# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.055 0.036 0.001 0.026 0.011 0.028 0.109 0.005 0.001 0.035 0.693 2 I 0.141 0.031 0.003 0.018 0.056 0.024 0.142 0.012 0.001 0.067 0.505 3 P 0.055 0.045 0.003 0.080 0.032 0.060 0.133 0.006 0.001 0.061 0.525 4 D 0.061 0.025 0.002 0.063 0.036 0.124 0.116 0.005 0.001 0.103 0.466 5 I 0.017 0.013 0.003 0.111 0.086 0.125 0.135 0.003 0.001 0.098 0.409 6 H 0.032 0.019 0.002 0.105 0.091 0.148 0.096 0.005 0.001 0.080 0.422 7 Y 0.050 0.014 0.002 0.066 0.058 0.090 0.110 0.004 0.001 0.092 0.513 8 S 0.043 0.014 0.003 0.050 0.035 0.058 0.139 0.005 0.002 0.084 0.568 9 N 0.114 0.020 0.002 0.022 0.014 0.029 0.134 0.008 0.001 0.050 0.605 10 D 0.140 0.016 0.002 0.017 0.015 0.025 0.120 0.009 0.001 0.065 0.590 11 S 0.075 0.008 0.001 0.017 0.020 0.031 0.122 0.003 0.001 0.055 0.667 12 K 0.021 0.006 0.001 0.017 0.023 0.047 0.123 0.002 0.001 0.042 0.718 13 Y 0.018 0.004 0.001 0.023 0.032 0.034 0.124 0.001 0.001 0.052 0.711 14 T 0.022 0.018 0.001 0.024 0.032 0.046 0.162 0.002 0.001 0.041 0.653 15 P 0.015 0.056 0.001 0.015 0.016 0.016 0.116 0.002 0.001 0.013 0.751 16 S 0.117 0.629 0.002 0.005 0.007 0.006 0.037 0.013 0.001 0.033 0.151 17 P 0.068 0.838 0.001 0.002 0.002 0.003 0.013 0.009 0.001 0.011 0.053 18 A 0.033 0.754 0.003 0.004 0.008 0.012 0.022 0.003 0.001 0.047 0.114 19 A 0.035 0.578 0.006 0.021 0.026 0.045 0.031 0.004 0.001 0.081 0.172 20 F 0.072 0.578 0.011 0.016 0.022 0.035 0.041 0.015 0.003 0.073 0.134 21 I 0.130 0.204 0.019 0.027 0.042 0.048 0.060 0.013 0.008 0.110 0.338 22 R 0.111 0.109 0.007 0.039 0.038 0.066 0.088 0.006 0.002 0.056 0.478 23 Q 0.044 0.052 0.006 0.037 0.022 0.055 0.105 0.006 0.001 0.077 0.596 24 Y 0.053 0.046 0.007 0.050 0.058 0.078 0.130 0.006 0.001 0.072 0.500 25 R 0.029 0.024 0.002 0.039 0.032 0.064 0.105 0.003 0.001 0.134 0.568 26 Y 0.016 0.029 0.002 0.055 0.055 0.047 0.107 0.002 0.001 0.050 0.637 27 D 0.053 0.120 0.004 0.071 0.047 0.064 0.089 0.008 0.001 0.063 0.480 28 V 0.058 0.161 0.002 0.037 0.023 0.029 0.077 0.006 0.001 0.040 0.564 29 T 0.107 0.391 0.003 0.026 0.013 0.018 0.051 0.010 0.001 0.050 0.330 30 H 0.048 0.437 0.006 0.043 0.014 0.016 0.084 0.007 0.001 0.032 0.312 31 D 0.036 0.731 0.005 0.007 0.006 0.005 0.020 0.009 0.001 0.055 0.127 32 L 0.060 0.833 0.001 0.003 0.003 0.003 0.012 0.007 0.001 0.024 0.053 33 Q 0.005 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.905 0.023 34 E 0.007 0.666 0.003 0.002 0.003 0.004 0.018 0.002 0.001 0.235 0.058 35 A 0.029 0.906 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.009 0.001 0.009 0.035 36 E 0.016 0.846 0.005 0.005 0.004 0.008 0.014 0.003 0.001 0.029 0.069 37 T 0.013 0.794 0.002 0.006 0.005 0.010 0.028 0.002 0.001 0.038 0.101 38 A 0.024 0.653 0.005 0.031 0.013 0.051 0.042 0.006 0.001 0.071 0.102 39 L 0.034 0.544 0.009 0.044 0.032 0.080 0.037 0.008 0.002 0.095 0.115 40 L 0.040 0.204 0.017 0.061 0.073 0.110 0.070 0.005 0.004 0.167 0.249 41 I 0.081 0.127 0.010 0.062 0.063 0.077 0.083 0.007 0.003 0.122 0.364 42 W 0.115 0.083 0.009 0.044 0.054 0.077 0.094 0.010 0.003 0.059 0.452 43 R 0.046 0.054 0.006 0.035 0.026 0.046 0.097 0.004 0.003 0.035 0.648 44 N 0.157 0.111 0.008 0.017 0.014 0.026 0.084 0.009 0.003 0.059 0.513 45 A 0.248 0.114 0.003 0.011 0.015 0.014 0.080 0.011 0.001 0.038 0.464 46 E 0.089 0.130 0.003 0.012 0.009 0.012 0.081 0.007 0.001 0.031 0.625 47 D 0.048 0.180 0.003 0.027 0.018 0.035 0.097 0.007 0.001 0.043 0.540 48 D 0.056 0.191 0.004 0.051 0.047 0.107 0.078 0.008 0.001 0.124 0.333 49 V 0.037 0.075 0.005 0.058 0.076 0.103 0.081 0.005 0.001 0.253 0.306 50 M 0.038 0.105 0.004 0.115 0.071 0.126 0.085 0.007 0.001 0.093 0.357 51 Y 0.053 0.083 0.005 0.078 0.077 0.100 0.078 0.007 0.002 0.082 0.435 52 Q 0.028 0.064 0.011 0.094 0.083 0.124 0.090 0.005 0.004 0.072 0.427 53 T 0.144 0.124 0.004 0.033 0.024 0.045 0.091 0.009 0.002 0.078 0.447 54 L 0.183 0.076 0.004 0.019 0.023 0.021 0.097 0.008 0.001 0.065 0.503 55 D 0.043 0.171 0.002 0.021 0.013 0.023 0.092 0.004 0.001 0.027 0.603 56 G 0.042 0.401 0.002 0.014 0.012 0.025 0.068 0.005 0.001 0.027 0.404 57 F 0.040 0.558 0.004 0.013 0.031 0.022 0.052 0.006 0.001 0.044 0.230 58 D 0.036 0.713 0.002 0.016 0.015 0.035 0.027 0.005 0.001 0.037 0.114 59 M 0.036 0.625 0.004 0.016 0.028 0.035 0.035 0.004 0.001 0.059 0.157 60 M 0.023 0.662 0.006 0.034 0.035 0.059 0.027 0.005 0.001 0.039 0.110 61 L 0.058 0.619 0.004 0.029 0.018 0.047 0.031 0.010 0.001 0.049 0.134 62 L 0.041 0.368 0.020 0.044 0.077 0.078 0.041 0.011 0.005 0.121 0.194 63 E 0.110 0.138 0.007 0.031 0.049 0.065 0.062 0.007 0.002 0.217 0.312 64 I 0.049 0.054 0.009 0.030 0.031 0.042 0.110 0.006 0.002 0.324 0.344 65 M 0.034 0.080 0.009 0.034 0.032 0.037 0.129 0.008 0.003 0.096 0.540 66 G 0.125 0.207 0.005 0.014 0.012 0.022 0.076 0.016 0.002 0.038 0.483 67 S 0.102 0.133 0.007 0.019 0.015 0.017 0.125 0.011 0.002 0.116 0.452 68 S 0.062 0.171 0.007 0.034 0.020 0.038 0.101 0.009 0.001 0.120 0.437 69 A 0.083 0.199 0.004 0.019 0.013 0.026 0.095 0.009 0.001 0.079 0.473 70 L 0.020 0.102 0.005 0.035 0.023 0.028 0.096 0.003 0.001 0.334 0.353 71 S 0.019 0.602 0.004 0.023 0.009 0.013 0.049 0.006 0.001 0.106 0.168 72 F 0.041 0.753 0.003 0.004 0.005 0.004 0.019 0.018 0.001 0.051 0.102 73 D 0.020 0.802 0.003 0.006 0.005 0.006 0.018 0.004 0.001 0.055 0.082 74 T 0.004 0.079 0.001 0.003 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.865 0.030 75 L 0.010 0.585 0.006 0.003 0.003 0.003 0.030 0.005 0.001 0.308 0.046 76 A 0.036 0.901 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.014 0.001 0.011 0.025 77 Q 0.027 0.711 0.007 0.007 0.004 0.008 0.030 0.003 0.001 0.068 0.134 78 T 0.028 0.712 0.017 0.014 0.005 0.016 0.031 0.007 0.004 0.059 0.107 79 L 0.279 0.369 0.016 0.015 0.006 0.013 0.051 0.037 0.004 0.069 0.141 80 V 0.179 0.100 0.018 0.026 0.017 0.019 0.099 0.008 0.004 0.129 0.401 81 E 0.028 0.061 0.005 0.041 0.012 0.032 0.142 0.002 0.001 0.038 0.637 82 F 0.039 0.085 0.004 0.032 0.011 0.021 0.109 0.007 0.001 0.038 0.653 83 M 0.207 0.117 0.012 0.021 0.030 0.026 0.115 0.019 0.004 0.065 0.384 84 P 0.085 0.073 0.004 0.027 0.009 0.014 0.123 0.006 0.002 0.065 0.591 85 K 0.149 0.157 0.005 0.018 0.007 0.012 0.079 0.011 0.001 0.072 0.489 86 A 0.220 0.176 0.003 0.013 0.007 0.009 0.087 0.012 0.001 0.035 0.439 87 D 0.055 0.104 0.005 0.015 0.007 0.012 0.110 0.004 0.001 0.141 0.547 88 N 0.054 0.400 0.003 0.017 0.014 0.019 0.066 0.009 0.001 0.065 0.352 89 W 0.111 0.474 0.003 0.013 0.014 0.018 0.052 0.016 0.001 0.040 0.259 90 K 0.057 0.359 0.007 0.037 0.031 0.039 0.068 0.008 0.002 0.051 0.343 91 N 0.055 0.215 0.011 0.080 0.030 0.084 0.087 0.008 0.003 0.091 0.335 92 I 0.134 0.123 0.009 0.068 0.049 0.072 0.097 0.011 0.003 0.108 0.327 93 L 0.128 0.117 0.008 0.078 0.061 0.080 0.088 0.009 0.002 0.088 0.341 94 L 0.049 0.072 0.003 0.063 0.023 0.050 0.108 0.003 0.001 0.112 0.516 95 G 0.027 0.114 0.005 0.058 0.033 0.069 0.110 0.004 0.002 0.149 0.429 96 K 0.087 0.202 0.003 0.025 0.034 0.031 0.101 0.007 0.001 0.108 0.402 97 W 0.073 0.285 0.003 0.021 0.022 0.030 0.090 0.011 0.001 0.064 0.400 98 S 0.039 0.284 0.002 0.025 0.020 0.035 0.092 0.006 0.001 0.056 0.441 99 G 0.036 0.309 0.006 0.045 0.039 0.129 0.070 0.005 0.002 0.114 0.246 100 W 0.068 0.193 0.014 0.037 0.071 0.077 0.094 0.010 0.004 0.144 0.287 101 I 0.119 0.104 0.020 0.059 0.074 0.095 0.092 0.016 0.005 0.111 0.306 102 E 0.084 0.052 0.009 0.047 0.045 0.090 0.087 0.009 0.003 0.100 0.475 103 Q 0.038 0.033 0.004 0.072 0.054 0.138 0.092 0.005 0.001 0.072 0.490 104 R 0.023 0.012 0.003 0.092 0.081 0.119 0.087 0.002 0.001 0.099 0.482 105 I 0.006 0.009 0.002 0.127 0.135 0.164 0.081 0.001 0.001 0.081 0.393 106 I 0.014 0.021 0.002 0.136 0.089 0.095 0.071 0.003 0.001 0.056 0.514 107 I 0.108 0.039 0.004 0.084 0.070 0.065 0.100 0.008 0.001 0.125 0.396 108 P 0.035 0.067 0.003 0.059 0.025 0.031 0.124 0.006 0.001 0.067 0.582 109 S 0.108 0.282 0.003 0.026 0.010 0.022 0.086 0.016 0.001 0.058 0.389 110 L 0.091 0.201 0.004 0.026 0.024 0.032 0.096 0.016 0.001 0.175 0.335 111 S 0.041 0.191 0.005 0.033 0.031 0.046 0.093 0.006 0.001 0.199 0.352 112 A 0.054 0.095 0.010 0.033 0.033 0.046 0.100 0.008 0.002 0.275 0.344 113 I 0.095 0.176 0.010 0.030 0.027 0.035 0.110 0.020 0.004 0.106 0.386 114 S 0.258 0.149 0.007 0.018 0.018 0.026 0.075 0.023 0.003 0.066 0.357 115 E 0.081 0.061 0.006 0.023 0.012 0.027 0.109 0.007 0.003 0.044 0.628 116 N 0.091 0.034 0.015 0.024 0.011 0.030 0.122 0.012 0.007 0.082 0.573 117 M 0.254 0.010 0.002 0.017 0.017 0.021 0.117 0.008 0.001 0.051 0.501 118 E 0.093 0.005 0.001 0.020 0.010 0.020 0.118 0.003 0.001 0.057 0.673 119 G 0.004 0.003 0.001 0.021 0.009 0.020 0.127 0.001 0.001 0.027 0.790 120 N 0.021 0.013 0.001 0.023 0.017 0.024 0.129 0.002 0.001 0.060 0.710 121 S 0.144 0.029 0.002 0.018 0.035 0.020 0.172 0.008 0.001 0.128 0.443 122 P 0.076 0.053 0.002 0.020 0.008 0.012 0.124 0.008 0.001 0.059 0.636 123 S 0.228 0.146 0.002 0.012 0.012 0.023 0.083 0.016 0.001 0.044 0.435 124 Q 0.097 0.061 0.004 0.019 0.020 0.031 0.120 0.009 0.002 0.091 0.549 125 N 0.049 0.042 0.007 0.034 0.039 0.058 0.116 0.005 0.002 0.074 0.573 126 H 0.109 0.020 0.003 0.026 0.039 0.052 0.105 0.005 0.001 0.061 0.578 127 L 0.044 0.013 0.002 0.037 0.038 0.045 0.128 0.003 0.001 0.044 0.643 128 S 0.059 0.024 0.002 0.036 0.024 0.045 0.116 0.004 0.001 0.048 0.641 129 A 0.058 0.023 0.002 0.025 0.023 0.032 0.131 0.004 0.001 0.054 0.646