# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.036 0.008 0.014 0.015 0.021 0.063 0.008 0.835 2 I 0.097 0.014 0.049 0.043 0.090 0.090 0.008 0.609 3 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.982 4 D 0.069 0.004 0.021 0.023 0.040 0.134 0.011 0.699 5 I 0.315 0.020 0.075 0.059 0.067 0.071 0.011 0.382 6 H 0.056 0.020 0.083 0.119 0.154 0.129 0.006 0.433 7 Y 0.047 0.014 0.117 0.107 0.182 0.079 0.007 0.448 8 S 0.031 0.017 0.072 0.138 0.173 0.202 0.007 0.360 9 N 0.027 0.010 0.035 0.026 0.060 0.089 0.010 0.744 10 D 0.049 0.011 0.026 0.015 0.023 0.521 0.027 0.328 11 S 0.502 0.006 0.027 0.017 0.015 0.150 0.069 0.213 12 K 0.181 0.034 0.058 0.037 0.036 0.176 0.020 0.458 13 Y 0.069 0.021 0.067 0.053 0.080 0.191 0.011 0.508 14 T 0.077 0.012 0.090 0.067 0.153 0.118 0.007 0.476 15 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.989 16 S 0.017 0.003 0.049 0.087 0.166 0.150 0.002 0.526 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 18 A 0.023 0.010 0.045 0.080 0.187 0.185 0.003 0.467 19 A 0.097 0.072 0.105 0.138 0.196 0.088 0.006 0.298 20 F 0.065 0.294 0.064 0.121 0.191 0.030 0.005 0.230 21 I 0.043 0.240 0.097 0.180 0.315 0.014 0.004 0.105 22 R 0.024 0.215 0.055 0.289 0.264 0.026 0.009 0.118 23 Q 0.047 0.191 0.042 0.130 0.246 0.033 0.028 0.283 24 Y 0.141 0.111 0.071 0.145 0.236 0.048 0.043 0.206 25 R 0.083 0.031 0.067 0.073 0.091 0.078 0.024 0.553 26 Y 0.026 0.011 0.126 0.153 0.222 0.055 0.007 0.399 27 D 0.018 0.009 0.072 0.132 0.165 0.180 0.004 0.420 28 V 0.025 0.015 0.061 0.044 0.117 0.081 0.005 0.652 29 T 0.018 0.024 0.172 0.097 0.215 0.198 0.005 0.271 30 H 0.056 0.031 0.055 0.046 0.065 0.219 0.014 0.514 31 D 0.043 0.117 0.041 0.033 0.065 0.162 0.012 0.527 32 L 0.071 0.172 0.033 0.027 0.080 0.125 0.014 0.479 33 Q 0.075 0.162 0.016 0.023 0.032 0.309 0.021 0.364 34 E 0.218 0.130 0.014 0.023 0.034 0.124 0.046 0.411 35 A 0.255 0.233 0.017 0.022 0.044 0.046 0.018 0.364 36 E 0.074 0.055 0.021 0.025 0.026 0.044 0.016 0.738 37 T 0.124 0.035 0.082 0.077 0.084 0.053 0.021 0.525 38 A 0.112 0.024 0.146 0.147 0.148 0.048 0.016 0.359 39 L 0.025 0.009 0.392 0.202 0.164 0.064 0.004 0.140 40 L 0.004 0.003 0.584 0.181 0.161 0.013 0.001 0.052 41 I 0.002 0.002 0.554 0.163 0.236 0.006 0.001 0.037 42 W 0.002 0.002 0.434 0.161 0.251 0.014 0.001 0.134 43 R 0.002 0.002 0.259 0.230 0.368 0.032 0.001 0.105 44 N 0.005 0.004 0.046 0.093 0.158 0.202 0.004 0.487 45 A 0.029 0.006 0.052 0.050 0.141 0.180 0.011 0.531 46 E 0.036 0.012 0.019 0.020 0.045 0.365 0.010 0.494 47 D 0.104 0.022 0.014 0.022 0.042 0.208 0.018 0.570 48 D 0.135 0.094 0.021 0.024 0.049 0.162 0.011 0.504 49 V 0.096 0.198 0.031 0.052 0.095 0.099 0.007 0.422 50 M 0.055 0.182 0.075 0.129 0.242 0.087 0.009 0.222 51 Y 0.065 0.207 0.042 0.094 0.180 0.030 0.017 0.364 52 Q 0.100 0.114 0.148 0.176 0.248 0.029 0.015 0.170 53 T 0.024 0.038 0.031 0.034 0.028 0.032 0.017 0.797 54 L 0.087 0.034 0.159 0.061 0.190 0.037 0.016 0.417 55 D 0.014 0.020 0.016 0.016 0.015 0.245 0.006 0.669 56 G 0.058 0.018 0.019 0.005 0.016 0.095 0.011 0.777 57 F 0.171 0.069 0.028 0.007 0.010 0.367 0.011 0.338 58 D 0.104 0.077 0.011 0.007 0.010 0.566 0.012 0.213 59 M 0.016 0.693 0.012 0.004 0.018 0.047 0.002 0.206 60 M 0.006 0.883 0.003 0.002 0.006 0.019 0.001 0.080 61 L 0.010 0.892 0.005 0.002 0.007 0.046 0.003 0.037 62 L 0.008 0.970 0.003 0.001 0.004 0.002 0.002 0.010 63 E 0.012 0.966 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 64 I 0.023 0.936 0.004 0.001 0.002 0.004 0.008 0.022 65 M 0.043 0.915 0.009 0.001 0.002 0.002 0.011 0.016 66 G 0.134 0.683 0.031 0.005 0.005 0.014 0.042 0.086 67 S 0.262 0.299 0.091 0.006 0.006 0.033 0.115 0.186 68 S 0.337 0.143 0.048 0.006 0.005 0.042 0.055 0.364 69 A 0.052 0.054 0.045 0.004 0.006 0.040 0.011 0.789 70 L 0.062 0.040 0.207 0.012 0.011 0.315 0.009 0.343 71 S 0.249 0.057 0.032 0.004 0.007 0.194 0.022 0.434 72 F 0.225 0.259 0.077 0.005 0.025 0.049 0.008 0.351 73 D 0.009 0.069 0.008 0.001 0.002 0.172 0.003 0.735 74 T 0.054 0.080 0.006 0.001 0.002 0.468 0.010 0.379 75 L 0.058 0.724 0.003 0.001 0.002 0.055 0.003 0.156 76 A 0.017 0.878 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.063 77 Q 0.012 0.930 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.044 78 T 0.019 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 79 L 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 80 V 0.012 0.955 0.007 0.001 0.001 0.003 0.005 0.017 81 E 0.041 0.900 0.005 0.001 0.001 0.004 0.018 0.029 82 F 0.134 0.771 0.013 0.002 0.002 0.004 0.033 0.041 83 M 0.120 0.663 0.049 0.010 0.007 0.013 0.021 0.117 84 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 85 K 0.043 0.061 0.042 0.012 0.028 0.091 0.015 0.707 86 A 0.321 0.205 0.023 0.006 0.011 0.042 0.016 0.377 87 D 0.164 0.154 0.023 0.007 0.008 0.096 0.014 0.535 88 N 0.213 0.162 0.021 0.006 0.009 0.134 0.018 0.437 89 W 0.272 0.238 0.021 0.008 0.017 0.092 0.019 0.334 90 K 0.100 0.253 0.022 0.011 0.020 0.142 0.011 0.439 91 N 0.028 0.239 0.012 0.004 0.008 0.086 0.006 0.618 92 I 0.051 0.659 0.012 0.006 0.014 0.026 0.004 0.228 93 L 0.034 0.864 0.009 0.004 0.008 0.017 0.003 0.062 94 L 0.031 0.841 0.015 0.007 0.010 0.015 0.006 0.075 95 G 0.064 0.798 0.009 0.005 0.009 0.009 0.015 0.090 96 K 0.192 0.569 0.016 0.007 0.009 0.019 0.031 0.157 97 W 0.098 0.555 0.043 0.013 0.016 0.039 0.029 0.207 98 S 0.055 0.500 0.068 0.020 0.029 0.034 0.014 0.279 99 G 0.071 0.335 0.019 0.014 0.022 0.060 0.018 0.461 100 W 0.198 0.326 0.044 0.022 0.025 0.079 0.021 0.285 101 I 0.108 0.399 0.077 0.066 0.057 0.049 0.011 0.232 102 E 0.057 0.349 0.066 0.059 0.079 0.044 0.015 0.330 103 Q 0.134 0.213 0.083 0.048 0.100 0.041 0.038 0.343 104 R 0.226 0.132 0.147 0.065 0.061 0.043 0.040 0.287 105 I 0.084 0.049 0.308 0.123 0.085 0.054 0.017 0.278 106 I 0.013 0.015 0.484 0.117 0.154 0.036 0.006 0.175 107 I 0.015 0.011 0.332 0.134 0.205 0.050 0.003 0.250 108 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 109 S 0.006 0.003 0.113 0.030 0.134 0.183 0.003 0.528 110 L 0.094 0.014 0.049 0.020 0.045 0.080 0.009 0.690 111 S 0.085 0.029 0.023 0.025 0.044 0.191 0.008 0.594 112 A 0.163 0.046 0.022 0.027 0.039 0.237 0.011 0.455 113 I 0.187 0.201 0.032 0.044 0.067 0.123 0.008 0.337 114 S 0.092 0.367 0.023 0.045 0.120 0.063 0.009 0.281 115 E 0.083 0.317 0.018 0.029 0.049 0.046 0.015 0.443 116 N 0.158 0.255 0.027 0.033 0.057 0.118 0.046 0.305 117 M 0.284 0.223 0.046 0.032 0.050 0.061 0.042 0.262 118 E 0.087 0.131 0.062 0.031 0.031 0.227 0.031 0.400 119 G 0.194 0.041 0.057 0.026 0.033 0.093 0.048 0.509 120 N 0.187 0.046 0.051 0.023 0.036 0.090 0.032 0.535 121 S 0.064 0.013 0.036 0.027 0.029 0.098 0.007 0.726 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 123 S 0.021 0.004 0.027 0.035 0.072 0.303 0.005 0.534 124 Q 0.248 0.015 0.032 0.016 0.032 0.069 0.013 0.574 125 N 0.136 0.040 0.041 0.025 0.032 0.250 0.014 0.462 126 H 0.315 0.022 0.050 0.024 0.036 0.131 0.030 0.391 127 L 0.158 0.069 0.099 0.053 0.068 0.134 0.014 0.404 128 S 0.052 0.050 0.049 0.060 0.096 0.210 0.011 0.472 129 A 0.064 0.056 0.037 0.026 0.082 0.093 0.011 0.632