.166 0.012 0.066 0.053 0.060 0.104 0.102 0.437 9 N 0.095 0.009 0.024 0.023 0.039 0.113 0.042 0.654 10 D 0.065 0.004 0.021 0.023 0.036 0.097 0.043 0.711 11 S 0.082 0.004 0.037 0.053 0.059 0.132 0.060 0.573 12 K 0.028 0.002 0.023 0.022 0.043 0.124 0.023 0.734 13 Y 0.020 0.005 0.025 0.047 0.039 0.128 0.031 0.705 14 T 0.040 0.081 0.024 0.033 0.058 0.136 0.072 0.556 15 P 0.019 0.150 0.012 0.025 0.034 0.107 0.042 0.611 16 S 0.037 0.629 0.011 0.029 0.028 0.040 0.102 0.123 17 P 0.017 0.816 0.006 0.009 0.027 0.019 0.034 0.073 18 A 0.022 0.592 0.020 0.035 0.082 0.024 0.102 0.124 19 A 0.027 0.409 0.054 0.081 0.125 0.026 0.178 0.100 20 F 0.072 0.156 0.086 0.118 0.148 0.041 0.188 0.190 21 I 0.201 0.066 0.076 0.083 0.093 0.049 0.134 0.298 22 R 0.125 0.022 0.059 0.098 0.142 0.085 0.050 0.419 23 Q 0.022 0.007 0.016 0.017 0.031 0.082 0.031 0.794 24 Y 0.045 0.018 0.034 0.061 0.052 0.161 0.046 0.583 25 R 0.031 0.024 0.045 0.034 0.073 0.099 0.086 0.608 26 Y 0.030 0.025 0.039 0.049 0.057 0.114 0.063 0.622 27 D 0.065 0.069 0.116 0.072 0.087 0.100 0.087 0.404 28 V 0.063 0.080 0.063 0.033 0.055 0.088 0.071 0.547 29 T 0.121 0.124 0.054 0.029 0.057 0.086 0.102 0.426 30 H 0.062 0.081 0.033 0.026 0.036 0.105 0.051 0.606 31 D 0.138 0.123 0.028 0.025 0.034 0.079 0.088 0.486 32 L 0.180 0.042 0.017 0.017 0.023 0.102 0.088 0.531 33 Q 0.091 0.009 0.016 0.013 0.021 0.120 0.077 0.652 34 E 0.099 0.011 0.010 0.009 0.015 0.123 0.075 0.658 35 A 0.076 0.018 0.016 0.009 0.016 0.155 0.057 0.653 36 E 0.013 0.016 0.046 0.019 0.033 0.199 0.038 0.636 37 T 0.004 0.016 0.178 0.042 0.122 0.141 0.098 0.399 38 A 0.001 0.010 0.421 0.075 0.219 0.039 0.094 0.140 39 L 0.002 0.011 0.512 0.099 0.232 0.017 0.054 0.072 40 L 0.004 0.004 0.505 0.171 0.173 0.010 0.091 0.042 41 I 0.007 0.007 0.434 0.159 0.166 0.019 0.116 0.092 42 W 0.010 0.012 0.291 0.161 0.220 0.063 0.075 0.169 43 R 0.007 0.015 0.171 0.145 0.151 0.097 0.061 0.353 44 N 0.167 0.127 0.040 0.052 0.062 0.072 0.241 0.239 45 A 0.145 0.260 0.020 0.024 0.028 0.080 0.138 0.305 46 E 0.047 0.235 0.011 0.014 0.027 0.079 0.062 0.525 47 D 0.042 0.349 0.013 0.032 0.054 0.073 0.077 0.360 48 D 0.041 0.201 0.020 0.061 0.148 0.069 0.191 0.268 49 V 0.040 0.053 0.028 0.111 0.134 0.059 0.324 0.250 50 M 0.025 0.072 0.058 0.186 0.305 0.047 0.100 0.207 51 Y 0.041 0.043 0.052 0.107 0.151 0.072 0.095 0.440 52 Q 0.020 0.015 0.107 0.199 0.202 0.065 0.061 0.331 53 T 0.095 0.041 0.033 0.048 0.088 0.082 0.099 0.514 54 L 0.268 0.046 0.016 0.023 0.020 0.090 0.074 0.462 55 D 0.045 0.156 0.015 0.016 0.024 0.097 0.055 0.592 56 G 0.029 0.275 0.010 0.010 0.027 0.083 0.082 0.485 57 F 0.012 0.553 0.017 0.035 0.037 0.049 0.098 0.198 58 D 0.009 0.791 0.011 0.022 0.039 0.014 0.047 0.066 59 M 0.012 0.665 0.028 0.028 0.068 0.016 0.093 0.090 60 M 0.009 0.785 0.029 0.034 0.057 0.008 0.039 0.038 61 L 0.017 0.746 0.025 0.035 0.061 0.010 0.044 0.061 62 L 0.051 0.357 0.107 0.054 0.071 0.022 0.241 0.096 63 E 0.149 0.116 0.103 0.085 0.072 0.057 0.237 0.180 64 I 0.154 0.028 0.080 0.037 0.047 0.080 0.170 0.406 65 M 0.172 0.018 0.033 0.019 0.022 0.126 0.053 0.555 66 G 0.060 0.013 0.010 0.005 0.011 0.098 0.022 0.781 67 S 0.034 0.010 0.007 0.005 0.008 0.108 0.035 0.793 68 S 0.087 0.052 0.016 0.014 0.017 0.131 0.066 0.616 69 A 0.072 0.037 0.021 0.008 0.015 0.134 0.062 0.651 70 L 0.013 0.050 0.056 0.017 0.025 0.123 0.147 0.569 71 S 0.033 0.719 0.008 0.003 0.004 0.031 0.058 0.145 72 F 0.028 0.885 0.004 0.001 0.001 0.008 0.031 0.042 73 D 0.022 0.810 0.003 0.002 0.002 0.012 0.104 0.045 74 T 0.010 0.225 0.007 0.001 0.001 0.011 0.718 0.026 75 L 0.012 0.843 0.010 0.001 0.001 0.007 0.105 0.020 76 A 0.028 0.908 0.004 0.001 0.001 0.006 0.026 0.027 77 Q 0.028 0.725 0.012 0.002 0.003 0.017 0.085 0.129 78 T 0.039 0.646 0.031 0.006 0.006 0.029 0.142 0.103 79 L 0.174 0.247 0.064 0.005 0.006 0.039 0.355 0.112 80 V 0.228 0.092 0.024 0.004 0.005 0.095 0.123 0.429 81 E 0.023 0.051 0.015 0.003 0.005 0.093 0.029 0.781 82 F 0.028 0.199 0.026 0.007 0.010 0.097 0.032 0.601 83 M 0.064 0.158 0.031 0.011 0.013 0.146 0.088 0.488 84 P 0.133 0.193 0.018 0.004 0.005 0.073 0.184 0.390 85 K 0.210 0.388 0.011 0.002 0.003 0.046 0.112 0.229 86 A 0.168 0.379 0.015 0.002 0.003 0.050 0.079 0.305 87 D 0.050 0.310 0.014 0.003 0.006 0.089 0.089 0.438 88 N 0.026 0.622 0.010 0.004 0.006 0.044 0.064 0.226 89 W 0.022 0.826 0.007 0.003 0.005 0.017 0.037 0.082 90 K 0.024 0.832 0.007 0.005 0.008 0.016 0.033 0.075 91 N 0.057 0.500 0.046 0.013 0.021 0.037 0.171 0.156 92 I 0.077 0.487 0.061 0.019 0.028 0.045 0.103 0.180 93 L 0.136 0.383 0.041 0.020 0.030 0.054 0.091 0.244 94 L 0.068 0.148 0.038 0.012 0.020 0.084 0.174 0.455 95 G 0.056 0.106 0.035 0.015 0.027 0.096 0.239 0.426 96 K 0.075 0.224 0.033 0.046 0.039 0.102 0.094 0.386 97 W 0.097 0.262 0.023 0.020 0.035 0.074 0.065 0.423 98 S 0.071 0.161 0.024 0.023 0.045 0.086 0.104 0.486 99 G 0.045 0.120 0.046 0.050 0.128 0.097 0.095 0.418 100 W 0.050 0.046 0.061 0.057 0.084 0.100 0.166 0.436 101 I 0.082 0.034 0.091 0.119 0.117 0.102 0.128 0.327 102 E 0.041 0.015 0.059 0.030 0.091 0.097 0.102 0.565 103 Q 0.016 0.011 0.132 0.098 0.159 0.105 0.066 0.412 104 R 0.008 0.008 0.229 0.090 0.185 0.089 0.051 0.341 105 I 0.004 0.005 0.260 0.187 0.127 0.082 0.042 0.292 106 I 0.010 0.016 0.416 0.067 0.096 0.065 0.052 0.278 107 I 0.095 0.035 0.173 0.046 0.062 0.085 0.202 0.301 108 P 0.050 0.081 0.142 0.031 0.040 0.113 0.105 0.439 109 S 0.122 0.246 0.039 0.013 0.023 0.089 0.087 0.380 110 L 0.075 0.137 0.064 0.018 0.029 0.095 0.273 0.308 111 S 0.064 0.208 0.041 0.030 0.045 0.123 0.172 0.317 112 A 0.065 0.090 0.076 0.041 0.061 0.109 0.233 0.324 113 I 0.122 0.114 0.065 0.040 0.056 0.099 0.110 0.394 114 S 0.287 0.118 0.020 0.018 0.030 0.073 0.085 0.369 115 E 0.056 0.039 0.050 0.019 0.032 0.106 0.052 0.646 116 N 0.130 0.021 0.047 0.023 0.036 0.129 0.084 0.529 117 M 0.237 0.009 0.035 0.024 0.026 0.112 0.065 0.493 118 E 0.043 0.005 0.024 0.012 0.021 0.125 0.031 0.740 119 G 0.013 0.004 0.017 0.013 0.026 0.158 0.023 0.746 120 N 0.027 0.021 0.043 0.027 0.037 0.144 0.043 0.659 121 S 0.208 0.061 0.026 0.024 0.023 0.117 0.133 0.408 122 P 0.105 0.060 0.036 0.019 0.027 0.119 0.075 0.560 123 S 0.229 0.085 0.021 0.013 0.025 0.108 0.072 0.447 124 Q 0.158 0.037 0.035 0.018 0.035 0.122 0.111 0.485 125 N 0.064 0.030 0.036 0.047 0.074 0.130 0.065 0.553 126 H 0.072 0.016 0.035 0.049 0.079 0.124 0.052 0.574 127 L 0.056 0.010 0.049 0.060 0.071 0.134 0.040 0.580 128 S 0.097 0.014 0.034 0.039 0.068 0.125 0.087 0.537 129 A 0.038 0.009 0.028 0.024 0.043 0.131 0.048 0.678