# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.349 0.194 0.148 0.113 0.085 0.046 0.028 0.016 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 2 I 0.102 0.078 0.101 0.134 0.176 0.142 0.102 0.073 0.047 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 3 P 0.210 0.116 0.105 0.137 0.128 0.105 0.078 0.052 0.028 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 4 D 0.248 0.157 0.162 0.128 0.119 0.068 0.049 0.028 0.020 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 5 I 0.064 0.033 0.047 0.095 0.137 0.167 0.129 0.107 0.078 0.077 0.037 0.017 0.009 0.002 6 H 0.105 0.108 0.115 0.169 0.159 0.115 0.097 0.060 0.037 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 7 Y 0.086 0.057 0.070 0.120 0.137 0.156 0.116 0.103 0.065 0.052 0.025 0.009 0.003 0.001 8 S 0.201 0.139 0.133 0.144 0.143 0.094 0.056 0.036 0.029 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 9 N 0.273 0.144 0.136 0.140 0.118 0.073 0.042 0.030 0.021 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 10 D 0.331 0.184 0.154 0.127 0.091 0.048 0.028 0.015 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 11 S 0.447 0.170 0.118 0.097 0.065 0.047 0.025 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 12 K 0.392 0.208 0.147 0.100 0.077 0.035 0.020 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 13 Y 0.149 0.080 0.102 0.141 0.166 0.148 0.098 0.062 0.026 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 14 T 0.265 0.153 0.144 0.130 0.124 0.079 0.047 0.030 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 15 P 0.300 0.121 0.113 0.123 0.117 0.081 0.051 0.042 0.023 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 16 S 0.291 0.164 0.124 0.127 0.106 0.074 0.046 0.029 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 17 P 0.175 0.118 0.121 0.137 0.140 0.113 0.076 0.048 0.034 0.020 0.012 0.004 0.001 0.001 18 A 0.127 0.108 0.120 0.147 0.145 0.127 0.096 0.050 0.036 0.021 0.015 0.005 0.002 0.001 19 A 0.181 0.110 0.120 0.123 0.121 0.120 0.087 0.054 0.037 0.020 0.018 0.006 0.003 0.001 20 F 0.072 0.058 0.070 0.115 0.150 0.144 0.130 0.104 0.068 0.041 0.027 0.013 0.005 0.003 21 I 0.053 0.042 0.055 0.089 0.119 0.148 0.140 0.139 0.093 0.059 0.034 0.018 0.008 0.002 22 R 0.183 0.133 0.125 0.150 0.126 0.091 0.069 0.048 0.030 0.020 0.014 0.006 0.003 0.001 23 Q 0.204 0.129 0.138 0.127 0.125 0.084 0.066 0.044 0.041 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 24 Y 0.075 0.050 0.072 0.125 0.155 0.172 0.122 0.097 0.056 0.043 0.020 0.008 0.003 0.001 25 R 0.148 0.135 0.150 0.157 0.157 0.094 0.066 0.040 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 26 Y 0.153 0.071 0.081 0.131 0.151 0.139 0.092 0.076 0.044 0.039 0.013 0.005 0.002 0.001 27 D 0.271 0.190 0.156 0.136 0.110 0.056 0.035 0.020 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 28 V 0.093 0.053 0.070 0.129 0.160 0.170 0.113 0.083 0.057 0.044 0.018 0.007 0.003 0.001 29 T 0.198 0.147 0.151 0.160 0.142 0.085 0.054 0.028 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 30 H 0.444 0.155 0.114 0.106 0.067 0.050 0.028 0.016 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 31 D 0.361 0.212 0.147 0.113 0.084 0.040 0.022 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.087 0.062 0.091 0.152 0.185 0.157 0.111 0.082 0.043 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 33 Q 0.367 0.222 0.167 0.110 0.067 0.036 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.447 0.201 0.157 0.086 0.059 0.025 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.113 0.086 0.100 0.168 0.195 0.145 0.094 0.059 0.024 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 36 E 0.133 0.140 0.151 0.164 0.162 0.108 0.066 0.045 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 37 T 0.135 0.114 0.115 0.149 0.161 0.121 0.083 0.054 0.035 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 38 A 0.037 0.035 0.055 0.113 0.158 0.174 0.149 0.102 0.079 0.051 0.028 0.013 0.005 0.002 39 L 0.028 0.023 0.040 0.068 0.099 0.133 0.148 0.142 0.126 0.083 0.059 0.032 0.013 0.006 40 L 0.035 0.027 0.035 0.064 0.088 0.117 0.119 0.163 0.128 0.093 0.062 0.041 0.020 0.008 41 I 0.025 0.021 0.028 0.056 0.082 0.109 0.126 0.153 0.139 0.110 0.077 0.045 0.021 0.008 42 W 0.028 0.031 0.047 0.091 0.129 0.158 0.143 0.120 0.111 0.074 0.040 0.017 0.007 0.004 43 R 0.117 0.112 0.130 0.161 0.167 0.118 0.075 0.044 0.037 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 44 N 0.158 0.140 0.148 0.176 0.156 0.089 0.053 0.033 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 45 A 0.178 0.133 0.125 0.168 0.140 0.109 0.065 0.039 0.026 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 46 E 0.339 0.224 0.171 0.112 0.076 0.037 0.019 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 D 0.400 0.195 0.150 0.099 0.076 0.040 0.020 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 48 D 0.297 0.179 0.154 0.129 0.118 0.058 0.031 0.015 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 49 V 0.111 0.064 0.074 0.119 0.162 0.146 0.110 0.108 0.053 0.030 0.014 0.005 0.003 0.001 50 M 0.079 0.067 0.072 0.138 0.164 0.150 0.121 0.094 0.058 0.029 0.016 0.009 0.003 0.001 51 Y 0.116 0.083 0.095 0.129 0.133 0.127 0.098 0.080 0.062 0.039 0.023 0.010 0.003 0.001 52 Q 0.297 0.169 0.143 0.123 0.092 0.067 0.041 0.026 0.019 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 53 T 0.244 0.147 0.134 0.136 0.120 0.090 0.053 0.028 0.025 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 54 L 0.108 0.072 0.092 0.142 0.175 0.154 0.101 0.064 0.050 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 55 D 0.415 0.221 0.151 0.097 0.052 0.029 0.018 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 56 G 0.394 0.187 0.152 0.089 0.074 0.048 0.026 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 57 F 0.126 0.084 0.094 0.143 0.190 0.144 0.095 0.061 0.032 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 58 D 0.214 0.176 0.145 0.140 0.120 0.080 0.058 0.032 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 59 M 0.160 0.094 0.104 0.112 0.135 0.128 0.098 0.068 0.049 0.026 0.016 0.007 0.003 0.001 60 M 0.091 0.057 0.077 0.120 0.138 0.144 0.122 0.101 0.061 0.038 0.027 0.013 0.006 0.003 61 L 0.061 0.041 0.049 0.085 0.127 0.135 0.133 0.116 0.116 0.065 0.036 0.022 0.008 0.004 62 L 0.096 0.062 0.067 0.103 0.106 0.131 0.116 0.102 0.077 0.058 0.045 0.023 0.011 0.003 63 E 0.252 0.179 0.156 0.125 0.096 0.066 0.051 0.027 0.022 0.010 0.010 0.004 0.002 0.001 64 I 0.067 0.046 0.065 0.114 0.148 0.163 0.135 0.094 0.073 0.050 0.028 0.011 0.004 0.002 65 M 0.083 0.069 0.098 0.128 0.160 0.161 0.128 0.082 0.050 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 66 G 0.221 0.140 0.117 0.134 0.129 0.089 0.063 0.048 0.030 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 67 S 0.191 0.143 0.141 0.145 0.134 0.092 0.062 0.039 0.027 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 68 S 0.244 0.147 0.134 0.140 0.119 0.088 0.055 0.029 0.022 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 69 A 0.169 0.116 0.131 0.127 0.141 0.114 0.087 0.051 0.035 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 70 L 0.144 0.070 0.083 0.118 0.137 0.152 0.110 0.079 0.044 0.031 0.018 0.008 0.004 0.001 71 S 0.219 0.157 0.135 0.146 0.125 0.080 0.060 0.033 0.022 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 72 F 0.074 0.045 0.065 0.100 0.142 0.173 0.131 0.103 0.079 0.049 0.023 0.010 0.004 0.001 73 D 0.231 0.158 0.144 0.148 0.126 0.076 0.050 0.031 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 74 T 0.267 0.163 0.146 0.129 0.106 0.074 0.046 0.031 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 75 L 0.078 0.053 0.070 0.128 0.171 0.172 0.131 0.095 0.058 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 76 A 0.094 0.086 0.116 0.154 0.162 0.145 0.115 0.060 0.038 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 77 Q 0.326 0.209 0.157 0.106 0.082 0.049 0.031 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 78 T 0.179 0.147 0.149 0.157 0.135 0.101 0.062 0.033 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 79 L 0.048 0.038 0.058 0.105 0.169 0.166 0.156 0.118 0.084 0.035 0.013 0.006 0.002 0.001 80 V 0.091 0.067 0.080 0.122 0.139 0.155 0.132 0.101 0.052 0.032 0.018 0.008 0.004 0.001 81 E 0.305 0.212 0.161 0.115 0.081 0.049 0.034 0.019 0.012 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 82 F 0.073 0.050 0.078 0.128 0.163 0.175 0.137 0.085 0.051 0.033 0.016 0.006 0.002 0.001 83 M 0.094 0.080 0.117 0.150 0.186 0.138 0.106 0.062 0.040 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 84 P 0.294 0.158 0.135 0.140 0.107 0.071 0.042 0.026 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 85 K 0.322 0.193 0.149 0.133 0.097 0.052 0.027 0.012 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 86 A 0.205 0.118 0.134 0.159 0.153 0.103 0.059 0.030 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 87 D 0.380 0.215 0.159 0.112 0.068 0.034 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.455 0.189 0.144 0.084 0.064 0.033 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 W 0.121 0.078 0.091 0.162 0.204 0.144 0.088 0.059 0.029 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 90 K 0.240 0.162 0.135 0.143 0.124 0.082 0.052 0.031 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 91 N 0.254 0.156 0.150 0.135 0.118 0.075 0.047 0.027 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 92 I 0.115 0.057 0.073 0.112 0.139 0.145 0.112 0.102 0.065 0.040 0.022 0.010 0.005 0.002 93 L 0.069 0.052 0.065 0.122 0.155 0.155 0.125 0.099 0.071 0.040 0.025 0.014 0.005 0.002 94 L 0.098 0.062 0.062 0.111 0.125 0.143 0.118 0.092 0.082 0.050 0.032 0.017 0.006 0.002 95 G 0.263 0.152 0.123 0.127 0.097 0.082 0.059 0.034 0.028 0.014 0.014 0.005 0.002 0.001 96 K 0.291 0.179 0.156 0.113 0.090 0.066 0.045 0.024 0.018 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 97 W 0.102 0.079 0.105 0.133 0.173 0.160 0.105 0.057 0.044 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 98 S 0.208 0.152 0.157 0.144 0.136 0.085 0.054 0.029 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 99 G 0.341 0.165 0.138 0.122 0.096 0.055 0.036 0.021 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 100 W 0.182 0.124 0.125 0.147 0.152 0.104 0.069 0.046 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 101 I 0.107 0.067 0.090 0.126 0.150 0.150 0.120 0.087 0.048 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 102 E 0.279 0.183 0.146 0.128 0.099 0.063 0.044 0.027 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 103 Q 0.236 0.145 0.139 0.130 0.120 0.086 0.054 0.031 0.025 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 104 R 0.120 0.102 0.114 0.153 0.167 0.117 0.082 0.058 0.044 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 105 I 0.060 0.042 0.055 0.089 0.124 0.146 0.130 0.149 0.092 0.057 0.031 0.016 0.007 0.003 106 I 0.050 0.041 0.051 0.104 0.132 0.148 0.140 0.126 0.091 0.057 0.031 0.020 0.007 0.003 107 I 0.068 0.055 0.069 0.099 0.126 0.140 0.117 0.108 0.092 0.060 0.038 0.019 0.007 0.003 108 P 0.166 0.108 0.111 0.124 0.122 0.107 0.081 0.061 0.048 0.030 0.023 0.011 0.005 0.002 109 S 0.127 0.107 0.115 0.137 0.149 0.119 0.090 0.052 0.052 0.025 0.017 0.007 0.002 0.002 110 L 0.053 0.051 0.070 0.117 0.162 0.165 0.129 0.088 0.076 0.048 0.025 0.009 0.004 0.002 111 S 0.251 0.175 0.153 0.138 0.097 0.071 0.052 0.028 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 112 A 0.164 0.117 0.134 0.135 0.155 0.107 0.077 0.049 0.033 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 113 I 0.058 0.044 0.064 0.119 0.168 0.178 0.143 0.107 0.059 0.035 0.015 0.007 0.003 0.001 114 S 0.200 0.165 0.166 0.156 0.130 0.072 0.049 0.029 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 115 E 0.361 0.164 0.129 0.123 0.092 0.055 0.032 0.019 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 116 N 0.259 0.175 0.148 0.146 0.119 0.069 0.039 0.020 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 117 M 0.117 0.081 0.104 0.154 0.173 0.145 0.093 0.068 0.036 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 118 E 0.298 0.174 0.149 0.135 0.106 0.063 0.036 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 119 G 0.335 0.151 0.135 0.126 0.105 0.065 0.035 0.020 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 120 N 0.310 0.165 0.141 0.136 0.112 0.062 0.035 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 121 S 0.353 0.164 0.135 0.121 0.096 0.056 0.033 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 122 P 0.296 0.141 0.132 0.127 0.112 0.082 0.049 0.028 0.017 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 123 S 0.358 0.157 0.130 0.114 0.095 0.061 0.036 0.021 0.013 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 124 Q 0.305 0.157 0.140 0.122 0.102 0.068 0.044 0.028 0.016 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 125 N 0.301 0.139 0.113 0.117 0.111 0.082 0.052 0.039 0.021 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 126 H 0.159 0.106 0.110 0.132 0.142 0.108 0.086 0.075 0.040 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 127 L 0.105 0.059 0.070 0.108 0.136 0.159 0.122 0.098 0.059 0.048 0.021 0.011 0.004 0.001 128 S 0.230 0.147 0.142 0.136 0.117 0.081 0.057 0.034 0.025 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 129 A 0.175 0.090 0.107 0.121 0.124 0.124 0.092 0.059 0.044 0.034 0.018 0.008 0.003 0.001