# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.051 0.019 0.002 0.021 0.015 0.026 0.110 0.007 0.001 0.021 0.728 2 I 0.304 0.017 0.002 0.019 0.025 0.023 0.108 0.017 0.001 0.054 0.430 3 P 0.038 0.022 0.001 0.037 0.025 0.023 0.146 0.002 0.001 0.034 0.672 4 D 0.037 0.014 0.001 0.081 0.028 0.085 0.113 0.004 0.001 0.095 0.541 5 I 0.025 0.011 0.002 0.142 0.090 0.084 0.122 0.004 0.001 0.075 0.444 6 H 0.037 0.013 0.002 0.159 0.081 0.118 0.097 0.004 0.001 0.070 0.420 7 Y 0.060 0.010 0.001 0.093 0.069 0.068 0.110 0.005 0.001 0.077 0.507 8 S 0.064 0.012 0.002 0.064 0.048 0.044 0.115 0.004 0.001 0.059 0.588 9 N 0.130 0.025 0.001 0.023 0.018 0.024 0.120 0.006 0.001 0.042 0.612 10 D 0.150 0.013 0.001 0.016 0.019 0.030 0.082 0.006 0.001 0.055 0.627 11 S 0.062 0.008 0.001 0.024 0.030 0.040 0.111 0.002 0.001 0.082 0.640 12 K 0.021 0.009 0.001 0.031 0.043 0.077 0.105 0.002 0.001 0.041 0.671 13 Y 0.024 0.006 0.001 0.018 0.030 0.027 0.073 0.002 0.001 0.043 0.776 14 T 0.061 0.050 0.001 0.028 0.051 0.040 0.134 0.003 0.001 0.065 0.566 15 P 0.010 0.094 0.001 0.007 0.010 0.010 0.122 0.001 0.001 0.029 0.717 16 S 0.086 0.561 0.003 0.005 0.008 0.011 0.042 0.008 0.001 0.089 0.185 17 P 0.081 0.784 0.002 0.002 0.003 0.004 0.014 0.005 0.001 0.027 0.077 18 A 0.038 0.746 0.004 0.006 0.005 0.008 0.018 0.004 0.001 0.056 0.114 19 A 0.040 0.619 0.012 0.011 0.014 0.027 0.032 0.009 0.004 0.097 0.136 20 F 0.067 0.477 0.025 0.016 0.030 0.033 0.043 0.013 0.007 0.125 0.163 21 I 0.121 0.330 0.027 0.019 0.048 0.041 0.063 0.016 0.010 0.093 0.233 22 R 0.114 0.185 0.013 0.022 0.050 0.063 0.080 0.013 0.006 0.087 0.368 23 Q 0.047 0.087 0.009 0.023 0.036 0.047 0.087 0.010 0.004 0.080 0.571 24 Y 0.074 0.121 0.009 0.049 0.061 0.074 0.095 0.012 0.004 0.073 0.427 25 R 0.049 0.033 0.003 0.043 0.040 0.067 0.109 0.009 0.002 0.138 0.508 26 Y 0.025 0.052 0.006 0.069 0.057 0.047 0.115 0.006 0.002 0.088 0.534 27 D 0.061 0.092 0.007 0.079 0.044 0.056 0.092 0.009 0.004 0.081 0.477 28 V 0.075 0.131 0.005 0.048 0.036 0.034 0.086 0.010 0.002 0.051 0.522 29 T 0.081 0.236 0.002 0.026 0.013 0.022 0.121 0.007 0.001 0.057 0.434 30 H 0.041 0.395 0.003 0.020 0.014 0.015 0.055 0.007 0.001 0.065 0.383 31 D 0.039 0.711 0.002 0.006 0.005 0.007 0.018 0.008 0.002 0.035 0.168 32 L 0.033 0.821 0.002 0.003 0.003 0.003 0.008 0.004 0.001 0.032 0.091 33 Q 0.025 0.119 0.002 0.004 0.005 0.005 0.021 0.005 0.002 0.694 0.118 34 E 0.012 0.778 0.010 0.003 0.003 0.002 0.014 0.002 0.005 0.116 0.056 35 A 0.035 0.781 0.010 0.004 0.005 0.004 0.012 0.004 0.004 0.052 0.089 36 E 0.023 0.736 0.012 0.003 0.005 0.008 0.015 0.006 0.004 0.076 0.110 37 T 0.026 0.735 0.007 0.004 0.006 0.010 0.025 0.005 0.003 0.073 0.107 38 A 0.018 0.724 0.011 0.009 0.012 0.014 0.032 0.005 0.004 0.069 0.102 39 L 0.024 0.596 0.013 0.025 0.019 0.024 0.040 0.006 0.004 0.113 0.136 40 L 0.028 0.143 0.024 0.038 0.039 0.051 0.064 0.012 0.008 0.341 0.251 41 I 0.070 0.218 0.042 0.060 0.048 0.049 0.071 0.015 0.017 0.134 0.277 42 W 0.175 0.134 0.013 0.061 0.028 0.041 0.063 0.017 0.010 0.083 0.375 43 R 0.060 0.079 0.011 0.045 0.023 0.023 0.091 0.012 0.007 0.071 0.577 44 N 0.086 0.132 0.014 0.029 0.015 0.021 0.124 0.016 0.010 0.079 0.474 45 A 0.216 0.207 0.008 0.011 0.006 0.007 0.098 0.018 0.004 0.050 0.377 46 E 0.118 0.253 0.004 0.011 0.006 0.006 0.068 0.013 0.002 0.050 0.468 47 D 0.047 0.309 0.004 0.013 0.010 0.015 0.057 0.008 0.002 0.053 0.482 48 D 0.045 0.359 0.005 0.022 0.025 0.038 0.049 0.010 0.002 0.113 0.333 49 V 0.042 0.074 0.005 0.032 0.046 0.055 0.070 0.012 0.002 0.411 0.250 50 M 0.040 0.188 0.011 0.064 0.076 0.067 0.080 0.007 0.003 0.163 0.300 51 Y 0.058 0.152 0.009 0.073 0.072 0.075 0.063 0.006 0.004 0.094 0.392 52 Q 0.037 0.110 0.021 0.038 0.066 0.072 0.090 0.009 0.007 0.069 0.482 53 T 0.175 0.201 0.008 0.013 0.017 0.033 0.094 0.017 0.006 0.063 0.374 54 L 0.291 0.170 0.008 0.013 0.014 0.013 0.070 0.017 0.004 0.077 0.323 55 D 0.051 0.314 0.004 0.013 0.010 0.010 0.086 0.005 0.002 0.037 0.468 56 G 0.024 0.461 0.005 0.011 0.007 0.016 0.039 0.008 0.002 0.048 0.380 57 F 0.027 0.634 0.008 0.009 0.018 0.014 0.038 0.009 0.003 0.059 0.181 58 D 0.014 0.871 0.004 0.005 0.008 0.010 0.010 0.004 0.001 0.025 0.048 59 M 0.015 0.801 0.004 0.008 0.016 0.014 0.016 0.005 0.001 0.054 0.065 60 M 0.010 0.846 0.006 0.009 0.014 0.021 0.010 0.003 0.002 0.042 0.038 61 L 0.023 0.740 0.016 0.014 0.019 0.023 0.011 0.006 0.005 0.068 0.074 62 L 0.040 0.483 0.043 0.027 0.049 0.064 0.030 0.014 0.017 0.097 0.135 63 E 0.113 0.155 0.013 0.023 0.035 0.061 0.065 0.017 0.009 0.224 0.284 64 I 0.068 0.056 0.012 0.042 0.033 0.026 0.069 0.011 0.008 0.302 0.372 65 M 0.047 0.065 0.014 0.060 0.026 0.023 0.150 0.007 0.008 0.118 0.481 66 G 0.076 0.133 0.005 0.026 0.010 0.022 0.111 0.010 0.003 0.050 0.553 67 S 0.099 0.068 0.003 0.020 0.014 0.016 0.086 0.013 0.002 0.149 0.529 68 S 0.081 0.155 0.004 0.036 0.019 0.023 0.093 0.008 0.003 0.169 0.410 69 A 0.043 0.126 0.004 0.074 0.021 0.023 0.103 0.005 0.001 0.117 0.482 70 L 0.026 0.036 0.002 0.040 0.014 0.021 0.146 0.005 0.001 0.320 0.387 71 S 0.029 0.480 0.003 0.020 0.012 0.012 0.047 0.006 0.002 0.116 0.273 72 F 0.033 0.824 0.001 0.006 0.005 0.003 0.011 0.003 0.001 0.022 0.089 73 D 0.021 0.787 0.002 0.006 0.004 0.006 0.009 0.004 0.001 0.075 0.086 74 T 0.018 0.093 0.002 0.003 0.003 0.004 0.021 0.003 0.001 0.776 0.075 75 L 0.016 0.739 0.022 0.007 0.004 0.003 0.023 0.003 0.007 0.132 0.045 76 A 0.047 0.808 0.006 0.006 0.004 0.004 0.013 0.004 0.003 0.040 0.066 77 Q 0.045 0.534 0.015 0.010 0.013 0.018 0.019 0.011 0.006 0.122 0.208 78 T 0.072 0.376 0.034 0.012 0.018 0.026 0.074 0.013 0.015 0.126 0.235 79 L 0.199 0.269 0.026 0.014 0.014 0.025 0.071 0.023 0.011 0.078 0.270 80 V 0.168 0.065 0.008 0.029 0.020 0.016 0.113 0.015 0.006 0.080 0.481 81 E 0.020 0.035 0.006 0.035 0.021 0.030 0.119 0.005 0.003 0.042 0.684 82 F 0.031 0.055 0.005 0.024 0.018 0.017 0.089 0.008 0.002 0.036 0.714 83 M 0.248 0.071 0.007 0.032 0.015 0.022 0.129 0.023 0.005 0.079 0.371 84 P 0.105 0.046 0.004 0.018 0.007 0.008 0.094 0.009 0.002 0.065 0.642 85 K 0.193 0.106 0.003 0.014 0.006 0.007 0.056 0.018 0.003 0.043 0.551 86 A 0.206 0.129 0.003 0.012 0.004 0.005 0.055 0.012 0.003 0.040 0.531 87 D 0.040 0.095 0.004 0.011 0.006 0.006 0.100 0.007 0.002 0.093 0.636 88 N 0.052 0.389 0.007 0.011 0.011 0.016 0.091 0.014 0.003 0.083 0.323 89 W 0.116 0.492 0.007 0.014 0.018 0.017 0.051 0.013 0.002 0.063 0.207 90 K 0.049 0.435 0.013 0.035 0.034 0.030 0.049 0.008 0.002 0.072 0.272 91 N 0.042 0.213 0.020 0.044 0.037 0.091 0.100 0.012 0.006 0.114 0.322 92 I 0.115 0.186 0.023 0.039 0.054 0.069 0.091 0.021 0.008 0.086 0.308 93 L 0.188 0.115 0.006 0.053 0.057 0.058 0.063 0.019 0.003 0.082 0.357 94 L 0.037 0.040 0.005 0.056 0.047 0.041 0.093 0.006 0.002 0.107 0.566 95 G 0.028 0.047 0.013 0.058 0.047 0.069 0.124 0.007 0.005 0.086 0.515 96 K 0.126 0.077 0.007 0.030 0.026 0.034 0.086 0.016 0.003 0.066 0.529 97 W 0.130 0.138 0.004 0.035 0.031 0.029 0.082 0.015 0.002 0.045 0.489 98 S 0.028 0.158 0.002 0.034 0.033 0.043 0.093 0.004 0.001 0.049 0.555 99 G 0.022 0.172 0.008 0.051 0.052 0.077 0.089 0.007 0.002 0.125 0.394 100 W 0.074 0.175 0.025 0.050 0.066 0.089 0.097 0.016 0.006 0.130 0.272 101 I 0.138 0.172 0.018 0.033 0.064 0.073 0.062 0.013 0.005 0.065 0.357 102 E 0.097 0.071 0.009 0.051 0.090 0.100 0.073 0.011 0.003 0.069 0.426 103 Q 0.034 0.036 0.003 0.061 0.090 0.216 0.106 0.005 0.001 0.051 0.398 104 R 0.015 0.014 0.002 0.127 0.134 0.211 0.092 0.003 0.001 0.063 0.337 105 I 0.004 0.009 0.004 0.148 0.187 0.215 0.101 0.002 0.001 0.036 0.293 106 I 0.019 0.043 0.003 0.099 0.112 0.130 0.102 0.006 0.001 0.040 0.444 107 I 0.161 0.037 0.003 0.112 0.088 0.083 0.067 0.014 0.002 0.151 0.282 108 P 0.057 0.080 0.003 0.067 0.034 0.030 0.126 0.005 0.002 0.075 0.520 109 S 0.080 0.262 0.003 0.047 0.017 0.031 0.063 0.009 0.001 0.052 0.435 110 L 0.114 0.124 0.003 0.031 0.025 0.034 0.069 0.017 0.001 0.146 0.435 111 S 0.051 0.225 0.007 0.056 0.041 0.046 0.069 0.007 0.003 0.152 0.344 112 A 0.045 0.105 0.008 0.043 0.045 0.054 0.110 0.008 0.002 0.154 0.425 113 I 0.113 0.138 0.010 0.043 0.048 0.046 0.081 0.017 0.004 0.102 0.397 114 S 0.257 0.106 0.004 0.027 0.024 0.032 0.088 0.010 0.003 0.072 0.378 115 E 0.058 0.059 0.004 0.018 0.025 0.029 0.093 0.005 0.002 0.043 0.665 116 N 0.166 0.046 0.005 0.014 0.018 0.030 0.105 0.014 0.003 0.085 0.513 117 M 0.278 0.017 0.002 0.011 0.015 0.020 0.066 0.011 0.001 0.066 0.511 118 E 0.043 0.006 0.001 0.019 0.014 0.013 0.113 0.002 0.001 0.048 0.742 119 G 0.009 0.006 0.001 0.025 0.016 0.028 0.133 0.002 0.001 0.027 0.752 120 N 0.031 0.019 0.001 0.016 0.019 0.019 0.122 0.004 0.001 0.046 0.722 121 S 0.256 0.050 0.002 0.024 0.025 0.029 0.093 0.009 0.001 0.141 0.370 122 P 0.067 0.051 0.002 0.016 0.012 0.012 0.109 0.003 0.001 0.059 0.671 123 S 0.138 0.151 0.002 0.022 0.014 0.026 0.083 0.006 0.001 0.056 0.502 124 Q 0.116 0.047 0.002 0.016 0.020 0.032 0.102 0.007 0.001 0.111 0.548 125 N 0.062 0.070 0.004 0.030 0.052 0.073 0.124 0.005 0.001 0.122 0.458 126 H 0.074 0.047 0.003 0.028 0.068 0.109 0.096 0.006 0.001 0.068 0.499 127 L 0.089 0.034 0.004 0.032 0.090 0.084 0.086 0.007 0.001 0.061 0.512 128 S 0.071 0.029 0.002 0.021 0.051 0.076 0.105 0.004 0.001 0.044 0.597 129 A 0.038 0.025 0.002 0.017 0.044 0.055 0.128 0.003 0.001 0.044 0.646