This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA S A 3 3 NATAA E A 4 4 NATRO P A 5 5 NATAA R A 6 6 NATAA K A 7 7 NATAA R A 8 8 NATAA R A 9 9 NATAA S A 10 10 NATAA T A 11 11 NATAA G A 12 12 NATAA N A 13 13 NATAA V A 14 14 NATAA T A 15 15 NATAA L A 16 16 NATAA A A 17 17 NATAA D A 18 18 NATAA V A 19 19 NATAA A A 20 20 NATAA K A 21 21 NATAA Q A 22 22 NATAA A A 23 23 NATAA G A 24 24 NATAA V A 25 25 NATAA G A 26 26 NATAA T A 27 27 NATAA M A 28 28 NATAA T A 29 29 NATAA V A 30 30 NATAA S A 31 31 NATAA R A 32 32 NATAA A A 33 33 NATAA L A 34 34 NATAA R A 35 35 NATAA T A 36 36 NATRO P A 37 37 NATAA E A 38 38 NATAA L A 39 39 NATAA V A 40 40 NATAA S A 41 41 NATAA D A 42 42 NATAA K A 43 43 NATAA L A 44 44 NATAA R A 45 45 NATAA E A 46 46 NATAA K A 47 47 NATAA I A 48 48 NATAA Q A 49 49 NATAA Q A 50 50 NATAA V A 51 51 NATAA V A 52 52 NATAA D A 53 53 NATAA E A 54 54 NATAA L A 55 55 NATAA G A 56 56 NATAA Y A 57 57 NATAA I A 58 58 NATRO P A 59 59 NATAA N A 60 60 NATAA K A 61 61 NATAA A A 62 62 NATAA A A 63 63 NATAA G A 64 64 NATAA A A 65 65 NATAA L A 66 66 NATAA A A 67 67 NATAA S A 68 68 NATAA A A 69 69 NATAA E A 70 70 NATAA S A 71 71 NATAA Y A 72 72 NATAA S A 73 73 NATAA I A 74 74 NATAA A A 75 75 NATAA L A 76 76 NATAA I A 77 77 NATAA I A 78 78 NATRO P A 79 79 NATAA S A 80 80 NATAA L A 81 81 NATAA F A 82 82 NATAA E A 83 83 NATAA K A 84 84 NATAA A A 85 85 NATRO C A 86 86 NATAA A A 87 87 NATAA H A 88 88 NATAA F A 89 89 NATAA L A 90 90 NATRO P A 91 91 NATAA S A 92 92 NATAA F A 93 93 NATAA Q A 94 94 NATAA Q A 95 95 NATAA A A 96 96 NATAA L A 97 97 NATAA N A 98 98 NATAA K A 99 99 NATAA A A 100 100 NATAA G A 101 101 NATAA Y A 102 102 NATAA Q A 103 103 NATAA L A 104 104 NATAA L A 105 105 NATAA L A 106 106 NATAA G A 107 107 NATAA Y A 108 108 NATAA S A 109 109 NATAA D A 110 110 NATAA Y A 111 111 NATAA S A 112 112 NATAA I A 113 113 NATAA E A 114 114 NATAA Q A 115 115 NATAA E A 116 116 NATAA E A 117 117 NATAA K A 118 118 NATAA L A 119 119 NATAA L A 120 120 NATAA S A 121 121 NATAA T A 122 122 NATAA F A 123 123 NATAA L A 124 124 NATAA E A 125 125 NATAA S A 126 126 NATAA R A 127 127 NATRO P A 128 128 NATAA A A 129 129 NATAA G A 130 130 NATAA V A 131 131 NATAA V A 132 132 NATAA L A 133 133 NATAA F A 134 134 NATAA G A 135 135 NATAA S A 136 136 NATAA E A 137 137 NATAA H A 138 138 NATAA S A 139 139 NATAA Q A 140 140 NATAA R A 141 141 NATAA T A 142 142 NATAA H A 143 143 NATAA Q A 144 144 NATAA L A 145 145 NATAA L A 146 146 NATAA E A 147 147 NATAA A A 148 148 NATAA S A 149 149 NATAA N A 150 150 NATAA T A 151 151 NATRO P A 152 152 NATAA V A 153 153 NATAA L A 154 154 NATAA E A 155 155 NATAA I A 156 156 NATAA A A 157 157 NATAA E A 158 158 NATAA L A 159 159 NATAA S A 160 160 NATAA S A 161 161 NATAA K A 162 162 NATAA A A 163 163 NATAA S A 164 164 NATAA Y A 165 165 NATAA L A 166 166 NATAA N A 167 167 NATAA I A 168 168 NATAA G A 169 169 NATAA V A 170 170 NATAA D A 171 171 NATAA H A 172 172 NATAA F A 173 173 NATAA E A 174 174 NATAA V A 175 175 NATAA G A 176 176 NATAA K A 177 177 NATAA A A 178 178 NATRO C A 179 179 NATAA T A 180 180 NATAA R A 181 181 NATAA H A 182 182 NATAA L A 183 183 NATAA I A 184 184 NATAA E A 185 185 NATAA Q A 186 186 NATAA G A 187 187 NATAA F A 188 188 NATAA K A 189 189 NATAA N A 190 190 NATAA V A 191 191 NATAA G A 192 192 NATAA F A 193 193 NATAA I A 194 194 NATAA G A 195 195 NATAA A A 196 196 NATAA R A 197 197 NATAA G A 198 198 NATAA N A 199 199 NATAA H A 200 200 NATAA S A 201 201 NATAA T A 202 202 NATAA L A 203 203 NATAA Q A 204 204 NATAA R A 205 205 NATAA Q A 206 206 NATAA L A 207 207 NATAA H A 208 208 NATAA G A 209 209 NATAA W A 210 210 NATAA Q A 211 211 NATAA S A 212 212 NATAA A A 213 213 NATAA M A 214 214 NATAA I A 215 215 NATAA E A 216 216 NATAA N A 217 217 NATAA Y A 218 218 NATAA L A 219 219 NATAA T A 220 220 NATRO P A 221 221 NATAA D A 222 222 NATAA H A 223 223 NATAA F A 224 224 NATAA L A 225 225 NATAA T A 226 226 NATAA T A 227 227 NATAA H A 228 228 NATAA E A 229 229 NATAA A A 230 230 NATRO P A 231 231 NATAA S A 232 232 NATAA S A 233 233 NATAA Q A 234 234 NATAA L A 235 235 NATAA G A 236 236 NATAA A A 237 237 NATAA E A 238 238 NATAA G A 239 239 NATAA L A 240 240 NATAA A A 241 241 NATAA K A 242 242 NATAA L A 243 243 NATAA L A 244 244 NATAA L A 245 245 NATAA R A 246 246 NATAA D A 247 247 NATAA S A 248 248 NATAA S A 249 249 NATAA L A 250 250 NATAA N A 251 251 NATAA A A 252 252 NATAA L A 253 253 NATAA V A 254 254 NATRO C A 255 255 NATAA S A 256 256 NATAA H A 257 257 NATAA E A 258 258 NATAA E A 259 259 NATAA I A 260 260 NATAA A A 261 261 NATAA I A 262 262 NATAA G A 263 263 NATAA A A 264 264 NATAA L A 265 265 NATAA F A 266 266 NATAA E A 267 267 NATRO C A 268 268 NATAA H A 269 269 NATAA R A 270 270 NATAA R A 271 271 NATAA V A 272 272 NATAA L A 273 273 NATAA K A 274 274 NATAA V A 275 275 NATRO P A 276 276 NATAA T A 277 277 NATAA D A 278 278 NATAA I A 279 279 NATAA A A 280 280 NATAA I A 281 281 NATAA I A 282 282 NATRO C A 283 283 NATAA L A 284 284 NATAA E A 285 285 NATAA G A 286 286 NATAA S A 287 287 NATAA S A 288 288 NATAA M A 289 289 NATAA G A 290 290 NATAA E A 291 291 NATAA H A 292 292 NATAA A A 293 293 NATAA Y A 294 294 NATRO P A 295 295 NATAA S A 296 296 NATAA L A 297 297 NATAA T A 298 298 NATAA S A 299 299 NATAA A A 300 300 NATAA E A 301 301 NATAA F A 302 302 NATAA D A 303 303 NATAA Y A 304 304 NATAA E A 305 305 NATAA R A 306 306 NATAA M A 307 307 NATAA G A 308 308 NATAA T A 309 309 NATAA K A 310 310 NATAA A A 311 311 NATAA A A 312 312 NATAA E A 313 313 NATAA K A 314 314 NATAA L A 315 315 NATAA L A 316 316 NATAA H A 317 317 NATAA A A 318 318 NATAA I A 319 319 NATAA K A 320 320 NATAA G A 321 321 NATAA E A 322 322 NATRO P A 323 323 NATAA E A 324 324 NATAA E A 325 325 NATAA R A 326 326 NATRO P A 327 327 NATAA T A 328 328 NATAA S A 329 329 NATAA M A 330 330 NATAA G A 331 331 NATAA F A 332 332 NATAA K A 333 333 NATAA L A 334 334 NATAA K A 335 335 NATAA R A 336 336 NATAA R A 337 337 NATAA A A 338 338 NATAA S A 339 339 NATAA T A 340 340 NATAA A A 341 341 NATAA I A 342 342 NATAA N