# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1433 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.027 0.083 0.082 0.115 0.058 0.013 0.544 2 K 0.070 0.012 0.083 0.068 0.105 0.152 0.011 0.499 3 R 0.036 0.008 0.159 0.107 0.126 0.066 0.003 0.495 4 D 0.020 0.011 0.242 0.093 0.159 0.096 0.005 0.375 5 G 0.041 0.009 0.263 0.056 0.087 0.102 0.005 0.437 6 H 0.043 0.013 0.366 0.065 0.103 0.210 0.006 0.194 7 T 0.037 0.013 0.350 0.120 0.153 0.127 0.006 0.193 8 H 0.028 0.014 0.395 0.086 0.128 0.129 0.007 0.213 9 T 0.026 0.012 0.187 0.103 0.130 0.145 0.007 0.390 10 E 0.029 0.012 0.108 0.071 0.144 0.105 0.010 0.521 11 F 0.059 0.020 0.059 0.062 0.129 0.215 0.016 0.440 12 C 0.100 0.019 0.030 0.056 0.086 0.197 0.021 0.492 13 P 0.011 0.004 0.006 0.004 0.008 0.031 0.003 0.934 14 H 0.055 0.014 0.019 0.017 0.033 0.223 0.018 0.622 15 G 0.375 0.019 0.014 0.009 0.012 0.187 0.025 0.359 16 T 0.100 0.069 0.033 0.017 0.033 0.169 0.013 0.566 17 H 0.061 0.022 0.010 0.006 0.015 0.152 0.008 0.725 18 D 0.127 0.049 0.016 0.008 0.014 0.193 0.009 0.583 19 D 0.085 0.041 0.004 0.001 0.003 0.253 0.006 0.607 20 V 0.016 0.102 0.004 0.001 0.003 0.112 0.002 0.761 21 E 0.003 0.082 0.001 0.001 0.001 0.515 0.001 0.397 22 E 0.007 0.127 0.001 0.001 0.001 0.749 0.001 0.116 23 M 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 24 V 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 26 K 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 28 I 0.004 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 29 E 0.015 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 30 L 0.048 0.821 0.002 0.001 0.001 0.003 0.106 0.020 31 D 0.689 0.047 0.009 0.001 0.001 0.001 0.213 0.039 32 F 0.029 0.020 0.875 0.008 0.002 0.007 0.006 0.052 33 D 0.010 0.016 0.454 0.147 0.037 0.126 0.006 0.203 34 E 0.067 0.018 0.332 0.031 0.056 0.074 0.005 0.417 35 Y 0.015 0.010 0.872 0.018 0.028 0.017 0.002 0.038 36 S 0.003 0.003 0.916 0.031 0.023 0.011 0.001 0.013 37 I 0.002 0.002 0.912 0.025 0.024 0.011 0.001 0.024 38 V 0.002 0.002 0.768 0.056 0.083 0.034 0.001 0.054 39 E 0.004 0.002 0.289 0.034 0.082 0.078 0.003 0.507 40 H 0.028 0.003 0.158 0.017 0.052 0.183 0.012 0.546 41 A 0.136 0.004 0.062 0.014 0.024 0.187 0.019 0.554 42 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991 43 L 0.079 0.014 0.058 0.031 0.065 0.185 0.008 0.560 44 S 0.130 0.019 0.029 0.012 0.019 0.133 0.007 0.650 45 S 0.083 0.049 0.028 0.014 0.029 0.084 0.006 0.706 46 E 0.033 0.052 0.015 0.006 0.013 0.126 0.004 0.750 47 F 0.042 0.089 0.009 0.005 0.010 0.487 0.005 0.352 48 M 0.154 0.447 0.015 0.006 0.015 0.096 0.013 0.254 49 K 0.065 0.743 0.026 0.006 0.011 0.031 0.008 0.110 50 N 0.091 0.564 0.016 0.007 0.011 0.035 0.016 0.260 51 T 0.116 0.663 0.013 0.005 0.009 0.024 0.019 0.150 52 A 0.116 0.519 0.009 0.009 0.013 0.063 0.042 0.228 53 G 0.171 0.314 0.011 0.007 0.006 0.164 0.063 0.264 54 D 0.240 0.222 0.034 0.008 0.006 0.063 0.061 0.366 55 K 0.099 0.186 0.057 0.009 0.006 0.075 0.022 0.546 56 E 0.050 0.122 0.024 0.011 0.010 0.386 0.013 0.383 57 A 0.159 0.190 0.037 0.016 0.026 0.084 0.015 0.473 58 V 0.065 0.248 0.105 0.041 0.052 0.106 0.008 0.375 59 T 0.033 0.173 0.081 0.036 0.043 0.069 0.004 0.562 60 T 0.031 0.376 0.121 0.040 0.080 0.045 0.005 0.301 61 A 0.053 0.432 0.079 0.034 0.067 0.076 0.008 0.251 62 S 0.073 0.419 0.046 0.026 0.047 0.077 0.016 0.295 63 M 0.119 0.424 0.055 0.021 0.036 0.055 0.020 0.271 64 A 0.098 0.432 0.031 0.017 0.028 0.112 0.027 0.256 65 M 0.191 0.430 0.030 0.014 0.027 0.044 0.038 0.226 66 S 0.202 0.308 0.023 0.012 0.014 0.087 0.056 0.299 67 D 0.301 0.114 0.015 0.006 0.009 0.059 0.087 0.410 68 L 0.313 0.083 0.053 0.014 0.016 0.082 0.045 0.394 69 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.988 70 Y 0.047 0.024 0.040 0.042 0.055 0.127 0.006 0.660 71 Y 0.267 0.058 0.098 0.037 0.041 0.075 0.007 0.417 72 F 0.074 0.121 0.095 0.068 0.101 0.041 0.006 0.495 73 K 0.045 0.104 0.146 0.123 0.167 0.071 0.005 0.339 74 K 0.031 0.052 0.044 0.033 0.065 0.051 0.005 0.718 75 M 0.059 0.160 0.122 0.080 0.190 0.038 0.017 0.336 76 N 0.084 0.127 0.137 0.126 0.124 0.092 0.013 0.297 77 H 0.053 0.105 0.080 0.073 0.090 0.114 0.011 0.474 78 I 0.047 0.141 0.105 0.161 0.313 0.041 0.008 0.185 79 K 0.032 0.158 0.063 0.126 0.205 0.090 0.009 0.319 80 K 0.063 0.142 0.041 0.125 0.173 0.051 0.012 0.393 81 K 0.101 0.181 0.046 0.078 0.155 0.056 0.018 0.365 82 Y 0.102 0.190 0.024 0.082 0.144 0.076 0.024 0.357 83 A 0.087 0.204 0.034 0.070 0.141 0.082 0.026 0.356 84 S 0.053 0.055 0.017 0.015 0.024 0.051 0.019 0.765 85 D 0.190 0.049 0.041 0.036 0.039 0.139 0.064 0.441 86 L 0.336 0.046 0.107 0.091 0.068 0.094 0.030 0.228 87 L 0.032 0.038 0.226 0.221 0.233 0.082 0.006 0.161 88 I 0.016 0.015 0.191 0.316 0.317 0.028 0.002 0.116 89 H 0.009 0.016 0.392 0.180 0.257 0.022 0.002 0.122 90 I 0.006 0.009 0.265 0.208 0.349 0.024 0.002 0.136 91 G 0.008 0.007 0.272 0.087 0.256 0.038 0.004 0.329 92 F 0.031 0.006 0.379 0.159 0.206 0.062 0.005 0.152 93 E 0.014 0.005 0.239 0.103 0.173 0.052 0.004 0.411 94 V 0.019 0.005 0.237 0.074 0.157 0.057 0.003 0.448 95 D 0.020 0.007 0.137 0.083 0.133 0.120 0.004 0.496 96 Y 0.063 0.014 0.095 0.040 0.078 0.119 0.008 0.582 97 L 0.063 0.033 0.053 0.025 0.050 0.343 0.010 0.423 98 I 0.084 0.034 0.019 0.011 0.020 0.236 0.013 0.583 99 G 0.081 0.050 0.025 0.005 0.010 0.114 0.016 0.700 100 Y 0.165 0.090 0.046 0.006 0.014 0.136 0.016 0.526 101 E 0.084 0.161 0.026 0.006 0.010 0.153 0.009 0.550 102 D 0.076 0.189 0.011 0.003 0.007 0.106 0.008 0.599 103 F 0.178 0.271 0.014 0.001 0.003 0.161 0.012 0.360 104 T 0.088 0.499 0.009 0.001 0.003 0.146 0.009 0.245 105 R 0.076 0.629 0.006 0.001 0.001 0.062 0.007 0.218 106 D 0.023 0.716 0.005 0.001 0.001 0.038 0.004 0.213 107 F 0.037 0.830 0.005 0.001 0.001 0.031 0.006 0.092 108 L 0.037 0.915 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.037 109 N 0.058 0.909 0.005 0.001 0.001 0.004 0.007 0.017 110 E 0.199 0.724 0.003 0.001 0.001 0.002 0.044 0.028 111 Y 0.326 0.469 0.007 0.001 0.001 0.006 0.096 0.095 112 G 0.150 0.317 0.034 0.008 0.003 0.074 0.064 0.352 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 114 Q 0.101 0.044 0.081 0.018 0.012 0.109 0.014 0.621 115 T 0.246 0.066 0.037 0.015 0.009 0.087 0.012 0.529 116 D 0.105 0.111 0.034 0.010 0.013 0.059 0.009 0.658 117 D 0.094 0.089 0.051 0.014 0.017 0.167 0.011 0.557 118 G 0.205 0.134 0.079 0.054 0.054 0.168 0.018 0.287 119 V 0.088 0.319 0.137 0.096 0.122 0.058 0.010 0.170 120 L 0.037 0.241 0.178 0.153 0.186 0.046 0.006 0.153 121 S 0.047 0.217 0.127 0.079 0.160 0.043 0.012 0.314 122 L 0.077 0.191 0.128 0.096 0.187 0.042 0.018 0.260 123 H 0.052 0.116 0.100 0.102 0.138 0.120 0.020 0.352 124 F 0.065 0.075 0.092 0.059 0.084 0.113 0.020 0.490 125 L 0.119 0.097 0.151 0.071 0.110 0.103 0.020 0.328 126 E 0.084 0.068 0.077 0.042 0.054 0.136 0.021 0.518 127 G 0.117 0.049 0.071 0.027 0.046 0.109 0.025 0.555 128 Q 0.091 0.029 0.045 0.018 0.028 0.122 0.016 0.651 129 G 0.065 0.021 0.043 0.025 0.037 0.131 0.017 0.662 130 G 0.180 0.024 0.067 0.028 0.039 0.128 0.019 0.515 131 F 0.085 0.031 0.086 0.038 0.047 0.137 0.009 0.568 132 R 0.048 0.030 0.066 0.050 0.087 0.167 0.008 0.545 133 S 0.046 0.017 0.036 0.021 0.047 0.092 0.007 0.734 134 I 0.089 0.027 0.054 0.028 0.046 0.134 0.012 0.611 135 D 0.082 0.033 0.037 0.029 0.034 0.193 0.012 0.580 136 F 0.113 0.061 0.059 0.037 0.061 0.154 0.011 0.503 137 S 0.081 0.089 0.039 0.022 0.046 0.389 0.014 0.320 138 A 0.140 0.088 0.037 0.020 0.039 0.131 0.015 0.529 139 E 0.028 0.045 0.013 0.004 0.009 0.146 0.006 0.748 140 D 0.106 0.088 0.017 0.011 0.016 0.161 0.018 0.583 141 Y 0.245 0.215 0.029 0.006 0.014 0.097 0.019 0.376 142 N 0.040 0.305 0.008 0.006 0.010 0.322 0.009 0.299 143 E 0.089 0.357 0.009 0.004 0.008 0.131 0.016 0.386 144 G 0.114 0.433 0.021 0.004 0.005 0.080 0.017 0.326 145 I 0.059 0.708 0.036 0.006 0.006 0.041 0.010 0.134 146 V 0.027 0.808 0.020 0.010 0.015 0.013 0.004 0.103 147 Q 0.041 0.835 0.018 0.008 0.013 0.011 0.006 0.069 148 F 0.137 0.670 0.014 0.004 0.009 0.008 0.032 0.125 149 Y 0.218 0.551 0.025 0.007 0.009 0.015 0.044 0.131 150 G 0.067 0.316 0.041 0.011 0.009 0.083 0.035 0.438 151 G 0.080 0.064 0.018 0.003 0.005 0.082 0.018 0.729 152 F 0.072 0.101 0.043 0.005 0.006 0.078 0.006 0.689 153 E 0.015 0.130 0.014 0.004 0.005 0.246 0.003 0.583 154 Q 0.029 0.221 0.007 0.002 0.003 0.206 0.002 0.531 155 A 0.023 0.859 0.011 0.001 0.002 0.029 0.001 0.075 156 Q 0.008 0.956 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.025 157 L 0.011 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 158 A 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 159 Y 0.027 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.014 160 L 0.024 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 161 E 0.015 0.940 0.006 0.001 0.001 0.006 0.007 0.026 162 G 0.061 0.766 0.003 0.001 0.001 0.012 0.033 0.123 163 V 0.180 0.690 0.022 0.001 0.001 0.005 0.023 0.078 164 K 0.029 0.765 0.060 0.008 0.004 0.025 0.009 0.101 165 Q 0.047 0.645 0.025 0.008 0.008 0.029 0.013 0.224 166 S 0.098 0.745 0.039 0.004 0.005 0.008 0.013 0.088 167 I 0.063 0.711 0.054 0.012 0.014 0.016 0.014 0.116 168 E 0.054 0.545 0.092 0.032 0.037 0.034 0.015 0.190 169 A 0.083 0.378 0.081 0.033 0.048 0.039 0.021 0.318 170 D 0.087 0.302 0.065 0.028 0.035 0.072 0.033 0.377 171 L 0.127 0.137 0.057 0.017 0.020 0.096 0.057 0.490 172 G 0.288 0.075 0.052 0.017 0.015 0.164 0.069 0.319 173 L 0.333 0.051 0.058 0.026 0.023 0.102 0.033 0.374 174 F 0.069 0.064 0.108 0.047 0.082 0.093 0.012 0.525 175 K 0.029 0.018 0.050 0.037 0.067 0.143 0.003 0.653 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 177 R 0.046 0.027 0.060 0.043 0.096 0.263 0.009 0.456 178 R 0.499 0.036 0.032 0.015 0.018 0.076 0.009 0.315 179 M 0.121 0.256 0.087 0.034 0.062 0.061 0.009 0.369 180 G 0.123 0.184 0.077 0.027 0.059 0.122 0.012 0.394 181 H 0.125 0.158 0.042 0.011 0.022 0.095 0.011 0.535 182 I 0.038 0.209 0.031 0.012 0.025 0.084 0.008 0.593 183 S 0.018 0.151 0.011 0.006 0.008 0.271 0.004 0.531 184 L 0.063 0.529 0.018 0.004 0.006 0.135 0.008 0.238 185 C 0.040 0.831 0.015 0.002 0.006 0.013 0.004 0.089 186 Q 0.029 0.907 0.011 0.003 0.004 0.009 0.003 0.035 187 K 0.048 0.873 0.005 0.001 0.002 0.005 0.010 0.056 188 F 0.077 0.832 0.008 0.001 0.002 0.006 0.026 0.047 189 Q 0.123 0.591 0.028 0.007 0.006 0.023 0.065 0.158 190 Q 0.153 0.331 0.135 0.014 0.013 0.039 0.051 0.265 191 F 0.150 0.208 0.173 0.021 0.015 0.057 0.032 0.344 192 F 0.081 0.103 0.072 0.021 0.025 0.083 0.015 0.600 193 G 0.069 0.070 0.064 0.015 0.025 0.096 0.012 0.649 194 E 0.154 0.073 0.080 0.050 0.057 0.123 0.015 0.448 195 D 0.105 0.064 0.034 0.014 0.020 0.147 0.019 0.597 196 T 0.198 0.092 0.039 0.020 0.027 0.137 0.026 0.461 197 S 0.019 0.016 0.006 0.002 0.002 0.077 0.004 0.875 198 D 0.017 0.020 0.004 0.002 0.002 0.641 0.004 0.310 199 F 0.287 0.058 0.004 0.001 0.002 0.422 0.019 0.207 200 S 0.108 0.472 0.012 0.002 0.003 0.178 0.008 0.217 201 E 0.050 0.545 0.015 0.001 0.002 0.082 0.006 0.298 202 E 0.048 0.459 0.006 0.001 0.002 0.118 0.006 0.361 203 V 0.063 0.745 0.003 0.001 0.001 0.073 0.006 0.109 204 M 0.029 0.915 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.043 205 E 0.011 0.913 0.004 0.001 0.001 0.012 0.002 0.057 206 K 0.013 0.897 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.065 207 F 0.010 0.967 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 208 R 0.007 0.960 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.025 209 V 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 210 I 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 211 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 212 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 213 L 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 214 V 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 215 K 0.007 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 216 K 0.041 0.904 0.004 0.001 0.001 0.002 0.027 0.021 217 R 0.148 0.605 0.010 0.002 0.002 0.006 0.180 0.047 218 D 0.410 0.089 0.053 0.006 0.003 0.009 0.305 0.126 219 Y 0.065 0.018 0.718 0.030 0.012 0.026 0.016 0.115 220 E 0.019 0.012 0.430 0.100 0.054 0.121 0.006 0.259 221 L 0.029 0.008 0.233 0.202 0.218 0.045 0.002 0.263 222 D 0.012 0.011 0.468 0.097 0.149 0.065 0.002 0.196 223 F 0.013 0.007 0.339 0.180 0.221 0.055 0.002 0.182 224 N 0.014 0.012 0.224 0.170 0.290 0.095 0.004 0.191 225 T 0.028 0.015 0.111 0.106 0.181 0.123 0.007 0.429 226 A 0.023 0.015 0.053 0.047 0.095 0.192 0.013 0.563 227 G 0.079 0.013 0.017 0.018 0.031 0.275 0.021 0.545 228 L 0.241 0.046 0.045 0.041 0.052 0.144 0.030 0.400 229 F 0.098 0.087 0.049 0.048 0.109 0.093 0.014 0.502 230 K 0.056 0.043 0.038 0.064 0.112 0.083 0.006 0.598 231 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 232 L 0.094 0.047 0.040 0.073 0.147 0.120 0.012 0.467 233 C 0.235 0.050 0.041 0.045 0.054 0.056 0.016 0.504 234 G 0.168 0.049 0.043 0.041 0.058 0.053 0.021 0.566 235 E 0.192 0.023 0.049 0.036 0.034 0.098 0.012 0.558 236 T 0.030 0.009 0.017 0.010 0.019 0.036 0.004 0.876 237 Y 0.088 0.021 0.033 0.025 0.063 0.152 0.009 0.609 238 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.992 239 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 240 K 0.030 0.016 0.006 0.003 0.008 0.117 0.001 0.819 241 K 0.097 0.117 0.004 0.003 0.003 0.187 0.001 0.587 242 I 0.045 0.678 0.004 0.001 0.004 0.052 0.001 0.213 243 V 0.016 0.927 0.003 0.001 0.003 0.008 0.001 0.042 244 T 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 245 L 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 246 A 0.009 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 247 S 0.018 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 248 E 0.074 0.862 0.004 0.001 0.001 0.002 0.036 0.022 249 L 0.132 0.450 0.014 0.001 0.001 0.015 0.321 0.067 250 Q 0.601 0.027 0.071 0.003 0.001 0.006 0.206 0.085 251 I 0.004 0.001 0.973 0.003 0.001 0.004 0.001 0.013 252 P 0.001 0.001 0.260 0.016 0.007 0.019 0.001 0.696 253 F 0.009 0.001 0.416 0.011 0.035 0.021 0.001 0.507 254 V 0.008 0.001 0.896 0.005 0.009 0.036 0.001 0.043 255 Y 0.009 0.001 0.802 0.023 0.023 0.039 0.001 0.101 256 G 0.009 0.002 0.679 0.028 0.041 0.086 0.002 0.152 257 S 0.012 0.003 0.231 0.018 0.027 0.265 0.004 0.441 258 D 0.032 0.008 0.149 0.018 0.035 0.190 0.013 0.556 259 S 0.144 0.023 0.076 0.013 0.023 0.248 0.024 0.450 260 H 0.167 0.052 0.039 0.020 0.029 0.260 0.028 0.405 261 G 0.224 0.062 0.028 0.014 0.030 0.162 0.023 0.457 262 V 0.069 0.073 0.051 0.022 0.041 0.083 0.010 0.651 263 Q 0.051 0.081 0.038 0.035 0.054 0.138 0.013 0.589 264 D 0.127 0.086 0.028 0.019 0.029 0.119 0.017 0.574 265 I 0.170 0.172 0.050 0.019 0.034 0.090 0.027 0.439 266 G 0.132 0.147 0.043 0.023 0.033 0.136 0.024 0.462 267 R 0.116 0.129 0.060 0.031 0.040 0.097 0.014 0.512 268 G 0.084 0.112 0.044 0.017 0.031 0.125 0.016 0.572 269 Y 0.121 0.150 0.071 0.038 0.058 0.083 0.014 0.465 270 S 0.058 0.195 0.062 0.043 0.061 0.130 0.011 0.440 271 T 0.097 0.168 0.037 0.040 0.054 0.144 0.012 0.448 272 Y 0.140 0.333 0.060 0.033 0.062 0.082 0.016 0.274 273 C 0.071 0.391 0.044 0.051 0.087 0.084 0.013 0.259 274 Q 0.066 0.306 0.035 0.040 0.072 0.078 0.014 0.388 275 K 0.091 0.237 0.035 0.022 0.044 0.044 0.020 0.508