# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 193 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.437 0.195 0.122 0.115 0.085 0.037 0.008 2 K 0.360 0.230 0.173 0.125 0.068 0.034 0.010 3 R 0.220 0.161 0.200 0.201 0.111 0.078 0.029 4 D 0.154 0.112 0.123 0.161 0.162 0.191 0.097 5 G 0.092 0.062 0.059 0.101 0.150 0.279 0.259 6 H 0.036 0.024 0.021 0.038 0.086 0.294 0.500 7 T 0.032 0.027 0.022 0.039 0.086 0.253 0.541 8 H 0.022 0.022 0.020 0.036 0.071 0.215 0.614 9 T 0.022 0.028 0.031 0.056 0.096 0.234 0.534 10 E 0.033 0.051 0.065 0.107 0.154 0.247 0.342 11 F 0.041 0.054 0.059 0.095 0.168 0.274 0.308 12 C 0.043 0.059 0.061 0.103 0.165 0.295 0.275 13 P 0.071 0.105 0.144 0.199 0.181 0.198 0.102 14 H 0.106 0.163 0.215 0.237 0.145 0.106 0.028 15 G 0.136 0.163 0.172 0.189 0.180 0.126 0.035 16 T 0.105 0.102 0.140 0.208 0.217 0.178 0.050 17 H 0.214 0.261 0.224 0.166 0.088 0.042 0.006 18 D 0.392 0.340 0.147 0.077 0.032 0.011 0.001 19 D 0.110 0.241 0.258 0.221 0.126 0.038 0.006 20 V 0.024 0.035 0.058 0.142 0.319 0.357 0.065 21 E 0.039 0.155 0.242 0.295 0.183 0.081 0.005 22 E 0.135 0.319 0.251 0.180 0.082 0.030 0.003 23 M 0.007 0.022 0.072 0.174 0.322 0.332 0.071 24 V 0.006 0.015 0.028 0.070 0.269 0.498 0.114 25 L 0.030 0.168 0.323 0.265 0.152 0.056 0.005 26 K 0.032 0.185 0.318 0.313 0.126 0.024 0.001 27 A 0.010 0.024 0.071 0.150 0.334 0.390 0.022 28 I 0.026 0.079 0.199 0.394 0.248 0.053 0.002 29 E 0.478 0.411 0.085 0.020 0.005 0.001 0.001 30 L 0.320 0.338 0.197 0.122 0.020 0.002 0.001 31 D 0.502 0.396 0.073 0.020 0.007 0.001 0.001 32 F 0.041 0.056 0.168 0.370 0.295 0.066 0.004 33 D 0.265 0.441 0.188 0.067 0.032 0.007 0.001 34 E 0.065 0.142 0.217 0.302 0.176 0.086 0.012 35 Y 0.014 0.019 0.033 0.066 0.227 0.446 0.195 36 S 0.012 0.019 0.032 0.070 0.129 0.332 0.407 37 I 0.005 0.006 0.010 0.024 0.059 0.212 0.685 38 V 0.004 0.009 0.013 0.029 0.089 0.294 0.560 39 E 0.007 0.017 0.031 0.065 0.160 0.313 0.406 40 H 0.011 0.026 0.030 0.065 0.135 0.331 0.403 41 A 0.023 0.043 0.068 0.140 0.258 0.296 0.172 42 P 0.066 0.143 0.175 0.225 0.176 0.150 0.065 43 L 0.044 0.074 0.125 0.184 0.269 0.230 0.074 44 S 0.106 0.148 0.167 0.206 0.181 0.143 0.049 45 S 0.145 0.172 0.196 0.210 0.147 0.101 0.028 46 E 0.222 0.206 0.180 0.185 0.113 0.074 0.020 47 F 0.157 0.147 0.150 0.177 0.189 0.148 0.033 48 M 0.186 0.154 0.148 0.176 0.176 0.130 0.029 49 K 0.255 0.238 0.187 0.165 0.090 0.055 0.010 50 N 0.271 0.195 0.173 0.164 0.123 0.064 0.010 51 T 0.418 0.231 0.134 0.106 0.075 0.032 0.004 52 A 0.532 0.271 0.102 0.053 0.029 0.012 0.001 53 G 0.485 0.261 0.121 0.083 0.035 0.014 0.002 54 D 0.429 0.227 0.158 0.109 0.053 0.022 0.002 55 K 0.408 0.203 0.194 0.128 0.049 0.016 0.002 56 E 0.625 0.228 0.085 0.039 0.016 0.006 0.001 57 A 0.259 0.223 0.206 0.191 0.083 0.036 0.003 58 V 0.191 0.195 0.220 0.213 0.116 0.061 0.004 59 T 0.329 0.268 0.182 0.126 0.061 0.031 0.003 60 T 0.313 0.249 0.178 0.137 0.079 0.037 0.006 61 A 0.144 0.149 0.154 0.212 0.212 0.116 0.014 62 S 0.124 0.234 0.229 0.197 0.130 0.078 0.008 63 M 0.094 0.118 0.156 0.215 0.220 0.169 0.029 64 A 0.091 0.170 0.191 0.214 0.191 0.127 0.015 65 M 0.092 0.144 0.224 0.247 0.191 0.093 0.009 66 S 0.274 0.320 0.204 0.122 0.060 0.018 0.002 67 D 0.185 0.277 0.216 0.171 0.107 0.040 0.004 68 L 0.036 0.069 0.148 0.278 0.303 0.156 0.010 69 P 0.255 0.432 0.203 0.074 0.028 0.007 0.001 70 Y 0.137 0.321 0.277 0.202 0.053 0.010 0.001 71 Y 0.011 0.033 0.079 0.163 0.396 0.302 0.016 72 F 0.012 0.061 0.191 0.416 0.245 0.074 0.002 73 K 0.327 0.537 0.099 0.026 0.010 0.002 0.001 74 K 0.032 0.154 0.312 0.384 0.101 0.017 0.001 75 M 0.008 0.020 0.056 0.144 0.447 0.316 0.008 76 N 0.111 0.405 0.334 0.119 0.027 0.004 0.001 77 H 0.172 0.440 0.263 0.108 0.015 0.002 0.001 78 I 0.013 0.029 0.089 0.230 0.452 0.182 0.004 79 K 0.035 0.127 0.287 0.377 0.156 0.018 0.001 80 K 0.493 0.467 0.034 0.005 0.002 0.001 0.001 81 K 0.211 0.402 0.231 0.137 0.018 0.001 0.001 82 Y 0.083 0.124 0.319 0.303 0.152 0.019 0.001 83 A 0.309 0.335 0.247 0.091 0.016 0.002 0.001 84 S 0.673 0.279 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 85 D 0.161 0.472 0.243 0.100 0.020 0.004 0.001 86 L 0.016 0.032 0.076 0.206 0.481 0.178 0.011 87 L 0.011 0.116 0.291 0.377 0.152 0.050 0.003 88 I 0.002 0.006 0.011 0.033 0.153 0.570 0.225 89 H 0.002 0.016 0.085 0.259 0.308 0.261 0.068 90 I 0.001 0.003 0.006 0.017 0.105 0.452 0.415 91 G 0.001 0.004 0.014 0.034 0.092 0.279 0.577 92 F 0.001 0.001 0.002 0.006 0.034 0.252 0.704 93 E 0.002 0.006 0.013 0.030 0.080 0.275 0.595 94 V 0.005 0.011 0.022 0.059 0.162 0.379 0.363 95 D 0.023 0.084 0.144 0.207 0.233 0.230 0.079 96 Y 0.021 0.050 0.084 0.147 0.290 0.323 0.085 97 L 0.041 0.066 0.097 0.188 0.300 0.252 0.056 98 I 0.167 0.273 0.263 0.176 0.084 0.033 0.004 99 G 0.276 0.287 0.204 0.149 0.059 0.023 0.002 100 Y 0.207 0.185 0.211 0.205 0.135 0.052 0.005 101 E 0.302 0.252 0.183 0.151 0.085 0.025 0.001 102 D 0.481 0.355 0.106 0.039 0.015 0.004 0.001 103 F 0.121 0.195 0.247 0.264 0.131 0.038 0.003 104 T 0.088 0.129 0.188 0.233 0.250 0.105 0.006 105 R 0.143 0.258 0.303 0.204 0.072 0.018 0.001 106 D 0.266 0.368 0.223 0.104 0.032 0.007 0.001 107 F 0.042 0.093 0.170 0.329 0.260 0.103 0.004 108 L 0.064 0.100 0.211 0.306 0.244 0.074 0.002 109 N 0.475 0.363 0.110 0.040 0.010 0.002 0.001 110 E 0.568 0.323 0.071 0.027 0.009 0.002 0.001 111 Y 0.153 0.194 0.241 0.257 0.122 0.031 0.002 112 G 0.215 0.283 0.242 0.163 0.074 0.023 0.001 113 P 0.298 0.265 0.207 0.140 0.064 0.023 0.003 114 Q 0.119 0.219 0.254 0.213 0.128 0.054 0.012 115 T 0.024 0.035 0.064 0.154 0.288 0.325 0.111 116 D 0.017 0.049 0.089 0.170 0.276 0.297 0.103 117 D 0.004 0.011 0.020 0.042 0.163 0.398 0.363 118 G 0.001 0.002 0.006 0.022 0.054 0.237 0.678 119 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.141 0.843 120 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.100 0.886 121 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.122 0.859 122 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.029 0.201 0.758 123 H 0.001 0.004 0.008 0.023 0.115 0.374 0.475 124 F 0.004 0.018 0.030 0.083 0.222 0.398 0.245 125 L 0.012 0.039 0.080 0.181 0.307 0.293 0.088 126 E 0.053 0.150 0.242 0.279 0.169 0.092 0.015 127 G 0.174 0.219 0.234 0.183 0.119 0.061 0.009 128 Q 0.222 0.202 0.226 0.205 0.092 0.045 0.008 129 G 0.305 0.248 0.193 0.142 0.068 0.038 0.007 130 G 0.156 0.166 0.170 0.212 0.170 0.106 0.020 131 F 0.133 0.146 0.139 0.174 0.212 0.163 0.033 132 R 0.133 0.174 0.169 0.191 0.169 0.132 0.031 133 S 0.208 0.207 0.150 0.160 0.141 0.103 0.030 134 I 0.114 0.137 0.165 0.195 0.213 0.144 0.032 135 D 0.164 0.225 0.190 0.165 0.140 0.096 0.020 136 F 0.110 0.138 0.176 0.227 0.207 0.121 0.021 137 S 0.234 0.233 0.193 0.172 0.108 0.053 0.007 138 A 0.296 0.226 0.210 0.155 0.080 0.030 0.003 139 E 0.534 0.298 0.096 0.046 0.020 0.006 0.001 140 D 0.197 0.234 0.201 0.210 0.112 0.042 0.003 141 Y 0.118 0.161 0.225 0.268 0.152 0.073 0.004 142 N 0.297 0.258 0.234 0.141 0.052 0.017 0.001 143 E 0.513 0.291 0.117 0.053 0.020 0.005 0.001 144 G 0.168 0.186 0.184 0.236 0.163 0.058 0.005 145 I 0.088 0.164 0.214 0.269 0.171 0.090 0.005 146 V 0.172 0.245 0.243 0.184 0.098 0.053 0.005 147 Q 0.233 0.261 0.188 0.169 0.102 0.041 0.006 148 F 0.087 0.114 0.140 0.225 0.268 0.150 0.015 149 Y 0.121 0.191 0.236 0.218 0.149 0.078 0.007 150 G 0.252 0.287 0.214 0.142 0.070 0.032 0.004 151 G 0.137 0.152 0.176 0.237 0.193 0.093 0.011 152 F 0.114 0.158 0.217 0.240 0.173 0.090 0.008 153 E 0.375 0.299 0.175 0.093 0.041 0.017 0.002 154 Q 0.339 0.315 0.189 0.103 0.041 0.012 0.001 155 A 0.098 0.160 0.186 0.252 0.211 0.085 0.009 156 Q 0.038 0.122 0.198 0.280 0.219 0.134 0.008 157 L 0.079 0.206 0.289 0.248 0.124 0.051 0.003 158 A 0.065 0.216 0.297 0.256 0.130 0.033 0.003 159 Y 0.011 0.031 0.054 0.144 0.376 0.346 0.038 160 L 0.007 0.048 0.132 0.321 0.298 0.186 0.008 161 E 0.114 0.347 0.278 0.168 0.070 0.022 0.001 162 G 0.031 0.137 0.320 0.338 0.146 0.027 0.002 163 V 0.006 0.017 0.032 0.092 0.357 0.447 0.050 164 K 0.011 0.092 0.274 0.381 0.180 0.059 0.003 165 Q 0.138 0.397 0.261 0.153 0.038 0.012 0.001 166 S 0.015 0.058 0.170 0.328 0.311 0.111 0.007 167 I 0.013 0.023 0.034 0.097 0.334 0.439 0.061 168 E 0.038 0.186 0.343 0.283 0.111 0.037 0.003 169 A 0.097 0.275 0.293 0.227 0.081 0.026 0.002 170 D 0.035 0.078 0.149 0.262 0.294 0.166 0.015 171 L 0.041 0.063 0.127 0.243 0.327 0.179 0.019 172 G 0.217 0.391 0.222 0.107 0.043 0.018 0.002 173 L 0.186 0.258 0.224 0.197 0.094 0.037 0.005 174 F 0.105 0.146 0.197 0.245 0.206 0.089 0.012 175 K 0.068 0.189 0.242 0.237 0.156 0.089 0.019 176 P 0.034 0.043 0.069 0.162 0.297 0.292 0.102 177 R 0.034 0.111 0.162 0.236 0.244 0.171 0.041 178 R 0.009 0.021 0.040 0.094 0.223 0.397 0.216 179 M 0.003 0.005 0.008 0.022 0.066 0.323 0.574 180 G 0.002 0.004 0.007 0.019 0.063 0.245 0.659 181 H 0.001 0.002 0.004 0.009 0.029 0.170 0.785 182 I 0.002 0.004 0.010 0.028 0.078 0.249 0.629 183 S 0.003 0.009 0.021 0.044 0.123 0.326 0.475 184 L 0.003 0.008 0.015 0.035 0.132 0.350 0.456 185 C 0.005 0.010 0.017 0.054 0.127 0.377 0.411 186 Q 0.014 0.062 0.157 0.249 0.249 0.205 0.066 187 K 0.021 0.068 0.153 0.249 0.267 0.201 0.042 188 F 0.024 0.046 0.073 0.152 0.328 0.325 0.051 189 Q 0.112 0.203 0.229 0.233 0.151 0.065 0.007 190 Q 0.144 0.260 0.270 0.203 0.086 0.034 0.003 191 F 0.115 0.157 0.216 0.248 0.187 0.071 0.005 192 F 0.181 0.179 0.205 0.219 0.153 0.059 0.004 193 G 0.424 0.279 0.163 0.088 0.034 0.011 0.001 194 E 0.407 0.268 0.180 0.102 0.033 0.009 0.001 195 D 0.412 0.310 0.143 0.087 0.036 0.011 0.001 196 T 0.155 0.149 0.195 0.240 0.185 0.072 0.004 197 S 0.370 0.292 0.191 0.098 0.038 0.011 0.001 198 D 0.449 0.320 0.143 0.062 0.021 0.005 0.001 199 F 0.266 0.252 0.200 0.170 0.086 0.024 0.002 200 S 0.129 0.191 0.242 0.244 0.137 0.056 0.002 201 E 0.400 0.336 0.178 0.062 0.019 0.005 0.001 202 E 0.194 0.421 0.237 0.109 0.034 0.005 0.001 203 V 0.011 0.037 0.087 0.246 0.411 0.198 0.009 204 M 0.004 0.060 0.206 0.416 0.215 0.097 0.001 205 E 0.149 0.512 0.182 0.099 0.047 0.010 0.001 206 K 0.003 0.029 0.190 0.428 0.296 0.052 0.003 207 F 0.001 0.002 0.003 0.010 0.180 0.711 0.094 208 R 0.002 0.050 0.276 0.462 0.151 0.056 0.002 209 V 0.013 0.118 0.327 0.389 0.119 0.030 0.004 210 I 0.001 0.001 0.003 0.009 0.138 0.726 0.123 211 L 0.001 0.004 0.014 0.064 0.316 0.523 0.079 212 A 0.015 0.243 0.348 0.239 0.108 0.045 0.003 213 L 0.002 0.021 0.152 0.458 0.295 0.069 0.002 214 V 0.001 0.003 0.010 0.019 0.190 0.731 0.046 215 K 0.071 0.253 0.317 0.284 0.068 0.007 0.001 216 K 0.437 0.483 0.056 0.016 0.006 0.001 0.001 217 R 0.138 0.239 0.269 0.268 0.075 0.010 0.001 218 D 0.387 0.417 0.122 0.040 0.027 0.006 0.001 219 Y 0.022 0.112 0.262 0.405 0.162 0.034 0.002 220 E 0.018 0.063 0.172 0.284 0.311 0.140 0.011 221 L 0.003 0.005 0.007 0.015 0.074 0.556 0.341 222 D 0.009 0.025 0.069 0.135 0.194 0.288 0.281 223 F 0.003 0.006 0.011 0.029 0.097 0.320 0.535 224 N 0.004 0.010 0.023 0.051 0.137 0.327 0.448 225 T 0.006 0.015 0.026 0.050 0.139 0.352 0.412 226 A 0.028 0.075 0.122 0.173 0.206 0.233 0.163 227 G 0.054 0.110 0.139 0.197 0.177 0.218 0.105 228 L 0.032 0.038 0.057 0.119 0.245 0.354 0.156 229 F 0.063 0.099 0.108 0.167 0.227 0.253 0.084 230 K 0.114 0.164 0.196 0.222 0.183 0.101 0.020 231 P 0.315 0.319 0.175 0.111 0.052 0.025 0.004 232 L 0.184 0.209 0.218 0.201 0.117 0.058 0.013 233 C 0.143 0.109 0.152 0.218 0.219 0.130 0.028 234 G 0.307 0.295 0.169 0.122 0.065 0.036 0.007 235 E 0.224 0.233 0.162 0.146 0.128 0.091 0.016 236 T 0.085 0.149 0.178 0.219 0.212 0.135 0.022 237 Y 0.052 0.101 0.179 0.257 0.275 0.117 0.018 238 P 0.060 0.129 0.172 0.198 0.256 0.156 0.029 239 P 0.086 0.175 0.218 0.228 0.184 0.095 0.014 240 K 0.213 0.352 0.236 0.134 0.047 0.017 0.001 241 K 0.046 0.156 0.316 0.338 0.111 0.029 0.003 242 I 0.003 0.007 0.015 0.038 0.209 0.597 0.132 243 V 0.006 0.031 0.087 0.260 0.344 0.249 0.024 244 T 0.058 0.326 0.300 0.196 0.090 0.029 0.001 245 L 0.004 0.034 0.166 0.425 0.289 0.079 0.003 246 A 0.005 0.013 0.041 0.087 0.305 0.516 0.032 247 S 0.127 0.324 0.284 0.187 0.067 0.011 0.001 248 E 0.418 0.442 0.093 0.034 0.009 0.003 0.001 249 L 0.045 0.106 0.252 0.359 0.193 0.043 0.002 250 Q 0.128 0.330 0.264 0.159 0.084 0.031 0.003 251 I 0.015 0.036 0.080 0.191 0.391 0.249 0.037 252 P 0.019 0.089 0.167 0.254 0.271 0.173 0.027 253 F 0.004 0.007 0.013 0.035 0.123 0.465 0.355 254 V 0.001 0.002 0.006 0.016 0.053 0.261 0.661 255 Y 0.001 0.001 0.002 0.006 0.029 0.175 0.785 256 G 0.001 0.002 0.003 0.007 0.026 0.137 0.825 257 S 0.001 0.002 0.003 0.006 0.029 0.218 0.740 258 D 0.004 0.011 0.018 0.045 0.107 0.295 0.519 259 S 0.012 0.024 0.035 0.091 0.161 0.342 0.335 260 H 0.014 0.030 0.053 0.126 0.265 0.341 0.171 261 G 0.041 0.100 0.143 0.168 0.198 0.229 0.121 262 V 0.051 0.108 0.156 0.199 0.235 0.187 0.064 263 Q 0.156 0.278 0.248 0.183 0.090 0.038 0.007 264 D 0.051 0.133 0.233 0.277 0.193 0.098 0.016 265 I 0.030 0.035 0.051 0.142 0.287 0.375 0.080 266 G 0.051 0.130 0.216 0.306 0.199 0.092 0.007 267 R 0.241 0.363 0.241 0.111 0.033 0.010 0.001 268 G 0.136 0.255 0.273 0.229 0.085 0.022 0.002 269 Y 0.043 0.060 0.100 0.225 0.348 0.210 0.014 270 S 0.215 0.328 0.241 0.136 0.064 0.015 0.001 271 T 0.311 0.433 0.178 0.063 0.013 0.003 0.001 272 Y 0.077 0.107 0.205 0.325 0.216 0.066 0.003 273 C 0.111 0.120 0.236 0.316 0.172 0.043 0.001 274 Q 0.686 0.245 0.050 0.014 0.004 0.001 0.001 275 K 0.769 0.190 0.029 0.010 0.002 0.001 0.001