# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.434 0.201 0.122 0.091 0.067 0.036 0.026 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 2 I 0.134 0.090 0.118 0.152 0.162 0.141 0.091 0.054 0.033 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 3 P 0.294 0.164 0.126 0.117 0.097 0.075 0.061 0.031 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 4 D 0.235 0.204 0.137 0.128 0.106 0.065 0.049 0.034 0.023 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 5 I 0.054 0.034 0.056 0.083 0.147 0.152 0.145 0.130 0.086 0.049 0.032 0.022 0.008 0.002 6 H 0.118 0.111 0.145 0.186 0.173 0.106 0.076 0.043 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 7 Y 0.079 0.044 0.070 0.119 0.159 0.159 0.131 0.106 0.063 0.037 0.019 0.008 0.004 0.001 8 S 0.294 0.197 0.145 0.128 0.088 0.059 0.048 0.020 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 9 N 0.342 0.180 0.146 0.115 0.090 0.054 0.033 0.017 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 10 D 0.360 0.217 0.124 0.115 0.076 0.046 0.030 0.014 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 11 S 0.239 0.136 0.155 0.142 0.127 0.087 0.058 0.028 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 12 K 0.274 0.197 0.145 0.131 0.101 0.062 0.042 0.023 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 13 Y 0.107 0.062 0.088 0.119 0.170 0.152 0.109 0.088 0.051 0.027 0.014 0.009 0.004 0.001 14 T 0.154 0.135 0.144 0.156 0.128 0.103 0.081 0.046 0.026 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 15 P 0.105 0.054 0.072 0.095 0.133 0.132 0.112 0.112 0.076 0.050 0.030 0.017 0.008 0.003 16 S 0.098 0.109 0.106 0.141 0.137 0.125 0.102 0.072 0.049 0.030 0.018 0.007 0.004 0.002 17 P 0.055 0.040 0.058 0.089 0.131 0.151 0.145 0.125 0.093 0.059 0.029 0.014 0.007 0.004 18 A 0.036 0.030 0.042 0.066 0.116 0.141 0.147 0.135 0.109 0.079 0.054 0.027 0.012 0.007 19 A 0.068 0.038 0.041 0.057 0.086 0.100 0.113 0.130 0.126 0.100 0.074 0.043 0.017 0.008 20 F 0.035 0.031 0.045 0.080 0.112 0.125 0.118 0.125 0.103 0.087 0.065 0.046 0.017 0.010 21 I 0.025 0.024 0.030 0.036 0.063 0.093 0.105 0.138 0.169 0.148 0.089 0.046 0.023 0.012 22 R 0.082 0.103 0.126 0.169 0.143 0.134 0.095 0.064 0.039 0.021 0.013 0.007 0.003 0.002 23 Q 0.146 0.144 0.129 0.126 0.124 0.100 0.085 0.052 0.046 0.023 0.012 0.006 0.004 0.002 24 Y 0.026 0.028 0.054 0.096 0.154 0.177 0.172 0.135 0.074 0.040 0.024 0.014 0.006 0.002 25 R 0.064 0.089 0.112 0.152 0.180 0.142 0.108 0.072 0.043 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 26 Y 0.061 0.042 0.053 0.079 0.135 0.144 0.153 0.142 0.097 0.047 0.026 0.014 0.005 0.002 27 D 0.162 0.123 0.125 0.165 0.162 0.094 0.069 0.046 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 28 V 0.046 0.025 0.044 0.081 0.128 0.144 0.139 0.142 0.102 0.068 0.043 0.027 0.009 0.003 29 T 0.065 0.065 0.091 0.114 0.149 0.162 0.140 0.097 0.056 0.035 0.015 0.006 0.002 0.001 30 H 0.259 0.182 0.147 0.136 0.099 0.067 0.049 0.027 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 31 D 0.374 0.225 0.127 0.106 0.082 0.038 0.024 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.081 0.087 0.166 0.221 0.198 0.128 0.066 0.030 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.251 0.175 0.166 0.174 0.115 0.063 0.035 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.531 0.266 0.108 0.047 0.023 0.011 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.211 0.251 0.200 0.159 0.089 0.047 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.068 0.134 0.170 0.204 0.176 0.115 0.070 0.035 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 37 T 0.014 0.019 0.045 0.089 0.155 0.197 0.181 0.142 0.086 0.039 0.017 0.008 0.005 0.002 38 A 0.007 0.009 0.016 0.038 0.076 0.106 0.136 0.174 0.173 0.118 0.078 0.034 0.021 0.012 39 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.014 0.031 0.062 0.132 0.193 0.217 0.206 0.084 0.047 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.024 0.071 0.155 0.224 0.266 0.152 0.084 41 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.017 0.033 0.085 0.174 0.213 0.221 0.161 0.083 42 W 0.003 0.004 0.005 0.007 0.014 0.022 0.044 0.080 0.156 0.195 0.181 0.131 0.099 0.060 43 R 0.011 0.015 0.024 0.062 0.098 0.105 0.114 0.144 0.145 0.110 0.083 0.048 0.021 0.020 44 N 0.005 0.013 0.030 0.071 0.120 0.157 0.163 0.147 0.116 0.084 0.050 0.026 0.010 0.008 45 A 0.028 0.065 0.121 0.152 0.154 0.168 0.131 0.081 0.056 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 46 E 0.265 0.275 0.178 0.103 0.065 0.040 0.039 0.013 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 47 D 0.361 0.206 0.160 0.105 0.076 0.042 0.027 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.306 0.216 0.165 0.118 0.093 0.046 0.032 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 V 0.095 0.052 0.088 0.123 0.191 0.161 0.117 0.090 0.046 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 50 M 0.147 0.093 0.109 0.156 0.162 0.132 0.083 0.057 0.031 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 51 Y 0.138 0.073 0.085 0.125 0.168 0.123 0.088 0.077 0.054 0.035 0.020 0.009 0.004 0.002 52 Q 0.196 0.114 0.106 0.122 0.125 0.110 0.068 0.056 0.045 0.027 0.018 0.009 0.003 0.001 53 T 0.183 0.152 0.158 0.154 0.121 0.087 0.069 0.034 0.021 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 54 L 0.078 0.043 0.053 0.088 0.156 0.154 0.139 0.114 0.088 0.052 0.020 0.010 0.004 0.002 55 D 0.278 0.204 0.180 0.143 0.082 0.056 0.033 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 56 G 0.401 0.258 0.140 0.077 0.045 0.030 0.024 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.041 0.027 0.038 0.088 0.183 0.200 0.177 0.135 0.069 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 58 D 0.059 0.060 0.090 0.143 0.182 0.180 0.133 0.078 0.039 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 59 M 0.233 0.125 0.124 0.130 0.123 0.094 0.065 0.051 0.028 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 60 M 0.105 0.075 0.091 0.123 0.143 0.156 0.112 0.084 0.055 0.027 0.014 0.008 0.004 0.001 61 L 0.031 0.015 0.021 0.047 0.079 0.173 0.232 0.208 0.119 0.047 0.018 0.006 0.002 0.001 62 L 0.061 0.072 0.087 0.118 0.166 0.158 0.152 0.092 0.052 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 63 E 0.292 0.224 0.213 0.122 0.066 0.040 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.049 0.035 0.076 0.161 0.248 0.202 0.111 0.067 0.030 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 65 M 0.045 0.035 0.060 0.111 0.179 0.221 0.160 0.119 0.050 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 66 G 0.214 0.237 0.199 0.151 0.098 0.054 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.490 0.213 0.129 0.083 0.046 0.021 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.276 0.180 0.165 0.148 0.106 0.065 0.037 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.190 0.109 0.134 0.157 0.187 0.112 0.057 0.030 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 70 L 0.316 0.143 0.109 0.112 0.124 0.094 0.054 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 71 S 0.221 0.125 0.127 0.153 0.131 0.097 0.075 0.036 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 72 F 0.058 0.046 0.075 0.155 0.232 0.169 0.115 0.073 0.046 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 73 D 0.575 0.206 0.107 0.054 0.026 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 T 0.252 0.268 0.187 0.122 0.079 0.048 0.025 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 L 0.035 0.019 0.028 0.069 0.158 0.211 0.181 0.181 0.084 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 76 A 0.041 0.101 0.170 0.252 0.234 0.126 0.044 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Q 0.643 0.204 0.084 0.040 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.098 0.174 0.205 0.222 0.154 0.081 0.044 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.024 0.013 0.025 0.063 0.165 0.224 0.185 0.176 0.092 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 80 V 0.135 0.190 0.176 0.181 0.145 0.101 0.042 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.505 0.287 0.128 0.048 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 F 0.045 0.029 0.064 0.146 0.286 0.192 0.108 0.073 0.036 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 83 M 0.087 0.070 0.109 0.183 0.206 0.167 0.095 0.050 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 84 P 0.370 0.208 0.154 0.112 0.071 0.041 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.317 0.200 0.159 0.142 0.095 0.047 0.023 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 A 0.336 0.189 0.163 0.128 0.095 0.049 0.026 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 D 0.632 0.213 0.083 0.037 0.019 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.345 0.241 0.150 0.114 0.078 0.039 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 W 0.092 0.060 0.079 0.142 0.207 0.175 0.125 0.067 0.033 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 90 K 0.157 0.184 0.176 0.192 0.131 0.086 0.040 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 91 N 0.430 0.252 0.136 0.075 0.048 0.027 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.080 0.051 0.089 0.140 0.199 0.177 0.104 0.081 0.045 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 93 L 0.051 0.035 0.052 0.102 0.175 0.189 0.165 0.130 0.062 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 94 L 0.140 0.137 0.143 0.184 0.165 0.108 0.060 0.032 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 95 G 0.521 0.246 0.124 0.057 0.025 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 K 0.187 0.183 0.180 0.170 0.133 0.074 0.042 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 W 0.062 0.040 0.069 0.118 0.221 0.191 0.141 0.091 0.045 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 98 S 0.216 0.213 0.172 0.171 0.118 0.063 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 99 G 0.547 0.242 0.108 0.051 0.025 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 W 0.081 0.066 0.107 0.158 0.191 0.179 0.114 0.060 0.027 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 101 I 0.048 0.049 0.075 0.122 0.192 0.174 0.150 0.106 0.047 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 102 E 0.298 0.232 0.141 0.126 0.081 0.046 0.040 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 103 Q 0.081 0.074 0.106 0.173 0.163 0.144 0.101 0.073 0.047 0.018 0.010 0.006 0.004 0.001 104 R 0.042 0.042 0.064 0.119 0.174 0.160 0.163 0.103 0.071 0.030 0.017 0.008 0.004 0.002 105 I 0.022 0.012 0.019 0.034 0.060 0.095 0.139 0.156 0.137 0.123 0.097 0.071 0.025 0.010 106 I 0.026 0.023 0.026 0.026 0.042 0.068 0.086 0.118 0.144 0.161 0.137 0.077 0.044 0.020 107 I 0.036 0.027 0.037 0.061 0.091 0.094 0.108 0.138 0.133 0.104 0.081 0.054 0.024 0.011 108 P 0.040 0.040 0.045 0.073 0.104 0.106 0.108 0.113 0.117 0.101 0.072 0.043 0.022 0.014 109 S 0.049 0.063 0.085 0.124 0.142 0.139 0.135 0.107 0.068 0.041 0.024 0.012 0.006 0.005 110 L 0.041 0.047 0.068 0.104 0.139 0.149 0.127 0.116 0.088 0.061 0.033 0.016 0.008 0.004 111 S 0.136 0.134 0.136 0.132 0.131 0.109 0.078 0.057 0.045 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 112 A 0.114 0.098 0.130 0.152 0.147 0.127 0.086 0.064 0.042 0.022 0.011 0.005 0.003 0.001 113 I 0.067 0.054 0.077 0.112 0.166 0.165 0.142 0.106 0.053 0.031 0.014 0.007 0.003 0.001 114 S 0.219 0.160 0.149 0.148 0.118 0.081 0.054 0.033 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 115 E 0.393 0.172 0.120 0.111 0.076 0.050 0.031 0.019 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 116 N 0.272 0.133 0.117 0.137 0.114 0.091 0.061 0.033 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 117 M 0.126 0.071 0.116 0.142 0.158 0.144 0.105 0.065 0.034 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 118 E 0.283 0.160 0.134 0.136 0.104 0.071 0.047 0.029 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 119 G 0.296 0.134 0.122 0.121 0.104 0.083 0.060 0.034 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 120 N 0.219 0.119 0.128 0.135 0.132 0.103 0.077 0.039 0.023 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 121 S 0.300 0.171 0.134 0.124 0.100 0.068 0.044 0.025 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 122 P 0.243 0.112 0.121 0.128 0.128 0.105 0.073 0.042 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 123 S 0.272 0.142 0.121 0.132 0.120 0.080 0.058 0.033 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 124 Q 0.276 0.153 0.123 0.134 0.114 0.078 0.046 0.031 0.025 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 125 N 0.284 0.146 0.128 0.125 0.103 0.082 0.057 0.031 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 126 H 0.142 0.095 0.125 0.148 0.149 0.124 0.085 0.059 0.036 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 127 L 0.090 0.061 0.084 0.108 0.165 0.151 0.120 0.095 0.056 0.034 0.019 0.010 0.005 0.002 128 S 0.254 0.158 0.134 0.126 0.112 0.080 0.059 0.035 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 129 A 0.297 0.143 0.118 0.116 0.108 0.076 0.056 0.036 0.024 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001