# TARGET T0441 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0441.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3489 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.163 0.022 0.021 0.016 0.155 0.623 2 S 0.249 0.028 0.031 0.017 0.222 0.453 3 E 0.196 0.027 0.021 0.019 0.231 0.505 4 P 0.169 0.020 0.029 0.025 0.263 0.493 5 R 0.199 0.057 0.021 0.021 0.271 0.430 6 K 0.152 0.101 0.017 0.022 0.243 0.464 7 R 0.074 0.047 0.015 0.013 0.585 0.266 8 R 0.041 0.010 0.036 0.015 0.757 0.142 9 S 0.017 0.008 0.046 0.010 0.840 0.079 10 T 0.031 0.016 0.052 0.007 0.814 0.080 11 G 0.081 0.019 0.043 0.016 0.553 0.288 12 N 0.143 0.045 0.017 0.012 0.306 0.477 13 V 0.145 0.050 0.004 0.012 0.158 0.631 14 T 0.087 0.040 0.001 0.023 0.060 0.788 15 L 0.002 0.001 0.006 0.970 0.014 0.008 16 A 0.001 0.001 0.006 0.982 0.011 0.001 17 D 0.001 0.001 0.006 0.972 0.019 0.001 18 V 0.003 0.001 0.002 0.983 0.010 0.002 19 A 0.002 0.001 0.002 0.984 0.008 0.003 20 K 0.003 0.001 0.008 0.971 0.013 0.004 21 Q 0.001 0.001 0.008 0.969 0.013 0.008 22 A 0.001 0.001 0.005 0.924 0.021 0.049 23 G 0.001 0.001 0.001 0.069 0.054 0.875 24 V 0.005 0.008 0.001 0.048 0.088 0.850 25 G 0.022 0.031 0.001 0.062 0.068 0.816 26 T 0.002 0.001 0.003 0.967 0.012 0.016 27 M 0.001 0.001 0.006 0.978 0.010 0.005 28 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 29 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 30 S 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 31 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 32 A 0.001 0.001 0.003 0.987 0.008 0.002 33 L 0.001 0.002 0.004 0.963 0.022 0.009 34 R 0.001 0.002 0.004 0.642 0.178 0.173 35 T 0.002 0.007 0.010 0.088 0.434 0.459 36 P 0.009 0.016 0.069 0.031 0.600 0.276 37 E 0.011 0.008 0.120 0.027 0.622 0.212 38 L 0.021 0.025 0.143 0.016 0.494 0.302 39 V 0.026 0.058 0.035 0.013 0.423 0.444 40 S 0.006 0.005 0.005 0.024 0.155 0.804 41 D 0.001 0.001 0.018 0.957 0.020 0.005 42 K 0.001 0.001 0.008 0.984 0.007 0.001 43 L 0.001 0.001 0.006 0.990 0.003 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 48 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.002 0.990 0.006 0.001 52 D 0.001 0.001 0.008 0.973 0.014 0.004 53 E 0.001 0.001 0.009 0.957 0.019 0.015 54 L 0.001 0.001 0.008 0.844 0.042 0.105 55 G 0.001 0.001 0.001 0.019 0.068 0.911 56 Y 0.020 0.007 0.002 0.012 0.111 0.849 57 I 0.073 0.032 0.004 0.020 0.160 0.712 58 P 0.064 0.012 0.012 0.139 0.173 0.601 59 N 0.022 0.003 0.014 0.212 0.103 0.646 60 K 0.002 0.001 0.017 0.947 0.019 0.015 61 A 0.001 0.001 0.011 0.975 0.009 0.003 62 A 0.001 0.001 0.013 0.967 0.015 0.003 63 G 0.002 0.001 0.014 0.962 0.018 0.003 64 A 0.001 0.001 0.014 0.942 0.033 0.010 65 L 0.003 0.001 0.011 0.939 0.034 0.012 66 A 0.007 0.003 0.017 0.889 0.055 0.029 67 S 0.015 0.005 0.028 0.733 0.129 0.089 68 A 0.034 0.004 0.023 0.211 0.315 0.413 69 E 0.082 0.019 0.024 0.071 0.386 0.418 70 S 0.212 0.027 0.026 0.030 0.401 0.304 71 Y 0.217 0.004 0.018 0.013 0.367 0.381 72 S 0.697 0.006 0.005 0.004 0.120 0.169 73 I 0.948 0.004 0.001 0.001 0.014 0.032 74 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 75 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 76 I 0.945 0.003 0.001 0.001 0.012 0.039 77 I 0.740 0.005 0.003 0.002 0.108 0.141 78 P 0.354 0.014 0.008 0.003 0.318 0.303 79 S 0.068 0.018 0.015 0.004 0.741 0.154 80 L 0.014 0.012 0.038 0.015 0.797 0.123 81 F 0.009 0.006 0.025 0.051 0.686 0.224 82 E 0.010 0.011 0.017 0.184 0.487 0.292 83 K 0.001 0.001 0.005 0.938 0.030 0.025 84 A 0.001 0.001 0.005 0.976 0.009 0.007 85 C 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 86 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 87 H 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 88 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 90 P 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 91 S 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.013 92 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 96 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 97 N 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.002 98 K 0.001 0.001 0.005 0.975 0.012 0.007 99 A 0.001 0.001 0.006 0.866 0.037 0.089 100 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.064 0.928 101 Y 0.042 0.001 0.001 0.002 0.086 0.868 102 Q 0.728 0.005 0.001 0.002 0.048 0.216 103 L 0.975 0.003 0.001 0.001 0.005 0.017 104 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 105 L 0.977 0.002 0.001 0.001 0.004 0.016 106 G 0.883 0.002 0.002 0.003 0.027 0.083 107 Y 0.454 0.010 0.007 0.004 0.210 0.315 108 S 0.093 0.018 0.011 0.007 0.450 0.421 109 D 0.017 0.013 0.016 0.010 0.532 0.412 110 Y 0.008 0.015 0.022 0.033 0.541 0.380 111 S 0.005 0.005 0.024 0.130 0.459 0.376 112 I 0.001 0.001 0.043 0.801 0.117 0.037 113 E 0.001 0.001 0.025 0.850 0.088 0.035 114 Q 0.002 0.001 0.031 0.892 0.053 0.021 115 E 0.002 0.001 0.007 0.958 0.016 0.016 116 E 0.003 0.001 0.004 0.964 0.015 0.013 117 K 0.002 0.001 0.004 0.963 0.013 0.018 118 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.009 119 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 120 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 121 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 122 F 0.001 0.001 0.004 0.990 0.005 0.001 123 L 0.001 0.001 0.012 0.977 0.008 0.002 124 E 0.001 0.001 0.015 0.919 0.046 0.019 125 S 0.001 0.001 0.020 0.615 0.127 0.237 126 R 0.002 0.001 0.001 0.004 0.094 0.898 127 P 0.012 0.003 0.001 0.001 0.133 0.851 128 A 0.047 0.001 0.001 0.001 0.079 0.872 129 G 0.969 0.002 0.001 0.001 0.005 0.023 130 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 131 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 132 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 133 F 0.775 0.005 0.002 0.001 0.035 0.182 134 G 0.224 0.006 0.013 0.003 0.269 0.485 135 S 0.054 0.009 0.025 0.004 0.402 0.506 136 E 0.023 0.019 0.033 0.007 0.418 0.501 137 H 0.005 0.011 0.026 0.014 0.483 0.459 138 S 0.004 0.002 0.016 0.055 0.280 0.643 139 Q 0.002 0.001 0.044 0.709 0.175 0.069 140 R 0.002 0.001 0.026 0.862 0.078 0.031 141 T 0.007 0.003 0.037 0.877 0.057 0.020 142 H 0.012 0.002 0.033 0.859 0.061 0.034 143 Q 0.014 0.001 0.022 0.903 0.040 0.020 144 L 0.004 0.003 0.027 0.938 0.021 0.008 145 L 0.005 0.001 0.035 0.921 0.029 0.010 146 E 0.003 0.001 0.044 0.921 0.023 0.009 147 A 0.006 0.001 0.050 0.860 0.060 0.024 148 S 0.005 0.001 0.021 0.609 0.144 0.222 149 N 0.002 0.001 0.001 0.002 0.072 0.923 150 T 0.019 0.003 0.001 0.001 0.104 0.873 151 P 0.078 0.001 0.001 0.001 0.054 0.866 152 V 0.972 0.003 0.001 0.001 0.003 0.021 153 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 154 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 155 I 0.916 0.002 0.001 0.001 0.021 0.059 156 A 0.332 0.004 0.006 0.002 0.251 0.405 157 E 0.125 0.016 0.016 0.006 0.477 0.360 158 L 0.068 0.032 0.021 0.005 0.469 0.405 159 S 0.040 0.042 0.060 0.012 0.632 0.214 160 S 0.014 0.008 0.074 0.017 0.638 0.250 161 K 0.030 0.016 0.143 0.024 0.638 0.149 162 A 0.039 0.008 0.102 0.027 0.621 0.202 163 S 0.101 0.013 0.049 0.017 0.401 0.420 164 Y 0.287 0.037 0.038 0.012 0.348 0.277 165 L 0.313 0.009 0.029 0.014 0.239 0.396 166 N 0.733 0.013 0.020 0.012 0.096 0.126 167 I 0.847 0.016 0.008 0.009 0.049 0.070 168 G 0.751 0.019 0.007 0.014 0.117 0.093 169 V 0.418 0.015 0.011 0.026 0.298 0.230 170 D 0.072 0.014 0.008 0.027 0.402 0.477 171 H 0.007 0.003 0.022 0.573 0.292 0.102 172 F 0.001 0.001 0.010 0.934 0.040 0.015 173 E 0.001 0.001 0.004 0.978 0.012 0.004 174 V 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 175 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 176 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 177 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 178 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 179 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 181 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 182 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 183 I 0.001 0.001 0.005 0.981 0.011 0.004 184 E 0.001 0.001 0.010 0.924 0.044 0.022 185 Q 0.001 0.001 0.012 0.720 0.119 0.147 186 G 0.004 0.002 0.009 0.052 0.238 0.694 187 F 0.041 0.004 0.009 0.011 0.326 0.608 188 K 0.269 0.004 0.023 0.011 0.326 0.367 189 N 0.872 0.005 0.006 0.003 0.056 0.057 190 V 0.975 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 191 G 0.981 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 192 F 0.965 0.002 0.001 0.004 0.007 0.021 193 I 0.881 0.004 0.002 0.007 0.025 0.082 194 G 0.509 0.009 0.004 0.013 0.119 0.347 195 A 0.112 0.012 0.004 0.007 0.235 0.630 196 R 0.040 0.016 0.027 0.016 0.576 0.325 197 G 0.012 0.007 0.073 0.036 0.684 0.188 198 N 0.011 0.007 0.074 0.076 0.637 0.195 199 H 0.014 0.013 0.044 0.182 0.494 0.254 200 S 0.012 0.010 0.021 0.389 0.227 0.341 201 T 0.019 0.016 0.022 0.604 0.117 0.222 202 L 0.006 0.002 0.013 0.936 0.024 0.020 203 Q 0.004 0.001 0.011 0.954 0.019 0.010 204 R 0.003 0.001 0.011 0.956 0.017 0.013 205 Q 0.002 0.001 0.006 0.964 0.013 0.015 206 L 0.001 0.001 0.002 0.981 0.007 0.010 207 H 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.009 208 G 0.001 0.001 0.001 0.972 0.004 0.022 209 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 210 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 211 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 212 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 213 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 214 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 215 E 0.001 0.001 0.003 0.980 0.010 0.008 216 N 0.001 0.001 0.004 0.901 0.025 0.069 217 Y 0.001 0.001 0.001 0.024 0.068 0.906 218 L 0.008 0.004 0.002 0.010 0.103 0.873 219 T 0.054 0.013 0.004 0.011 0.119 0.799 220 P 0.138 0.053 0.009 0.026 0.179 0.595 221 D 0.089 0.005 0.012 0.025 0.138 0.731 222 H 0.106 0.008 0.246 0.239 0.211 0.190 223 F 0.116 0.006 0.249 0.334 0.174 0.121 224 L 0.172 0.007 0.222 0.327 0.164 0.107 225 T 0.249 0.019 0.080 0.350 0.138 0.165 226 T 0.293 0.030 0.046 0.286 0.153 0.193 227 H 0.216 0.015 0.042 0.189 0.229 0.308 228 E 0.066 0.005 0.024 0.080 0.347 0.478 229 A 0.050 0.014 0.030 0.051 0.424 0.432 230 P 0.041 0.024 0.025 0.061 0.424 0.425 231 S 0.022 0.016 0.020 0.074 0.397 0.471 232 S 0.004 0.002 0.084 0.589 0.233 0.088 233 Q 0.002 0.001 0.058 0.781 0.125 0.034 234 L 0.003 0.002 0.045 0.830 0.091 0.029 235 G 0.004 0.003 0.012 0.910 0.029 0.042 236 A 0.004 0.001 0.004 0.959 0.014 0.019 237 E 0.002 0.001 0.004 0.979 0.008 0.007 238 G 0.001 0.001 0.005 0.982 0.006 0.006 239 L 0.001 0.001 0.003 0.981 0.006 0.008 240 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.004 241 K 0.001 0.001 0.006 0.978 0.010 0.006 242 L 0.001 0.001 0.008 0.977 0.009 0.006 243 L 0.001 0.001 0.027 0.934 0.025 0.013 244 L 0.001 0.001 0.031 0.856 0.074 0.037 245 R 0.002 0.001 0.035 0.554 0.201 0.208 246 D 0.004 0.002 0.020 0.052 0.470 0.452 247 S 0.009 0.017 0.027 0.020 0.489 0.439 248 S 0.027 0.007 0.013 0.004 0.649 0.299 249 L 0.085 0.001 0.006 0.002 0.611 0.295 250 N 0.550 0.005 0.002 0.001 0.178 0.263 251 A 0.986 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 252 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 253 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 254 C 0.913 0.004 0.001 0.001 0.011 0.070 255 S 0.294 0.009 0.002 0.002 0.087 0.607 256 H 0.013 0.003 0.001 0.003 0.097 0.883 257 E 0.001 0.001 0.029 0.857 0.075 0.037 258 E 0.001 0.001 0.012 0.964 0.022 0.002 259 I 0.001 0.001 0.009 0.973 0.015 0.001 260 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 261 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 262 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 263 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 264 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 265 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 266 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 267 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 268 H 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 269 R 0.001 0.001 0.003 0.975 0.011 0.010 270 R 0.001 0.001 0.005 0.854 0.033 0.107 271 V 0.001 0.001 0.001 0.013 0.056 0.928 272 L 0.030 0.008 0.001 0.005 0.082 0.874 273 K 0.146 0.030 0.002 0.005 0.100 0.718 274 V 0.248 0.064 0.011 0.006 0.180 0.490 275 P 0.217 0.011 0.056 0.006 0.431 0.278 276 T 0.186 0.007 0.095 0.008 0.547 0.156 277 D 0.328 0.008 0.048 0.006 0.481 0.130 278 I 0.693 0.008 0.014 0.004 0.193 0.088 279 A 0.867 0.005 0.005 0.004 0.047 0.073 280 I 0.935 0.004 0.003 0.003 0.023 0.030 281 I 0.926 0.002 0.002 0.004 0.028 0.038 282 C 0.846 0.007 0.002 0.005 0.068 0.072 283 L 0.537 0.012 0.008 0.010 0.226 0.207 284 E 0.151 0.016 0.011 0.015 0.478 0.329 285 G 0.025 0.006 0.084 0.147 0.559 0.180 286 S 0.017 0.005 0.154 0.318 0.400 0.106 287 S 0.029 0.009 0.201 0.373 0.318 0.070 288 M 0.027 0.005 0.214 0.450 0.234 0.070 289 G 0.044 0.007 0.199 0.451 0.206 0.093 290 E 0.056 0.007 0.234 0.389 0.229 0.084 291 H 0.073 0.007 0.158 0.284 0.328 0.150 292 A 0.076 0.025 0.071 0.181 0.326 0.321 293 Y 0.068 0.010 0.027 0.045 0.325 0.524 294 P 0.089 0.007 0.023 0.028 0.309 0.545 295 S 0.134 0.015 0.022 0.026 0.272 0.531 296 L 0.333 0.010 0.026 0.045 0.233 0.353 297 T 0.554 0.012 0.020 0.048 0.121 0.246 298 S 0.658 0.020 0.028 0.038 0.096 0.160 299 A 0.612 0.013 0.033 0.049 0.120 0.173 300 E 0.388 0.012 0.025 0.049 0.188 0.338 301 F 0.220 0.019 0.013 0.059 0.230 0.458 302 D 0.076 0.015 0.006 0.050 0.158 0.695 303 Y 0.004 0.001 0.026 0.861 0.064 0.044 304 E 0.001 0.001 0.018 0.930 0.036 0.015 305 R 0.001 0.001 0.013 0.965 0.016 0.005 306 M 0.001 0.001 0.005 0.982 0.007 0.005 307 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.005 308 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 309 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.004 310 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 311 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 312 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 313 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 314 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 315 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 316 H 0.001 0.001 0.002 0.988 0.007 0.003 317 A 0.001 0.001 0.004 0.963 0.018 0.015 318 I 0.001 0.003 0.006 0.936 0.029 0.025 319 K 0.002 0.003 0.013 0.828 0.072 0.082 320 G 0.003 0.002 0.010 0.153 0.238 0.595 321 E 0.005 0.004 0.020 0.033 0.275 0.664 322 P 0.019 0.020 0.021 0.023 0.267 0.650 323 E 0.029 0.019 0.026 0.020 0.289 0.616 324 E 0.031 0.012 0.020 0.013 0.221 0.704 325 R 0.084 0.015 0.027 0.017 0.229 0.627 326 P 0.152 0.010 0.021 0.018 0.198 0.601 327 T 0.355 0.017 0.014 0.018 0.135 0.462 328 S 0.643 0.026 0.005 0.009 0.067 0.250 329 M 0.594 0.018 0.002 0.005 0.049 0.331 330 G 0.306 0.014 0.001 0.005 0.063 0.611 331 F 0.199 0.005 0.003 0.005 0.077 0.710 332 K 0.322 0.004 0.031 0.022 0.125 0.495 333 L 0.690 0.009 0.033 0.027 0.079 0.162 334 K 0.855 0.007 0.011 0.019 0.036 0.072 335 R 0.784 0.010 0.006 0.028 0.045 0.128 336 R 0.576 0.013 0.011 0.046 0.086 0.268 337 A 0.209 0.009 0.065 0.061 0.257 0.399 338 S 0.122 0.009 0.074 0.030 0.413 0.352 339 T 0.082 0.018 0.065 0.024 0.401 0.409 340 A 0.069 0.034 0.016 0.017 0.233 0.630 341 I 0.050 0.024 0.009 0.020 0.181 0.717 342 N 0.003 0.005 0.001 0.005 0.044 0.943