# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.367 0.207 0.056 0.132 0.080 0.049 0.051 0.028 0.016 0.010 0.005 2 I 0.038 0.037 0.019 0.045 0.056 0.078 0.125 0.119 0.177 0.168 0.138 3 P 0.193 0.172 0.055 0.157 0.128 0.092 0.088 0.053 0.034 0.019 0.010 4 D 0.188 0.166 0.087 0.216 0.123 0.078 0.062 0.035 0.024 0.013 0.007 5 I 0.030 0.018 0.015 0.038 0.055 0.089 0.155 0.150 0.175 0.152 0.122 6 H 0.063 0.088 0.053 0.189 0.156 0.121 0.127 0.086 0.060 0.040 0.018 7 Y 0.013 0.018 0.023 0.043 0.054 0.126 0.198 0.141 0.167 0.143 0.073 8 S 0.107 0.154 0.093 0.188 0.143 0.093 0.087 0.053 0.039 0.026 0.016 9 N 0.286 0.153 0.057 0.138 0.093 0.073 0.085 0.052 0.033 0.020 0.009 10 D 0.272 0.164 0.048 0.140 0.096 0.077 0.075 0.049 0.037 0.027 0.015 11 S 0.216 0.144 0.047 0.130 0.108 0.095 0.102 0.067 0.045 0.029 0.016 12 K 0.245 0.185 0.075 0.193 0.119 0.069 0.051 0.031 0.017 0.010 0.006 13 Y 0.025 0.025 0.017 0.031 0.039 0.093 0.161 0.135 0.184 0.175 0.115 14 T 0.105 0.177 0.070 0.207 0.155 0.095 0.081 0.049 0.032 0.019 0.011 15 P 0.300 0.131 0.058 0.119 0.089 0.076 0.086 0.058 0.039 0.028 0.016 16 S 0.185 0.166 0.051 0.149 0.113 0.090 0.090 0.060 0.045 0.032 0.019 17 P 0.174 0.155 0.037 0.146 0.120 0.096 0.109 0.074 0.047 0.028 0.014 18 A 0.143 0.073 0.046 0.128 0.124 0.124 0.133 0.095 0.066 0.043 0.026 19 A 0.080 0.073 0.075 0.141 0.133 0.131 0.156 0.091 0.062 0.036 0.021 20 F 0.011 0.019 0.027 0.068 0.087 0.101 0.177 0.155 0.158 0.119 0.079 21 I 0.004 0.006 0.014 0.024 0.040 0.062 0.130 0.140 0.211 0.211 0.159 22 R 0.024 0.054 0.140 0.211 0.179 0.134 0.125 0.059 0.040 0.024 0.010 23 Q 0.026 0.043 0.129 0.180 0.157 0.141 0.136 0.079 0.052 0.038 0.018 24 Y 0.010 0.012 0.018 0.031 0.045 0.113 0.212 0.161 0.177 0.150 0.072 25 R 0.053 0.103 0.097 0.182 0.138 0.111 0.131 0.077 0.055 0.036 0.016 26 Y 0.041 0.024 0.060 0.065 0.078 0.141 0.225 0.129 0.115 0.082 0.040 27 D 0.152 0.248 0.176 0.210 0.098 0.049 0.035 0.015 0.009 0.005 0.003 28 V 0.023 0.021 0.020 0.033 0.051 0.087 0.196 0.172 0.172 0.135 0.090 29 T 0.178 0.212 0.105 0.178 0.120 0.077 0.062 0.032 0.019 0.012 0.006 30 H 0.183 0.089 0.120 0.155 0.124 0.114 0.113 0.053 0.029 0.014 0.006 31 D 0.203 0.250 0.136 0.188 0.096 0.052 0.042 0.019 0.008 0.004 0.002 32 L 0.014 0.015 0.018 0.036 0.054 0.094 0.216 0.173 0.179 0.128 0.071 33 Q 0.243 0.162 0.204 0.185 0.099 0.048 0.033 0.015 0.006 0.003 0.001 34 E 0.048 0.121 0.316 0.252 0.125 0.068 0.042 0.016 0.007 0.004 0.002 35 A 0.033 0.032 0.054 0.070 0.094 0.134 0.218 0.155 0.100 0.076 0.035 36 E 0.100 0.124 0.131 0.194 0.129 0.106 0.107 0.056 0.030 0.017 0.006 37 T 0.038 0.071 0.247 0.212 0.149 0.106 0.085 0.048 0.025 0.015 0.006 38 A 0.020 0.027 0.075 0.088 0.109 0.137 0.210 0.139 0.098 0.067 0.030 39 L 0.011 0.017 0.045 0.064 0.080 0.126 0.212 0.159 0.142 0.096 0.049 40 L 0.009 0.013 0.056 0.052 0.072 0.111 0.185 0.153 0.152 0.121 0.078 41 I 0.005 0.008 0.034 0.039 0.057 0.074 0.161 0.154 0.187 0.164 0.117 42 W 0.004 0.005 0.018 0.025 0.043 0.074 0.175 0.161 0.206 0.179 0.110 43 R 0.048 0.052 0.124 0.172 0.154 0.134 0.153 0.073 0.050 0.027 0.012 44 N 0.049 0.100 0.127 0.163 0.127 0.133 0.147 0.068 0.044 0.028 0.014 45 A 0.050 0.072 0.043 0.088 0.098 0.115 0.181 0.126 0.103 0.075 0.050 46 E 0.402 0.229 0.074 0.119 0.064 0.038 0.034 0.019 0.011 0.007 0.003 47 D 0.211 0.151 0.120 0.173 0.109 0.087 0.074 0.035 0.022 0.013 0.006 48 D 0.168 0.149 0.098 0.180 0.130 0.098 0.086 0.044 0.025 0.014 0.008 49 V 0.039 0.037 0.039 0.068 0.084 0.128 0.184 0.146 0.129 0.094 0.052 50 M 0.031 0.055 0.089 0.138 0.128 0.140 0.163 0.104 0.076 0.052 0.024 51 Y 0.014 0.016 0.045 0.067 0.078 0.127 0.194 0.144 0.140 0.122 0.053 52 Q 0.043 0.066 0.119 0.165 0.144 0.146 0.136 0.078 0.054 0.034 0.016 53 T 0.054 0.084 0.090 0.156 0.133 0.110 0.146 0.101 0.063 0.042 0.021 54 L 0.019 0.017 0.019 0.035 0.050 0.094 0.175 0.152 0.170 0.162 0.107 55 D 0.266 0.218 0.115 0.174 0.097 0.050 0.040 0.019 0.012 0.006 0.003 56 G 0.202 0.115 0.076 0.149 0.114 0.094 0.107 0.063 0.040 0.027 0.015 57 F 0.027 0.028 0.019 0.045 0.060 0.093 0.164 0.144 0.170 0.147 0.102 58 D 0.075 0.120 0.071 0.180 0.150 0.122 0.126 0.071 0.046 0.026 0.013 59 M 0.020 0.019 0.049 0.076 0.094 0.137 0.174 0.137 0.127 0.103 0.064 60 M 0.015 0.025 0.035 0.072 0.089 0.128 0.206 0.151 0.132 0.095 0.052 61 L 0.005 0.010 0.018 0.044 0.057 0.069 0.142 0.157 0.205 0.180 0.114 62 L 0.004 0.005 0.013 0.020 0.033 0.067 0.135 0.143 0.214 0.214 0.153 63 E 0.029 0.062 0.122 0.221 0.184 0.118 0.113 0.063 0.046 0.027 0.015 64 I 0.012 0.013 0.026 0.034 0.051 0.083 0.160 0.159 0.173 0.167 0.122 65 M 0.022 0.031 0.028 0.068 0.084 0.110 0.168 0.142 0.149 0.117 0.081 66 G 0.162 0.124 0.072 0.131 0.098 0.088 0.125 0.076 0.062 0.040 0.022 67 S 0.128 0.111 0.077 0.160 0.135 0.110 0.105 0.065 0.051 0.035 0.024 68 S 0.207 0.170 0.065 0.142 0.108 0.086 0.097 0.056 0.036 0.022 0.012 69 A 0.115 0.080 0.050 0.137 0.128 0.114 0.131 0.094 0.070 0.048 0.033 70 L 0.042 0.032 0.033 0.058 0.074 0.119 0.176 0.142 0.136 0.111 0.077 71 S 0.055 0.141 0.094 0.217 0.161 0.101 0.096 0.057 0.040 0.024 0.013 72 F 0.015 0.013 0.017 0.032 0.050 0.087 0.179 0.158 0.183 0.157 0.109 73 D 0.205 0.136 0.135 0.214 0.128 0.070 0.056 0.026 0.017 0.009 0.005 74 T 0.091 0.095 0.105 0.191 0.148 0.119 0.120 0.063 0.036 0.022 0.012 75 L 0.015 0.019 0.020 0.037 0.054 0.079 0.142 0.147 0.190 0.172 0.125 76 A 0.036 0.046 0.046 0.103 0.117 0.135 0.217 0.126 0.090 0.059 0.025 77 Q 0.059 0.076 0.288 0.229 0.137 0.091 0.059 0.027 0.018 0.011 0.005 78 T 0.048 0.067 0.097 0.146 0.144 0.151 0.170 0.089 0.048 0.028 0.013 79 L 0.011 0.015 0.021 0.040 0.049 0.069 0.148 0.165 0.204 0.176 0.101 80 V 0.029 0.026 0.049 0.073 0.092 0.137 0.216 0.137 0.115 0.084 0.042 81 E 0.060 0.109 0.321 0.250 0.131 0.061 0.034 0.015 0.009 0.005 0.003 82 F 0.021 0.019 0.032 0.038 0.060 0.104 0.222 0.178 0.146 0.112 0.069 83 M 0.036 0.043 0.037 0.093 0.100 0.103 0.176 0.146 0.124 0.091 0.052 84 P 0.237 0.148 0.149 0.154 0.102 0.070 0.069 0.034 0.020 0.012 0.005 85 K 0.134 0.209 0.166 0.228 0.123 0.062 0.042 0.019 0.010 0.005 0.003 86 A 0.116 0.072 0.041 0.085 0.097 0.106 0.175 0.128 0.084 0.061 0.035 87 D 0.346 0.177 0.094 0.146 0.091 0.054 0.045 0.024 0.012 0.007 0.003 88 N 0.154 0.176 0.133 0.210 0.127 0.076 0.063 0.031 0.016 0.009 0.005 89 W 0.025 0.022 0.024 0.042 0.059 0.081 0.148 0.146 0.172 0.168 0.113 90 K 0.097 0.137 0.115 0.221 0.157 0.102 0.084 0.043 0.025 0.013 0.005 91 N 0.052 0.072 0.147 0.209 0.149 0.131 0.109 0.060 0.037 0.023 0.012 92 I 0.013 0.012 0.021 0.034 0.051 0.090 0.150 0.149 0.181 0.161 0.136 93 L 0.020 0.035 0.034 0.069 0.083 0.109 0.183 0.150 0.147 0.110 0.061 94 L 0.022 0.028 0.057 0.095 0.108 0.111 0.158 0.131 0.125 0.097 0.066 95 G 0.170 0.093 0.091 0.140 0.117 0.096 0.119 0.069 0.051 0.034 0.020 96 K 0.152 0.158 0.075 0.205 0.143 0.084 0.080 0.048 0.029 0.016 0.010 97 W 0.038 0.047 0.022 0.051 0.065 0.088 0.150 0.151 0.147 0.137 0.104 98 S 0.123 0.118 0.061 0.180 0.165 0.114 0.104 0.062 0.039 0.022 0.014 99 G 0.423 0.123 0.086 0.119 0.077 0.053 0.058 0.030 0.017 0.009 0.005 100 W 0.034 0.041 0.039 0.084 0.090 0.109 0.166 0.115 0.137 0.106 0.080 101 I 0.015 0.023 0.019 0.051 0.071 0.084 0.165 0.151 0.173 0.142 0.106 102 E 0.070 0.096 0.144 0.234 0.174 0.104 0.079 0.045 0.029 0.017 0.008 103 Q 0.032 0.048 0.111 0.144 0.129 0.150 0.167 0.092 0.066 0.042 0.019 104 R 0.029 0.043 0.051 0.134 0.131 0.141 0.171 0.117 0.087 0.063 0.034 105 I 0.025 0.023 0.032 0.046 0.058 0.093 0.156 0.150 0.171 0.154 0.092 106 I 0.030 0.055 0.083 0.118 0.114 0.129 0.163 0.105 0.096 0.070 0.037 107 I 0.022 0.024 0.041 0.062 0.077 0.096 0.171 0.145 0.149 0.127 0.085 108 P 0.176 0.148 0.116 0.176 0.125 0.086 0.074 0.043 0.029 0.016 0.009 109 S 0.140 0.140 0.074 0.172 0.130 0.091 0.107 0.068 0.041 0.023 0.014 110 L 0.021 0.018 0.016 0.040 0.059 0.082 0.153 0.164 0.170 0.153 0.124 111 S 0.183 0.160 0.125 0.200 0.135 0.077 0.060 0.030 0.017 0.009 0.005 112 A 0.082 0.060 0.090 0.144 0.139 0.121 0.142 0.094 0.062 0.039 0.027 113 I 0.014 0.019 0.021 0.037 0.049 0.068 0.149 0.148 0.186 0.174 0.134 114 S 0.062 0.085 0.072 0.167 0.160 0.124 0.140 0.079 0.059 0.037 0.017 115 E 0.187 0.146 0.190 0.214 0.113 0.063 0.042 0.022 0.012 0.007 0.004 116 N 0.145 0.104 0.076 0.168 0.134 0.102 0.118 0.070 0.042 0.026 0.015 117 M 0.038 0.034 0.020 0.042 0.052 0.084 0.161 0.149 0.171 0.146 0.102 118 E 0.158 0.227 0.116 0.211 0.133 0.062 0.044 0.024 0.013 0.007 0.004 119 G 0.290 0.113 0.080 0.115 0.092 0.077 0.093 0.059 0.040 0.027 0.014 120 N 0.284 0.180 0.059 0.140 0.091 0.071 0.075 0.042 0.029 0.018 0.010 121 S 0.193 0.172 0.055 0.136 0.102 0.091 0.097 0.063 0.046 0.029 0.016 122 P 0.282 0.176 0.064 0.141 0.105 0.072 0.064 0.043 0.026 0.016 0.010 123 S 0.241 0.204 0.065 0.133 0.090 0.071 0.082 0.050 0.033 0.020 0.011 124 Q 0.177 0.109 0.056 0.162 0.140 0.106 0.107 0.066 0.040 0.023 0.013 125 N 0.317 0.164 0.091 0.155 0.094 0.062 0.055 0.032 0.017 0.009 0.005 126 H 0.074 0.074 0.064 0.155 0.141 0.128 0.152 0.096 0.061 0.035 0.019 127 L 0.046 0.051 0.046 0.069 0.077 0.100 0.172 0.139 0.132 0.105 0.064 128 S 0.123 0.196 0.158 0.232 0.136 0.064 0.044 0.022 0.014 0.007 0.004 129 A 0.289 0.114 0.103 0.131 0.104 0.067 0.079 0.054 0.030 0.018 0.011