# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.063 0.124 0.307 0.152 0.062 0.112 0.105 0.010 0.048 0.014 0.002 2 I 0.105 0.191 0.497 0.023 0.031 0.012 0.007 0.001 0.121 0.007 0.005 3 P 0.393 0.013 0.505 0.034 0.006 0.019 0.002 0.001 0.004 0.001 0.022 4 D 0.130 0.253 0.326 0.137 0.052 0.051 0.016 0.008 0.024 0.001 0.002 5 I 0.069 0.511 0.298 0.036 0.037 0.021 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 6 H 0.042 0.492 0.279 0.035 0.053 0.065 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 7 Y 0.070 0.536 0.202 0.049 0.054 0.050 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 8 S 0.127 0.299 0.266 0.090 0.072 0.072 0.018 0.002 0.048 0.004 0.001 9 N 0.283 0.144 0.157 0.208 0.080 0.036 0.046 0.008 0.024 0.011 0.002 10 D 0.197 0.109 0.152 0.270 0.074 0.049 0.089 0.022 0.021 0.015 0.001 11 S 0.180 0.240 0.243 0.182 0.050 0.029 0.029 0.009 0.029 0.007 0.002 12 K 0.389 0.164 0.230 0.121 0.027 0.027 0.018 0.002 0.011 0.002 0.008 13 Y 0.191 0.262 0.225 0.195 0.035 0.041 0.020 0.005 0.024 0.002 0.002 14 T 0.020 0.234 0.452 0.005 0.027 0.015 0.005 0.001 0.240 0.002 0.001 15 P 0.094 0.003 0.787 0.013 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 16 S 0.047 0.162 0.503 0.011 0.056 0.028 0.010 0.007 0.164 0.011 0.001 17 P 0.847 0.002 0.123 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 18 A 0.802 0.037 0.037 0.083 0.021 0.009 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 19 A 0.698 0.098 0.059 0.092 0.030 0.009 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 20 F 0.501 0.202 0.111 0.101 0.041 0.019 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 21 I 0.531 0.226 0.137 0.049 0.023 0.018 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 22 R 0.516 0.171 0.131 0.098 0.027 0.027 0.010 0.001 0.019 0.001 0.001 23 Q 0.330 0.163 0.187 0.201 0.038 0.031 0.028 0.002 0.019 0.001 0.001 24 Y 0.111 0.500 0.135 0.112 0.044 0.027 0.023 0.002 0.044 0.001 0.001 25 R 0.103 0.232 0.402 0.062 0.032 0.118 0.031 0.001 0.016 0.001 0.003 26 Y 0.151 0.509 0.142 0.081 0.043 0.040 0.007 0.002 0.024 0.001 0.001 27 D 0.136 0.247 0.337 0.052 0.057 0.111 0.019 0.001 0.037 0.002 0.001 28 V 0.473 0.225 0.132 0.083 0.031 0.028 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 29 T 0.438 0.208 0.119 0.126 0.042 0.028 0.015 0.002 0.022 0.002 0.001 30 H 0.398 0.111 0.151 0.119 0.091 0.030 0.046 0.013 0.024 0.015 0.001 31 D 0.356 0.093 0.192 0.152 0.050 0.048 0.065 0.010 0.022 0.011 0.001 32 L 0.592 0.077 0.115 0.157 0.017 0.015 0.012 0.003 0.009 0.003 0.001 33 Q 0.508 0.103 0.120 0.174 0.026 0.019 0.030 0.003 0.015 0.003 0.001 34 E 0.253 0.143 0.195 0.240 0.048 0.034 0.049 0.007 0.025 0.005 0.001 35 A 0.117 0.272 0.324 0.057 0.064 0.034 0.034 0.009 0.075 0.012 0.001 36 E 0.274 0.088 0.467 0.086 0.020 0.031 0.010 0.001 0.010 0.002 0.009 37 T 0.134 0.329 0.180 0.181 0.097 0.025 0.023 0.005 0.024 0.002 0.001 38 A 0.041 0.557 0.160 0.031 0.170 0.017 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 39 L 0.008 0.876 0.069 0.004 0.021 0.018 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 40 L 0.006 0.757 0.147 0.002 0.015 0.068 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 41 I 0.011 0.847 0.068 0.003 0.021 0.031 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 42 W 0.027 0.451 0.256 0.018 0.060 0.150 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 43 R 0.101 0.537 0.140 0.073 0.056 0.033 0.014 0.002 0.040 0.003 0.001 44 N 0.046 0.123 0.289 0.061 0.145 0.101 0.108 0.005 0.088 0.033 0.001 45 A 0.633 0.038 0.133 0.118 0.021 0.020 0.008 0.002 0.013 0.007 0.008 46 E 0.707 0.031 0.068 0.144 0.009 0.015 0.015 0.003 0.004 0.002 0.001 47 D 0.577 0.039 0.082 0.178 0.025 0.020 0.050 0.014 0.009 0.006 0.001 48 D 0.505 0.099 0.134 0.137 0.032 0.029 0.041 0.007 0.013 0.002 0.001 49 V 0.529 0.294 0.097 0.038 0.016 0.011 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 50 M 0.624 0.201 0.089 0.034 0.026 0.014 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 51 Y 0.501 0.229 0.066 0.067 0.099 0.011 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 52 Q 0.391 0.330 0.127 0.040 0.059 0.017 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 53 T 0.352 0.205 0.311 0.049 0.014 0.053 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 54 L 0.526 0.165 0.133 0.082 0.023 0.033 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 55 D 0.334 0.049 0.191 0.214 0.025 0.041 0.122 0.004 0.012 0.005 0.001 56 G 0.124 0.009 0.024 0.089 0.035 0.018 0.112 0.489 0.004 0.096 0.001 57 F 0.527 0.116 0.235 0.064 0.017 0.017 0.009 0.002 0.010 0.002 0.001 58 D 0.833 0.018 0.075 0.036 0.005 0.020 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 59 M 0.927 0.018 0.010 0.024 0.014 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 60 M 0.953 0.024 0.007 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.975 0.017 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.987 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.977 0.006 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 I 0.948 0.008 0.005 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 65 M 0.759 0.012 0.034 0.178 0.005 0.002 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 66 G 0.486 0.005 0.036 0.071 0.025 0.007 0.125 0.175 0.003 0.067 0.001 67 S 0.563 0.030 0.083 0.288 0.010 0.011 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 68 S 0.312 0.123 0.220 0.135 0.050 0.038 0.039 0.004 0.072 0.007 0.001 69 A 0.592 0.029 0.266 0.045 0.007 0.040 0.010 0.001 0.005 0.001 0.004 70 L 0.474 0.152 0.126 0.164 0.025 0.037 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 71 S 0.263 0.130 0.257 0.111 0.077 0.097 0.011 0.002 0.047 0.003 0.001 72 F 0.906 0.012 0.040 0.021 0.005 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 73 D 0.981 0.001 0.004 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 T 0.977 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 L 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 F 0.454 0.003 0.005 0.532 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 M 0.267 0.081 0.249 0.020 0.019 0.009 0.058 0.001 0.295 0.002 0.001 84 P 0.459 0.003 0.453 0.019 0.001 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 85 K 0.704 0.038 0.105 0.119 0.006 0.016 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 86 A 0.773 0.029 0.071 0.078 0.017 0.015 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 87 D 0.764 0.013 0.044 0.132 0.008 0.010 0.023 0.002 0.004 0.001 0.001 88 N 0.685 0.020 0.045 0.156 0.014 0.021 0.038 0.010 0.006 0.004 0.001 89 W 0.809 0.037 0.076 0.050 0.006 0.011 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 90 K 0.915 0.027 0.023 0.025 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 91 N 0.922 0.014 0.019 0.023 0.010 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 92 I 0.917 0.038 0.012 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 93 L 0.910 0.025 0.025 0.017 0.010 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 94 L 0.731 0.031 0.053 0.158 0.008 0.004 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 95 G 0.383 0.005 0.029 0.033 0.038 0.006 0.096 0.299 0.002 0.107 0.001 96 K 0.632 0.098 0.108 0.126 0.014 0.010 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 97 W 0.644 0.068 0.116 0.081 0.025 0.026 0.012 0.001 0.026 0.002 0.001 98 S 0.616 0.055 0.108 0.158 0.018 0.010 0.024 0.001 0.006 0.002 0.001 99 G 0.459 0.019 0.048 0.069 0.095 0.012 0.060 0.157 0.004 0.075 0.001 100 W 0.581 0.112 0.132 0.121 0.022 0.016 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 101 I 0.629 0.132 0.127 0.059 0.015 0.015 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 102 E 0.594 0.090 0.106 0.096 0.037 0.031 0.029 0.001 0.012 0.001 0.001 103 Q 0.443 0.169 0.088 0.203 0.051 0.010 0.017 0.002 0.015 0.001 0.001 104 R 0.183 0.351 0.197 0.107 0.088 0.025 0.021 0.003 0.023 0.001 0.001 105 I 0.076 0.622 0.190 0.037 0.027 0.031 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 106 I 0.082 0.473 0.299 0.033 0.018 0.075 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 107 I 0.013 0.338 0.343 0.003 0.032 0.020 0.003 0.001 0.245 0.001 0.001 108 P 0.193 0.005 0.712 0.013 0.004 0.026 0.002 0.001 0.004 0.001 0.041 109 S 0.332 0.177 0.226 0.116 0.060 0.035 0.017 0.012 0.022 0.003 0.001 110 L 0.369 0.189 0.251 0.099 0.041 0.023 0.009 0.002 0.013 0.002 0.002 111 S 0.397 0.225 0.153 0.093 0.067 0.025 0.017 0.003 0.018 0.002 0.001 112 A 0.410 0.193 0.170 0.090 0.064 0.034 0.010 0.002 0.024 0.002 0.001 113 I 0.392 0.284 0.170 0.079 0.026 0.023 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 114 S 0.371 0.180 0.212 0.084 0.056 0.038 0.018 0.002 0.034 0.003 0.001 115 E 0.646 0.063 0.102 0.122 0.018 0.014 0.015 0.002 0.013 0.003 0.001 116 N 0.261 0.045 0.091 0.405 0.042 0.021 0.090 0.015 0.016 0.014 0.001 117 M 0.343 0.115 0.204 0.158 0.036 0.026 0.066 0.014 0.026 0.011 0.002 118 E 0.150 0.177 0.244 0.311 0.018 0.022 0.052 0.003 0.018 0.003 0.001 119 G 0.056 0.027 0.095 0.053 0.066 0.018 0.101 0.333 0.005 0.244 0.001 120 N 0.113 0.134 0.316 0.229 0.064 0.058 0.035 0.017 0.017 0.017 0.002 121 S 0.032 0.201 0.435 0.016 0.045 0.019 0.010 0.002 0.222 0.017 0.001 122 P 0.473 0.007 0.429 0.026 0.004 0.014 0.001 0.001 0.003 0.002 0.040 123 S 0.343 0.122 0.192 0.195 0.052 0.042 0.016 0.013 0.020 0.004 0.001 124 Q 0.443 0.112 0.216 0.138 0.031 0.020 0.015 0.003 0.015 0.004 0.002 125 N 0.308 0.082 0.133 0.287 0.044 0.032 0.079 0.012 0.017 0.007 0.001 126 H 0.232 0.157 0.169 0.210 0.078 0.038 0.056 0.018 0.031 0.009 0.001 127 L 0.271 0.282 0.273 0.087 0.026 0.028 0.010 0.002 0.018 0.002 0.002 128 S 0.177 0.294 0.282 0.093 0.048 0.054 0.018 0.002 0.029 0.002 0.001 129 A 0.327 0.203 0.232 0.088 0.066 0.032 0.014 0.004 0.027 0.005 0.002