# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.057 0.170 0.217 0.248 0.005 0.077 0.007 0.005 0.024 0.004 0.023 0.055 0.050 0.001 0.004 0.054 2 I 0.065 0.027 0.254 0.270 0.019 0.170 0.017 0.007 0.004 0.002 0.066 0.022 0.056 0.007 0.003 0.011 3 P 0.009 0.222 0.229 0.288 0.005 0.086 0.004 0.023 0.003 0.002 0.028 0.048 0.035 0.002 0.008 0.008 4 D 0.013 0.079 0.051 0.552 0.012 0.096 0.008 0.004 0.020 0.003 0.035 0.030 0.059 0.003 0.003 0.031 5 I 0.062 0.042 0.270 0.375 0.010 0.044 0.008 0.012 0.003 0.002 0.056 0.032 0.062 0.003 0.008 0.011 6 H 0.009 0.106 0.256 0.370 0.017 0.107 0.009 0.008 0.006 0.004 0.009 0.032 0.042 0.002 0.004 0.017 7 Y 0.019 0.048 0.074 0.408 0.089 0.156 0.033 0.013 0.006 0.003 0.051 0.013 0.059 0.009 0.004 0.015 8 S 0.018 0.096 0.049 0.134 0.047 0.277 0.019 0.098 0.008 0.006 0.100 0.062 0.046 0.012 0.019 0.009 9 N 0.021 0.107 0.033 0.096 0.013 0.115 0.011 0.053 0.049 0.018 0.255 0.085 0.081 0.008 0.029 0.026 10 D 0.072 0.183 0.073 0.064 0.008 0.047 0.014 0.012 0.038 0.008 0.108 0.193 0.093 0.010 0.022 0.054 11 S 0.092 0.061 0.221 0.061 0.006 0.071 0.023 0.012 0.011 0.005 0.065 0.105 0.171 0.015 0.033 0.048 12 K 0.038 0.117 0.347 0.102 0.006 0.052 0.022 0.011 0.012 0.002 0.034 0.044 0.102 0.010 0.030 0.074 13 Y 0.054 0.119 0.292 0.311 0.003 0.016 0.016 0.006 0.011 0.002 0.013 0.022 0.036 0.003 0.010 0.085 14 T 0.046 0.021 0.317 0.210 0.013 0.263 0.023 0.005 0.005 0.004 0.008 0.011 0.046 0.003 0.006 0.019 15 P 0.017 0.194 0.219 0.453 0.002 0.035 0.001 0.014 0.003 0.001 0.027 0.006 0.015 0.001 0.001 0.011 16 S 0.009 0.011 0.007 0.078 0.005 0.794 0.001 0.002 0.003 0.005 0.018 0.046 0.018 0.001 0.001 0.001 17 P 0.003 0.007 0.008 0.014 0.002 0.047 0.001 0.003 0.001 0.001 0.861 0.018 0.035 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.053 0.003 0.030 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.818 0.039 0.001 0.002 0.001 19 A 0.002 0.006 0.040 0.043 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 0.088 0.769 0.001 0.011 0.012 20 F 0.001 0.003 0.025 0.022 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.887 0.002 0.002 0.020 21 I 0.002 0.005 0.012 0.029 0.001 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.887 0.010 0.002 0.005 22 R 0.001 0.011 0.011 0.051 0.001 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.009 0.010 0.848 0.011 0.012 0.014 23 Q 0.004 0.021 0.051 0.114 0.003 0.015 0.013 0.002 0.007 0.001 0.014 0.015 0.564 0.032 0.011 0.132 24 Y 0.041 0.022 0.126 0.093 0.003 0.021 0.024 0.005 0.003 0.001 0.010 0.019 0.528 0.013 0.038 0.053 25 R 0.018 0.060 0.229 0.134 0.010 0.055 0.026 0.006 0.005 0.002 0.020 0.010 0.276 0.022 0.013 0.116 26 Y 0.051 0.076 0.106 0.353 0.004 0.048 0.010 0.013 0.005 0.003 0.047 0.027 0.192 0.006 0.024 0.034 27 D 0.016 0.071 0.178 0.165 0.008 0.226 0.011 0.005 0.009 0.004 0.026 0.060 0.168 0.004 0.005 0.044 28 V 0.037 0.038 0.054 0.207 0.020 0.081 0.018 0.008 0.002 0.001 0.291 0.041 0.170 0.012 0.005 0.014 29 T 0.008 0.140 0.086 0.097 0.012 0.142 0.022 0.016 0.005 0.002 0.039 0.250 0.136 0.014 0.019 0.012 30 H 0.011 0.066 0.095 0.172 0.003 0.039 0.013 0.013 0.008 0.004 0.114 0.054 0.327 0.004 0.024 0.053 31 D 0.024 0.020 0.041 0.031 0.003 0.248 0.008 0.003 0.008 0.004 0.050 0.167 0.350 0.004 0.004 0.036 32 L 0.018 0.018 0.035 0.022 0.002 0.032 0.007 0.003 0.001 0.001 0.356 0.064 0.419 0.006 0.006 0.010 33 Q 0.004 0.087 0.038 0.029 0.001 0.028 0.008 0.003 0.002 0.001 0.032 0.383 0.350 0.005 0.014 0.015 34 E 0.004 0.008 0.052 0.030 0.001 0.020 0.016 0.001 0.002 0.001 0.036 0.030 0.743 0.005 0.008 0.042 35 A 0.007 0.007 0.048 0.025 0.001 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001 0.046 0.062 0.735 0.004 0.009 0.014 36 E 0.003 0.031 0.025 0.040 0.001 0.016 0.005 0.001 0.002 0.001 0.024 0.069 0.761 0.003 0.006 0.015 37 T 0.011 0.016 0.030 0.144 0.001 0.019 0.004 0.001 0.002 0.001 0.018 0.024 0.704 0.003 0.005 0.019 38 A 0.009 0.016 0.196 0.110 0.001 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.024 0.568 0.003 0.003 0.016 39 L 0.004 0.027 0.094 0.343 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.481 0.002 0.002 0.010 40 L 0.003 0.013 0.087 0.444 0.003 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.391 0.003 0.002 0.012 41 I 0.003 0.027 0.087 0.538 0.018 0.039 0.011 0.005 0.001 0.001 0.007 0.005 0.236 0.007 0.003 0.013 42 W 0.003 0.030 0.047 0.320 0.090 0.210 0.048 0.014 0.003 0.003 0.018 0.009 0.139 0.047 0.007 0.011 43 R 0.010 0.138 0.039 0.298 0.006 0.086 0.006 0.089 0.006 0.004 0.083 0.030 0.117 0.003 0.063 0.022 44 N 0.024 0.073 0.037 0.125 0.012 0.242 0.011 0.006 0.065 0.030 0.063 0.099 0.115 0.004 0.005 0.090 45 A 0.111 0.062 0.081 0.047 0.023 0.049 0.025 0.010 0.002 0.002 0.280 0.066 0.197 0.019 0.010 0.015 46 E 0.006 0.083 0.069 0.027 0.010 0.184 0.022 0.027 0.004 0.004 0.085 0.254 0.159 0.027 0.024 0.015 47 D 0.011 0.038 0.042 0.029 0.001 0.029 0.010 0.011 0.008 0.003 0.307 0.089 0.329 0.006 0.050 0.038 48 D 0.028 0.053 0.079 0.039 0.001 0.021 0.006 0.001 0.010 0.001 0.050 0.339 0.272 0.003 0.009 0.088 49 V 0.042 0.011 0.179 0.047 0.001 0.046 0.017 0.001 0.001 0.001 0.030 0.060 0.527 0.006 0.006 0.025 50 M 0.006 0.062 0.206 0.134 0.002 0.030 0.013 0.002 0.001 0.001 0.013 0.036 0.462 0.007 0.005 0.020 51 Y 0.004 0.025 0.059 0.317 0.003 0.034 0.012 0.003 0.002 0.001 0.011 0.013 0.485 0.008 0.008 0.017 52 Q 0.006 0.026 0.133 0.382 0.004 0.030 0.006 0.006 0.003 0.001 0.018 0.013 0.327 0.004 0.006 0.036 53 T 0.016 0.031 0.059 0.162 0.037 0.235 0.023 0.006 0.009 0.003 0.020 0.034 0.311 0.015 0.005 0.034 54 L 0.010 0.040 0.042 0.053 0.201 0.045 0.115 0.024 0.001 0.002 0.128 0.019 0.113 0.184 0.014 0.009 55 D 0.005 0.055 0.022 0.033 0.013 0.094 0.015 0.230 0.006 0.010 0.058 0.081 0.110 0.011 0.241 0.015 56 G 0.013 0.032 0.033 0.027 0.007 0.014 0.015 0.006 0.109 0.020 0.140 0.038 0.157 0.015 0.009 0.363 57 F 0.287 0.017 0.043 0.020 0.001 0.023 0.011 0.007 0.004 0.003 0.044 0.283 0.208 0.006 0.032 0.012 58 D 0.010 0.048 0.171 0.030 0.001 0.038 0.006 0.003 0.006 0.002 0.037 0.079 0.514 0.002 0.014 0.040 59 M 0.032 0.032 0.073 0.353 0.001 0.027 0.005 0.001 0.004 0.001 0.055 0.039 0.351 0.002 0.002 0.024 60 M 0.015 0.021 0.215 0.225 0.001 0.044 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.403 0.003 0.002 0.005 61 L 0.002 0.013 0.058 0.330 0.002 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.509 0.004 0.002 0.006 62 L 0.001 0.016 0.017 0.234 0.002 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.009 0.017 0.666 0.002 0.004 0.003 63 E 0.002 0.013 0.029 0.332 0.016 0.033 0.007 0.007 0.002 0.001 0.010 0.007 0.513 0.007 0.003 0.019 64 I 0.007 0.019 0.029 0.109 0.168 0.031 0.129 0.006 0.004 0.002 0.020 0.013 0.138 0.304 0.005 0.015 65 M 0.006 0.048 0.066 0.088 0.004 0.025 0.011 0.202 0.002 0.001 0.013 0.014 0.086 0.003 0.418 0.013 66 G 0.011 0.030 0.037 0.071 0.013 0.082 0.023 0.006 0.116 0.183 0.025 0.010 0.106 0.013 0.006 0.270 67 S 0.453 0.048 0.032 0.039 0.005 0.077 0.006 0.012 0.003 0.002 0.105 0.039 0.148 0.008 0.013 0.008 68 S 0.016 0.115 0.085 0.073 0.003 0.086 0.006 0.009 0.011 0.007 0.142 0.244 0.161 0.006 0.010 0.025 69 A 0.033 0.072 0.172 0.130 0.006 0.047 0.021 0.003 0.008 0.001 0.070 0.142 0.216 0.009 0.015 0.056 70 L 0.015 0.067 0.375 0.187 0.003 0.013 0.020 0.005 0.002 0.001 0.014 0.055 0.194 0.003 0.012 0.035 71 S 0.008 0.011 0.076 0.052 0.008 0.381 0.023 0.003 0.002 0.003 0.019 0.028 0.355 0.006 0.003 0.024 72 F 0.007 0.014 0.016 0.038 0.004 0.080 0.004 0.010 0.001 0.001 0.498 0.031 0.284 0.004 0.004 0.004 73 D 0.002 0.057 0.006 0.018 0.001 0.034 0.002 0.002 0.003 0.002 0.058 0.602 0.199 0.002 0.005 0.005 74 T 0.002 0.003 0.006 0.005 0.001 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.065 0.065 0.817 0.002 0.003 0.007 75 L 0.002 0.004 0.012 0.004 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.043 0.104 0.808 0.005 0.003 0.005 76 A 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.930 0.002 0.008 0.004 77 Q 0.001 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.953 0.001 0.002 0.012 78 T 0.002 0.001 0.007 0.008 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.945 0.003 0.002 0.006 79 L 0.001 0.002 0.011 0.010 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.931 0.004 0.002 0.006 80 V 0.001 0.006 0.007 0.017 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.923 0.006 0.005 0.005 81 E 0.001 0.004 0.012 0.034 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.882 0.013 0.008 0.023 82 F 0.006 0.032 0.087 0.130 0.001 0.007 0.009 0.002 0.003 0.001 0.007 0.014 0.530 0.007 0.017 0.148 83 M 0.024 0.016 0.187 0.115 0.005 0.068 0.035 0.003 0.003 0.002 0.005 0.011 0.445 0.014 0.013 0.055 84 P 0.026 0.037 0.099 0.083 0.007 0.193 0.012 0.011 0.001 0.001 0.115 0.010 0.354 0.010 0.011 0.031 85 K 0.013 0.138 0.023 0.072 0.013 0.126 0.016 0.010 0.009 0.003 0.196 0.149 0.177 0.021 0.008 0.027 86 A 0.015 0.055 0.056 0.032 0.022 0.086 0.062 0.014 0.003 0.002 0.114 0.196 0.228 0.049 0.050 0.016 87 D 0.008 0.056 0.085 0.018 0.005 0.053 0.029 0.022 0.005 0.003 0.127 0.125 0.324 0.012 0.065 0.062 88 N 0.034 0.042 0.059 0.034 0.005 0.031 0.023 0.007 0.028 0.005 0.110 0.132 0.326 0.014 0.023 0.127 89 W 0.062 0.022 0.120 0.023 0.006 0.041 0.071 0.006 0.006 0.003 0.078 0.117 0.327 0.059 0.024 0.034 90 K 0.015 0.076 0.149 0.059 0.001 0.021 0.008 0.020 0.005 0.001 0.031 0.089 0.402 0.003 0.089 0.032 91 N 0.021 0.022 0.079 0.209 0.001 0.054 0.010 0.002 0.024 0.004 0.027 0.035 0.394 0.004 0.005 0.106 92 I 0.078 0.028 0.314 0.221 0.005 0.030 0.010 0.003 0.002 0.001 0.020 0.021 0.243 0.005 0.004 0.016 93 L 0.005 0.034 0.116 0.249 0.145 0.091 0.085 0.006 0.002 0.002 0.013 0.016 0.121 0.102 0.003 0.009 94 L 0.005 0.057 0.085 0.407 0.009 0.035 0.009 0.109 0.003 0.001 0.023 0.013 0.145 0.004 0.080 0.013 95 G 0.010 0.028 0.051 0.270 0.026 0.090 0.021 0.012 0.084 0.088 0.031 0.029 0.170 0.008 0.005 0.078 96 K 0.168 0.060 0.093 0.188 0.039 0.092 0.013 0.033 0.008 0.004 0.083 0.038 0.149 0.007 0.010 0.015 97 W 0.009 0.045 0.053 0.092 0.178 0.120 0.116 0.021 0.011 0.016 0.076 0.063 0.061 0.126 0.006 0.009 98 S 0.019 0.122 0.082 0.128 0.003 0.051 0.009 0.198 0.007 0.004 0.048 0.057 0.084 0.002 0.175 0.010 99 G 0.020 0.024 0.047 0.164 0.004 0.048 0.009 0.003 0.101 0.104 0.100 0.056 0.213 0.002 0.004 0.103 100 W 0.187 0.040 0.096 0.121 0.006 0.050 0.008 0.002 0.003 0.001 0.086 0.133 0.249 0.004 0.003 0.011 101 I 0.006 0.060 0.137 0.197 0.008 0.069 0.016 0.008 0.003 0.001 0.039 0.110 0.322 0.008 0.006 0.011 102 E 0.006 0.071 0.089 0.355 0.005 0.045 0.016 0.009 0.005 0.002 0.024 0.035 0.296 0.010 0.013 0.020 103 Q 0.012 0.038 0.083 0.308 0.001 0.081 0.008 0.004 0.010 0.001 0.036 0.027 0.348 0.003 0.007 0.031 104 R 0.022 0.072 0.216 0.458 0.001 0.019 0.004 0.002 0.005 0.001 0.007 0.020 0.147 0.001 0.002 0.024 105 I 0.025 0.022 0.184 0.577 0.005 0.064 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.084 0.002 0.002 0.011 106 I 0.005 0.064 0.227 0.609 0.005 0.019 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.044 0.001 0.002 0.008 107 I 0.003 0.018 0.048 0.664 0.044 0.165 0.009 0.005 0.001 0.003 0.005 0.003 0.025 0.004 0.001 0.004 108 P 0.010 0.115 0.073 0.502 0.008 0.136 0.002 0.041 0.002 0.002 0.053 0.013 0.033 0.001 0.005 0.004 109 S 0.010 0.060 0.013 0.238 0.014 0.380 0.005 0.006 0.025 0.011 0.094 0.088 0.044 0.002 0.002 0.008 110 L 0.041 0.065 0.070 0.133 0.013 0.090 0.008 0.012 0.002 0.001 0.359 0.092 0.094 0.006 0.008 0.005 111 S 0.007 0.151 0.064 0.127 0.003 0.053 0.006 0.008 0.006 0.004 0.034 0.298 0.200 0.003 0.013 0.021 112 A 0.012 0.029 0.093 0.197 0.005 0.044 0.012 0.002 0.006 0.001 0.051 0.038 0.426 0.005 0.010 0.069 113 I 0.019 0.083 0.215 0.178 0.003 0.035 0.015 0.006 0.004 0.001 0.023 0.065 0.289 0.006 0.010 0.047 114 S 0.009 0.025 0.076 0.074 0.036 0.221 0.066 0.005 0.004 0.003 0.017 0.022 0.375 0.042 0.007 0.018 115 E 0.012 0.050 0.049 0.127 0.011 0.033 0.015 0.052 0.003 0.001 0.287 0.021 0.262 0.024 0.031 0.023 116 N 0.014 0.082 0.063 0.079 0.010 0.052 0.020 0.019 0.048 0.013 0.031 0.251 0.169 0.019 0.049 0.081 117 M 0.034 0.018 0.076 0.027 0.075 0.016 0.257 0.005 0.006 0.003 0.050 0.017 0.155 0.179 0.025 0.054 118 E 0.035 0.067 0.144 0.036 0.011 0.047 0.038 0.189 0.005 0.003 0.018 0.041 0.075 0.020 0.234 0.036 119 G 0.026 0.042 0.087 0.076 0.012 0.082 0.039 0.022 0.126 0.085 0.064 0.018 0.076 0.022 0.038 0.183 120 N 0.309 0.204 0.132 0.128 0.002 0.022 0.004 0.013 0.025 0.005 0.026 0.038 0.026 0.001 0.014 0.050 121 S 0.112 0.036 0.227 0.115 0.009 0.294 0.013 0.004 0.014 0.011 0.030 0.046 0.063 0.003 0.002 0.021 122 P 0.043 0.063 0.225 0.148 0.017 0.112 0.006 0.017 0.001 0.001 0.270 0.041 0.044 0.003 0.004 0.005 123 S 0.006 0.138 0.025 0.117 0.021 0.180 0.016 0.014 0.012 0.004 0.070 0.318 0.056 0.010 0.006 0.008 124 Q 0.016 0.055 0.107 0.138 0.032 0.046 0.056 0.040 0.010 0.003 0.180 0.072 0.147 0.027 0.052 0.020 125 N 0.019 0.100 0.133 0.126 0.003 0.062 0.010 0.027 0.029 0.010 0.037 0.170 0.136 0.005 0.038 0.095 126 H 0.069 0.038 0.182 0.147 0.008 0.057 0.016 0.004 0.036 0.005 0.037 0.032 0.204 0.005 0.008 0.152 127 L 0.080 0.063 0.308 0.181 0.014 0.051 0.018 0.011 0.003 0.003 0.042 0.040 0.139 0.011 0.008 0.029 128 S 0.011 0.082 0.135 0.106 0.045 0.269 0.042 0.017 0.007 0.005 0.026 0.048 0.153 0.026 0.010 0.018 129 A 0.015 0.053 0.062 0.225 0.020 0.052 0.020 0.055 0.008 0.003 0.258 0.027 0.140 0.012 0.029 0.021