# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1433 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.013 0.033 0.038 0.094 0.116 0.038 0.644 2 K 0.078 0.018 0.040 0.095 0.089 0.117 0.080 0.482 3 R 0.067 0.008 0.038 0.048 0.075 0.105 0.076 0.583 4 D 0.009 0.008 0.149 0.090 0.138 0.123 0.082 0.401 5 G 0.016 0.009 0.149 0.061 0.150 0.096 0.055 0.464 6 H 0.013 0.009 0.232 0.184 0.183 0.091 0.069 0.218 7 T 0.021 0.008 0.150 0.085 0.131 0.115 0.042 0.449 8 H 0.028 0.015 0.157 0.092 0.149 0.102 0.082 0.375 9 T 0.048 0.011 0.165 0.058 0.126 0.135 0.064 0.395 10 E 0.011 0.005 0.107 0.068 0.141 0.192 0.070 0.407 11 F 0.017 0.006 0.051 0.029 0.060 0.169 0.042 0.626 12 C 0.260 0.029 0.028 0.023 0.038 0.118 0.171 0.334 13 P 0.076 0.022 0.017 0.015 0.016 0.156 0.063 0.635 14 H 0.060 0.020 0.020 0.009 0.017 0.154 0.037 0.684 15 G 0.067 0.023 0.023 0.012 0.016 0.131 0.087 0.640 16 T 0.061 0.040 0.012 0.010 0.013 0.107 0.045 0.713 17 H 0.033 0.053 0.005 0.006 0.008 0.121 0.046 0.728 18 D 0.007 0.114 0.009 0.005 0.010 0.098 0.040 0.716 19 D 0.013 0.913 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.025 20 V 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 21 E 0.001 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 22 E 0.001 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.003 23 M 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 24 V 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 25 L 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 26 K 0.010 0.837 0.004 0.001 0.001 0.003 0.118 0.027 27 A 0.085 0.279 0.101 0.007 0.001 0.020 0.461 0.045 28 I 0.895 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.055 29 E 0.039 0.004 0.004 0.001 0.001 0.048 0.007 0.898 30 L 0.007 0.010 0.018 0.001 0.001 0.085 0.005 0.873 31 D 0.105 0.021 0.016 0.002 0.002 0.122 0.025 0.707 32 F 0.054 0.008 0.023 0.003 0.002 0.113 0.047 0.749 33 D 0.014 0.023 0.231 0.023 0.036 0.112 0.135 0.427 34 E 0.018 0.015 0.307 0.013 0.029 0.082 0.050 0.486 35 Y 0.004 0.009 0.546 0.079 0.072 0.057 0.043 0.189 36 S 0.011 0.014 0.466 0.068 0.186 0.043 0.048 0.164 37 I 0.021 0.013 0.324 0.125 0.137 0.057 0.072 0.251 38 V 0.053 0.008 0.270 0.066 0.106 0.094 0.078 0.326 39 E 0.071 0.022 0.111 0.058 0.083 0.130 0.070 0.455 40 H 0.072 0.013 0.048 0.011 0.022 0.134 0.087 0.613 41 A 0.076 0.036 0.039 0.022 0.023 0.137 0.143 0.525 42 P 0.030 0.027 0.008 0.007 0.009 0.107 0.029 0.784 43 L 0.036 0.109 0.025 0.011 0.019 0.112 0.059 0.629 44 S 0.052 0.513 0.008 0.010 0.012 0.053 0.071 0.280 45 S 0.083 0.698 0.006 0.006 0.009 0.029 0.065 0.105 46 E 0.084 0.540 0.010 0.010 0.018 0.034 0.168 0.136 47 F 0.042 0.158 0.024 0.014 0.038 0.071 0.422 0.231 48 M 0.033 0.434 0.034 0.031 0.034 0.092 0.139 0.202 49 K 0.144 0.354 0.018 0.013 0.019 0.060 0.142 0.251 50 N 0.105 0.330 0.009 0.015 0.008 0.056 0.102 0.375 51 T 0.198 0.190 0.010 0.006 0.010 0.061 0.073 0.451 52 A 0.107 0.054 0.035 0.011 0.012 0.103 0.088 0.591 53 G 0.105 0.044 0.006 0.005 0.006 0.066 0.019 0.750 54 D 0.376 0.098 0.005 0.003 0.005 0.052 0.032 0.429 55 K 0.049 0.035 0.013 0.004 0.008 0.104 0.060 0.727 56 E 0.010 0.069 0.038 0.011 0.017 0.130 0.125 0.600 57 A 0.018 0.222 0.046 0.017 0.019 0.097 0.067 0.514 58 V 0.040 0.304 0.099 0.044 0.021 0.048 0.296 0.149 59 T 0.035 0.296 0.075 0.033 0.024 0.060 0.135 0.342 60 T 0.074 0.488 0.099 0.014 0.034 0.034 0.091 0.166 61 A 0.083 0.575 0.065 0.019 0.023 0.029 0.057 0.149 62 S 0.161 0.218 0.033 0.030 0.035 0.054 0.199 0.271 63 M 0.076 0.131 0.071 0.057 0.053 0.097 0.174 0.342 64 A 0.342 0.057 0.031 0.012 0.023 0.055 0.048 0.432 65 M 0.420 0.009 0.009 0.009 0.007 0.075 0.058 0.414 66 S 0.023 0.011 0.007 0.006 0.007 0.104 0.010 0.832 67 D 0.050 0.007 0.008 0.003 0.008 0.097 0.014 0.813 68 L 0.072 0.046 0.015 0.030 0.016 0.121 0.063 0.636 69 P 0.062 0.030 0.024 0.022 0.034 0.113 0.042 0.673 70 Y 0.035 0.033 0.048 0.037 0.072 0.098 0.035 0.641 71 Y 0.043 0.073 0.133 0.068 0.127 0.088 0.061 0.408 72 F 0.078 0.034 0.062 0.072 0.078 0.097 0.091 0.488 73 K 0.060 0.081 0.077 0.100 0.128 0.086 0.111 0.359 74 K 0.120 0.132 0.057 0.030 0.097 0.071 0.061 0.432 75 M 0.040 0.153 0.044 0.090 0.096 0.097 0.099 0.381 76 N 0.022 0.188 0.047 0.159 0.194 0.068 0.073 0.248 77 H 0.071 0.180 0.045 0.116 0.195 0.050 0.070 0.272 78 I 0.075 0.145 0.052 0.155 0.164 0.053 0.084 0.271 79 K 0.120 0.114 0.045 0.116 0.170 0.060 0.075 0.298 80 K 0.124 0.035 0.030 0.058 0.112 0.079 0.105 0.456 81 K 0.084 0.019 0.028 0.065 0.067 0.095 0.073 0.570 82 Y 0.381 0.020 0.010 0.013 0.027 0.061 0.039 0.448 83 A 0.111 0.017 0.010 0.014 0.021 0.107 0.028 0.691 84 S 0.012 0.011 0.014 0.017 0.045 0.147 0.027 0.726 85 D 0.009 0.020 0.051 0.124 0.189 0.111 0.090 0.408 86 L 0.006 0.016 0.122 0.188 0.319 0.057 0.056 0.235 87 L 0.004 0.008 0.341 0.268 0.199 0.029 0.069 0.082 88 I 0.013 0.006 0.210 0.205 0.245 0.049 0.057 0.214 89 H 0.039 0.009 0.269 0.142 0.216 0.051 0.057 0.217 90 I 0.032 0.016 0.194 0.112 0.170 0.071 0.047 0.359 91 G 0.024 0.018 0.124 0.086 0.149 0.095 0.063 0.441 92 F 0.020 0.017 0.125 0.126 0.140 0.090 0.047 0.435 93 E 0.056 0.041 0.107 0.117 0.164 0.080 0.059 0.376 94 V 0.107 0.026 0.078 0.053 0.066 0.089 0.060 0.520 95 D 0.074 0.041 0.059 0.051 0.058 0.091 0.099 0.527 96 Y 0.154 0.070 0.040 0.014 0.030 0.077 0.049 0.566 97 L 0.224 0.087 0.011 0.011 0.011 0.069 0.043 0.542 98 I 0.078 0.089 0.012 0.010 0.014 0.107 0.035 0.654 99 G 0.130 0.283 0.015 0.005 0.014 0.066 0.058 0.428 100 Y 0.122 0.129 0.011 0.006 0.008 0.068 0.395 0.261 101 E 0.023 0.451 0.013 0.017 0.011 0.073 0.121 0.292 102 D 0.059 0.528 0.017 0.003 0.009 0.038 0.130 0.216 103 F 0.012 0.738 0.008 0.005 0.003 0.022 0.108 0.104 104 T 0.013 0.938 0.002 0.001 0.001 0.005 0.023 0.018 105 R 0.024 0.825 0.004 0.001 0.001 0.008 0.086 0.051 106 D 0.025 0.671 0.006 0.002 0.002 0.017 0.149 0.128 107 F 0.110 0.584 0.018 0.002 0.002 0.025 0.158 0.102 108 L 0.421 0.138 0.014 0.002 0.001 0.036 0.130 0.258 109 N 0.151 0.023 0.006 0.001 0.001 0.061 0.042 0.714 110 E 0.012 0.030 0.020 0.001 0.002 0.107 0.020 0.808 111 Y 0.018 0.013 0.046 0.003 0.003 0.144 0.093 0.680 112 G 0.118 0.079 0.021 0.009 0.003 0.116 0.126 0.528 113 P 0.173 0.049 0.018 0.002 0.002 0.070 0.040 0.646 114 Q 0.060 0.085 0.047 0.004 0.004 0.086 0.047 0.666 115 T 0.085 0.179 0.037 0.005 0.007 0.089 0.050 0.547 116 D 0.064 0.245 0.064 0.014 0.024 0.085 0.079 0.424 117 D 0.037 0.148 0.097 0.030 0.069 0.069 0.256 0.294 118 G 0.031 0.252 0.104 0.093 0.099 0.061 0.161 0.198 119 V 0.071 0.181 0.120 0.080 0.122 0.073 0.109 0.245 120 L 0.047 0.220 0.088 0.100 0.126 0.059 0.072 0.288 121 S 0.071 0.302 0.065 0.060 0.118 0.057 0.082 0.246 122 L 0.091 0.171 0.080 0.080 0.090 0.086 0.103 0.299 123 H 0.107 0.117 0.055 0.071 0.110 0.073 0.142 0.326 124 F 0.137 0.055 0.033 0.043 0.068 0.093 0.063 0.508 125 L 0.114 0.040 0.043 0.039 0.066 0.106 0.074 0.517 126 E 0.051 0.020 0.023 0.018 0.030 0.097 0.029 0.732 127 G 0.166 0.042 0.021 0.017 0.028 0.095 0.056 0.575 128 Q 0.083 0.029 0.024 0.026 0.031 0.110 0.051 0.645 129 G 0.051 0.014 0.037 0.017 0.042 0.106 0.056 0.677 130 G 0.045 0.017 0.039 0.038 0.049 0.131 0.059 0.623 131 F 0.070 0.022 0.044 0.027 0.052 0.127 0.055 0.603 132 R 0.087 0.053 0.036 0.026 0.037 0.107 0.046 0.609 133 S 0.149 0.081 0.024 0.017 0.031 0.098 0.139 0.461 134 I 0.047 0.078 0.050 0.044 0.046 0.120 0.103 0.513 135 D 0.151 0.116 0.037 0.026 0.056 0.087 0.086 0.441 136 F 0.052 0.073 0.032 0.032 0.033 0.124 0.078 0.577 137 S 0.098 0.348 0.016 0.012 0.024 0.066 0.051 0.385 138 A 0.176 0.401 0.007 0.006 0.008 0.045 0.146 0.212 139 E 0.031 0.401 0.012 0.012 0.008 0.076 0.115 0.345 140 D 0.067 0.658 0.007 0.004 0.009 0.031 0.077 0.147 141 Y 0.075 0.744 0.005 0.003 0.004 0.021 0.053 0.096 142 N 0.031 0.797 0.004 0.004 0.005 0.020 0.055 0.083 143 E 0.013 0.810 0.008 0.006 0.009 0.019 0.054 0.080 144 G 0.038 0.629 0.026 0.016 0.023 0.027 0.122 0.117 145 I 0.119 0.464 0.040 0.050 0.034 0.035 0.133 0.125 146 V 0.189 0.141 0.063 0.027 0.035 0.081 0.079 0.385 147 Q 0.110 0.073 0.041 0.012 0.020 0.074 0.054 0.617 148 F 0.162 0.095 0.012 0.005 0.005 0.065 0.026 0.630 149 Y 0.191 0.147 0.007 0.003 0.003 0.071 0.034 0.545 150 G 0.016 0.134 0.006 0.002 0.003 0.070 0.019 0.750 151 G 0.050 0.672 0.004 0.001 0.002 0.028 0.049 0.192 152 F 0.032 0.846 0.002 0.002 0.001 0.011 0.057 0.049 153 E 0.010 0.933 0.002 0.001 0.001 0.004 0.018 0.030 154 Q 0.019 0.906 0.004 0.001 0.002 0.003 0.037 0.027 155 A 0.009 0.919 0.007 0.002 0.002 0.003 0.043 0.014 156 Q 0.028 0.891 0.005 0.002 0.002 0.004 0.053 0.015 157 L 0.069 0.783 0.004 0.003 0.002 0.008 0.072 0.060 158 A 0.039 0.679 0.008 0.002 0.003 0.020 0.085 0.163 159 Y 0.043 0.796 0.008 0.002 0.002 0.017 0.054 0.079 160 L 0.106 0.700 0.004 0.002 0.001 0.020 0.066 0.099 161 E 0.038 0.682 0.005 0.001 0.002 0.023 0.040 0.208 162 G 0.030 0.328 0.028 0.003 0.005 0.060 0.311 0.235 163 V 0.028 0.552 0.038 0.009 0.005 0.047 0.214 0.108 164 K 0.125 0.446 0.036 0.004 0.008 0.044 0.128 0.210 165 Q 0.028 0.459 0.030 0.011 0.010 0.054 0.074 0.336 166 S 0.030 0.348 0.117 0.014 0.030 0.070 0.144 0.248 167 I 0.070 0.224 0.129 0.031 0.036 0.084 0.160 0.266 168 E 0.124 0.094 0.045 0.020 0.026 0.085 0.124 0.483 169 A 0.241 0.070 0.029 0.018 0.019 0.081 0.072 0.472 170 D 0.259 0.058 0.025 0.007 0.011 0.087 0.058 0.494 171 L 0.070 0.022 0.028 0.007 0.012 0.096 0.042 0.723 172 G 0.052 0.016 0.027 0.013 0.026 0.114 0.048 0.704 173 L 0.006 0.009 0.045 0.022 0.032 0.152 0.029 0.705 174 F 0.022 0.022 0.053 0.021 0.030 0.114 0.030 0.708 175 K 0.261 0.175 0.030 0.022 0.020 0.075 0.144 0.272 176 P 0.093 0.073 0.068 0.011 0.015 0.113 0.107 0.521 177 R 0.053 0.143 0.113 0.023 0.046 0.089 0.151 0.382 178 R 0.077 0.171 0.104 0.026 0.069 0.101 0.060 0.392 179 M 0.022 0.072 0.124 0.046 0.069 0.135 0.123 0.410 180 G 0.011 0.300 0.070 0.043 0.076 0.088 0.147 0.265 181 H 0.047 0.793 0.011 0.007 0.010 0.015 0.074 0.043 182 I 0.030 0.809 0.005 0.010 0.006 0.016 0.053 0.070 183 S 0.016 0.875 0.004 0.004 0.005 0.009 0.038 0.049 184 L 0.039 0.775 0.011 0.005 0.009 0.015 0.076 0.070 185 C 0.094 0.569 0.025 0.018 0.011 0.031 0.166 0.086 186 Q 0.232 0.249 0.012 0.012 0.014 0.048 0.104 0.330 187 K 0.180 0.104 0.014 0.006 0.011 0.069 0.064 0.551 188 F 0.178 0.090 0.019 0.007 0.011 0.088 0.063 0.544 189 Q 0.058 0.039 0.020 0.006 0.011 0.105 0.056 0.705 190 Q 0.027 0.029 0.019 0.012 0.013 0.110 0.021 0.769 191 F 0.099 0.079 0.055 0.020 0.035 0.112 0.058 0.541 192 F 0.121 0.054 0.099 0.018 0.029 0.096 0.096 0.486 193 G 0.170 0.027 0.057 0.016 0.027 0.104 0.107 0.491 194 E 0.011 0.011 0.092 0.013 0.030 0.171 0.051 0.620 195 D 0.017 0.080 0.061 0.008 0.019 0.109 0.026 0.680 196 T 0.311 0.361 0.005 0.004 0.004 0.039 0.159 0.117 197 S 0.075 0.429 0.006 0.005 0.003 0.070 0.115 0.296 198 D 0.044 0.547 0.009 0.001 0.004 0.037 0.095 0.263 199 F 0.030 0.757 0.005 0.001 0.002 0.021 0.090 0.095 200 S 0.020 0.899 0.001 0.001 0.001 0.009 0.030 0.039 201 E 0.026 0.892 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.046 202 E 0.017 0.807 0.005 0.001 0.002 0.012 0.085 0.072 203 V 0.013 0.911 0.002 0.001 0.001 0.005 0.044 0.022 204 M 0.064 0.826 0.002 0.001 0.001 0.006 0.074 0.027 205 E 0.010 0.875 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.072 206 K 0.005 0.926 0.002 0.001 0.001 0.004 0.036 0.028 207 F 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 208 R 0.003 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 0.004 209 V 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 210 I 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 211 L 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 212 A 0.015 0.909 0.002 0.001 0.001 0.002 0.052 0.019 213 L 0.027 0.697 0.013 0.003 0.002 0.013 0.141 0.104 214 V 0.155 0.073 0.195 0.010 0.003 0.032 0.451 0.081 215 K 0.771 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.023 0.192 216 K 0.031 0.001 0.007 0.001 0.001 0.060 0.006 0.893 217 R 0.006 0.002 0.043 0.001 0.003 0.139 0.008 0.798 218 D 0.020 0.004 0.018 0.008 0.008 0.151 0.033 0.757 219 Y 0.005 0.002 0.127 0.021 0.028 0.133 0.016 0.669 220 E 0.002 0.002 0.599 0.039 0.112 0.040 0.056 0.149 221 L 0.001 0.001 0.577 0.064 0.042 0.039 0.030 0.246 222 D 0.002 0.001 0.717 0.083 0.114 0.017 0.026 0.040 223 F 0.008 0.002 0.450 0.153 0.125 0.039 0.049 0.174 224 N 0.095 0.012 0.228 0.093 0.116 0.070 0.064 0.324 225 T 0.368 0.020 0.045 0.029 0.038 0.107 0.064 0.329 226 A 0.061 0.026 0.032 0.042 0.057 0.109 0.040 0.634 227 G 0.062 0.013 0.018 0.019 0.056 0.100 0.051 0.681 228 L 0.031 0.012 0.034 0.076 0.066 0.120 0.039 0.622 229 F 0.070 0.013 0.013 0.025 0.039 0.094 0.023 0.722 230 K 0.069 0.013 0.012 0.032 0.033 0.089 0.049 0.705 231 P 0.199 0.020 0.014 0.029 0.043 0.070 0.047 0.577 232 L 0.154 0.005 0.020 0.019 0.035 0.086 0.065 0.616 233 C 0.028 0.004 0.050 0.036 0.037 0.115 0.035 0.695 234 G 0.064 0.003 0.026 0.009 0.021 0.096 0.035 0.746 235 E 0.014 0.005 0.027 0.023 0.017 0.126 0.042 0.746 236 T 0.023 0.010 0.013 0.007 0.009 0.104 0.016 0.817 237 Y 0.053 0.059 0.016 0.011 0.007 0.094 0.052 0.708 238 P 0.056 0.435 0.009 0.004 0.004 0.054 0.044 0.393 239 P 0.054 0.849 0.002 0.001 0.002 0.009 0.038 0.046 240 K 0.006 0.175 0.011 0.005 0.003 0.019 0.725 0.056 241 K 0.002 0.871 0.005 0.005 0.006 0.008 0.070 0.033 242 I 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 243 V 0.002 0.841 0.008 0.009 0.002 0.005 0.117 0.016 244 T 0.009 0.821 0.005 0.004 0.003 0.008 0.108 0.041 245 L 0.050 0.591 0.050 0.005 0.009 0.016 0.181 0.097 246 A 0.071 0.028 0.158 0.029 0.002 0.024 0.624 0.064 247 S 0.716 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.250 248 E 0.023 0.001 0.022 0.001 0.001 0.081 0.009 0.864 249 L 0.003 0.001 0.088 0.001 0.002 0.146 0.008 0.750 250 Q 0.007 0.001 0.016 0.003 0.002 0.137 0.010 0.823 251 I 0.003 0.001 0.234 0.015 0.011 0.108 0.015 0.612 252 P 0.002 0.002 0.750 0.012 0.032 0.027 0.031 0.144 253 F 0.001 0.001 0.859 0.011 0.011 0.018 0.012 0.089 254 V 0.004 0.001 0.838 0.014 0.029 0.022 0.013 0.078 255 Y 0.031 0.007 0.611 0.038 0.064 0.047 0.060 0.142 256 G 0.054 0.028 0.369 0.020 0.038 0.100 0.095 0.295 257 S 0.107 0.064 0.146 0.014 0.025 0.133 0.111 0.401 258 D 0.125 0.104 0.043 0.022 0.030 0.135 0.096 0.447 259 S 0.060 0.076 0.033 0.016 0.037 0.155 0.065 0.557 260 H 0.048 0.083 0.047 0.027 0.045 0.134 0.094 0.522 261 G 0.166 0.134 0.020 0.024 0.042 0.092 0.151 0.370 262 V 0.145 0.084 0.020 0.030 0.029 0.105 0.143 0.444 263 Q 0.134 0.060 0.009 0.015 0.024 0.070 0.040 0.648 264 D 0.204 0.032 0.015 0.011 0.025 0.093 0.062 0.559 265 I 0.108 0.053 0.012 0.019 0.024 0.097 0.021 0.665 266 G 0.214 0.023 0.008 0.006 0.023 0.097 0.051 0.578 267 R 0.014 0.015 0.016 0.029 0.030 0.160 0.064 0.671 268 G 0.050 0.108 0.024 0.029 0.068 0.136 0.071 0.514 269 Y 0.111 0.175 0.019 0.041 0.034 0.093 0.079 0.449 270 S 0.085 0.153 0.032 0.068 0.061 0.085 0.110 0.406 271 T 0.067 0.086 0.059 0.061 0.112 0.086 0.094 0.434 272 Y 0.096 0.035 0.090 0.073 0.106 0.082 0.084 0.433 273 C 0.269 0.024 0.029 0.058 0.075 0.068 0.076 0.400 274 Q 0.071 0.015 0.017 0.031 0.052 0.089 0.029 0.696 275 K 0.052 0.010 0.016 0.020 0.048 0.101 0.024 0.728