# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1433 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.492 0.211 0.168 0.075 0.037 0.015 0.002 2 K 0.279 0.251 0.219 0.142 0.067 0.034 0.008 3 R 0.125 0.156 0.166 0.215 0.183 0.124 0.032 4 D 0.083 0.121 0.145 0.189 0.206 0.176 0.079 5 G 0.021 0.031 0.032 0.070 0.149 0.371 0.326 6 H 0.014 0.021 0.034 0.067 0.131 0.291 0.440 7 T 0.004 0.006 0.008 0.021 0.056 0.240 0.664 8 H 0.006 0.009 0.018 0.044 0.104 0.281 0.539 9 T 0.007 0.013 0.020 0.048 0.128 0.284 0.500 10 E 0.016 0.044 0.084 0.154 0.203 0.280 0.219 11 F 0.017 0.024 0.044 0.101 0.253 0.374 0.186 12 C 0.047 0.097 0.131 0.226 0.244 0.201 0.056 13 P 0.286 0.258 0.231 0.120 0.062 0.035 0.008 14 H 0.196 0.196 0.205 0.217 0.125 0.055 0.007 15 G 0.333 0.287 0.185 0.115 0.050 0.026 0.003 16 T 0.387 0.320 0.158 0.078 0.043 0.012 0.001 17 H 0.457 0.376 0.088 0.061 0.014 0.004 0.001 18 D 0.205 0.260 0.194 0.192 0.123 0.025 0.001 19 D 0.112 0.294 0.247 0.216 0.093 0.035 0.003 20 V 0.007 0.020 0.069 0.186 0.422 0.269 0.026 21 E 0.028 0.218 0.316 0.311 0.101 0.024 0.002 22 E 0.009 0.092 0.264 0.319 0.242 0.069 0.006 23 M 0.001 0.005 0.015 0.052 0.263 0.561 0.103 24 V 0.001 0.007 0.038 0.140 0.398 0.349 0.066 25 L 0.030 0.309 0.388 0.197 0.058 0.015 0.002 26 K 0.008 0.114 0.295 0.374 0.173 0.034 0.002 27 A 0.004 0.009 0.023 0.109 0.466 0.367 0.023 28 I 0.022 0.160 0.280 0.321 0.175 0.040 0.002 29 E 0.229 0.519 0.171 0.064 0.015 0.003 0.001 30 L 0.072 0.225 0.239 0.328 0.114 0.021 0.001 31 D 0.218 0.387 0.262 0.090 0.032 0.010 0.001 32 F 0.009 0.061 0.134 0.378 0.303 0.106 0.008 33 D 0.080 0.240 0.330 0.214 0.096 0.037 0.003 34 E 0.003 0.029 0.085 0.230 0.410 0.216 0.026 35 Y 0.001 0.002 0.005 0.013 0.076 0.567 0.338 36 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.232 0.742 37 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.154 0.831 38 V 0.001 0.002 0.006 0.031 0.101 0.222 0.636 39 E 0.002 0.008 0.023 0.054 0.115 0.287 0.510 40 H 0.002 0.005 0.013 0.039 0.136 0.433 0.372 41 A 0.008 0.033 0.056 0.131 0.221 0.375 0.176 42 P 0.040 0.105 0.152 0.199 0.222 0.189 0.092 43 L 0.044 0.081 0.113 0.195 0.212 0.242 0.113 44 S 0.065 0.122 0.133 0.178 0.195 0.210 0.097 45 S 0.058 0.087 0.124 0.199 0.246 0.205 0.081 46 E 0.155 0.229 0.216 0.180 0.109 0.082 0.028 47 F 0.058 0.102 0.165 0.242 0.235 0.165 0.033 48 M 0.048 0.069 0.092 0.190 0.296 0.257 0.048 49 K 0.131 0.225 0.239 0.214 0.126 0.056 0.009 50 N 0.317 0.326 0.166 0.118 0.049 0.019 0.003 51 T 0.269 0.222 0.193 0.182 0.094 0.038 0.004 52 A 0.388 0.224 0.177 0.128 0.057 0.023 0.002 53 G 0.520 0.253 0.140 0.059 0.020 0.007 0.001 54 D 0.610 0.237 0.094 0.041 0.014 0.004 0.001 55 K 0.591 0.226 0.093 0.061 0.021 0.006 0.001 56 E 0.691 0.187 0.072 0.032 0.012 0.004 0.001 57 A 0.526 0.222 0.123 0.074 0.038 0.014 0.002 58 V 0.366 0.262 0.144 0.127 0.069 0.027 0.006 59 T 0.285 0.242 0.148 0.155 0.108 0.051 0.012 60 T 0.250 0.195 0.153 0.174 0.131 0.078 0.020 61 A 0.191 0.161 0.161 0.181 0.176 0.101 0.030 62 S 0.201 0.192 0.183 0.189 0.138 0.078 0.019 63 M 0.173 0.154 0.176 0.197 0.174 0.104 0.022 64 A 0.162 0.215 0.217 0.194 0.130 0.072 0.010 65 M 0.144 0.150 0.194 0.219 0.195 0.087 0.012 66 S 0.283 0.325 0.169 0.145 0.056 0.019 0.003 67 D 0.332 0.311 0.170 0.114 0.049 0.020 0.003 68 L 0.118 0.127 0.171 0.269 0.217 0.090 0.009 69 P 0.298 0.321 0.210 0.119 0.034 0.015 0.002 70 Y 0.121 0.205 0.219 0.212 0.166 0.070 0.008 71 Y 0.056 0.111 0.183 0.263 0.226 0.142 0.020 72 F 0.045 0.073 0.136 0.226 0.269 0.212 0.038 73 K 0.146 0.248 0.239 0.188 0.110 0.056 0.013 74 K 0.109 0.228 0.236 0.216 0.124 0.067 0.019 75 M 0.031 0.039 0.078 0.159 0.303 0.316 0.074 76 N 0.091 0.217 0.232 0.235 0.130 0.079 0.017 77 H 0.092 0.193 0.237 0.235 0.161 0.072 0.011 78 I 0.040 0.058 0.092 0.209 0.340 0.234 0.028 79 K 0.111 0.231 0.256 0.231 0.116 0.050 0.005 80 K 0.238 0.311 0.196 0.157 0.072 0.024 0.002 81 K 0.324 0.312 0.190 0.118 0.042 0.013 0.001 82 Y 0.159 0.143 0.186 0.261 0.190 0.056 0.004 83 A 0.414 0.281 0.182 0.089 0.025 0.009 0.001 84 S 0.581 0.241 0.120 0.038 0.014 0.005 0.001 85 D 0.274 0.311 0.199 0.134 0.055 0.023 0.004 86 L 0.063 0.089 0.126 0.215 0.282 0.197 0.028 87 L 0.068 0.114 0.166 0.223 0.214 0.167 0.049 88 I 0.023 0.030 0.047 0.090 0.186 0.381 0.242 89 H 0.028 0.053 0.085 0.139 0.206 0.265 0.225 90 I 0.019 0.038 0.050 0.106 0.175 0.317 0.294 91 G 0.028 0.046 0.083 0.128 0.188 0.255 0.273 92 F 0.011 0.015 0.023 0.050 0.123 0.371 0.406 93 E 0.034 0.065 0.097 0.165 0.215 0.247 0.177 94 V 0.038 0.051 0.067 0.126 0.215 0.313 0.189 95 D 0.089 0.140 0.182 0.209 0.173 0.142 0.066 96 Y 0.072 0.084 0.115 0.181 0.235 0.235 0.078 97 L 0.125 0.138 0.157 0.196 0.199 0.147 0.037 98 I 0.291 0.242 0.187 0.142 0.080 0.047 0.011 99 G 0.241 0.253 0.212 0.151 0.085 0.048 0.010 100 Y 0.133 0.143 0.151 0.201 0.194 0.152 0.026 101 E 0.166 0.198 0.223 0.214 0.126 0.061 0.013 102 D 0.294 0.311 0.196 0.118 0.052 0.025 0.004 103 F 0.055 0.096 0.197 0.282 0.245 0.111 0.014 104 T 0.040 0.055 0.090 0.177 0.289 0.310 0.039 105 R 0.121 0.271 0.310 0.196 0.076 0.023 0.003 106 D 0.148 0.400 0.251 0.143 0.043 0.014 0.002 107 F 0.019 0.037 0.096 0.258 0.390 0.188 0.010 108 L 0.042 0.099 0.193 0.323 0.249 0.088 0.007 109 N 0.398 0.387 0.156 0.046 0.010 0.003 0.001 110 E 0.240 0.364 0.219 0.119 0.048 0.010 0.001 111 Y 0.086 0.121 0.175 0.284 0.226 0.101 0.006 112 G 0.259 0.275 0.242 0.157 0.052 0.014 0.001 113 P 0.491 0.304 0.124 0.054 0.019 0.006 0.001 114 Q 0.211 0.235 0.219 0.174 0.109 0.046 0.006 115 T 0.158 0.191 0.202 0.197 0.150 0.083 0.020 116 D 0.211 0.316 0.175 0.175 0.076 0.037 0.009 117 D 0.083 0.142 0.186 0.210 0.219 0.130 0.029 118 G 0.015 0.033 0.060 0.128 0.251 0.362 0.152 119 V 0.007 0.014 0.035 0.070 0.161 0.331 0.382 120 L 0.010 0.031 0.055 0.098 0.169 0.329 0.309 121 S 0.010 0.036 0.084 0.191 0.256 0.230 0.193 122 L 0.003 0.004 0.010 0.026 0.123 0.409 0.425 123 H 0.010 0.032 0.063 0.107 0.195 0.351 0.242 124 F 0.019 0.061 0.101 0.197 0.254 0.262 0.106 125 L 0.030 0.064 0.094 0.198 0.279 0.249 0.085 126 E 0.160 0.213 0.207 0.180 0.115 0.091 0.035 127 G 0.195 0.212 0.173 0.178 0.137 0.083 0.023 128 Q 0.311 0.242 0.165 0.136 0.078 0.052 0.016 129 G 0.319 0.234 0.159 0.135 0.086 0.052 0.014 130 G 0.269 0.228 0.173 0.154 0.098 0.062 0.016 131 F 0.154 0.156 0.165 0.206 0.175 0.116 0.028 132 R 0.166 0.186 0.163 0.187 0.153 0.106 0.038 133 S 0.182 0.226 0.183 0.187 0.123 0.073 0.026 134 I 0.102 0.138 0.159 0.222 0.205 0.139 0.036 135 D 0.097 0.156 0.178 0.217 0.189 0.132 0.031 136 F 0.054 0.077 0.121 0.208 0.261 0.225 0.053 137 S 0.087 0.165 0.184 0.219 0.199 0.115 0.030 138 A 0.123 0.226 0.196 0.239 0.134 0.068 0.014 139 E 0.232 0.265 0.209 0.162 0.081 0.042 0.008 140 D 0.154 0.217 0.241 0.192 0.121 0.063 0.011 141 Y 0.049 0.080 0.107 0.210 0.284 0.220 0.050 142 N 0.087 0.189 0.217 0.251 0.160 0.080 0.016 143 E 0.245 0.312 0.224 0.132 0.055 0.025 0.006 144 G 0.069 0.138 0.194 0.264 0.201 0.109 0.024 145 I 0.035 0.048 0.074 0.137 0.268 0.346 0.093 146 V 0.052 0.109 0.176 0.256 0.259 0.120 0.029 147 Q 0.158 0.350 0.221 0.159 0.069 0.035 0.009 148 F 0.034 0.072 0.143 0.244 0.297 0.187 0.023 149 Y 0.055 0.098 0.177 0.250 0.251 0.142 0.027 150 G 0.186 0.346 0.233 0.145 0.062 0.024 0.004 151 G 0.117 0.276 0.219 0.201 0.133 0.047 0.007 152 F 0.024 0.044 0.111 0.228 0.314 0.248 0.032 153 E 0.098 0.283 0.309 0.198 0.080 0.027 0.004 154 Q 0.045 0.215 0.266 0.285 0.146 0.038 0.004 155 A 0.006 0.012 0.028 0.087 0.349 0.451 0.066 156 Q 0.019 0.081 0.170 0.281 0.238 0.180 0.032 157 L 0.089 0.309 0.287 0.201 0.084 0.025 0.005 158 A 0.027 0.172 0.273 0.299 0.157 0.061 0.010 159 Y 0.004 0.011 0.028 0.101 0.315 0.454 0.086 160 L 0.008 0.041 0.130 0.262 0.348 0.179 0.031 161 E 0.091 0.366 0.302 0.150 0.061 0.025 0.005 162 G 0.012 0.075 0.193 0.314 0.273 0.112 0.021 163 V 0.003 0.007 0.019 0.062 0.249 0.504 0.156 164 K 0.021 0.114 0.235 0.283 0.220 0.103 0.024 165 Q 0.061 0.227 0.245 0.245 0.137 0.064 0.021 166 S 0.013 0.027 0.049 0.104 0.231 0.436 0.140 167 I 0.020 0.045 0.074 0.190 0.299 0.274 0.098 168 E 0.098 0.241 0.230 0.212 0.131 0.069 0.020 169 A 0.094 0.162 0.187 0.241 0.179 0.110 0.027 170 D 0.101 0.160 0.152 0.179 0.182 0.171 0.055 171 L 0.123 0.177 0.193 0.232 0.171 0.080 0.024 172 G 0.228 0.300 0.180 0.153 0.083 0.045 0.011 173 L 0.091 0.125 0.193 0.235 0.207 0.126 0.022 174 F 0.064 0.066 0.098 0.173 0.273 0.253 0.073 175 K 0.158 0.245 0.217 0.188 0.109 0.063 0.021 176 P 0.124 0.178 0.173 0.201 0.174 0.113 0.037 177 R 0.083 0.139 0.146 0.195 0.175 0.182 0.080 178 R 0.049 0.090 0.123 0.189 0.205 0.220 0.125 179 M 0.043 0.081 0.130 0.178 0.233 0.232 0.103 180 G 0.025 0.082 0.143 0.214 0.227 0.210 0.099 181 H 0.007 0.014 0.023 0.054 0.149 0.424 0.329 182 I 0.008 0.020 0.056 0.124 0.284 0.322 0.185 183 S 0.023 0.139 0.243 0.269 0.157 0.111 0.058 184 L 0.006 0.021 0.065 0.164 0.312 0.335 0.096 185 C 0.005 0.009 0.022 0.065 0.228 0.479 0.192 186 Q 0.037 0.164 0.245 0.252 0.176 0.099 0.027 187 K 0.052 0.200 0.242 0.249 0.155 0.079 0.023 188 F 0.019 0.044 0.090 0.202 0.266 0.305 0.074 189 Q 0.070 0.177 0.199 0.244 0.169 0.106 0.035 190 Q 0.145 0.281 0.226 0.171 0.109 0.054 0.014 191 F 0.039 0.072 0.126 0.215 0.260 0.225 0.063 192 F 0.026 0.049 0.092 0.163 0.242 0.316 0.113 193 G 0.059 0.129 0.153 0.207 0.209 0.174 0.068 194 E 0.115 0.163 0.175 0.196 0.159 0.128 0.064 195 D 0.071 0.104 0.127 0.188 0.208 0.212 0.090 196 T 0.071 0.097 0.112 0.174 0.230 0.237 0.079 197 S 0.144 0.185 0.167 0.202 0.160 0.109 0.032 198 D 0.219 0.260 0.204 0.156 0.089 0.056 0.015 199 F 0.128 0.159 0.153 0.222 0.186 0.123 0.028 200 S 0.160 0.183 0.205 0.222 0.144 0.071 0.014 201 E 0.423 0.297 0.160 0.077 0.029 0.012 0.002 202 E 0.155 0.240 0.241 0.201 0.110 0.047 0.006 203 V 0.041 0.061 0.085 0.169 0.307 0.295 0.042 204 M 0.052 0.156 0.288 0.294 0.155 0.048 0.008 205 E 0.174 0.442 0.203 0.120 0.043 0.015 0.002 206 K 0.012 0.081 0.193 0.311 0.289 0.102 0.013 207 F 0.001 0.003 0.014 0.066 0.304 0.505 0.108 208 R 0.010 0.135 0.386 0.290 0.140 0.035 0.004 209 V 0.004 0.081 0.232 0.386 0.238 0.052 0.007 210 I 0.001 0.001 0.004 0.016 0.147 0.659 0.173 211 L 0.001 0.002 0.018 0.083 0.327 0.451 0.119 212 A 0.009 0.234 0.396 0.247 0.082 0.027 0.005 213 L 0.003 0.053 0.212 0.416 0.245 0.065 0.005 214 V 0.002 0.004 0.012 0.060 0.402 0.471 0.049 215 K 0.024 0.171 0.311 0.331 0.137 0.026 0.001 216 K 0.269 0.508 0.159 0.048 0.013 0.003 0.001 217 R 0.065 0.236 0.343 0.220 0.104 0.029 0.003 218 D 0.097 0.384 0.211 0.207 0.064 0.032 0.006 219 Y 0.004 0.031 0.072 0.221 0.495 0.167 0.009 220 E 0.006 0.023 0.075 0.191 0.280 0.321 0.104 221 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.041 0.474 0.475 222 D 0.001 0.005 0.015 0.051 0.106 0.310 0.512 223 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.031 0.217 0.742 224 N 0.001 0.002 0.005 0.018 0.061 0.262 0.651 225 T 0.003 0.013 0.027 0.079 0.172 0.346 0.361 226 A 0.014 0.050 0.091 0.173 0.229 0.289 0.154 227 G 0.051 0.108 0.162 0.196 0.199 0.208 0.076 228 L 0.041 0.067 0.104 0.203 0.273 0.247 0.065 229 F 0.114 0.165 0.178 0.208 0.193 0.116 0.024 230 K 0.273 0.244 0.189 0.158 0.086 0.041 0.009 231 P 0.410 0.284 0.149 0.095 0.040 0.018 0.003 232 L 0.257 0.188 0.180 0.181 0.128 0.058 0.009 233 C 0.291 0.214 0.183 0.170 0.095 0.041 0.006 234 G 0.396 0.269 0.165 0.103 0.047 0.018 0.003 235 E 0.345 0.276 0.166 0.124 0.062 0.025 0.003 236 T 0.232 0.236 0.200 0.177 0.107 0.044 0.004 237 Y 0.151 0.208 0.218 0.228 0.134 0.057 0.005 238 P 0.148 0.223 0.201 0.196 0.146 0.075 0.012 239 P 0.064 0.139 0.195 0.276 0.193 0.114 0.019 240 K 0.168 0.280 0.288 0.168 0.070 0.023 0.003 241 K 0.032 0.161 0.290 0.317 0.152 0.042 0.005 242 I 0.004 0.007 0.014 0.051 0.253 0.572 0.099 243 V 0.005 0.023 0.110 0.259 0.376 0.196 0.031 244 T 0.048 0.355 0.362 0.168 0.046 0.017 0.003 245 L 0.007 0.051 0.200 0.394 0.267 0.078 0.004 246 A 0.006 0.012 0.028 0.108 0.405 0.394 0.046 247 S 0.059 0.276 0.331 0.221 0.090 0.020 0.001 248 E 0.226 0.475 0.182 0.084 0.027 0.006 0.001 249 L 0.033 0.127 0.222 0.349 0.197 0.068 0.005 250 Q 0.166 0.338 0.263 0.151 0.048 0.026 0.007 251 I 0.011 0.049 0.091 0.241 0.395 0.192 0.021 252 P 0.019 0.070 0.145 0.255 0.269 0.190 0.053 253 F 0.002 0.007 0.015 0.038 0.128 0.456 0.353 254 V 0.002 0.004 0.008 0.021 0.060 0.295 0.611 255 Y 0.001 0.001 0.002 0.009 0.035 0.224 0.728 256 G 0.001 0.001 0.003 0.012 0.041 0.169 0.773 257 S 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.206 0.760 258 D 0.001 0.003 0.006 0.021 0.064 0.259 0.647 259 S 0.002 0.003 0.005 0.015 0.055 0.280 0.641 260 H 0.006 0.012 0.023 0.057 0.133 0.348 0.421 261 G 0.018 0.045 0.085 0.165 0.219 0.275 0.192 262 V 0.023 0.034 0.076 0.167 0.266 0.327 0.107 263 Q 0.127 0.212 0.209 0.201 0.137 0.090 0.025 264 D 0.171 0.247 0.219 0.170 0.112 0.069 0.013 265 I 0.078 0.100 0.151 0.254 0.251 0.147 0.019 266 G 0.182 0.268 0.228 0.187 0.087 0.043 0.006 267 R 0.270 0.271 0.202 0.158 0.071 0.025 0.003 268 G 0.215 0.277 0.242 0.163 0.075 0.025 0.003 269 Y 0.059 0.074 0.124 0.235 0.302 0.192 0.014 270 S 0.204 0.315 0.254 0.164 0.049 0.014 0.001 271 T 0.221 0.387 0.242 0.106 0.034 0.010 0.001 272 Y 0.083 0.098 0.192 0.331 0.230 0.064 0.002 273 C 0.130 0.197 0.256 0.270 0.123 0.023 0.001 274 Q 0.706 0.236 0.048 0.009 0.001 0.001 0.001 275 K 0.708 0.233 0.044 0.012 0.003 0.001 0.001