# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.703 0.188 0.084 0.017 0.006 0.002 0.001 2 I 0.238 0.188 0.195 0.218 0.115 0.042 0.004 3 P 0.368 0.269 0.177 0.121 0.046 0.017 0.002 4 D 0.378 0.294 0.188 0.090 0.036 0.013 0.001 5 I 0.142 0.134 0.158 0.228 0.212 0.114 0.012 6 H 0.123 0.194 0.224 0.218 0.160 0.074 0.007 7 Y 0.120 0.141 0.183 0.256 0.205 0.087 0.007 8 S 0.315 0.270 0.203 0.138 0.055 0.017 0.002 9 N 0.434 0.269 0.161 0.086 0.037 0.012 0.001 10 D 0.486 0.260 0.137 0.079 0.028 0.009 0.001 11 S 0.494 0.243 0.141 0.083 0.030 0.009 0.001 12 K 0.483 0.311 0.129 0.055 0.016 0.005 0.001 13 Y 0.163 0.154 0.189 0.253 0.179 0.059 0.004 14 T 0.278 0.245 0.196 0.169 0.080 0.029 0.003 15 P 0.358 0.240 0.179 0.128 0.066 0.025 0.003 16 S 0.358 0.234 0.178 0.125 0.067 0.031 0.006 17 P 0.261 0.228 0.185 0.152 0.096 0.063 0.016 18 A 0.168 0.183 0.193 0.209 0.144 0.083 0.020 19 A 0.130 0.159 0.195 0.195 0.168 0.123 0.030 20 F 0.070 0.084 0.126 0.189 0.236 0.233 0.063 21 I 0.077 0.080 0.123 0.178 0.249 0.223 0.070 22 R 0.123 0.201 0.201 0.215 0.147 0.091 0.022 23 Q 0.153 0.205 0.234 0.193 0.126 0.070 0.018 24 Y 0.078 0.089 0.114 0.219 0.259 0.202 0.039 25 R 0.180 0.256 0.233 0.178 0.098 0.048 0.008 26 Y 0.154 0.179 0.172 0.258 0.160 0.070 0.007 27 D 0.406 0.275 0.193 0.079 0.032 0.013 0.002 28 V 0.166 0.150 0.179 0.245 0.174 0.080 0.007 29 T 0.408 0.276 0.177 0.091 0.036 0.012 0.001 30 H 0.469 0.274 0.131 0.088 0.030 0.008 0.001 31 D 0.501 0.277 0.143 0.054 0.019 0.005 0.001 32 L 0.164 0.132 0.179 0.267 0.191 0.063 0.003 33 Q 0.456 0.295 0.151 0.072 0.021 0.006 0.001 34 E 0.448 0.297 0.143 0.073 0.030 0.009 0.001 35 A 0.255 0.198 0.192 0.198 0.116 0.039 0.004 36 E 0.289 0.260 0.208 0.147 0.061 0.030 0.005 37 T 0.228 0.234 0.219 0.162 0.098 0.048 0.010 38 A 0.090 0.124 0.158 0.209 0.211 0.167 0.042 39 L 0.066 0.098 0.144 0.199 0.223 0.206 0.064 40 L 0.079 0.098 0.137 0.171 0.197 0.227 0.092 41 I 0.060 0.069 0.109 0.168 0.238 0.268 0.088 42 W 0.068 0.077 0.117 0.182 0.271 0.230 0.055 43 R 0.141 0.203 0.217 0.216 0.136 0.074 0.013 44 N 0.281 0.286 0.201 0.131 0.065 0.031 0.004 45 A 0.210 0.187 0.194 0.213 0.137 0.053 0.006 46 E 0.453 0.269 0.147 0.088 0.030 0.012 0.002 47 D 0.493 0.251 0.139 0.074 0.032 0.011 0.001 48 D 0.387 0.275 0.177 0.104 0.040 0.015 0.002 49 V 0.150 0.165 0.206 0.214 0.171 0.085 0.010 50 M 0.126 0.161 0.194 0.211 0.180 0.112 0.015 51 Y 0.105 0.122 0.174 0.250 0.214 0.117 0.018 52 Q 0.231 0.252 0.216 0.158 0.089 0.045 0.009 53 T 0.206 0.215 0.202 0.175 0.120 0.067 0.014 54 L 0.145 0.122 0.150 0.227 0.211 0.119 0.025 55 D 0.389 0.296 0.164 0.093 0.035 0.019 0.005 56 G 0.230 0.227 0.192 0.158 0.115 0.063 0.014 57 F 0.103 0.113 0.132 0.198 0.210 0.191 0.054 58 D 0.154 0.214 0.193 0.197 0.121 0.088 0.033 59 M 0.107 0.125 0.160 0.189 0.198 0.163 0.059 60 M 0.065 0.090 0.119 0.181 0.220 0.223 0.102 61 L 0.055 0.057 0.080 0.127 0.200 0.293 0.188 62 L 0.066 0.078 0.094 0.154 0.217 0.257 0.134 63 E 0.110 0.182 0.205 0.213 0.139 0.104 0.046 64 I 0.081 0.083 0.104 0.169 0.229 0.241 0.091 65 M 0.128 0.141 0.147 0.188 0.184 0.155 0.057 66 G 0.209 0.209 0.168 0.172 0.125 0.089 0.028 67 S 0.280 0.210 0.184 0.154 0.096 0.058 0.018 68 S 0.272 0.228 0.173 0.142 0.095 0.070 0.020 69 A 0.187 0.172 0.184 0.187 0.145 0.099 0.025 70 L 0.155 0.132 0.150 0.195 0.192 0.144 0.031 71 S 0.180 0.208 0.211 0.184 0.121 0.076 0.021 72 F 0.114 0.094 0.126 0.201 0.238 0.185 0.041 73 D 0.244 0.272 0.206 0.160 0.071 0.038 0.009 74 T 0.199 0.234 0.220 0.167 0.108 0.059 0.012 75 L 0.080 0.090 0.120 0.202 0.256 0.204 0.048 76 A 0.102 0.166 0.198 0.232 0.163 0.111 0.027 77 Q 0.211 0.265 0.220 0.169 0.087 0.040 0.008 78 T 0.111 0.186 0.238 0.230 0.152 0.069 0.014 79 L 0.052 0.054 0.077 0.142 0.252 0.341 0.082 80 V 0.068 0.120 0.172 0.252 0.231 0.130 0.027 81 E 0.170 0.309 0.252 0.168 0.065 0.030 0.007 82 F 0.066 0.098 0.158 0.252 0.265 0.146 0.015 83 M 0.100 0.129 0.164 0.236 0.219 0.135 0.017 84 P 0.265 0.282 0.221 0.142 0.063 0.025 0.003 85 K 0.329 0.289 0.202 0.111 0.051 0.016 0.002 86 A 0.205 0.206 0.210 0.227 0.107 0.041 0.003 87 D 0.532 0.250 0.135 0.058 0.018 0.006 0.001 88 N 0.408 0.310 0.169 0.073 0.029 0.010 0.001 89 W 0.101 0.120 0.162 0.252 0.234 0.117 0.014 90 K 0.162 0.247 0.238 0.209 0.094 0.043 0.007 91 N 0.149 0.238 0.222 0.206 0.123 0.053 0.009 92 I 0.065 0.079 0.135 0.198 0.254 0.223 0.046 93 L 0.049 0.073 0.112 0.186 0.264 0.251 0.065 94 L 0.098 0.133 0.170 0.223 0.207 0.136 0.033 95 G 0.215 0.238 0.192 0.178 0.111 0.052 0.013 96 K 0.246 0.271 0.218 0.143 0.071 0.041 0.011 97 W 0.124 0.111 0.129 0.202 0.231 0.170 0.033 98 S 0.224 0.233 0.202 0.186 0.095 0.049 0.011 99 G 0.255 0.291 0.198 0.136 0.076 0.038 0.006 100 W 0.108 0.121 0.196 0.234 0.200 0.122 0.018 101 I 0.086 0.092 0.122 0.194 0.243 0.211 0.051 102 E 0.188 0.244 0.230 0.175 0.093 0.053 0.016 103 Q 0.158 0.198 0.186 0.209 0.144 0.084 0.023 104 R 0.103 0.151 0.189 0.223 0.175 0.126 0.033 105 I 0.073 0.090 0.118 0.179 0.234 0.235 0.072 106 I 0.096 0.134 0.152 0.199 0.201 0.170 0.048 107 I 0.109 0.118 0.143 0.215 0.209 0.162 0.044 108 P 0.237 0.229 0.199 0.161 0.095 0.060 0.018 109 S 0.250 0.219 0.191 0.149 0.099 0.070 0.022 110 L 0.150 0.126 0.149 0.208 0.202 0.136 0.029 111 S 0.290 0.280 0.194 0.133 0.062 0.034 0.007 112 A 0.203 0.206 0.209 0.184 0.127 0.061 0.009 113 I 0.149 0.123 0.151 0.219 0.213 0.128 0.017 114 S 0.279 0.247 0.209 0.155 0.074 0.030 0.005 115 E 0.445 0.281 0.140 0.087 0.033 0.012 0.002 116 N 0.396 0.257 0.181 0.100 0.046 0.017 0.002 117 M 0.250 0.177 0.175 0.206 0.136 0.052 0.005 118 E 0.416 0.290 0.162 0.091 0.031 0.009 0.001 119 G 0.461 0.248 0.152 0.088 0.041 0.011 0.001 120 N 0.532 0.256 0.118 0.067 0.021 0.006 0.001 121 S 0.555 0.224 0.122 0.065 0.026 0.006 0.001 122 P 0.540 0.244 0.124 0.064 0.022 0.006 0.001 123 S 0.480 0.260 0.147 0.076 0.029 0.007 0.001 124 Q 0.518 0.259 0.122 0.073 0.023 0.005 0.001 125 N 0.509 0.287 0.108 0.067 0.023 0.006 0.001 126 H 0.370 0.230 0.197 0.125 0.061 0.016 0.001 127 L 0.268 0.184 0.215 0.198 0.109 0.024 0.001 128 S 0.570 0.294 0.084 0.039 0.010 0.002 0.001 129 A 0.548 0.231 0.115 0.067 0.031 0.007 0.001