# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.020 0.002 0.001 0.014 0.014 0.026 0.061 0.002 0.001 0.004 0.857 2 I 0.025 0.002 0.005 0.017 0.009 0.022 0.017 0.001 0.001 0.003 0.900 3 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.965 4 D 0.035 0.001 0.001 0.034 0.026 0.057 0.088 0.001 0.001 0.009 0.749 5 I 0.221 0.016 0.002 0.184 0.082 0.128 0.046 0.001 0.001 0.003 0.318 6 H 0.047 0.018 0.002 0.127 0.141 0.145 0.113 0.001 0.001 0.004 0.401 7 Y 0.047 0.016 0.003 0.150 0.080 0.125 0.076 0.001 0.001 0.004 0.498 8 S 0.030 0.019 0.001 0.100 0.135 0.205 0.152 0.002 0.001 0.005 0.351 9 N 0.032 0.009 0.003 0.030 0.025 0.042 0.087 0.001 0.001 0.011 0.760 10 D 0.049 0.015 0.002 0.030 0.026 0.035 0.375 0.002 0.001 0.014 0.452 11 S 0.262 0.014 0.007 0.020 0.022 0.025 0.224 0.002 0.001 0.036 0.387 12 K 0.151 0.035 0.007 0.030 0.022 0.028 0.178 0.002 0.001 0.013 0.533 13 Y 0.090 0.022 0.020 0.033 0.031 0.062 0.282 0.005 0.001 0.015 0.440 14 T 0.137 0.021 0.007 0.038 0.043 0.077 0.171 0.002 0.001 0.007 0.497 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 16 S 0.012 0.008 0.002 0.013 0.050 0.103 0.196 0.001 0.001 0.004 0.612 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.995 18 A 0.016 0.021 0.001 0.014 0.026 0.079 0.255 0.001 0.001 0.002 0.585 19 A 0.212 0.114 0.001 0.030 0.065 0.070 0.109 0.001 0.001 0.006 0.392 20 F 0.097 0.508 0.001 0.015 0.054 0.061 0.029 0.001 0.001 0.002 0.231 21 I 0.071 0.581 0.003 0.024 0.109 0.097 0.015 0.001 0.001 0.001 0.098 22 R 0.040 0.630 0.002 0.018 0.073 0.085 0.018 0.005 0.001 0.002 0.128 23 Q 0.103 0.484 0.006 0.022 0.043 0.083 0.021 0.021 0.001 0.003 0.213 24 Y 0.247 0.292 0.016 0.039 0.080 0.095 0.018 0.025 0.001 0.003 0.185 25 R 0.108 0.110 0.034 0.050 0.049 0.103 0.026 0.027 0.001 0.007 0.485 26 Y 0.039 0.051 0.134 0.075 0.076 0.123 0.032 0.005 0.001 0.002 0.463 27 D 0.016 0.026 0.006 0.126 0.141 0.152 0.092 0.002 0.001 0.007 0.431 28 V 0.038 0.026 0.021 0.091 0.034 0.054 0.078 0.002 0.001 0.005 0.651 29 T 0.044 0.043 0.002 0.136 0.047 0.127 0.349 0.002 0.001 0.003 0.247 30 H 0.111 0.050 0.005 0.080 0.028 0.051 0.187 0.003 0.001 0.014 0.470 31 D 0.097 0.147 0.002 0.040 0.020 0.028 0.091 0.007 0.001 0.008 0.561 32 L 0.189 0.085 0.016 0.026 0.014 0.023 0.149 0.007 0.001 0.011 0.481 33 Q 0.065 0.133 0.004 0.018 0.014 0.020 0.319 0.006 0.001 0.009 0.413 34 E 0.225 0.063 0.011 0.017 0.021 0.046 0.218 0.011 0.001 0.011 0.377 35 A 0.194 0.162 0.007 0.017 0.015 0.029 0.080 0.010 0.001 0.007 0.477 36 E 0.072 0.036 0.006 0.021 0.016 0.025 0.042 0.007 0.001 0.004 0.771 37 T 0.103 0.027 0.013 0.052 0.064 0.063 0.061 0.006 0.001 0.010 0.600 38 A 0.102 0.015 0.027 0.188 0.186 0.177 0.089 0.002 0.001 0.009 0.205 39 L 0.014 0.013 0.008 0.232 0.149 0.195 0.154 0.001 0.001 0.005 0.229 40 L 0.004 0.005 0.001 0.355 0.225 0.350 0.011 0.001 0.001 0.002 0.046 41 I 0.003 0.011 0.001 0.375 0.189 0.303 0.019 0.001 0.001 0.001 0.098 42 W 0.008 0.005 0.001 0.230 0.247 0.374 0.016 0.001 0.001 0.001 0.119 43 R 0.006 0.005 0.001 0.188 0.155 0.378 0.048 0.001 0.001 0.003 0.216 44 N 0.007 0.006 0.001 0.054 0.239 0.287 0.129 0.001 0.001 0.009 0.267 45 A 0.030 0.004 0.003 0.032 0.023 0.081 0.096 0.001 0.001 0.007 0.721 46 E 0.010 0.005 0.001 0.009 0.014 0.039 0.526 0.001 0.001 0.005 0.389 47 D 0.158 0.012 0.003 0.008 0.027 0.047 0.157 0.001 0.001 0.026 0.560 48 D 0.079 0.125 0.004 0.012 0.035 0.046 0.138 0.002 0.001 0.007 0.553 49 V 0.077 0.160 0.028 0.029 0.121 0.115 0.106 0.001 0.001 0.005 0.358 50 M 0.045 0.231 0.005 0.035 0.086 0.186 0.088 0.003 0.001 0.004 0.317 51 Y 0.045 0.246 0.004 0.025 0.177 0.203 0.030 0.003 0.001 0.002 0.267 52 Q 0.065 0.295 0.002 0.026 0.120 0.156 0.029 0.004 0.001 0.002 0.302 53 T 0.059 0.328 0.005 0.016 0.075 0.095 0.043 0.006 0.001 0.003 0.369 54 L 0.069 0.425 0.005 0.023 0.059 0.125 0.053 0.007 0.001 0.004 0.230 55 D 0.073 0.293 0.004 0.012 0.034 0.067 0.095 0.014 0.001 0.007 0.401 56 G 0.201 0.134 0.024 0.009 0.004 0.011 0.091 0.006 0.001 0.008 0.511 57 F 0.090 0.222 0.031 0.012 0.013 0.019 0.265 0.007 0.001 0.005 0.336 58 D 0.034 0.184 0.012 0.019 0.024 0.040 0.168 0.003 0.001 0.007 0.509 59 M 0.016 0.525 0.013 0.013 0.018 0.024 0.058 0.001 0.001 0.001 0.331 60 M 0.004 0.807 0.002 0.006 0.016 0.010 0.055 0.001 0.001 0.001 0.100 61 L 0.014 0.898 0.002 0.004 0.005 0.006 0.025 0.001 0.001 0.001 0.044 62 L 0.015 0.957 0.001 0.002 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 63 E 0.006 0.970 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 64 I 0.016 0.956 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.015 65 M 0.042 0.920 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.019 66 G 0.074 0.783 0.010 0.002 0.003 0.005 0.013 0.046 0.001 0.001 0.064 67 S 0.161 0.501 0.060 0.005 0.006 0.010 0.016 0.053 0.001 0.003 0.186 68 S 0.287 0.214 0.037 0.009 0.006 0.007 0.040 0.058 0.001 0.003 0.341 69 A 0.024 0.041 0.014 0.006 0.001 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.895 70 L 0.075 0.091 0.042 0.040 0.017 0.030 0.192 0.006 0.001 0.005 0.504 71 S 0.112 0.060 0.007 0.011 0.004 0.007 0.220 0.005 0.001 0.004 0.568 72 F 0.049 0.160 0.011 0.015 0.006 0.011 0.049 0.001 0.001 0.002 0.697 73 D 0.003 0.148 0.001 0.003 0.002 0.003 0.265 0.001 0.001 0.001 0.575 74 T 0.028 0.103 0.001 0.002 0.001 0.001 0.660 0.001 0.001 0.002 0.204 75 L 0.039 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 76 A 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 77 Q 0.007 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 78 T 0.013 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 79 L 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 80 V 0.019 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.031 81 E 0.106 0.780 0.006 0.001 0.001 0.001 0.018 0.049 0.001 0.001 0.038 82 F 0.351 0.486 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.104 0.001 0.001 0.041 83 M 0.308 0.366 0.109 0.003 0.002 0.002 0.014 0.081 0.001 0.001 0.114 84 P 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 85 K 0.020 0.037 0.010 0.016 0.007 0.018 0.150 0.005 0.001 0.003 0.735 86 A 0.200 0.101 0.002 0.007 0.002 0.004 0.084 0.006 0.001 0.003 0.591 87 D 0.148 0.256 0.002 0.007 0.003 0.007 0.093 0.005 0.001 0.002 0.478 88 N 0.199 0.257 0.005 0.006 0.002 0.003 0.111 0.008 0.001 0.004 0.406 89 W 0.235 0.328 0.014 0.010 0.002 0.005 0.066 0.010 0.001 0.003 0.327 90 K 0.116 0.282 0.021 0.016 0.005 0.010 0.180 0.010 0.001 0.003 0.357 91 N 0.051 0.323 0.012 0.012 0.006 0.007 0.061 0.003 0.001 0.003 0.523 92 I 0.057 0.676 0.006 0.011 0.006 0.007 0.025 0.004 0.001 0.002 0.207 93 L 0.058 0.804 0.003 0.007 0.003 0.006 0.030 0.007 0.001 0.001 0.082 94 L 0.050 0.858 0.004 0.006 0.003 0.006 0.016 0.006 0.001 0.001 0.050 95 G 0.049 0.769 0.003 0.005 0.005 0.007 0.016 0.014 0.001 0.002 0.130 96 K 0.172 0.587 0.034 0.007 0.003 0.005 0.023 0.017 0.001 0.003 0.149 97 W 0.052 0.641 0.020 0.010 0.007 0.012 0.061 0.013 0.001 0.002 0.181 98 S 0.101 0.486 0.044 0.019 0.027 0.037 0.057 0.009 0.001 0.005 0.214 99 G 0.039 0.561 0.009 0.012 0.014 0.015 0.049 0.005 0.001 0.003 0.294 100 W 0.170 0.376 0.016 0.020 0.022 0.033 0.099 0.009 0.001 0.005 0.250 101 I 0.086 0.634 0.008 0.027 0.035 0.042 0.023 0.006 0.001 0.004 0.136 102 E 0.063 0.448 0.015 0.033 0.047 0.076 0.045 0.014 0.001 0.003 0.256 103 Q 0.145 0.379 0.016 0.058 0.048 0.073 0.036 0.016 0.001 0.003 0.224 104 R 0.208 0.238 0.007 0.072 0.089 0.085 0.025 0.015 0.001 0.004 0.258 105 I 0.102 0.109 0.035 0.192 0.118 0.139 0.034 0.011 0.001 0.005 0.256 106 I 0.045 0.059 0.040 0.192 0.098 0.243 0.034 0.006 0.001 0.005 0.279 107 I 0.015 0.028 0.014 0.292 0.099 0.252 0.058 0.002 0.001 0.004 0.236 108 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 109 S 0.005 0.003 0.001 0.053 0.023 0.127 0.124 0.001 0.001 0.006 0.659 110 L 0.188 0.008 0.002 0.046 0.013 0.031 0.069 0.001 0.001 0.005 0.637 111 S 0.135 0.039 0.002 0.041 0.039 0.041 0.154 0.001 0.001 0.005 0.544 112 A 0.190 0.074 0.005 0.044 0.026 0.034 0.180 0.002 0.001 0.008 0.437 113 I 0.234 0.181 0.002 0.068 0.046 0.102 0.112 0.005 0.001 0.004 0.247 114 S 0.146 0.271 0.004 0.050 0.053 0.080 0.106 0.010 0.001 0.007 0.272 115 E 0.091 0.201 0.010 0.038 0.019 0.034 0.053 0.011 0.001 0.004 0.537 116 N 0.141 0.132 0.006 0.024 0.033 0.049 0.148 0.038 0.001 0.014 0.416 117 M 0.339 0.088 0.047 0.024 0.016 0.021 0.084 0.007 0.001 0.016 0.358 118 E 0.034 0.059 0.011 0.025 0.027 0.032 0.370 0.006 0.001 0.005 0.429 119 G 0.173 0.023 0.023 0.033 0.030 0.059 0.151 0.006 0.001 0.031 0.470 120 N 0.147 0.046 0.013 0.037 0.028 0.037 0.172 0.004 0.001 0.012 0.503 121 S 0.054 0.018 0.011 0.021 0.030 0.032 0.199 0.002 0.001 0.007 0.626 122 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.987 123 S 0.024 0.013 0.001 0.019 0.021 0.051 0.395 0.002 0.001 0.010 0.464 124 Q 0.448 0.026 0.005 0.019 0.011 0.020 0.105 0.001 0.001 0.013 0.349 125 N 0.104 0.121 0.006 0.027 0.036 0.041 0.136 0.002 0.001 0.007 0.521 126 H 0.184 0.081 0.017 0.034 0.035 0.065 0.193 0.004 0.001 0.016 0.369 127 L 0.150 0.203 0.014 0.064 0.066 0.115 0.098 0.005 0.001 0.008 0.277 128 S 0.072 0.126 0.008 0.037 0.078 0.131 0.152 0.009 0.001 0.008 0.379 129 A 0.098 0.121 0.017 0.046 0.049 0.089 0.064 0.006 0.001 0.007 0.504