# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.073 0.016 0.005 0.028 0.023 0.048 0.099 0.005 0.001 0.012 0.691 2 I 0.191 0.014 0.013 0.074 0.051 0.080 0.103 0.002 0.001 0.007 0.466 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.958 4 D 0.036 0.006 0.001 0.049 0.049 0.104 0.127 0.001 0.001 0.006 0.621 5 I 0.272 0.036 0.003 0.092 0.050 0.067 0.055 0.001 0.001 0.005 0.417 6 H 0.078 0.033 0.003 0.149 0.127 0.150 0.129 0.002 0.001 0.010 0.318 7 Y 0.088 0.034 0.005 0.093 0.071 0.088 0.090 0.003 0.001 0.004 0.523 8 S 0.077 0.031 0.002 0.087 0.103 0.193 0.105 0.003 0.001 0.003 0.396 9 N 0.025 0.011 0.002 0.026 0.024 0.038 0.130 0.004 0.001 0.008 0.733 10 D 0.081 0.011 0.006 0.037 0.024 0.052 0.247 0.002 0.001 0.016 0.524 11 S 0.161 0.011 0.004 0.025 0.014 0.019 0.326 0.002 0.001 0.028 0.408 12 K 0.127 0.020 0.006 0.025 0.020 0.027 0.239 0.003 0.001 0.024 0.509 13 Y 0.155 0.030 0.017 0.041 0.022 0.056 0.145 0.004 0.001 0.011 0.518 14 T 0.210 0.019 0.011 0.054 0.043 0.058 0.106 0.004 0.001 0.005 0.490 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 16 S 0.019 0.002 0.001 0.022 0.028 0.076 0.320 0.001 0.001 0.001 0.530 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.991 18 A 0.012 0.017 0.001 0.013 0.015 0.040 0.259 0.001 0.001 0.004 0.639 19 A 0.155 0.107 0.001 0.010 0.014 0.014 0.361 0.001 0.001 0.013 0.325 20 F 0.127 0.594 0.001 0.010 0.023 0.035 0.025 0.002 0.001 0.002 0.181 21 I 0.049 0.727 0.004 0.015 0.035 0.043 0.015 0.001 0.001 0.001 0.108 22 R 0.027 0.727 0.002 0.011 0.076 0.044 0.013 0.003 0.001 0.001 0.098 23 Q 0.092 0.602 0.003 0.007 0.030 0.039 0.016 0.017 0.001 0.002 0.193 24 Y 0.192 0.508 0.011 0.016 0.033 0.045 0.024 0.031 0.001 0.001 0.139 25 R 0.169 0.252 0.035 0.043 0.051 0.071 0.055 0.022 0.001 0.003 0.302 26 Y 0.065 0.186 0.042 0.061 0.070 0.083 0.052 0.013 0.001 0.003 0.426 27 D 0.063 0.085 0.010 0.070 0.062 0.085 0.068 0.010 0.001 0.006 0.541 28 V 0.067 0.067 0.013 0.072 0.046 0.060 0.098 0.005 0.001 0.003 0.567 29 T 0.051 0.084 0.007 0.081 0.045 0.082 0.247 0.003 0.001 0.006 0.395 30 H 0.125 0.099 0.008 0.053 0.031 0.047 0.144 0.003 0.001 0.014 0.477 31 D 0.068 0.118 0.009 0.035 0.015 0.032 0.221 0.004 0.001 0.006 0.491 32 L 0.140 0.164 0.016 0.065 0.021 0.050 0.116 0.003 0.001 0.010 0.416 33 Q 0.039 0.233 0.007 0.013 0.017 0.021 0.233 0.002 0.001 0.007 0.427 34 E 0.131 0.282 0.005 0.007 0.010 0.018 0.227 0.005 0.001 0.007 0.308 35 A 0.162 0.575 0.005 0.006 0.007 0.019 0.019 0.012 0.001 0.002 0.194 36 E 0.058 0.576 0.018 0.009 0.025 0.036 0.053 0.007 0.001 0.002 0.216 37 T 0.088 0.548 0.016 0.010 0.027 0.023 0.031 0.009 0.001 0.003 0.245 38 A 0.094 0.650 0.007 0.014 0.048 0.059 0.013 0.008 0.001 0.002 0.106 39 L 0.068 0.575 0.010 0.034 0.090 0.080 0.023 0.007 0.001 0.001 0.111 40 L 0.041 0.408 0.010 0.066 0.171 0.179 0.020 0.006 0.001 0.002 0.097 41 I 0.034 0.312 0.006 0.101 0.193 0.204 0.018 0.008 0.001 0.001 0.122 42 W 0.027 0.254 0.005 0.089 0.213 0.257 0.018 0.006 0.001 0.001 0.129 43 R 0.032 0.193 0.007 0.075 0.173 0.259 0.039 0.008 0.001 0.002 0.214 44 N 0.062 0.090 0.011 0.050 0.076 0.117 0.098 0.014 0.001 0.006 0.477 45 A 0.149 0.055 0.021 0.049 0.030 0.069 0.087 0.007 0.001 0.010 0.523 46 E 0.041 0.035 0.011 0.019 0.011 0.022 0.366 0.003 0.001 0.007 0.485 47 D 0.092 0.052 0.007 0.014 0.010 0.019 0.240 0.003 0.001 0.019 0.544 48 D 0.186 0.144 0.009 0.015 0.011 0.021 0.121 0.004 0.001 0.020 0.470 49 V 0.150 0.198 0.036 0.024 0.023 0.029 0.232 0.003 0.001 0.012 0.293 50 M 0.086 0.380 0.015 0.028 0.059 0.072 0.144 0.004 0.001 0.006 0.206 51 Y 0.063 0.527 0.004 0.026 0.049 0.101 0.028 0.005 0.001 0.002 0.193 52 Q 0.078 0.535 0.005 0.034 0.062 0.076 0.024 0.012 0.001 0.001 0.173 53 T 0.075 0.367 0.010 0.030 0.064 0.063 0.060 0.019 0.001 0.002 0.309 54 L 0.117 0.356 0.015 0.060 0.059 0.120 0.038 0.014 0.001 0.002 0.219 55 D 0.063 0.221 0.012 0.036 0.030 0.046 0.113 0.012 0.001 0.008 0.459 56 G 0.148 0.085 0.017 0.028 0.009 0.016 0.116 0.014 0.001 0.014 0.553 57 F 0.160 0.178 0.058 0.033 0.014 0.028 0.254 0.006 0.001 0.006 0.263 58 D 0.063 0.163 0.010 0.037 0.020 0.032 0.133 0.003 0.001 0.015 0.523 59 M 0.045 0.303 0.028 0.027 0.020 0.029 0.121 0.002 0.001 0.006 0.420 60 M 0.052 0.526 0.004 0.029 0.055 0.047 0.128 0.002 0.001 0.004 0.152 61 L 0.058 0.680 0.003 0.017 0.028 0.050 0.042 0.004 0.001 0.001 0.118 62 L 0.038 0.787 0.003 0.020 0.027 0.047 0.008 0.004 0.001 0.001 0.065 63 E 0.036 0.732 0.005 0.022 0.051 0.034 0.017 0.009 0.001 0.001 0.092 64 I 0.051 0.707 0.009 0.019 0.043 0.035 0.011 0.020 0.001 0.001 0.105 65 M 0.067 0.488 0.015 0.037 0.043 0.086 0.034 0.030 0.001 0.002 0.198 66 G 0.193 0.189 0.031 0.036 0.017 0.034 0.035 0.040 0.001 0.006 0.419 67 S 0.180 0.138 0.083 0.037 0.017 0.030 0.068 0.013 0.001 0.005 0.429 68 S 0.068 0.070 0.014 0.046 0.021 0.028 0.121 0.008 0.001 0.008 0.615 69 A 0.086 0.083 0.022 0.044 0.015 0.028 0.130 0.004 0.001 0.006 0.583 70 L 0.116 0.159 0.010 0.050 0.026 0.034 0.207 0.004 0.001 0.010 0.382 71 S 0.111 0.206 0.009 0.030 0.022 0.033 0.219 0.007 0.001 0.006 0.357 72 F 0.096 0.284 0.012 0.050 0.016 0.050 0.038 0.006 0.001 0.003 0.445 73 D 0.036 0.204 0.010 0.027 0.015 0.029 0.137 0.003 0.001 0.006 0.534 74 T 0.084 0.203 0.012 0.016 0.008 0.010 0.214 0.003 0.001 0.009 0.441 75 L 0.063 0.640 0.008 0.012 0.008 0.018 0.070 0.004 0.001 0.003 0.176 76 A 0.047 0.710 0.005 0.012 0.006 0.014 0.049 0.003 0.001 0.002 0.152 77 Q 0.054 0.782 0.004 0.004 0.006 0.007 0.021 0.004 0.001 0.001 0.116 78 T 0.073 0.809 0.005 0.004 0.006 0.007 0.013 0.009 0.001 0.001 0.074 79 L 0.053 0.832 0.013 0.006 0.007 0.011 0.006 0.008 0.001 0.001 0.064 80 V 0.023 0.810 0.008 0.012 0.035 0.029 0.007 0.004 0.001 0.001 0.070 81 E 0.047 0.673 0.005 0.012 0.033 0.031 0.014 0.018 0.001 0.001 0.166 82 F 0.184 0.476 0.013 0.013 0.011 0.032 0.012 0.050 0.001 0.001 0.208 83 M 0.252 0.259 0.031 0.045 0.036 0.057 0.032 0.020 0.001 0.002 0.267 84 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.988 85 K 0.030 0.020 0.007 0.028 0.022 0.055 0.082 0.003 0.001 0.002 0.753 86 A 0.228 0.069 0.004 0.033 0.010 0.020 0.071 0.002 0.001 0.003 0.560 87 D 0.070 0.096 0.004 0.017 0.016 0.022 0.138 0.002 0.001 0.009 0.626 88 N 0.120 0.089 0.005 0.019 0.007 0.011 0.172 0.003 0.001 0.015 0.560 89 W 0.222 0.182 0.015 0.022 0.009 0.017 0.149 0.004 0.001 0.007 0.373 90 K 0.084 0.302 0.010 0.026 0.023 0.035 0.229 0.003 0.001 0.009 0.281 91 N 0.068 0.405 0.007 0.018 0.014 0.024 0.084 0.005 0.001 0.005 0.369 92 I 0.094 0.606 0.009 0.031 0.027 0.031 0.035 0.006 0.001 0.003 0.159 93 L 0.054 0.661 0.011 0.027 0.052 0.039 0.054 0.006 0.001 0.002 0.095 94 L 0.064 0.585 0.006 0.028 0.041 0.065 0.028 0.011 0.001 0.002 0.168 95 G 0.132 0.399 0.006 0.025 0.023 0.055 0.025 0.033 0.001 0.004 0.298 96 K 0.192 0.238 0.043 0.036 0.029 0.032 0.075 0.026 0.001 0.004 0.325 97 W 0.068 0.202 0.040 0.041 0.043 0.053 0.108 0.013 0.001 0.003 0.431 98 S 0.083 0.148 0.018 0.052 0.040 0.083 0.083 0.004 0.001 0.005 0.484 99 G 0.116 0.129 0.011 0.042 0.030 0.053 0.069 0.007 0.001 0.013 0.531 100 W 0.137 0.144 0.030 0.041 0.029 0.044 0.140 0.004 0.001 0.005 0.425 101 I 0.049 0.230 0.008 0.053 0.118 0.132 0.103 0.002 0.001 0.004 0.300 102 E 0.035 0.230 0.004 0.034 0.085 0.162 0.084 0.003 0.001 0.004 0.360 103 Q 0.101 0.293 0.003 0.027 0.071 0.130 0.060 0.006 0.001 0.003 0.307 104 R 0.242 0.274 0.007 0.030 0.068 0.085 0.059 0.008 0.001 0.004 0.222 105 I 0.128 0.207 0.023 0.060 0.140 0.126 0.036 0.010 0.001 0.004 0.267 106 I 0.055 0.097 0.039 0.104 0.074 0.166 0.036 0.007 0.001 0.003 0.419 107 I 0.083 0.054 0.008 0.184 0.172 0.235 0.039 0.002 0.001 0.003 0.218 108 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.988 109 S 0.013 0.017 0.002 0.092 0.056 0.176 0.126 0.001 0.001 0.002 0.514 110 L 0.151 0.053 0.004 0.078 0.019 0.041 0.076 0.001 0.001 0.006 0.571 111 S 0.081 0.124 0.004 0.066 0.046 0.062 0.158 0.001 0.001 0.018 0.439 112 A 0.107 0.216 0.005 0.044 0.029 0.040 0.120 0.003 0.001 0.008 0.428 113 I 0.104 0.427 0.005 0.042 0.036 0.056 0.060 0.006 0.001 0.003 0.261 114 S 0.098 0.412 0.007 0.025 0.051 0.061 0.082 0.008 0.001 0.005 0.252 115 E 0.142 0.344 0.010 0.022 0.027 0.042 0.048 0.023 0.001 0.005 0.337 116 N 0.234 0.206 0.021 0.027 0.024 0.043 0.099 0.035 0.001 0.011 0.299 117 M 0.341 0.118 0.040 0.039 0.017 0.026 0.069 0.019 0.001 0.011 0.322 118 E 0.046 0.077 0.021 0.030 0.015 0.020 0.262 0.012 0.001 0.008 0.510 119 G 0.168 0.045 0.013 0.036 0.013 0.026 0.086 0.022 0.001 0.022 0.571 120 N 0.283 0.044 0.072 0.033 0.010 0.027 0.114 0.010 0.001 0.007 0.400 121 S 0.131 0.010 0.011 0.038 0.016 0.024 0.174 0.004 0.001 0.007 0.584 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.989 123 S 0.016 0.005 0.001 0.022 0.014 0.044 0.388 0.001 0.001 0.005 0.505 124 Q 0.413 0.029 0.001 0.017 0.006 0.012 0.188 0.001 0.001 0.019 0.313 125 N 0.173 0.149 0.005 0.024 0.022 0.029 0.163 0.004 0.001 0.013 0.419 126 H 0.225 0.107 0.012 0.040 0.025 0.039 0.158 0.004 0.001 0.018 0.372 127 L 0.166 0.199 0.023 0.050 0.058 0.076 0.120 0.004 0.001 0.007 0.296 128 S 0.064 0.135 0.007 0.030 0.062 0.106 0.157 0.006 0.001 0.010 0.423 129 A 0.069 0.100 0.007 0.029 0.032 0.062 0.068 0.006 0.001 0.005 0.621