# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.111 0.010 0.009 0.036 0.023 0.045 0.170 0.002 0.001 0.013 0.581 2 I 0.215 0.013 0.016 0.055 0.041 0.057 0.084 0.001 0.001 0.005 0.514 3 P 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.965 4 D 0.032 0.003 0.001 0.071 0.056 0.095 0.098 0.001 0.001 0.002 0.642 5 I 0.171 0.024 0.003 0.118 0.044 0.082 0.081 0.001 0.001 0.009 0.468 6 H 0.076 0.031 0.003 0.130 0.095 0.178 0.141 0.002 0.001 0.005 0.339 7 Y 0.077 0.025 0.008 0.105 0.071 0.150 0.085 0.003 0.001 0.006 0.470 8 S 0.059 0.033 0.004 0.130 0.100 0.176 0.107 0.003 0.001 0.006 0.381 9 N 0.041 0.020 0.003 0.059 0.031 0.051 0.196 0.002 0.001 0.008 0.589 10 D 0.071 0.024 0.008 0.039 0.025 0.038 0.256 0.002 0.001 0.026 0.512 11 S 0.094 0.021 0.006 0.023 0.012 0.020 0.349 0.002 0.001 0.035 0.438 12 K 0.173 0.028 0.016 0.017 0.016 0.021 0.323 0.002 0.001 0.033 0.372 13 Y 0.236 0.049 0.027 0.026 0.016 0.028 0.200 0.007 0.001 0.019 0.392 14 T 0.145 0.069 0.032 0.034 0.069 0.042 0.142 0.008 0.001 0.010 0.451 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 16 S 0.007 0.003 0.001 0.018 0.040 0.066 0.282 0.001 0.001 0.001 0.581 17 P 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.986 18 A 0.027 0.037 0.001 0.013 0.021 0.072 0.199 0.001 0.001 0.002 0.627 19 A 0.150 0.065 0.003 0.013 0.012 0.020 0.238 0.001 0.001 0.008 0.489 20 F 0.103 0.562 0.002 0.013 0.015 0.021 0.048 0.002 0.001 0.001 0.233 21 I 0.034 0.760 0.006 0.017 0.020 0.029 0.019 0.004 0.001 0.001 0.109 22 R 0.028 0.760 0.003 0.015 0.018 0.027 0.016 0.007 0.001 0.001 0.125 23 Q 0.071 0.681 0.004 0.010 0.019 0.026 0.018 0.015 0.001 0.001 0.154 24 Y 0.133 0.592 0.019 0.010 0.029 0.042 0.019 0.022 0.001 0.001 0.132 25 R 0.099 0.388 0.038 0.018 0.041 0.065 0.047 0.025 0.001 0.002 0.277 26 Y 0.100 0.262 0.038 0.028 0.053 0.074 0.050 0.019 0.001 0.004 0.371 27 D 0.132 0.142 0.022 0.033 0.052 0.070 0.079 0.014 0.001 0.006 0.450 28 V 0.110 0.150 0.024 0.030 0.031 0.043 0.106 0.007 0.001 0.006 0.494 29 T 0.060 0.129 0.018 0.041 0.034 0.070 0.249 0.005 0.001 0.010 0.384 30 H 0.115 0.128 0.012 0.027 0.024 0.038 0.173 0.004 0.001 0.014 0.465 31 D 0.063 0.161 0.007 0.014 0.010 0.016 0.233 0.003 0.001 0.007 0.486 32 L 0.099 0.261 0.010 0.013 0.010 0.021 0.168 0.003 0.001 0.006 0.409 33 Q 0.038 0.366 0.007 0.007 0.010 0.022 0.211 0.004 0.001 0.005 0.332 34 E 0.085 0.480 0.008 0.005 0.006 0.010 0.125 0.006 0.001 0.003 0.272 35 A 0.059 0.760 0.009 0.003 0.005 0.008 0.019 0.006 0.001 0.001 0.130 36 E 0.039 0.765 0.009 0.003 0.008 0.010 0.028 0.007 0.001 0.001 0.130 37 T 0.056 0.714 0.010 0.004 0.009 0.011 0.024 0.009 0.001 0.001 0.163 38 A 0.061 0.738 0.012 0.007 0.018 0.021 0.018 0.008 0.001 0.001 0.116 39 L 0.032 0.719 0.011 0.021 0.031 0.040 0.028 0.008 0.001 0.001 0.111 40 L 0.026 0.678 0.016 0.031 0.065 0.069 0.024 0.009 0.001 0.001 0.082 41 I 0.024 0.681 0.012 0.033 0.062 0.082 0.016 0.009 0.001 0.001 0.080 42 W 0.036 0.565 0.011 0.035 0.063 0.130 0.014 0.012 0.001 0.001 0.133 43 R 0.086 0.355 0.012 0.048 0.078 0.156 0.032 0.025 0.001 0.003 0.207 44 N 0.178 0.212 0.021 0.029 0.049 0.075 0.067 0.033 0.001 0.004 0.331 45 A 0.132 0.141 0.051 0.018 0.021 0.040 0.074 0.012 0.001 0.004 0.508 46 E 0.023 0.051 0.012 0.012 0.011 0.020 0.429 0.003 0.001 0.006 0.433 47 D 0.154 0.060 0.014 0.008 0.012 0.016 0.214 0.003 0.001 0.025 0.493 48 D 0.162 0.206 0.014 0.012 0.012 0.017 0.147 0.003 0.001 0.010 0.416 49 V 0.074 0.365 0.016 0.022 0.021 0.025 0.190 0.003 0.001 0.003 0.281 50 M 0.043 0.524 0.005 0.026 0.048 0.081 0.076 0.004 0.001 0.003 0.189 51 Y 0.055 0.476 0.008 0.035 0.075 0.130 0.038 0.008 0.001 0.003 0.171 52 Q 0.074 0.504 0.011 0.028 0.066 0.090 0.032 0.014 0.001 0.003 0.177 53 T 0.106 0.341 0.018 0.018 0.057 0.089 0.040 0.018 0.001 0.003 0.310 54 L 0.123 0.286 0.020 0.036 0.063 0.117 0.047 0.019 0.001 0.004 0.285 55 D 0.082 0.158 0.019 0.019 0.036 0.062 0.145 0.011 0.001 0.008 0.461 56 G 0.178 0.089 0.038 0.016 0.013 0.022 0.171 0.006 0.001 0.017 0.450 57 F 0.194 0.133 0.058 0.019 0.020 0.024 0.219 0.004 0.001 0.016 0.314 58 D 0.076 0.118 0.010 0.022 0.035 0.045 0.218 0.002 0.001 0.005 0.469 59 M 0.031 0.252 0.010 0.035 0.038 0.066 0.133 0.002 0.001 0.003 0.430 60 M 0.024 0.472 0.004 0.046 0.051 0.077 0.114 0.002 0.001 0.001 0.209 61 L 0.023 0.583 0.003 0.036 0.042 0.072 0.056 0.003 0.001 0.001 0.182 62 L 0.019 0.659 0.005 0.048 0.070 0.097 0.018 0.005 0.001 0.001 0.079 63 E 0.019 0.717 0.006 0.022 0.058 0.078 0.015 0.008 0.001 0.001 0.077 64 I 0.049 0.719 0.008 0.013 0.033 0.059 0.009 0.016 0.001 0.001 0.093 65 M 0.102 0.540 0.014 0.025 0.044 0.101 0.019 0.029 0.001 0.002 0.124 66 G 0.229 0.206 0.019 0.025 0.033 0.066 0.044 0.037 0.001 0.003 0.337 67 S 0.221 0.120 0.090 0.048 0.021 0.031 0.056 0.015 0.001 0.005 0.393 68 S 0.057 0.052 0.013 0.028 0.018 0.023 0.110 0.004 0.001 0.003 0.691 69 A 0.153 0.050 0.019 0.026 0.016 0.036 0.173 0.003 0.001 0.007 0.516 70 L 0.195 0.138 0.015 0.074 0.025 0.054 0.174 0.006 0.001 0.009 0.310 71 S 0.149 0.178 0.013 0.030 0.020 0.029 0.181 0.006 0.001 0.004 0.390 72 F 0.076 0.221 0.011 0.040 0.014 0.027 0.065 0.004 0.001 0.003 0.539 73 D 0.033 0.164 0.004 0.020 0.019 0.041 0.195 0.003 0.001 0.004 0.516 74 T 0.044 0.172 0.004 0.010 0.006 0.010 0.363 0.002 0.001 0.004 0.383 75 L 0.043 0.627 0.008 0.006 0.006 0.011 0.094 0.003 0.001 0.002 0.198 76 A 0.021 0.820 0.006 0.004 0.006 0.011 0.041 0.003 0.001 0.001 0.086 77 Q 0.021 0.853 0.003 0.003 0.004 0.007 0.015 0.004 0.001 0.001 0.089 78 T 0.021 0.896 0.003 0.002 0.005 0.006 0.009 0.006 0.001 0.001 0.052 79 L 0.028 0.872 0.005 0.003 0.009 0.015 0.006 0.008 0.001 0.001 0.055 80 V 0.028 0.813 0.014 0.008 0.020 0.030 0.008 0.016 0.001 0.001 0.063 81 E 0.049 0.662 0.018 0.010 0.038 0.049 0.016 0.029 0.001 0.001 0.128 82 F 0.130 0.495 0.057 0.013 0.020 0.034 0.015 0.043 0.001 0.002 0.190 83 M 0.214 0.239 0.063 0.025 0.063 0.072 0.029 0.027 0.001 0.003 0.264 84 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.989 85 K 0.058 0.016 0.011 0.030 0.024 0.058 0.137 0.002 0.001 0.002 0.662 86 A 0.267 0.035 0.004 0.013 0.008 0.014 0.077 0.003 0.001 0.009 0.570 87 D 0.157 0.080 0.006 0.014 0.013 0.020 0.108 0.003 0.001 0.005 0.593 88 N 0.181 0.066 0.013 0.017 0.010 0.017 0.222 0.003 0.001 0.010 0.461 89 W 0.157 0.151 0.009 0.021 0.010 0.016 0.151 0.003 0.001 0.008 0.476 90 K 0.064 0.239 0.007 0.035 0.035 0.054 0.255 0.003 0.001 0.009 0.299 91 N 0.104 0.201 0.008 0.032 0.027 0.037 0.163 0.007 0.001 0.010 0.408 92 I 0.152 0.529 0.027 0.042 0.032 0.043 0.037 0.009 0.001 0.003 0.127 93 L 0.033 0.557 0.012 0.067 0.049 0.064 0.057 0.009 0.001 0.002 0.152 94 L 0.049 0.399 0.010 0.076 0.068 0.106 0.054 0.014 0.001 0.005 0.222 95 G 0.118 0.231 0.017 0.071 0.073 0.137 0.055 0.017 0.001 0.012 0.268 96 K 0.172 0.110 0.037 0.037 0.032 0.043 0.102 0.009 0.001 0.006 0.453 97 W 0.054 0.098 0.019 0.037 0.024 0.043 0.135 0.004 0.001 0.003 0.584 98 S 0.077 0.114 0.014 0.047 0.052 0.100 0.125 0.005 0.001 0.008 0.459 99 G 0.113 0.122 0.009 0.027 0.037 0.064 0.104 0.005 0.001 0.010 0.509 100 W 0.100 0.154 0.017 0.028 0.036 0.045 0.189 0.004 0.001 0.005 0.423 101 I 0.057 0.175 0.009 0.035 0.059 0.101 0.095 0.003 0.001 0.003 0.461 102 E 0.030 0.300 0.008 0.038 0.064 0.119 0.104 0.003 0.001 0.004 0.330 103 Q 0.073 0.298 0.007 0.057 0.068 0.110 0.059 0.005 0.001 0.004 0.319 104 R 0.185 0.323 0.012 0.042 0.047 0.068 0.035 0.011 0.001 0.003 0.276 105 I 0.122 0.334 0.028 0.080 0.081 0.094 0.044 0.016 0.001 0.002 0.199 106 I 0.061 0.177 0.036 0.091 0.077 0.148 0.044 0.018 0.001 0.003 0.345 107 I 0.074 0.095 0.024 0.085 0.139 0.197 0.052 0.008 0.001 0.003 0.321 108 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.986 109 S 0.061 0.016 0.006 0.046 0.031 0.089 0.130 0.001 0.001 0.003 0.615 110 L 0.318 0.079 0.008 0.049 0.012 0.025 0.090 0.002 0.001 0.010 0.407 111 S 0.131 0.189 0.004 0.055 0.031 0.062 0.113 0.003 0.001 0.004 0.409 112 A 0.163 0.192 0.012 0.045 0.023 0.037 0.098 0.006 0.001 0.006 0.418 113 I 0.163 0.442 0.006 0.039 0.025 0.048 0.052 0.008 0.001 0.003 0.215 114 S 0.127 0.340 0.010 0.051 0.042 0.074 0.071 0.015 0.001 0.004 0.267 115 E 0.081 0.292 0.010 0.033 0.021 0.039 0.051 0.014 0.001 0.004 0.455 116 N 0.116 0.196 0.016 0.030 0.029 0.060 0.154 0.014 0.001 0.010 0.375 117 M 0.303 0.158 0.027 0.020 0.019 0.026 0.092 0.010 0.001 0.008 0.336 118 E 0.059 0.152 0.017 0.026 0.025 0.038 0.203 0.008 0.001 0.008 0.465 119 G 0.170 0.050 0.023 0.025 0.023 0.035 0.108 0.009 0.001 0.017 0.540 120 N 0.256 0.064 0.030 0.024 0.017 0.031 0.084 0.009 0.001 0.011 0.473 121 S 0.059 0.023 0.012 0.029 0.041 0.022 0.177 0.003 0.001 0.004 0.628 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 123 S 0.010 0.006 0.001 0.030 0.024 0.070 0.330 0.001 0.001 0.005 0.524 124 Q 0.368 0.016 0.002 0.013 0.012 0.016 0.111 0.001 0.001 0.020 0.440 125 N 0.123 0.100 0.006 0.027 0.021 0.027 0.191 0.002 0.001 0.009 0.495 126 H 0.242 0.071 0.014 0.036 0.032 0.053 0.141 0.004 0.001 0.014 0.394 127 L 0.157 0.194 0.008 0.064 0.036 0.067 0.107 0.006 0.001 0.007 0.354 128 S 0.074 0.128 0.005 0.055 0.071 0.090 0.151 0.007 0.001 0.005 0.414 129 A 0.071 0.074 0.007 0.032 0.028 0.058 0.058 0.004 0.001 0.004 0.664