# TARGET T0440 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 217 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.018 0.019 0.031 0.250 0.637 2 K 0.095 0.041 0.023 0.033 0.170 0.637 3 R 0.146 0.094 0.043 0.044 0.229 0.443 4 D 0.176 0.046 0.053 0.038 0.447 0.240 5 G 0.195 0.013 0.030 0.041 0.527 0.194 6 H 0.249 0.021 0.030 0.036 0.502 0.161 7 T 0.378 0.067 0.019 0.029 0.367 0.141 8 H 0.294 0.046 0.020 0.025 0.322 0.293 9 T 0.086 0.023 0.024 0.013 0.479 0.376 10 E 0.031 0.023 0.086 0.024 0.595 0.240 11 F 0.013 0.022 0.075 0.032 0.617 0.241 12 C 0.009 0.045 0.054 0.017 0.725 0.150 13 P 0.007 0.012 0.058 0.041 0.743 0.139 14 H 0.006 0.009 0.116 0.080 0.678 0.112 15 G 0.005 0.010 0.148 0.082 0.688 0.067 16 T 0.007 0.014 0.112 0.135 0.581 0.151 17 H 0.005 0.014 0.042 0.109 0.374 0.456 18 D 0.004 0.015 0.020 0.151 0.306 0.504 19 D 0.003 0.013 0.006 0.103 0.087 0.788 20 V 0.001 0.001 0.004 0.971 0.008 0.015 21 E 0.001 0.001 0.002 0.987 0.007 0.004 22 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 23 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 24 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 25 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.002 26 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 27 A 0.001 0.001 0.005 0.986 0.008 0.001 28 I 0.001 0.001 0.023 0.958 0.016 0.003 29 E 0.001 0.001 0.032 0.929 0.033 0.007 30 L 0.001 0.001 0.021 0.795 0.092 0.092 31 D 0.003 0.001 0.002 0.012 0.148 0.835 32 F 0.063 0.001 0.002 0.001 0.156 0.778 33 D 0.707 0.004 0.003 0.001 0.069 0.217 34 E 0.986 0.003 0.001 0.001 0.003 0.008 35 Y 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 36 S 0.983 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 37 I 0.893 0.004 0.007 0.010 0.026 0.060 38 V 0.592 0.011 0.028 0.026 0.177 0.166 39 E 0.177 0.008 0.069 0.073 0.308 0.364 40 H 0.100 0.023 0.072 0.053 0.354 0.398 41 A 0.121 0.027 0.042 0.028 0.379 0.402 42 P 0.108 0.027 0.035 0.023 0.323 0.485 43 L 0.082 0.025 0.041 0.030 0.356 0.465 44 S 0.055 0.022 0.088 0.052 0.409 0.373 45 S 0.052 0.018 0.178 0.095 0.409 0.248 46 E 0.040 0.010 0.252 0.094 0.426 0.178 47 F 0.065 0.036 0.212 0.120 0.404 0.164 48 M 0.072 0.015 0.125 0.129 0.415 0.246 49 K 0.076 0.019 0.053 0.112 0.399 0.341 50 N 0.054 0.020 0.036 0.101 0.337 0.451 51 T 0.043 0.024 0.043 0.116 0.381 0.393 52 A 0.025 0.008 0.169 0.256 0.391 0.151 53 G 0.026 0.008 0.170 0.284 0.348 0.165 54 D 0.030 0.008 0.175 0.373 0.287 0.128 55 K 0.025 0.009 0.102 0.436 0.233 0.195 56 E 0.024 0.009 0.095 0.466 0.220 0.186 57 A 0.018 0.008 0.081 0.534 0.202 0.157 58 V 0.021 0.010 0.073 0.483 0.211 0.202 59 T 0.013 0.006 0.079 0.478 0.242 0.182 60 T 0.016 0.007 0.083 0.510 0.223 0.162 61 A 0.016 0.005 0.122 0.514 0.238 0.105 62 S 0.025 0.008 0.104 0.524 0.201 0.139 63 M 0.017 0.009 0.105 0.503 0.212 0.154 64 A 0.017 0.010 0.037 0.343 0.236 0.356 65 M 0.006 0.002 0.151 0.575 0.184 0.082 66 S 0.004 0.003 0.157 0.611 0.149 0.075 67 D 0.002 0.001 0.132 0.656 0.105 0.103 68 L 0.001 0.001 0.029 0.873 0.037 0.059 69 P 0.001 0.001 0.008 0.936 0.026 0.029 70 Y 0.001 0.001 0.010 0.952 0.019 0.019 71 Y 0.001 0.001 0.005 0.963 0.013 0.018 72 F 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.006 73 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.006 0.005 74 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 75 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 76 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 77 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.003 78 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 79 K 0.001 0.001 0.006 0.980 0.008 0.005 80 K 0.001 0.001 0.012 0.953 0.021 0.012 81 K 0.002 0.001 0.029 0.871 0.050 0.048 82 Y 0.010 0.011 0.045 0.603 0.186 0.144 83 A 0.019 0.004 0.133 0.261 0.493 0.091 84 S 0.015 0.001 0.125 0.100 0.598 0.161 85 D 0.072 0.003 0.051 0.016 0.625 0.233 86 L 0.524 0.008 0.008 0.006 0.236 0.218 87 L 0.821 0.005 0.001 0.001 0.053 0.118 88 I 0.945 0.003 0.001 0.001 0.013 0.038 89 H 0.952 0.002 0.001 0.001 0.014 0.031 90 I 0.947 0.002 0.001 0.001 0.016 0.034 91 G 0.908 0.001 0.001 0.001 0.031 0.059 92 F 0.959 0.002 0.001 0.001 0.012 0.026 93 E 0.960 0.003 0.001 0.001 0.011 0.023 94 V 0.914 0.003 0.004 0.005 0.025 0.050 95 D 0.804 0.007 0.010 0.010 0.078 0.090 96 Y 0.407 0.019 0.015 0.013 0.227 0.319 97 L 0.102 0.014 0.011 0.022 0.486 0.364 98 I 0.016 0.003 0.047 0.079 0.682 0.173 99 G 0.006 0.004 0.071 0.159 0.653 0.107 100 Y 0.008 0.011 0.099 0.377 0.427 0.078 101 E 0.008 0.003 0.057 0.699 0.159 0.073 102 D 0.010 0.002 0.051 0.798 0.087 0.052 103 F 0.012 0.006 0.056 0.836 0.058 0.032 104 T 0.013 0.003 0.026 0.875 0.035 0.047 105 R 0.013 0.002 0.042 0.868 0.044 0.032 106 D 0.008 0.002 0.055 0.868 0.041 0.026 107 F 0.005 0.001 0.059 0.875 0.041 0.020 108 L 0.004 0.001 0.077 0.862 0.040 0.016 109 N 0.002 0.001 0.119 0.771 0.078 0.030 110 E 0.002 0.001 0.114 0.587 0.183 0.114 111 Y 0.003 0.002 0.068 0.248 0.354 0.324 112 G 0.005 0.003 0.038 0.036 0.438 0.480 113 P 0.019 0.008 0.033 0.014 0.500 0.427 114 Q 0.070 0.008 0.063 0.009 0.454 0.396 115 T 0.281 0.009 0.024 0.004 0.360 0.321 116 D 0.555 0.002 0.009 0.001 0.101 0.332 117 D 0.971 0.002 0.001 0.001 0.006 0.020 118 G 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 119 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 120 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 121 S 0.930 0.002 0.001 0.001 0.016 0.049 122 L 0.836 0.002 0.005 0.006 0.058 0.092 123 H 0.759 0.006 0.014 0.009 0.112 0.101 124 F 0.655 0.028 0.015 0.017 0.134 0.151 125 L 0.418 0.022 0.025 0.030 0.318 0.188 126 E 0.171 0.008 0.024 0.039 0.458 0.301 127 G 0.076 0.017 0.029 0.057 0.536 0.284 128 Q 0.048 0.015 0.042 0.081 0.489 0.325 129 G 0.051 0.012 0.060 0.111 0.424 0.342 130 G 0.086 0.023 0.100 0.148 0.408 0.234 131 F 0.086 0.018 0.077 0.178 0.322 0.318 132 R 0.070 0.017 0.065 0.221 0.302 0.324 133 S 0.043 0.010 0.085 0.310 0.304 0.248 134 I 0.032 0.008 0.099 0.406 0.295 0.160 135 D 0.036 0.008 0.093 0.485 0.229 0.149 136 F 0.037 0.010 0.059 0.490 0.210 0.192 137 S 0.019 0.004 0.030 0.522 0.180 0.245 138 A 0.013 0.003 0.026 0.675 0.144 0.138 139 E 0.009 0.004 0.032 0.739 0.128 0.088 140 D 0.008 0.003 0.036 0.738 0.115 0.101 141 Y 0.008 0.002 0.030 0.791 0.082 0.088 142 N 0.005 0.001 0.024 0.847 0.069 0.054 143 E 0.007 0.002 0.018 0.852 0.060 0.061 144 G 0.014 0.003 0.023 0.733 0.088 0.139 145 I 0.035 0.005 0.039 0.727 0.101 0.093 146 V 0.034 0.003 0.041 0.756 0.092 0.073 147 Q 0.030 0.003 0.032 0.727 0.097 0.111 148 F 0.030 0.004 0.036 0.736 0.087 0.107 149 Y 0.023 0.005 0.053 0.682 0.132 0.104 150 G 0.014 0.003 0.052 0.639 0.160 0.132 151 G 0.019 0.009 0.060 0.387 0.314 0.211 152 F 0.017 0.007 0.042 0.376 0.348 0.211 153 E 0.012 0.004 0.032 0.400 0.335 0.218 154 Q 0.017 0.007 0.018 0.365 0.280 0.313 155 A 0.026 0.015 0.018 0.436 0.164 0.341 156 Q 0.005 0.001 0.016 0.913 0.030 0.034 157 L 0.004 0.001 0.014 0.941 0.023 0.019 158 A 0.002 0.001 0.017 0.956 0.016 0.009 159 Y 0.002 0.001 0.013 0.957 0.013 0.014 160 L 0.002 0.001 0.006 0.959 0.013 0.019 161 E 0.001 0.001 0.006 0.961 0.016 0.017 162 G 0.001 0.001 0.006 0.953 0.019 0.021 163 V 0.001 0.001 0.007 0.947 0.018 0.027 164 K 0.001 0.001 0.006 0.963 0.013 0.016 165 Q 0.001 0.001 0.003 0.977 0.009 0.010 166 S 0.001 0.001 0.002 0.985 0.005 0.008 167 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 168 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.007 0.004 169 A 0.001 0.001 0.003 0.982 0.010 0.004 170 D 0.001 0.001 0.007 0.970 0.017 0.006 171 L 0.001 0.001 0.013 0.951 0.024 0.011 172 G 0.001 0.001 0.028 0.893 0.054 0.023 173 L 0.002 0.001 0.024 0.722 0.139 0.113 174 F 0.003 0.002 0.008 0.036 0.274 0.678 175 K 0.024 0.004 0.012 0.008 0.376 0.576 176 P 0.140 0.004 0.037 0.012 0.446 0.360 177 R 0.472 0.013 0.073 0.016 0.245 0.182 178 R 0.817 0.014 0.025 0.013 0.057 0.073 179 M 0.818 0.004 0.012 0.021 0.052 0.093 180 G 0.640 0.022 0.014 0.043 0.070 0.210 181 H 0.413 0.022 0.016 0.079 0.132 0.338 182 I 0.199 0.004 0.035 0.200 0.282 0.280 183 S 0.185 0.013 0.044 0.239 0.345 0.175 184 L 0.217 0.022 0.048 0.366 0.254 0.093 185 C 0.285 0.009 0.032 0.360 0.193 0.121 186 Q 0.287 0.005 0.028 0.393 0.170 0.117 187 K 0.205 0.014 0.026 0.436 0.177 0.142 188 F 0.081 0.015 0.021 0.389 0.200 0.293 189 Q 0.029 0.004 0.022 0.094 0.324 0.526 190 Q 0.020 0.013 0.050 0.118 0.375 0.424 191 F 0.013 0.014 0.047 0.102 0.462 0.362 192 F 0.006 0.004 0.064 0.158 0.406 0.361 193 G 0.009 0.007 0.083 0.175 0.411 0.315 194 E 0.006 0.005 0.108 0.301 0.374 0.207 195 D 0.015 0.011 0.117 0.312 0.309 0.236 196 T 0.021 0.007 0.151 0.395 0.279 0.147 197 S 0.031 0.009 0.116 0.395 0.286 0.163 198 D 0.020 0.009 0.129 0.442 0.264 0.135 199 F 0.015 0.010 0.060 0.319 0.291 0.305 200 S 0.006 0.004 0.085 0.591 0.157 0.157 201 E 0.003 0.002 0.059 0.741 0.093 0.102 202 E 0.001 0.002 0.035 0.882 0.033 0.047 203 V 0.001 0.001 0.010 0.965 0.008 0.015 204 M 0.001 0.001 0.003 0.983 0.005 0.008 205 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.006 206 K 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 207 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 208 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 209 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.004 210 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 211 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 212 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 213 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 214 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.007 0.002 215 K 0.001 0.001 0.005 0.983 0.009 0.003 216 K 0.001 0.001 0.005 0.964 0.018 0.012 217 R 0.002 0.001 0.005 0.807 0.058 0.127 218 D 0.003 0.001 0.001 0.007 0.072 0.918 219 Y 0.130 0.003 0.001 0.003 0.081 0.782 220 E 0.859 0.005 0.001 0.002 0.024 0.110 221 L 0.966 0.003 0.001 0.001 0.006 0.023 222 D 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 223 F 0.931 0.004 0.001 0.003 0.012 0.050 224 N 0.633 0.005 0.005 0.015 0.058 0.284 225 T 0.298 0.008 0.039 0.037 0.206 0.412 226 A 0.120 0.013 0.108 0.069 0.341 0.348 227 G 0.095 0.011 0.213 0.074 0.418 0.190 228 L 0.144 0.040 0.195 0.128 0.352 0.141 229 F 0.124 0.036 0.087 0.162 0.355 0.235 230 K 0.057 0.010 0.074 0.124 0.538 0.197 231 P 0.020 0.004 0.113 0.089 0.633 0.142 232 L 0.034 0.012 0.144 0.098 0.614 0.097 233 C 0.082 0.028 0.091 0.093 0.514 0.193 234 G 0.057 0.017 0.039 0.038 0.411 0.437 235 E 0.116 0.027 0.020 0.029 0.253 0.555 236 T 0.188 0.052 0.014 0.038 0.194 0.514 237 Y 0.066 0.033 0.006 0.028 0.184 0.684 238 P 0.019 0.010 0.004 0.040 0.189 0.738 239 P 0.004 0.002 0.004 0.094 0.092 0.804 240 K 0.001 0.001 0.004 0.909 0.032 0.054 241 K 0.001 0.001 0.003 0.959 0.020 0.017 242 I 0.001 0.001 0.003 0.980 0.011 0.004 243 V 0.001 0.001 0.003 0.986 0.008 0.002 244 T 0.001 0.001 0.002 0.987 0.008 0.002 245 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 246 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 247 S 0.001 0.001 0.005 0.986 0.006 0.002 248 E 0.001 0.001 0.010 0.954 0.022 0.013 249 L 0.004 0.001 0.012 0.728 0.087 0.168 250 Q 0.004 0.001 0.001 0.003 0.079 0.912 251 I 0.040 0.001 0.001 0.001 0.090 0.867 252 P 0.393 0.005 0.002 0.001 0.072 0.528 253 F 0.830 0.038 0.003 0.001 0.035 0.093 254 V 0.902 0.013 0.002 0.001 0.037 0.046 255 Y 0.727 0.010 0.002 0.001 0.106 0.155 256 G 0.227 0.012 0.009 0.004 0.601 0.148 257 S 0.034 0.010 0.083 0.018 0.810 0.045 258 D 0.012 0.007 0.183 0.037 0.712 0.049 259 S 0.017 0.014 0.145 0.077 0.681 0.066 260 H 0.014 0.018 0.046 0.115 0.372 0.435 261 G 0.016 0.027 0.008 0.069 0.209 0.671 262 V 0.014 0.010 0.215 0.349 0.254 0.158 263 Q 0.013 0.004 0.310 0.346 0.263 0.064 264 D 0.013 0.004 0.389 0.376 0.190 0.028 265 I 0.010 0.005 0.210 0.530 0.186 0.060 266 G 0.011 0.003 0.050 0.576 0.253 0.107 267 R 0.016 0.007 0.050 0.614 0.189 0.125 268 G 0.026 0.010 0.025 0.479 0.187 0.273 269 Y 0.007 0.003 0.068 0.841 0.053 0.028 270 S 0.008 0.002 0.120 0.800 0.047 0.023 271 T 0.010 0.001 0.140 0.791 0.043 0.014 272 Y 0.018 0.004 0.104 0.773 0.052 0.049 273 C 0.018 0.007 0.041 0.721 0.057 0.155 274 Q 0.013 0.004 0.021 0.601 0.049 0.312 275 K 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 0.965