This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA K A 3 3 NATAA R A 4 4 NATAA D A 5 5 NATAA G A 6 6 NATAA H A 7 7 NATAA T A 8 8 NATAA H A 9 9 NATAA T A 10 10 NATAA E A 11 11 NATAA F A 12 12 NATRO C A 13 13 NATRO P A 14 14 NATAA H A 15 15 NATAA G A 16 16 NATAA T A 17 17 NATAA H A 18 18 NATAA D A 19 19 NATAA D A 20 20 NATAA V A 21 21 NATAA E A 22 22 NATAA E A 23 23 NATAA M A 24 24 NATAA V A 25 25 NATAA L A 26 26 NATAA K A 27 27 NATAA A A 28 28 NATAA I A 29 29 NATAA E A 30 30 NATAA L A 31 31 NATAA D A 32 32 NATAA F A 33 33 NATAA D A 34 34 NATAA E A 35 35 NATAA Y A 36 36 NATAA S A 37 37 NATAA I A 38 38 NATAA V A 39 39 NATAA E A 40 40 NATAA H A 41 41 NATAA A A 42 42 NATRO P A 43 43 NATAA L A 44 44 NATAA S A 45 45 NATAA S A 46 46 NATAA E A 47 47 NATAA F A 48 48 NATAA M A 49 49 NATAA K A 50 50 NATAA N A 51 51 NATAA T A 52 52 NATAA A A 53 53 NATAA G A 54 54 NATAA D A 55 55 NATAA K A 56 56 NATAA E A 57 57 NATAA A A 58 58 NATAA V A 59 59 NATAA T A 60 60 NATAA T A 61 61 NATAA A A 62 62 NATAA S A 63 63 NATAA M A 64 64 NATAA A A 65 65 NATAA M A 66 66 NATAA S A 67 67 NATAA D A 68 68 NATAA L A 69 69 NATRO P A 70 70 NATAA Y A 71 71 NATAA Y A 72 72 NATAA F A 73 73 NATAA K A 74 74 NATAA K A 75 75 NATAA M A 76 76 NATAA N A 77 77 NATAA H A 78 78 NATAA I A 79 79 NATAA K A 80 80 NATAA K A 81 81 NATAA K A 82 82 NATAA Y A 83 83 NATAA A A 84 84 NATAA S A 85 85 NATAA D A 86 86 NATAA L A 87 87 NATAA L A 88 88 NATAA I A 89 89 NATAA H A 90 90 NATAA I A 91 91 NATAA G A 92 92 NATAA F A 93 93 NATAA E A 94 94 NATAA V A 95 95 NATAA D A 96 96 NATAA Y A 97 97 NATAA L A 98 98 NATAA I A 99 99 NATAA G A 100 100 NATAA Y A 101 101 NATAA E A 102 102 NATAA D A 103 103 NATAA F A 104 104 NATAA T A 105 105 NATAA R A 106 106 NATAA D A 107 107 NATAA F A 108 108 NATAA L A 109 109 NATAA N A 110 110 NATAA E A 111 111 NATAA Y A 112 112 NATAA G A 113 113 NATRO P A 114 114 NATAA Q A 115 115 NATAA T A 116 116 NATAA D A 117 117 NATAA D A 118 118 NATAA G A 119 119 NATAA V A 120 120 NATAA L A 121 121 NATAA S A 122 122 NATAA L A 123 123 NATAA H A 124 124 NATAA F A 125 125 NATAA L A 126 126 NATAA E A 127 127 NATAA G A 128 128 NATAA Q A 129 129 NATAA G A 130 130 NATAA G A 131 131 NATAA F A 132 132 NATAA R A 133 133 NATAA S A 134 134 NATAA I A 135 135 NATAA D A 136 136 NATAA F A 137 137 NATAA S A 138 138 NATAA A A 139 139 NATAA E A 140 140 NATAA D A 141 141 NATAA Y A 142 142 NATAA N A 143 143 NATAA E A 144 144 NATAA G A 145 145 NATAA I A 146 146 NATAA V A 147 147 NATAA Q A 148 148 NATAA F A 149 149 NATAA Y A 150 150 NATAA G A 151 151 NATAA G A 152 152 NATAA F A 153 153 NATAA E A 154 154 NATAA Q A 155 155 NATAA A A 156 156 NATAA Q A 157 157 NATAA L A 158 158 NATAA A A 159 159 NATAA Y A 160 160 NATAA L A 161 161 NATAA E A 162 162 NATAA G A 163 163 NATAA V A 164 164 NATAA K A 165 165 NATAA Q A 166 166 NATAA S A 167 167 NATAA I A 168 168 NATAA E A 169 169 NATAA A A 170 170 NATAA D A 171 171 NATAA L A 172 172 NATAA G A 173 173 NATAA L A 174 174 NATAA F A 175 175 NATAA K A 176 176 NATRO P A 177 177 NATAA R A 178 178 NATAA R A 179 179 NATAA M A 180 180 NATAA G A 181 181 NATAA H A 182 182 NATAA I A 183 183 NATAA S A 184 184 NATAA L A 185 185 NATRO C A 186 186 NATAA Q A 187 187 NATAA K A 188 188 NATAA F A 189 189 NATAA Q A 190 190 NATAA Q A 191 191 NATAA F A 192 192 NATAA F A 193 193 NATAA G A 194 194 NATAA E A 195 195 NATAA D A 196 196 NATAA T A 197 197 NATAA S A 198 198 NATAA D A 199 199 NATAA F A 200 200 NATAA S A 201 201 NATAA E A 202 202 NATAA E A 203 203 NATAA V A 204 204 NATAA M A 205 205 NATAA E A 206 206 NATAA K A 207 207 NATAA F A 208 208 NATAA R A 209 209 NATAA V A 210 210 NATAA I A 211 211 NATAA L A 212 212 NATAA A A 213 213 NATAA L A 214 214 NATAA V A 215 215 NATAA K A 216 216 NATAA K A 217 217 NATAA R A 218 218 NATAA D A 219 219 NATAA Y A 220 220 NATAA E A 221 221 NATAA L A 222 222 NATAA D A 223 223 NATAA F A 224 224 NATAA N A 225 225 NATAA T A 226 226 NATAA A A 227 227 NATAA G A 228 228 NATAA L A 229 229 NATAA F A 230 230 NATAA K A 231 231 NATRO P A 232 232 NATAA L A 233 233 NATRO C A 234 234 NATAA G A 235 235 NATAA E A 236 236 NATAA T A 237 237 NATAA Y A 238 238 NATRO P A 239 239 NATRO P A 240 240 NATAA K A 241 241 NATAA K A 242 242 NATAA I A 243 243 NATAA V A 244 244 NATAA T A 245 245 NATAA L A 246 246 NATAA A A 247 247 NATAA S A 248 248 NATAA E A 249 249 NATAA L A 250 250 NATAA Q A 251 251 NATAA I A 252 252 NATRO P A 253 253 NATAA F A 254 254 NATAA V A 255 255 NATAA Y A 256 256 NATAA G A 257 257 NATAA S A 258 258 NATAA D A 259 259 NATAA S A 260 260 NATAA H A 261 261 NATAA G A 262 262 NATAA V A 263 263 NATAA Q A 264 264 NATAA D A 265 265 NATAA I A 266 266 NATAA G A 267 267 NATAA R A 268 268 NATAA G A 269 269 NATAA Y A 270 270 NATAA S A 271 271 NATAA T A 272 272 NATAA Y A 273 273 NATRO C A 274 274 NATAA Q A 275 275 NATAA K A 276 276 NATAA M A 277 277 NATAA K A 278 278 NATAA R A 279 279 NATAA D A 280 280 NATAA G A 281 281 NATAA H A 282 282 NATAA T A 283 283 NATAA H A 284 284 NATAA T A 285 285 NATAA E A 286 286 NATAA F A 287 287 NATRO C A 288 288 NATRO P A 289 289 NATAA H A 290 290 NATAA G A 291 291 NATAA T A 292 292 NATAA H A 293 293 NATAA D A 294 294 NATAA D A 295 295 NATAA V A 296 296 NATAA E A 297 297 NATAA E A 298 298 NATAA M A 299 299 NATAA V A 300 300 NATAA L A 301 301 NATAA K A 302 302 NATAA A A 303 303 NATAA I A 304 304 NATAA E A 305 305 NATAA L A 306 306 NATAA D A 307 307 NATAA F A 308 308 NATAA D A 309 309 NATAA E A 310 310 NATAA Y A 311 311 NATAA S A 312 312 NATAA I A 313 313 NATAA V A 314 314 NATAA E A 315 315 NATAA H A 316 316 NATAA A A 317 317 NATRO P A 318 318 NATAA L A 319 319 NATAA S A 320 320 NATAA S A 321 321 NATAA E A 322 322 NATAA F A 323 323 NATAA M A 324 324 NATAA K A 325 325 NATAA N A 326 326 NATAA T A 327 327 NATAA A A 328 328 NATAA G A 329 329 NATAA D A 330 330 NATAA K A 331 331 NATAA E A 332 332 NATAA A A 333 333 NATAA V A 334 334 NATAA T A 335 335 NATAA T A 336 336 NATAA A A 337 337 NATAA S A 338 338 NATAA M A 339 339 NATAA A A 340 340 NATAA M A 341 341 NATAA S A 342 342 NATAA D A 343 343 NATAA L A 344 344 NATRO P A 345 345 NATAA Y A 346 346 NATAA Y A 347 347 NATAA F A 348 348 NATAA K A 349 349 NATAA K A 350 350 NATAA M A 351 351 NATAA N A 352 352 NATAA H A 353 353 NATAA I A 354 354 NATAA K A 355 355 NATAA K A 356 356 NATAA K A 357 357 NATAA Y A 358 358 NATAA A A 359 359 NATAA S A 360 360 NATAA D A 361 361 NATAA L A 362 362 NATAA L A 363 363 NATAA I A 364 364 NATAA H A 365 365 NATAA I A 366 366 NATAA G A 367 367 NATAA F A 368 368 NATAA E A 369 369 NATAA V A 370 370 NATAA D A 371 371 NATAA Y A 372 372 NATAA L A 373 373 NATAA I A 374 374 NATAA G A 375 375 NATAA Y A 376 376 NATAA E A 377 377 NATAA D A 378 378 NATAA F A 379 379 NATAA T A 380 380 NATAA R A 381 381 NATAA D A 382 382 NATAA F A 383 383 NATAA L A 384 384 NATAA N A 385 385 NATAA E A 386 386 NATAA Y A 387 387 NATAA G A 388 388 NATRO P A 389 389 NATAA Q A 390 390 NATAA T A 391 391 NATAA D A 392 392 NATAA D A 393 393 NATAA G A 394 394 NATAA V A 395 395 NATAA L A 396 396 NATAA S A 397 397 NATAA L A 398 398 NATAA H A 399 399 NATAA F A 400 400 NATAA L A 401 401 NATAA E A 402 402 NATAA G A 403 403 NATAA Q A 404 404 NATAA G A 405 405 NATAA G A 406 406 NATAA F A 407 407 NATAA R A 408 408 NATAA S A 409 409 NATAA I A 410 410 NATAA D A 411 411 NATAA F A 412 412 NATAA S A 413 413 NATAA A A 414 414 NATAA E A 415 415 NATAA D A 416 416 NATAA Y A 417 417 NATAA N A 418 418 NATAA E A 419 419 NATAA G A 420 420 NATAA I A 421 421 NATAA V A 422 422 NATAA Q A 423 423 NATAA F A 424 424 NATAA Y A 425 425 NATAA G A 426 426 NATAA G A 427 427 NATAA F A 428 428 NATAA E A 429 429 NATAA Q A 430 430 NATAA A A 431 431 NATAA Q A 432 432 NATAA L A 433 433 NATAA A A 434 434 NATAA Y A 435 435 NATAA L A 436 436 NATAA E A 437 437 NATAA G A 438 438 NATAA V A 439 439 NATAA K A 440 440 NATAA Q A 441 441 NATAA S A 442 442 NATAA I A 443 443 NATAA E A 444 444 NATAA A A 445 445 NATAA D A 446 446 NATAA L A 447 447 NATAA G A 448 448 NATAA L A 449 449 NATAA F A 450 450 NATAA K A 451 451 NATRO P A 452 452 NATAA R A 453 453 NATAA R A 454 454 NATAA M A 455 455 NATAA G A 456 456 NATAA H A 457 457 NATAA I A 458 458 NATAA S A 459 459 NATAA L A 460 460 NATRO C A 461 461 NATAA Q A 462 462 NATAA K A 463 463 NATAA F A 464 464 NATAA Q A 465 465 NATAA Q A 466 466 NATAA F A 467 467 NATAA F A 468 468 NATAA G A 469 469 NATAA E A 470 470 NATAA D A 471 471 NATAA T A 472 472 NATAA S A 473 473 NATAA D A 474 474 NATAA F A 475 475 NATAA S A 476 476 NATAA E A 477 477 NATAA E A 478 478 NATAA V A 479 479 NATAA M A 480 480 NATAA E A 481 481 NATAA K A 482 482 NATAA F A 483 483 NATAA R A 484 484 NATAA V A 485 485 NATAA I A 486 486 NATAA L A 487 487 NATAA A A 488 488 NATAA L A 489 489 NATAA V A 490 490 NATAA K A 491 491 NATAA K A 492 492 NATAA R A 493 493 NATAA D A 494 494 NATAA Y A 495 495 NATAA E A 496 496 NATAA L A 497 497 NATAA D A 498 498 NATAA F A 499 499 NATAA N A 500 500 NATAA T A 501 501 NATAA A A 502 502 NATAA G A 503 503 NATAA L A 504 504 NATAA F A 505 505 NATAA K A 506 506 NATRO P A 507 507 NATAA L A 508 508 NATRO C A 509 509 NATAA G A 510 510 NATAA E A 511 511 NATAA T A 512 512 NATAA Y A 513 513 NATRO P A 514 514 NATRO P A 515 515 NATAA K A 516 516 NATAA K A 517 517 NATAA I A 518 518 NATAA V A 519 519 NATAA T A 520 520 NATAA L A 521 521 NATAA A A 522 522 NATAA S A 523 523 NATAA E A 524 524 NATAA L A 525 525 NATAA Q A 526 526 NATAA I A 527 527 NATRO P A 528 528 NATAA F A 529 529 NATAA V A 530 530 NATAA Y A 531 531 NATAA G A 532 532 NATAA S A 533 533 NATAA D A 534 534 NATAA S A 535 535 NATAA H A 536 536 NATAA G A 537 537 NATAA V A 538 538 NATAA Q A 539 539 NATAA D A 540 540 NATAA I A 541 541 NATAA G A 542 542 NATAA R A 543 543 NATAA G A 544 544 NATAA Y A 545 545 NATAA S A 546 546 NATAA T A 547 547 NATAA Y A 548 548 NATRO C A 549 549 NATAA Q A 550 550 NATAA K