# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1615 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.444 0.217 0.134 0.103 0.073 0.025 0.004 2 K 0.414 0.261 0.173 0.096 0.037 0.015 0.004 3 R 0.200 0.150 0.236 0.220 0.116 0.062 0.016 4 D 0.143 0.139 0.202 0.227 0.136 0.112 0.042 5 G 0.043 0.026 0.032 0.063 0.149 0.394 0.293 6 H 0.035 0.029 0.029 0.054 0.101 0.314 0.440 7 T 0.025 0.027 0.028 0.047 0.101 0.268 0.505 8 H 0.011 0.017 0.017 0.031 0.070 0.228 0.626 9 T 0.015 0.021 0.027 0.047 0.106 0.251 0.532 10 E 0.029 0.051 0.065 0.100 0.150 0.239 0.366 11 F 0.029 0.041 0.045 0.089 0.164 0.301 0.329 12 C 0.038 0.049 0.059 0.114 0.185 0.309 0.246 13 P 0.061 0.118 0.170 0.220 0.182 0.182 0.068 14 H 0.108 0.179 0.207 0.218 0.162 0.103 0.023 15 G 0.149 0.140 0.156 0.211 0.195 0.122 0.027 16 T 0.310 0.277 0.187 0.119 0.070 0.032 0.005 17 H 0.278 0.281 0.237 0.136 0.046 0.019 0.003 18 D 0.281 0.279 0.209 0.145 0.068 0.016 0.002 19 D 0.174 0.309 0.219 0.158 0.104 0.033 0.004 20 V 0.021 0.043 0.084 0.204 0.345 0.273 0.031 21 E 0.062 0.237 0.279 0.240 0.129 0.051 0.002 22 E 0.065 0.209 0.290 0.269 0.125 0.038 0.004 23 M 0.002 0.007 0.023 0.058 0.269 0.517 0.125 24 V 0.003 0.014 0.038 0.107 0.322 0.438 0.078 25 L 0.020 0.186 0.318 0.259 0.157 0.056 0.004 26 K 0.008 0.077 0.262 0.414 0.205 0.033 0.001 27 A 0.003 0.010 0.034 0.081 0.360 0.491 0.022 28 I 0.050 0.217 0.313 0.295 0.110 0.015 0.001 29 E 0.400 0.446 0.113 0.033 0.006 0.001 0.001 30 L 0.087 0.196 0.363 0.293 0.054 0.006 0.001 31 D 0.296 0.435 0.166 0.063 0.032 0.007 0.001 32 F 0.011 0.030 0.097 0.257 0.438 0.153 0.013 33 D 0.036 0.204 0.291 0.249 0.163 0.054 0.003 34 E 0.005 0.026 0.089 0.201 0.299 0.316 0.064 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.380 0.571 36 S 0.001 0.001 0.002 0.007 0.028 0.196 0.767 37 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.120 0.854 38 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.063 0.293 0.628 39 E 0.001 0.005 0.015 0.040 0.158 0.388 0.393 40 H 0.003 0.015 0.023 0.054 0.149 0.397 0.360 41 A 0.010 0.032 0.075 0.156 0.276 0.307 0.143 42 P 0.028 0.097 0.231 0.297 0.163 0.142 0.043 43 L 0.032 0.072 0.115 0.175 0.284 0.257 0.065 44 S 0.048 0.073 0.093 0.179 0.279 0.258 0.070 45 S 0.116 0.223 0.274 0.215 0.104 0.058 0.011 46 E 0.121 0.216 0.248 0.239 0.115 0.052 0.009 47 F 0.071 0.084 0.106 0.190 0.306 0.211 0.032 48 M 0.135 0.195 0.238 0.234 0.135 0.056 0.005 49 K 0.214 0.327 0.245 0.141 0.051 0.020 0.002 50 N 0.120 0.143 0.184 0.240 0.227 0.081 0.006 51 T 0.228 0.292 0.233 0.152 0.074 0.020 0.001 52 A 0.364 0.303 0.194 0.103 0.028 0.008 0.001 53 G 0.298 0.260 0.235 0.137 0.057 0.011 0.001 54 D 0.394 0.387 0.122 0.064 0.025 0.007 0.001 55 K 0.045 0.102 0.207 0.330 0.225 0.084 0.007 56 E 0.045 0.197 0.311 0.292 0.107 0.045 0.003 57 A 0.007 0.018 0.035 0.088 0.272 0.485 0.095 58 V 0.006 0.015 0.037 0.111 0.228 0.404 0.200 59 T 0.003 0.012 0.033 0.061 0.143 0.399 0.349 60 T 0.003 0.011 0.028 0.061 0.139 0.245 0.513 61 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.033 0.271 0.689 62 S 0.002 0.011 0.021 0.053 0.111 0.300 0.500 63 M 0.003 0.007 0.013 0.034 0.119 0.392 0.431 64 A 0.009 0.037 0.071 0.153 0.236 0.345 0.149 65 M 0.017 0.042 0.080 0.119 0.270 0.365 0.106 66 S 0.106 0.205 0.237 0.240 0.129 0.067 0.016 67 D 0.210 0.257 0.243 0.156 0.083 0.044 0.008 68 L 0.197 0.194 0.208 0.205 0.131 0.056 0.009 69 P 0.378 0.356 0.138 0.071 0.039 0.016 0.002 70 Y 0.118 0.212 0.210 0.245 0.145 0.063 0.008 71 Y 0.034 0.116 0.204 0.274 0.225 0.132 0.015 72 F 0.024 0.053 0.094 0.188 0.300 0.294 0.047 73 K 0.046 0.170 0.238 0.268 0.189 0.080 0.009 74 K 0.025 0.096 0.168 0.275 0.271 0.144 0.021 75 M 0.010 0.028 0.055 0.140 0.317 0.395 0.055 76 N 0.052 0.199 0.270 0.257 0.160 0.058 0.004 77 H 0.054 0.179 0.292 0.294 0.127 0.049 0.005 78 I 0.029 0.058 0.138 0.243 0.349 0.171 0.011 79 K 0.086 0.171 0.253 0.273 0.169 0.046 0.002 80 K 0.420 0.392 0.120 0.045 0.019 0.004 0.001 81 K 0.292 0.325 0.206 0.128 0.040 0.008 0.001 82 Y 0.179 0.207 0.265 0.219 0.101 0.028 0.001 83 A 0.152 0.208 0.307 0.233 0.075 0.023 0.002 84 S 0.367 0.313 0.188 0.095 0.030 0.008 0.001 85 D 0.139 0.304 0.269 0.188 0.073 0.026 0.003 86 L 0.025 0.037 0.054 0.160 0.374 0.311 0.039 87 L 0.021 0.129 0.232 0.338 0.164 0.105 0.011 88 I 0.013 0.031 0.055 0.127 0.256 0.392 0.126 89 H 0.013 0.053 0.114 0.220 0.274 0.252 0.074 90 I 0.015 0.054 0.107 0.199 0.299 0.260 0.066 91 G 0.052 0.179 0.227 0.224 0.170 0.110 0.038 92 F 0.015 0.035 0.067 0.154 0.324 0.313 0.093 93 E 0.021 0.068 0.090 0.156 0.256 0.309 0.100 94 V 0.034 0.086 0.165 0.236 0.250 0.190 0.040 95 D 0.108 0.227 0.264 0.229 0.105 0.055 0.011 96 Y 0.056 0.078 0.111 0.193 0.293 0.231 0.039 97 L 0.084 0.111 0.149 0.210 0.247 0.169 0.029 98 I 0.195 0.268 0.259 0.172 0.069 0.032 0.004 99 G 0.284 0.283 0.192 0.142 0.067 0.028 0.004 100 Y 0.166 0.149 0.198 0.224 0.174 0.078 0.010 101 E 0.287 0.270 0.188 0.137 0.080 0.032 0.004 102 D 0.376 0.357 0.148 0.074 0.033 0.011 0.001 103 F 0.071 0.166 0.235 0.275 0.180 0.065 0.009 104 T 0.034 0.069 0.104 0.194 0.320 0.249 0.029 105 R 0.041 0.157 0.270 0.299 0.161 0.067 0.005 106 D 0.125 0.287 0.249 0.199 0.102 0.035 0.003 107 F 0.013 0.051 0.136 0.294 0.319 0.174 0.013 108 L 0.023 0.046 0.094 0.213 0.358 0.244 0.022 109 N 0.176 0.376 0.250 0.134 0.051 0.012 0.001 110 E 0.300 0.375 0.164 0.110 0.040 0.010 0.001 111 Y 0.070 0.120 0.214 0.289 0.225 0.077 0.004 112 G 0.160 0.230 0.258 0.215 0.098 0.036 0.003 113 P 0.270 0.260 0.248 0.143 0.056 0.020 0.002 114 Q 0.170 0.228 0.253 0.205 0.104 0.036 0.005 115 T 0.079 0.122 0.149 0.217 0.268 0.143 0.023 116 D 0.076 0.173 0.187 0.211 0.195 0.134 0.023 117 D 0.036 0.098 0.160 0.231 0.229 0.194 0.052 118 G 0.006 0.014 0.030 0.072 0.213 0.429 0.235 119 V 0.002 0.003 0.005 0.014 0.063 0.323 0.590 120 L 0.001 0.002 0.004 0.011 0.043 0.245 0.694 121 S 0.002 0.006 0.014 0.035 0.082 0.225 0.637 122 L 0.001 0.002 0.003 0.008 0.043 0.285 0.658 123 H 0.002 0.009 0.018 0.042 0.137 0.347 0.445 124 F 0.004 0.015 0.021 0.050 0.137 0.362 0.411 125 L 0.012 0.032 0.059 0.123 0.250 0.342 0.183 126 E 0.055 0.135 0.229 0.268 0.135 0.122 0.055 127 G 0.093 0.107 0.133 0.176 0.234 0.196 0.061 128 Q 0.183 0.228 0.189 0.181 0.112 0.082 0.026 129 G 0.144 0.149 0.153 0.179 0.182 0.151 0.042 130 G 0.193 0.267 0.163 0.161 0.115 0.079 0.022 131 F 0.107 0.133 0.168 0.206 0.209 0.143 0.033 132 R 0.193 0.209 0.181 0.180 0.129 0.084 0.024 133 S 0.177 0.195 0.179 0.186 0.144 0.093 0.026 134 I 0.096 0.100 0.128 0.208 0.242 0.186 0.040 135 D 0.194 0.280 0.214 0.151 0.095 0.057 0.009 136 F 0.125 0.175 0.186 0.227 0.171 0.099 0.016 137 S 0.137 0.156 0.162 0.207 0.200 0.120 0.017 138 A 0.208 0.225 0.227 0.188 0.101 0.046 0.006 139 E 0.383 0.304 0.179 0.087 0.034 0.012 0.002 140 D 0.123 0.181 0.218 0.252 0.159 0.061 0.007 141 Y 0.069 0.126 0.187 0.274 0.220 0.114 0.010 142 N 0.151 0.252 0.262 0.218 0.082 0.034 0.003 143 E 0.336 0.343 0.176 0.097 0.036 0.011 0.001 144 G 0.063 0.123 0.157 0.297 0.242 0.109 0.009 145 I 0.046 0.090 0.149 0.257 0.274 0.172 0.012 146 V 0.130 0.246 0.271 0.218 0.091 0.039 0.003 147 Q 0.303 0.323 0.187 0.114 0.055 0.017 0.002 148 F 0.081 0.113 0.170 0.277 0.244 0.105 0.010 149 Y 0.167 0.227 0.236 0.197 0.121 0.049 0.004 150 G 0.320 0.315 0.185 0.110 0.049 0.020 0.002 151 G 0.322 0.281 0.162 0.128 0.075 0.027 0.004 152 F 0.107 0.144 0.212 0.262 0.175 0.090 0.011 153 E 0.222 0.265 0.231 0.163 0.078 0.037 0.005 154 Q 0.137 0.233 0.264 0.209 0.105 0.044 0.008 155 A 0.044 0.061 0.083 0.180 0.310 0.269 0.053 156 Q 0.030 0.101 0.161 0.250 0.231 0.202 0.024 157 L 0.071 0.185 0.266 0.250 0.141 0.077 0.010 158 A 0.051 0.172 0.248 0.258 0.199 0.063 0.009 159 Y 0.011 0.038 0.063 0.161 0.360 0.320 0.048 160 L 0.006 0.043 0.135 0.291 0.303 0.206 0.017 161 E 0.077 0.299 0.284 0.219 0.089 0.029 0.002 162 G 0.012 0.075 0.241 0.309 0.287 0.068 0.008 163 V 0.001 0.004 0.006 0.026 0.212 0.606 0.145 164 K 0.004 0.053 0.224 0.401 0.216 0.097 0.006 165 Q 0.015 0.109 0.313 0.400 0.109 0.049 0.006 166 S 0.001 0.004 0.015 0.047 0.270 0.570 0.093 167 I 0.004 0.010 0.022 0.082 0.270 0.482 0.131 168 E 0.062 0.289 0.334 0.203 0.070 0.035 0.007 169 A 0.034 0.113 0.223 0.341 0.198 0.083 0.008 170 D 0.064 0.103 0.158 0.217 0.283 0.161 0.014 171 L 0.127 0.199 0.240 0.219 0.144 0.064 0.007 172 G 0.352 0.350 0.147 0.084 0.045 0.020 0.003 173 L 0.152 0.181 0.200 0.218 0.152 0.082 0.015 174 F 0.154 0.185 0.204 0.196 0.159 0.083 0.018 175 K 0.078 0.183 0.226 0.205 0.171 0.102 0.035 176 P 0.013 0.026 0.044 0.111 0.307 0.349 0.150 177 R 0.006 0.026 0.056 0.135 0.269 0.384 0.125 178 R 0.001 0.005 0.012 0.030 0.119 0.448 0.385 179 M 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.242 0.720 180 G 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.175 0.788 181 H 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.157 0.818 182 I 0.001 0.005 0.013 0.036 0.107 0.293 0.544 183 S 0.006 0.034 0.084 0.145 0.211 0.307 0.212 184 L 0.006 0.024 0.047 0.101 0.276 0.381 0.166 185 C 0.009 0.021 0.035 0.092 0.253 0.422 0.168 186 Q 0.039 0.136 0.260 0.274 0.160 0.107 0.024 187 K 0.060 0.136 0.243 0.287 0.161 0.096 0.017 188 F 0.081 0.100 0.119 0.204 0.275 0.194 0.029 189 Q 0.160 0.176 0.190 0.216 0.163 0.086 0.010 190 Q 0.275 0.318 0.197 0.124 0.055 0.028 0.003 191 F 0.163 0.183 0.189 0.216 0.168 0.073 0.008 192 F 0.182 0.174 0.198 0.215 0.153 0.070 0.008 193 G 0.367 0.253 0.185 0.115 0.056 0.022 0.003 194 E 0.418 0.266 0.156 0.098 0.045 0.015 0.002 195 D 0.323 0.258 0.153 0.141 0.088 0.033 0.003 196 T 0.172 0.195 0.210 0.226 0.130 0.062 0.005 197 S 0.328 0.267 0.202 0.120 0.059 0.022 0.002 198 D 0.337 0.291 0.199 0.115 0.043 0.014 0.001 199 F 0.141 0.129 0.206 0.275 0.180 0.065 0.004 200 S 0.285 0.239 0.218 0.163 0.069 0.025 0.001 201 E 0.600 0.274 0.084 0.029 0.010 0.003 0.001 202 E 0.470 0.319 0.110 0.068 0.026 0.007 0.001 203 V 0.111 0.165 0.225 0.269 0.165 0.063 0.003 204 M 0.121 0.234 0.315 0.218 0.082 0.028 0.002 205 E 0.308 0.396 0.189 0.075 0.026 0.005 0.001 206 K 0.025 0.107 0.227 0.320 0.254 0.062 0.005 207 F 0.005 0.026 0.060 0.189 0.403 0.305 0.014 208 R 0.015 0.154 0.279 0.326 0.149 0.074 0.002 209 V 0.020 0.119 0.290 0.350 0.177 0.041 0.004 210 I 0.001 0.002 0.007 0.022 0.202 0.647 0.121 211 L 0.001 0.008 0.033 0.126 0.362 0.424 0.046 212 A 0.015 0.206 0.312 0.273 0.133 0.058 0.003 213 L 0.002 0.020 0.168 0.471 0.276 0.061 0.002 214 V 0.001 0.002 0.008 0.018 0.199 0.716 0.057 215 K 0.034 0.186 0.329 0.350 0.090 0.010 0.001 216 K 0.321 0.530 0.098 0.035 0.013 0.003 0.001 217 R 0.056 0.161 0.275 0.350 0.135 0.021 0.001 218 D 0.191 0.365 0.208 0.103 0.101 0.030 0.002 219 Y 0.008 0.057 0.189 0.383 0.269 0.087 0.007 220 E 0.006 0.026 0.099 0.208 0.356 0.271 0.033 221 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.437 0.522 222 D 0.001 0.003 0.009 0.022 0.071 0.259 0.637 223 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.041 0.200 0.748 224 N 0.001 0.002 0.004 0.010 0.047 0.264 0.673 225 T 0.002 0.007 0.017 0.040 0.109 0.322 0.503 226 A 0.008 0.030 0.061 0.116 0.191 0.339 0.257 227 G 0.024 0.069 0.104 0.153 0.217 0.300 0.133 228 L 0.023 0.033 0.048 0.114 0.256 0.379 0.147 229 F 0.075 0.151 0.192 0.215 0.180 0.148 0.037 230 K 0.163 0.197 0.212 0.201 0.137 0.076 0.014 231 P 0.394 0.314 0.137 0.085 0.045 0.021 0.005 232 L 0.150 0.144 0.187 0.232 0.176 0.095 0.016 233 C 0.243 0.204 0.192 0.181 0.112 0.060 0.008 234 G 0.367 0.272 0.155 0.109 0.062 0.029 0.004 235 E 0.403 0.288 0.129 0.092 0.058 0.025 0.004 236 T 0.163 0.208 0.237 0.205 0.127 0.054 0.006 237 Y 0.126 0.209 0.270 0.228 0.125 0.038 0.004 238 P 0.129 0.220 0.235 0.194 0.154 0.060 0.007 239 P 0.042 0.103 0.166 0.272 0.259 0.143 0.014 240 K 0.083 0.239 0.276 0.237 0.114 0.048 0.003 241 K 0.029 0.136 0.312 0.342 0.138 0.038 0.004 242 I 0.001 0.005 0.011 0.033 0.211 0.611 0.127 243 V 0.002 0.021 0.077 0.268 0.356 0.256 0.020 244 T 0.027 0.235 0.280 0.262 0.138 0.055 0.003 245 L 0.002 0.019 0.118 0.362 0.372 0.122 0.005 246 A 0.002 0.008 0.024 0.064 0.284 0.566 0.051 247 S 0.081 0.322 0.321 0.198 0.066 0.011 0.001 248 E 0.269 0.454 0.169 0.082 0.019 0.006 0.001 249 L 0.023 0.071 0.224 0.365 0.251 0.063 0.003 250 Q 0.081 0.268 0.247 0.197 0.141 0.061 0.005 251 I 0.008 0.027 0.068 0.170 0.407 0.273 0.047 252 P 0.006 0.035 0.085 0.164 0.304 0.330 0.076 253 F 0.001 0.002 0.006 0.018 0.087 0.403 0.484 254 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.171 0.806 255 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.110 0.877 256 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.072 0.918 257 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.108 0.886 258 D 0.001 0.001 0.003 0.008 0.034 0.186 0.767 259 S 0.002 0.005 0.007 0.025 0.073 0.295 0.593 260 H 0.003 0.009 0.015 0.044 0.149 0.422 0.358 261 G 0.011 0.034 0.065 0.118 0.211 0.317 0.243 262 V 0.040 0.089 0.116 0.159 0.217 0.238 0.141 263 Q 0.126 0.232 0.252 0.197 0.114 0.060 0.019 264 D 0.127 0.190 0.228 0.210 0.137 0.086 0.022 265 I 0.078 0.090 0.134 0.242 0.257 0.170 0.029 266 G 0.255 0.276 0.187 0.155 0.082 0.041 0.005 267 R 0.313 0.276 0.206 0.129 0.052 0.022 0.003 268 G 0.285 0.291 0.190 0.145 0.064 0.023 0.003 269 Y 0.109 0.108 0.154 0.259 0.237 0.122 0.012 270 S 0.325 0.292 0.182 0.117 0.058 0.024 0.002 271 T 0.375 0.315 0.161 0.091 0.039 0.016 0.002 272 Y 0.166 0.130 0.172 0.234 0.187 0.096 0.015 273 C 0.222 0.200 0.203 0.190 0.123 0.055 0.007 274 Q 0.584 0.265 0.084 0.037 0.019 0.010 0.002 275 K 0.355 0.166 0.153 0.164 0.095 0.055 0.012