# TARGET T0441 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0441.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215.306 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.006 0.006 0.011 0.136 0.824 2 S 0.036 0.015 0.009 0.018 0.170 0.752 3 E 0.034 0.017 0.012 0.016 0.255 0.666 4 P 0.029 0.017 0.075 0.043 0.347 0.489 5 R 0.049 0.018 0.164 0.071 0.335 0.362 6 K 0.086 0.020 0.173 0.073 0.302 0.347 7 R 0.079 0.033 0.099 0.108 0.278 0.403 8 R 0.072 0.029 0.066 0.083 0.388 0.363 9 S 0.054 0.015 0.034 0.071 0.387 0.438 10 T 0.029 0.009 0.028 0.040 0.431 0.463 11 G 0.035 0.010 0.009 0.011 0.276 0.659 12 N 0.063 0.017 0.004 0.006 0.124 0.786 13 V 0.089 0.054 0.002 0.006 0.090 0.759 14 T 0.041 0.015 0.001 0.013 0.034 0.896 15 L 0.001 0.001 0.023 0.970 0.002 0.004 16 A 0.001 0.001 0.016 0.981 0.002 0.001 17 D 0.001 0.001 0.016 0.981 0.002 0.001 18 V 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.007 0.986 0.005 0.001 20 K 0.001 0.001 0.013 0.967 0.012 0.007 21 Q 0.002 0.001 0.009 0.950 0.014 0.024 22 A 0.002 0.004 0.007 0.864 0.022 0.101 23 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.028 0.961 24 V 0.010 0.011 0.003 0.027 0.091 0.858 25 G 0.026 0.011 0.008 0.032 0.131 0.793 26 T 0.058 0.011 0.074 0.445 0.186 0.226 27 M 0.101 0.014 0.102 0.481 0.155 0.146 28 T 0.086 0.008 0.113 0.679 0.057 0.057 29 V 0.036 0.003 0.061 0.854 0.024 0.022 30 S 0.019 0.003 0.083 0.835 0.039 0.020 31 R 0.013 0.002 0.107 0.824 0.038 0.016 32 A 0.023 0.005 0.132 0.705 0.090 0.045 33 L 0.011 0.008 0.069 0.740 0.106 0.066 34 R 0.007 0.007 0.039 0.571 0.155 0.220 35 T 0.002 0.005 0.007 0.055 0.255 0.676 36 P 0.001 0.004 0.219 0.116 0.474 0.186 37 E 0.003 0.004 0.329 0.132 0.469 0.064 38 L 0.005 0.009 0.344 0.088 0.462 0.091 39 V 0.009 0.030 0.036 0.093 0.367 0.464 40 S 0.006 0.009 0.003 0.082 0.117 0.784 41 D 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.003 42 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 43 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 48 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 52 D 0.001 0.001 0.010 0.987 0.002 0.001 53 E 0.001 0.001 0.011 0.979 0.005 0.005 54 L 0.001 0.001 0.008 0.888 0.018 0.086 55 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.992 56 Y 0.004 0.006 0.001 0.001 0.013 0.976 57 I 0.049 0.022 0.002 0.002 0.042 0.883 58 P 0.066 0.019 0.013 0.043 0.079 0.780 59 N 0.029 0.010 0.047 0.287 0.113 0.513 60 K 0.013 0.002 0.108 0.742 0.065 0.070 61 A 0.005 0.001 0.029 0.926 0.021 0.018 62 A 0.005 0.001 0.029 0.922 0.028 0.014 63 G 0.004 0.001 0.016 0.958 0.015 0.006 64 A 0.004 0.001 0.025 0.920 0.036 0.012 65 L 0.004 0.002 0.024 0.903 0.055 0.013 66 A 0.003 0.001 0.019 0.885 0.067 0.025 67 S 0.005 0.003 0.021 0.694 0.166 0.111 68 A 0.012 0.005 0.045 0.227 0.379 0.332 69 E 0.070 0.014 0.069 0.068 0.413 0.366 70 S 0.156 0.012 0.058 0.028 0.495 0.251 71 Y 0.340 0.004 0.020 0.009 0.326 0.300 72 S 0.832 0.004 0.002 0.003 0.051 0.107 73 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 74 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 75 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 76 I 0.957 0.002 0.001 0.001 0.006 0.034 77 I 0.765 0.005 0.001 0.002 0.087 0.140 78 P 0.299 0.010 0.009 0.003 0.377 0.302 79 S 0.057 0.015 0.018 0.007 0.701 0.203 80 L 0.035 0.066 0.029 0.012 0.728 0.130 81 F 0.029 0.051 0.011 0.016 0.535 0.358 82 E 0.008 0.008 0.006 0.035 0.561 0.381 83 K 0.001 0.001 0.025 0.881 0.078 0.015 84 A 0.002 0.002 0.036 0.878 0.067 0.016 85 C 0.002 0.002 0.046 0.907 0.034 0.009 86 A 0.003 0.001 0.024 0.946 0.016 0.010 87 H 0.002 0.002 0.022 0.960 0.008 0.006 88 F 0.001 0.001 0.016 0.974 0.005 0.004 89 L 0.001 0.001 0.007 0.979 0.006 0.006 90 P 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.002 91 S 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 92 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 97 N 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 98 K 0.001 0.001 0.010 0.977 0.008 0.005 99 A 0.001 0.001 0.014 0.809 0.052 0.124 100 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.950 101 Y 0.047 0.002 0.001 0.001 0.057 0.894 102 Q 0.852 0.002 0.001 0.001 0.023 0.123 103 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 104 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 105 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 106 G 0.885 0.001 0.001 0.001 0.019 0.093 107 Y 0.371 0.004 0.003 0.001 0.152 0.468 108 S 0.077 0.009 0.006 0.004 0.347 0.557 109 D 0.020 0.009 0.034 0.018 0.503 0.417 110 Y 0.012 0.015 0.022 0.047 0.514 0.391 111 S 0.006 0.007 0.005 0.090 0.257 0.636 112 I 0.001 0.001 0.007 0.981 0.007 0.005 113 E 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.006 0.990 0.003 0.001 115 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 116 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 117 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 120 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 121 T 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 122 F 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.003 123 L 0.001 0.001 0.009 0.966 0.021 0.004 124 E 0.001 0.001 0.007 0.921 0.054 0.017 125 S 0.001 0.002 0.009 0.736 0.115 0.137 126 R 0.003 0.008 0.003 0.007 0.440 0.538 127 P 0.009 0.003 0.006 0.001 0.533 0.450 128 A 0.097 0.002 0.010 0.001 0.620 0.270 129 G 0.940 0.003 0.001 0.001 0.037 0.019 130 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 131 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 133 F 0.706 0.003 0.001 0.001 0.036 0.254 134 G 0.189 0.006 0.004 0.001 0.261 0.539 135 S 0.058 0.013 0.024 0.002 0.496 0.407 136 E 0.031 0.020 0.058 0.010 0.595 0.287 137 H 0.025 0.028 0.022 0.017 0.550 0.357 138 S 0.009 0.007 0.004 0.033 0.232 0.715 139 Q 0.001 0.001 0.014 0.906 0.047 0.032 140 R 0.001 0.001 0.007 0.977 0.011 0.004 141 T 0.001 0.001 0.005 0.982 0.007 0.004 142 H 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 143 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 144 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 145 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 146 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 147 A 0.001 0.001 0.008 0.961 0.011 0.019 148 S 0.001 0.001 0.016 0.672 0.073 0.237 149 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.941 150 T 0.017 0.001 0.001 0.001 0.089 0.892 151 P 0.232 0.002 0.001 0.001 0.100 0.665 152 V 0.962 0.003 0.001 0.001 0.006 0.028 153 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 154 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 155 I 0.956 0.001 0.001 0.002 0.007 0.035 156 A 0.656 0.002 0.002 0.004 0.087 0.248 157 E 0.394 0.006 0.015 0.013 0.237 0.335 158 L 0.189 0.020 0.045 0.023 0.282 0.442 159 S 0.128 0.022 0.057 0.030 0.514 0.250 160 S 0.048 0.008 0.114 0.049 0.525 0.256 161 K 0.038 0.009 0.168 0.060 0.503 0.223 162 A 0.061 0.019 0.150 0.068 0.509 0.194 163 S 0.088 0.019 0.100 0.054 0.349 0.390 164 Y 0.145 0.022 0.163 0.086 0.338 0.246 165 L 0.230 0.011 0.123 0.077 0.307 0.253 166 N 0.410 0.015 0.094 0.071 0.214 0.197 167 I 0.517 0.042 0.020 0.067 0.133 0.220 168 G 0.378 0.037 0.010 0.050 0.184 0.342 169 V 0.163 0.036 0.021 0.103 0.283 0.394 170 D 0.046 0.015 0.015 0.084 0.299 0.541 171 H 0.011 0.005 0.026 0.606 0.159 0.193 172 F 0.001 0.001 0.015 0.955 0.019 0.010 173 E 0.001 0.001 0.010 0.980 0.006 0.003 174 V 0.001 0.001 0.010 0.983 0.004 0.002 175 G 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 176 K 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 177 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 178 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 179 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 181 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 183 I 0.001 0.001 0.005 0.993 0.002 0.001 184 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 185 Q 0.001 0.001 0.007 0.945 0.019 0.028 186 G 0.001 0.001 0.003 0.012 0.053 0.931 187 F 0.046 0.012 0.026 0.008 0.186 0.722 188 K 0.450 0.007 0.025 0.005 0.207 0.306 189 N 0.834 0.003 0.010 0.003 0.047 0.101 190 V 0.970 0.002 0.002 0.002 0.007 0.018 191 G 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 192 F 0.984 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 193 I 0.928 0.005 0.002 0.002 0.015 0.048 194 G 0.513 0.007 0.004 0.002 0.126 0.347 195 A 0.136 0.011 0.008 0.001 0.302 0.541 196 R 0.046 0.022 0.024 0.004 0.614 0.291 197 G 0.021 0.022 0.029 0.008 0.632 0.288 198 N 0.010 0.009 0.033 0.023 0.616 0.309 199 H 0.014 0.018 0.036 0.185 0.395 0.352 200 S 0.015 0.014 0.021 0.491 0.171 0.288 201 T 0.005 0.005 0.013 0.812 0.079 0.086 202 L 0.002 0.001 0.009 0.954 0.017 0.018 203 Q 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.002 204 R 0.001 0.001 0.011 0.979 0.006 0.003 205 Q 0.001 0.001 0.009 0.981 0.004 0.005 206 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 207 H 0.001 0.001 0.002 0.980 0.007 0.010 208 G 0.001 0.001 0.002 0.986 0.004 0.008 209 W 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 210 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 211 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 212 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 213 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 214 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 215 E 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 216 N 0.001 0.001 0.006 0.961 0.005 0.028 217 Y 0.001 0.001 0.002 0.007 0.024 0.966 218 L 0.004 0.009 0.002 0.001 0.057 0.928 219 T 0.026 0.010 0.006 0.001 0.230 0.727 220 P 0.025 0.011 0.057 0.006 0.436 0.465 221 D 0.034 0.007 0.070 0.006 0.543 0.340 222 H 0.103 0.007 0.153 0.016 0.530 0.191 223 F 0.318 0.013 0.050 0.030 0.282 0.307 224 L 0.692 0.020 0.025 0.031 0.113 0.119 225 T 0.834 0.019 0.007 0.019 0.044 0.077 226 T 0.789 0.018 0.004 0.014 0.071 0.103 227 H 0.480 0.018 0.006 0.018 0.204 0.274 228 E 0.174 0.017 0.008 0.021 0.332 0.447 229 A 0.057 0.017 0.016 0.042 0.506 0.362 230 P 0.030 0.031 0.047 0.140 0.486 0.266 231 S 0.027 0.036 0.036 0.170 0.450 0.281 232 S 0.017 0.011 0.070 0.483 0.262 0.157 233 Q 0.008 0.004 0.046 0.751 0.131 0.060 234 L 0.011 0.005 0.032 0.703 0.142 0.108 235 G 0.008 0.003 0.009 0.844 0.049 0.086 236 A 0.004 0.001 0.002 0.976 0.007 0.011 237 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 238 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.002 239 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 240 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 241 K 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.002 242 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 243 L 0.001 0.001 0.007 0.972 0.011 0.009 244 L 0.001 0.001 0.011 0.881 0.057 0.049 245 R 0.001 0.002 0.021 0.578 0.213 0.185 246 D 0.001 0.003 0.019 0.074 0.451 0.453 247 S 0.001 0.002 0.045 0.021 0.606 0.324 248 S 0.005 0.004 0.010 0.001 0.532 0.447 249 L 0.034 0.004 0.004 0.001 0.429 0.528 250 N 0.293 0.005 0.002 0.001 0.196 0.503 251 A 0.978 0.003 0.001 0.001 0.005 0.014 252 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 253 V 0.991 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 254 C 0.906 0.002 0.002 0.031 0.016 0.044 255 S 0.220 0.004 0.011 0.082 0.139 0.544 256 H 0.026 0.003 0.016 0.156 0.214 0.585 257 E 0.002 0.001 0.020 0.927 0.034 0.016 258 E 0.001 0.001 0.006 0.990 0.003 0.001 259 I 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 260 A 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 261 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 262 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 263 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 264 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 265 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 266 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 267 C 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 268 H 0.001 0.001 0.009 0.981 0.005 0.004 269 R 0.001 0.001 0.010 0.975 0.008 0.007 270 R 0.001 0.001 0.009 0.923 0.018 0.048 271 V 0.004 0.001 0.004 0.043 0.044 0.905 272 L 0.061 0.009 0.004 0.008 0.053 0.864 273 K 0.336 0.022 0.007 0.006 0.061 0.568 274 V 0.329 0.014 0.012 0.003 0.107 0.535 275 P 0.279 0.015 0.052 0.005 0.292 0.356 276 T 0.190 0.003 0.069 0.003 0.467 0.269 277 D 0.378 0.005 0.043 0.003 0.384 0.188 278 I 0.852 0.005 0.004 0.002 0.070 0.067 279 A 0.966 0.002 0.001 0.001 0.011 0.020 280 I 0.987 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 281 I 0.976 0.001 0.001 0.003 0.004 0.015 282 C 0.914 0.002 0.001 0.004 0.027 0.053 283 L 0.692 0.009 0.002 0.010 0.174 0.114 284 E 0.177 0.008 0.006 0.011 0.589 0.209 285 G 0.076 0.019 0.019 0.083 0.606 0.196 286 S 0.056 0.024 0.042 0.126 0.472 0.280 287 S 0.043 0.027 0.083 0.329 0.310 0.209 288 M 0.008 0.006 0.226 0.608 0.114 0.038 289 G 0.015 0.005 0.294 0.523 0.127 0.036 290 E 0.015 0.002 0.345 0.462 0.141 0.036 291 H 0.030 0.011 0.128 0.503 0.187 0.141 292 A 0.037 0.027 0.050 0.430 0.209 0.248 293 Y 0.033 0.015 0.013 0.057 0.400 0.482 294 P 0.023 0.008 0.030 0.070 0.462 0.407 295 S 0.064 0.021 0.049 0.046 0.502 0.318 296 L 0.190 0.019 0.085 0.051 0.359 0.296 297 T 0.244 0.019 0.083 0.167 0.197 0.291 298 S 0.369 0.023 0.093 0.128 0.202 0.185 299 A 0.395 0.015 0.034 0.087 0.220 0.249 300 E 0.293 0.015 0.018 0.048 0.229 0.396 301 F 0.099 0.027 0.007 0.042 0.274 0.552 302 D 0.026 0.012 0.009 0.071 0.133 0.749 303 Y 0.001 0.001 0.068 0.906 0.016 0.008 304 E 0.001 0.001 0.065 0.914 0.015 0.004 305 R 0.001 0.001 0.038 0.952 0.007 0.002 306 M 0.001 0.001 0.014 0.972 0.006 0.007 307 G 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.003 308 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 309 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 310 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 311 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 312 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 313 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 314 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 315 L 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 316 H 0.001 0.001 0.006 0.992 0.002 0.001 317 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 318 I 0.001 0.001 0.004 0.967 0.022 0.006 319 K 0.001 0.002 0.006 0.729 0.174 0.088 320 G 0.001 0.001 0.008 0.027 0.581 0.382 321 E 0.001 0.002 0.021 0.003 0.741 0.232 322 P 0.012 0.009 0.074 0.004 0.542 0.360 323 E 0.033 0.014 0.078 0.008 0.494 0.372 324 E 0.061 0.010 0.035 0.007 0.414 0.474 325 R 0.127 0.014 0.009 0.004 0.200 0.646 326 P 0.487 0.015 0.009 0.003 0.112 0.374 327 T 0.787 0.009 0.005 0.002 0.035 0.162 328 S 0.903 0.008 0.003 0.001 0.026 0.060 329 M 0.890 0.006 0.002 0.001 0.035 0.067 330 G 0.782 0.002 0.001 0.001 0.075 0.139 331 F 0.834 0.001 0.001 0.001 0.047 0.116 332 K 0.869 0.001 0.001 0.001 0.030 0.098 333 L 0.955 0.002 0.001 0.002 0.012 0.029 334 K 0.965 0.001 0.001 0.002 0.008 0.022 335 R 0.967 0.001 0.001 0.003 0.009 0.019 336 R 0.923 0.002 0.001 0.004 0.028 0.042 337 A 0.772 0.007 0.006 0.014 0.088 0.113 338 S 0.522 0.013 0.020 0.022 0.227 0.196 339 T 0.363 0.019 0.027 0.021 0.225 0.347 340 A 0.177 0.016 0.022 0.022 0.236 0.528 341 I 0.067 0.028 0.007 0.019 0.134 0.745 342 N 0.013 0.005 0.001 0.003 0.051 0.928