# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1615 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.011 0.060 0.037 0.047 0.082 0.014 0.672 2 K 0.078 0.008 0.113 0.059 0.080 0.101 0.013 0.549 3 R 0.027 0.009 0.194 0.070 0.097 0.099 0.006 0.499 4 D 0.017 0.010 0.171 0.078 0.116 0.114 0.006 0.488 5 G 0.038 0.013 0.298 0.086 0.134 0.109 0.009 0.312 6 H 0.068 0.012 0.331 0.067 0.107 0.219 0.012 0.185 7 T 0.030 0.017 0.441 0.085 0.103 0.090 0.008 0.227 8 H 0.025 0.028 0.231 0.143 0.204 0.095 0.010 0.265 9 T 0.029 0.013 0.172 0.074 0.158 0.124 0.010 0.420 10 E 0.036 0.015 0.093 0.101 0.172 0.126 0.010 0.447 11 F 0.067 0.016 0.059 0.057 0.126 0.168 0.011 0.496 12 C 0.055 0.023 0.042 0.084 0.143 0.149 0.011 0.494 13 P 0.009 0.008 0.010 0.011 0.017 0.030 0.002 0.914 14 H 0.050 0.027 0.023 0.025 0.043 0.307 0.017 0.509 15 G 0.408 0.026 0.023 0.015 0.016 0.096 0.029 0.387 16 T 0.149 0.040 0.048 0.015 0.030 0.333 0.010 0.375 17 H 0.074 0.027 0.029 0.015 0.035 0.168 0.012 0.640 18 D 0.112 0.031 0.020 0.010 0.017 0.333 0.007 0.470 19 D 0.052 0.020 0.005 0.004 0.008 0.512 0.005 0.394 20 V 0.060 0.086 0.011 0.004 0.020 0.079 0.004 0.737 21 E 0.008 0.056 0.003 0.001 0.005 0.300 0.002 0.625 22 E 0.013 0.078 0.001 0.001 0.001 0.646 0.001 0.261 23 M 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 24 V 0.001 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 25 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 26 K 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 28 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 29 E 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 30 L 0.082 0.831 0.005 0.001 0.001 0.001 0.066 0.013 31 D 0.754 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.150 0.042 32 F 0.085 0.037 0.747 0.012 0.012 0.019 0.019 0.070 33 D 0.013 0.032 0.210 0.051 0.056 0.096 0.011 0.531 34 E 0.017 0.011 0.241 0.015 0.028 0.075 0.009 0.605 35 Y 0.023 0.010 0.831 0.030 0.022 0.027 0.006 0.051 36 S 0.004 0.003 0.897 0.029 0.018 0.013 0.002 0.033 37 I 0.004 0.005 0.618 0.045 0.083 0.016 0.002 0.227 38 V 0.005 0.005 0.641 0.057 0.104 0.048 0.002 0.138 39 E 0.010 0.007 0.191 0.043 0.062 0.114 0.005 0.569 40 H 0.031 0.009 0.129 0.016 0.055 0.161 0.010 0.589 41 A 0.117 0.016 0.110 0.025 0.045 0.165 0.010 0.513 42 P 0.006 0.004 0.007 0.003 0.004 0.033 0.002 0.941 43 L 0.060 0.026 0.019 0.010 0.026 0.196 0.009 0.654 44 S 0.158 0.187 0.046 0.015 0.034 0.096 0.012 0.452 45 S 0.060 0.147 0.024 0.008 0.021 0.142 0.011 0.587 46 E 0.107 0.190 0.010 0.005 0.009 0.246 0.011 0.421 47 F 0.196 0.505 0.009 0.003 0.009 0.065 0.009 0.202 48 M 0.045 0.730 0.009 0.004 0.011 0.036 0.008 0.156 49 K 0.062 0.664 0.009 0.006 0.008 0.033 0.017 0.200 50 N 0.141 0.646 0.015 0.007 0.008 0.023 0.027 0.133 51 T 0.231 0.462 0.016 0.011 0.015 0.020 0.037 0.208 52 A 0.093 0.299 0.089 0.020 0.040 0.058 0.029 0.373 53 G 0.078 0.132 0.036 0.017 0.024 0.119 0.033 0.561 54 D 0.268 0.058 0.043 0.013 0.013 0.081 0.049 0.475 55 K 0.182 0.018 0.085 0.014 0.013 0.059 0.020 0.608 56 E 0.032 0.009 0.582 0.098 0.056 0.075 0.012 0.135 57 A 0.009 0.003 0.289 0.038 0.062 0.053 0.005 0.541 58 V 0.005 0.003 0.692 0.085 0.123 0.027 0.002 0.065 59 T 0.002 0.003 0.423 0.069 0.071 0.059 0.002 0.372 60 T 0.004 0.002 0.518 0.045 0.096 0.061 0.004 0.270 61 A 0.028 0.003 0.523 0.091 0.112 0.084 0.005 0.153 62 S 0.015 0.003 0.306 0.127 0.198 0.090 0.005 0.257 63 M 0.018 0.005 0.210 0.189 0.306 0.049 0.004 0.220 64 A 0.011 0.007 0.150 0.200 0.230 0.044 0.004 0.353 65 M 0.027 0.006 0.049 0.108 0.223 0.059 0.005 0.523 66 S 0.037 0.012 0.060 0.076 0.162 0.104 0.009 0.539 67 D 0.053 0.011 0.013 0.021 0.043 0.129 0.016 0.712 68 L 0.173 0.027 0.018 0.022 0.033 0.151 0.013 0.564 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.990 70 Y 0.027 0.034 0.014 0.021 0.029 0.184 0.006 0.685 71 Y 0.166 0.141 0.019 0.018 0.024 0.145 0.011 0.477 72 F 0.102 0.381 0.034 0.032 0.071 0.059 0.006 0.313 73 K 0.029 0.568 0.028 0.042 0.050 0.056 0.004 0.223 74 K 0.026 0.659 0.014 0.016 0.027 0.040 0.006 0.213 75 M 0.027 0.864 0.012 0.014 0.025 0.011 0.005 0.041 76 N 0.025 0.846 0.010 0.014 0.016 0.014 0.010 0.065 77 H 0.047 0.787 0.013 0.010 0.013 0.017 0.013 0.100 78 I 0.075 0.789 0.014 0.008 0.014 0.017 0.012 0.069 79 K 0.056 0.765 0.013 0.009 0.015 0.021 0.015 0.105 80 K 0.070 0.608 0.019 0.009 0.015 0.037 0.023 0.218 81 K 0.127 0.501 0.015 0.008 0.010 0.044 0.029 0.266 82 Y 0.195 0.475 0.017 0.010 0.012 0.045 0.039 0.206 83 A 0.142 0.380 0.051 0.016 0.026 0.072 0.042 0.270 84 S 0.072 0.184 0.032 0.015 0.018 0.076 0.029 0.574 85 D 0.186 0.095 0.036 0.013 0.014 0.095 0.040 0.520 86 L 0.368 0.099 0.099 0.027 0.034 0.132 0.026 0.215 87 L 0.085 0.097 0.320 0.133 0.122 0.082 0.019 0.142 88 I 0.019 0.071 0.200 0.106 0.150 0.049 0.008 0.396 89 H 0.017 0.063 0.305 0.157 0.225 0.051 0.008 0.174 90 I 0.015 0.073 0.156 0.143 0.162 0.058 0.008 0.386 91 G 0.034 0.046 0.132 0.091 0.159 0.073 0.021 0.445 92 F 0.108 0.037 0.165 0.075 0.099 0.125 0.016 0.374 93 E 0.100 0.051 0.102 0.111 0.167 0.140 0.015 0.313 94 V 0.042 0.055 0.087 0.079 0.134 0.062 0.006 0.535 95 D 0.022 0.108 0.074 0.129 0.143 0.069 0.009 0.446 96 Y 0.071 0.117 0.074 0.073 0.130 0.066 0.015 0.455 97 L 0.074 0.187 0.066 0.063 0.143 0.136 0.014 0.317 98 I 0.079 0.120 0.030 0.028 0.053 0.152 0.017 0.521 99 G 0.125 0.222 0.015 0.014 0.021 0.110 0.017 0.475 100 Y 0.206 0.291 0.027 0.008 0.023 0.080 0.015 0.349 101 E 0.090 0.247 0.017 0.006 0.014 0.162 0.019 0.445 102 D 0.111 0.421 0.012 0.007 0.008 0.065 0.018 0.358 103 F 0.212 0.395 0.015 0.004 0.006 0.060 0.018 0.290 104 T 0.093 0.534 0.030 0.007 0.014 0.109 0.016 0.197 105 R 0.033 0.559 0.027 0.006 0.020 0.033 0.007 0.315 106 D 0.029 0.458 0.008 0.003 0.008 0.135 0.006 0.353 107 F 0.053 0.739 0.004 0.002 0.004 0.075 0.007 0.118 108 L 0.018 0.944 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.030 109 N 0.023 0.885 0.002 0.002 0.003 0.008 0.010 0.067 110 E 0.279 0.527 0.006 0.003 0.002 0.009 0.066 0.108 111 Y 0.396 0.433 0.015 0.003 0.004 0.006 0.079 0.064 112 G 0.182 0.236 0.076 0.029 0.026 0.034 0.046 0.370 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 114 Q 0.025 0.016 0.046 0.022 0.044 0.155 0.008 0.684 115 T 0.205 0.018 0.058 0.010 0.012 0.121 0.020 0.556 116 D 0.112 0.030 0.182 0.029 0.025 0.089 0.012 0.522 117 D 0.071 0.015 0.191 0.035 0.037 0.159 0.008 0.484 118 G 0.070 0.015 0.267 0.042 0.068 0.156 0.012 0.371 119 V 0.038 0.023 0.458 0.070 0.106 0.093 0.007 0.204 120 L 0.019 0.029 0.367 0.110 0.143 0.093 0.007 0.232 121 S 0.025 0.023 0.241 0.065 0.152 0.106 0.010 0.378 122 L 0.042 0.021 0.193 0.055 0.127 0.094 0.010 0.459 123 H 0.057 0.028 0.153 0.085 0.107 0.206 0.015 0.350 124 F 0.073 0.023 0.088 0.043 0.093 0.151 0.016 0.513 125 L 0.099 0.082 0.165 0.097 0.155 0.081 0.014 0.306 126 E 0.048 0.068 0.111 0.064 0.104 0.123 0.017 0.464 127 G 0.076 0.055 0.069 0.035 0.062 0.076 0.019 0.606 128 Q 0.171 0.085 0.091 0.047 0.082 0.119 0.027 0.378 129 G 0.161 0.055 0.076 0.045 0.058 0.075 0.032 0.498 130 G 0.060 0.036 0.079 0.023 0.036 0.093 0.019 0.654 131 F 0.122 0.039 0.086 0.030 0.055 0.097 0.015 0.556 132 R 0.085 0.037 0.067 0.030 0.035 0.104 0.015 0.628 133 S 0.095 0.027 0.091 0.026 0.050 0.121 0.012 0.579 134 I 0.118 0.055 0.128 0.042 0.072 0.116 0.010 0.460 135 D 0.043 0.057 0.070 0.035 0.051 0.191 0.011 0.542 136 F 0.104 0.056 0.041 0.018 0.031 0.160 0.012 0.577 137 S 0.125 0.085 0.038 0.013 0.029 0.312 0.011 0.387 138 A 0.069 0.063 0.021 0.006 0.022 0.160 0.009 0.651 139 E 0.046 0.123 0.011 0.004 0.010 0.275 0.007 0.525 140 D 0.098 0.335 0.007 0.004 0.007 0.170 0.011 0.367 141 Y 0.101 0.659 0.009 0.004 0.009 0.035 0.011 0.172 142 N 0.082 0.560 0.016 0.007 0.014 0.065 0.021 0.236 143 E 0.098 0.514 0.020 0.007 0.011 0.058 0.016 0.277 144 G 0.115 0.558 0.009 0.005 0.009 0.089 0.019 0.196 145 I 0.101 0.659 0.019 0.009 0.018 0.044 0.013 0.137 146 V 0.022 0.760 0.023 0.010 0.015 0.022 0.006 0.142 147 Q 0.040 0.726 0.017 0.013 0.016 0.024 0.013 0.151 148 F 0.108 0.660 0.030 0.011 0.017 0.020 0.028 0.125 149 Y 0.132 0.528 0.028 0.013 0.016 0.032 0.035 0.216 150 G 0.158 0.254 0.065 0.016 0.014 0.061 0.056 0.375 151 G 0.224 0.104 0.028 0.007 0.007 0.091 0.038 0.501 152 F 0.141 0.087 0.056 0.007 0.015 0.074 0.012 0.608 153 E 0.011 0.056 0.022 0.006 0.011 0.114 0.004 0.776 154 Q 0.042 0.152 0.019 0.007 0.013 0.241 0.007 0.519 155 A 0.089 0.545 0.013 0.006 0.010 0.082 0.006 0.248 156 Q 0.049 0.735 0.013 0.005 0.011 0.038 0.006 0.143 157 L 0.020 0.853 0.009 0.004 0.006 0.017 0.004 0.086 158 A 0.035 0.844 0.005 0.004 0.005 0.017 0.008 0.082 159 Y 0.078 0.827 0.005 0.002 0.004 0.013 0.012 0.059 160 L 0.047 0.860 0.012 0.003 0.005 0.010 0.009 0.054 161 E 0.028 0.762 0.009 0.003 0.004 0.030 0.008 0.156 162 G 0.070 0.618 0.004 0.001 0.002 0.046 0.012 0.246 163 V 0.043 0.789 0.005 0.001 0.002 0.013 0.006 0.142 164 K 0.004 0.909 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.072 165 Q 0.004 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 166 S 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.026 167 I 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 168 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 169 A 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 170 D 0.013 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 171 L 0.023 0.930 0.007 0.002 0.003 0.003 0.009 0.024 172 G 0.094 0.768 0.011 0.005 0.004 0.012 0.040 0.067 173 L 0.262 0.458 0.035 0.006 0.006 0.021 0.109 0.105 174 F 0.270 0.278 0.052 0.015 0.009 0.018 0.125 0.233 175 K 0.051 0.018 0.231 0.020 0.015 0.051 0.023 0.592 176 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.988 177 R 0.021 0.004 0.452 0.069 0.103 0.063 0.005 0.283 178 R 0.025 0.005 0.367 0.044 0.052 0.056 0.004 0.446 179 M 0.011 0.006 0.664 0.045 0.073 0.027 0.002 0.173 180 G 0.023 0.009 0.351 0.067 0.095 0.140 0.004 0.311 181 H 0.038 0.012 0.177 0.036 0.082 0.141 0.006 0.507 182 I 0.015 0.017 0.102 0.019 0.051 0.086 0.003 0.707 183 S 0.019 0.037 0.025 0.020 0.037 0.251 0.008 0.603 184 L 0.168 0.075 0.019 0.013 0.027 0.177 0.019 0.502 185 C 0.159 0.342 0.028 0.021 0.035 0.091 0.015 0.309 186 Q 0.105 0.441 0.038 0.031 0.037 0.098 0.022 0.228 187 K 0.075 0.570 0.024 0.017 0.022 0.055 0.015 0.222 188 F 0.109 0.640 0.023 0.016 0.035 0.030 0.015 0.132 189 Q 0.076 0.635 0.030 0.022 0.032 0.034 0.016 0.155 190 Q 0.086 0.542 0.032 0.019 0.027 0.046 0.034 0.213 191 F 0.176 0.437 0.037 0.019 0.024 0.042 0.034 0.230 192 F 0.182 0.346 0.049 0.028 0.031 0.043 0.035 0.286 193 G 0.112 0.102 0.068 0.026 0.034 0.063 0.033 0.562 194 E 0.120 0.054 0.073 0.017 0.024 0.103 0.016 0.593 195 D 0.078 0.077 0.050 0.020 0.030 0.162 0.014 0.570 196 T 0.095 0.049 0.039 0.012 0.024 0.074 0.010 0.697 197 S 0.052 0.027 0.026 0.007 0.014 0.519 0.008 0.347 198 D 0.127 0.034 0.010 0.005 0.009 0.370 0.011 0.434 199 F 0.158 0.165 0.015 0.005 0.010 0.269 0.007 0.370 200 S 0.053 0.134 0.012 0.004 0.014 0.364 0.010 0.409 201 E 0.048 0.168 0.006 0.003 0.008 0.088 0.005 0.675 202 E 0.040 0.297 0.003 0.002 0.005 0.236 0.005 0.412 203 V 0.063 0.641 0.003 0.002 0.005 0.080 0.006 0.200 204 M 0.008 0.939 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.044 205 E 0.004 0.938 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.049 206 K 0.029 0.891 0.002 0.001 0.001 0.008 0.007 0.061 207 F 0.023 0.949 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 208 R 0.006 0.936 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.043 209 V 0.007 0.908 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.067 210 I 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 211 L 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 212 A 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 213 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 214 V 0.015 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 215 K 0.024 0.945 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.019 216 K 0.082 0.829 0.005 0.002 0.002 0.003 0.036 0.041 217 R 0.332 0.360 0.025 0.007 0.004 0.006 0.179 0.086 218 D 0.405 0.069 0.047 0.012 0.006 0.013 0.219 0.229 219 Y 0.050 0.011 0.648 0.029 0.021 0.044 0.021 0.177 220 E 0.013 0.004 0.372 0.060 0.077 0.096 0.004 0.376 221 L 0.009 0.005 0.464 0.094 0.127 0.047 0.002 0.252 222 D 0.007 0.002 0.741 0.085 0.102 0.022 0.001 0.041 223 F 0.005 0.005 0.531 0.131 0.109 0.020 0.001 0.197 224 N 0.004 0.004 0.430 0.142 0.290 0.030 0.002 0.096 225 T 0.012 0.008 0.115 0.111 0.238 0.085 0.004 0.427 226 A 0.027 0.011 0.081 0.045 0.159 0.163 0.009 0.505 227 G 0.084 0.007 0.018 0.019 0.031 0.298 0.020 0.522 228 L 0.362 0.026 0.032 0.024 0.030 0.146 0.027 0.353 229 F 0.126 0.059 0.057 0.043 0.081 0.162 0.023 0.450 230 K 0.072 0.060 0.051 0.069 0.100 0.084 0.011 0.554 231 P 0.002 0.005 0.003 0.004 0.006 0.008 0.001 0.972 232 L 0.098 0.045 0.041 0.059 0.122 0.129 0.018 0.487 233 C 0.202 0.075 0.076 0.059 0.060 0.083 0.027 0.419 234 G 0.104 0.059 0.044 0.042 0.054 0.068 0.020 0.608 235 E 0.149 0.030 0.054 0.026 0.037 0.099 0.016 0.589 236 T 0.055 0.013 0.012 0.007 0.012 0.053 0.012 0.836 237 Y 0.126 0.023 0.036 0.028 0.038 0.125 0.016 0.609 238 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.998 239 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 240 K 0.011 0.011 0.003 0.004 0.011 0.073 0.001 0.885 241 K 0.085 0.062 0.002 0.002 0.003 0.115 0.002 0.727 242 I 0.046 0.733 0.003 0.003 0.005 0.034 0.001 0.175 243 V 0.005 0.956 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.032 244 T 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 245 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 246 A 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 247 S 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 248 E 0.020 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 249 L 0.097 0.813 0.006 0.002 0.001 0.001 0.071 0.009 250 Q 0.524 0.066 0.023 0.005 0.002 0.003 0.311 0.066 251 I 0.037 0.006 0.821 0.016 0.009 0.013 0.008 0.090 252 P 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.987 253 F 0.003 0.002 0.431 0.034 0.086 0.030 0.002 0.412 254 V 0.008 0.002 0.802 0.027 0.020 0.022 0.003 0.116 255 Y 0.007 0.003 0.769 0.038 0.031 0.020 0.001 0.130 256 G 0.011 0.004 0.476 0.041 0.098 0.063 0.002 0.303 257 S 0.020 0.006 0.197 0.029 0.070 0.148 0.004 0.525 258 D 0.037 0.013 0.082 0.032 0.062 0.157 0.012 0.605 259 S 0.184 0.014 0.044 0.021 0.051 0.436 0.014 0.237 260 H 0.169 0.039 0.042 0.047 0.048 0.370 0.031 0.255 261 G 0.317 0.037 0.022 0.023 0.038 0.096 0.021 0.447 262 V 0.051 0.051 0.072 0.027 0.061 0.095 0.006 0.637 263 Q 0.027 0.053 0.024 0.027 0.070 0.173 0.011 0.615 264 D 0.116 0.070 0.016 0.016 0.037 0.138 0.016 0.592 265 I 0.231 0.193 0.048 0.029 0.042 0.087 0.023 0.346 266 G 0.158 0.179 0.085 0.035 0.038 0.114 0.035 0.358 267 R 0.098 0.127 0.105 0.033 0.044 0.121 0.019 0.452 268 G 0.101 0.126 0.029 0.022 0.042 0.127 0.015 0.537 269 Y 0.140 0.166 0.094 0.029 0.089 0.102 0.012 0.369 270 S 0.035 0.218 0.040 0.036 0.055 0.196 0.012 0.408 271 T 0.103 0.270 0.021 0.018 0.037 0.120 0.016 0.414 272 Y 0.138 0.531 0.021 0.023 0.036 0.048 0.014 0.188 273 C 0.125 0.472 0.033 0.036 0.045 0.050 0.025 0.214 274 Q 0.155 0.244 0.035 0.031 0.050 0.079 0.044 0.364 275 K 0.112 0.220 0.045 0.025 0.039 0.057 0.023 0.479