# TARGET T0440 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 217 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 K 0.048 0.055 0.008 0.030 0.009 0.047 0.803 3 R 0.081 0.034 0.013 0.031 0.194 0.071 0.576 4 D 0.106 0.015 0.029 0.053 0.187 0.093 0.517 5 G 0.253 0.029 0.045 0.076 0.202 0.129 0.266 6 H 0.394 0.032 0.071 0.069 0.082 0.090 0.261 7 T 0.346 0.050 0.083 0.060 0.124 0.112 0.226 8 H 0.249 0.030 0.057 0.070 0.122 0.112 0.359 9 T 0.077 0.035 0.066 0.024 0.115 0.108 0.575 10 E 0.050 0.017 0.065 0.021 0.261 0.279 0.307 11 F 0.036 0.048 0.086 0.021 0.308 0.204 0.296 12 C 0.017 0.095 0.026 0.013 0.305 0.027 0.518 13 P 0.009 0.017 0.135 0.053 0.144 0.418 0.224 14 H 0.004 0.008 0.127 0.031 0.102 0.644 0.083 15 G 0.008 0.020 0.216 0.029 0.191 0.369 0.168 16 T 0.018 0.018 0.112 0.036 0.183 0.316 0.316 17 H 0.025 0.012 0.073 0.027 0.160 0.375 0.328 18 D 0.019 0.035 0.017 0.016 0.511 0.069 0.332 19 D 0.011 0.067 0.002 0.041 0.169 0.010 0.701 20 V 0.001 0.001 0.006 0.982 0.004 0.004 0.004 21 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 24 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 27 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 28 I 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.008 0.001 29 E 0.001 0.001 0.004 0.908 0.002 0.083 0.002 30 L 0.001 0.001 0.003 0.318 0.008 0.668 0.004 31 D 0.001 0.002 0.002 0.025 0.038 0.845 0.086 32 F 0.009 0.001 0.001 0.001 0.037 0.004 0.948 33 D 0.246 0.004 0.005 0.002 0.443 0.012 0.289 34 E 0.901 0.011 0.004 0.002 0.021 0.007 0.054 35 Y 0.961 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.028 36 S 0.969 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 37 I 0.867 0.003 0.002 0.002 0.013 0.004 0.109 38 V 0.495 0.008 0.010 0.008 0.078 0.028 0.373 39 E 0.267 0.012 0.035 0.021 0.224 0.133 0.308 40 H 0.153 0.042 0.046 0.029 0.222 0.133 0.375 41 A 0.128 0.035 0.034 0.023 0.269 0.091 0.420 42 P 0.093 0.031 0.028 0.017 0.237 0.107 0.487 43 L 0.086 0.042 0.041 0.026 0.212 0.108 0.486 44 S 0.048 0.023 0.057 0.040 0.204 0.128 0.500 45 S 0.039 0.019 0.104 0.073 0.223 0.182 0.359 46 E 0.038 0.020 0.160 0.108 0.152 0.219 0.303 47 F 0.038 0.021 0.154 0.101 0.153 0.246 0.286 48 M 0.053 0.028 0.099 0.108 0.210 0.173 0.329 49 K 0.049 0.029 0.058 0.121 0.220 0.126 0.397 50 N 0.029 0.020 0.036 0.130 0.176 0.079 0.531 51 T 0.019 0.016 0.043 0.197 0.128 0.084 0.514 52 A 0.011 0.005 0.108 0.455 0.074 0.200 0.146 53 G 0.012 0.007 0.134 0.450 0.069 0.175 0.154 54 D 0.013 0.010 0.116 0.488 0.083 0.100 0.191 55 K 0.021 0.010 0.085 0.537 0.072 0.119 0.156 56 E 0.019 0.010 0.080 0.488 0.087 0.150 0.167 57 A 0.017 0.010 0.064 0.469 0.110 0.165 0.164 58 V 0.019 0.008 0.056 0.423 0.096 0.171 0.228 59 T 0.014 0.008 0.077 0.441 0.098 0.151 0.212 60 T 0.010 0.009 0.112 0.415 0.101 0.148 0.206 61 A 0.009 0.005 0.131 0.457 0.090 0.188 0.121 62 S 0.015 0.005 0.118 0.417 0.079 0.222 0.143 63 M 0.016 0.019 0.136 0.325 0.111 0.147 0.246 64 A 0.017 0.015 0.095 0.289 0.118 0.106 0.360 65 M 0.004 0.003 0.174 0.588 0.051 0.100 0.081 66 S 0.003 0.002 0.153 0.605 0.044 0.146 0.046 67 D 0.001 0.004 0.084 0.663 0.040 0.124 0.084 68 L 0.001 0.001 0.018 0.875 0.022 0.031 0.052 69 P 0.001 0.001 0.006 0.967 0.005 0.017 0.004 70 Y 0.001 0.001 0.004 0.975 0.003 0.015 0.003 71 Y 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.002 72 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 73 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 74 K 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 75 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 76 N 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.001 77 H 0.001 0.001 0.001 0.976 0.002 0.019 0.002 78 I 0.001 0.001 0.002 0.972 0.003 0.016 0.006 79 K 0.001 0.001 0.004 0.964 0.006 0.019 0.005 80 K 0.003 0.001 0.013 0.915 0.005 0.051 0.012 81 K 0.002 0.001 0.015 0.847 0.017 0.095 0.023 82 Y 0.010 0.004 0.036 0.663 0.038 0.166 0.082 83 A 0.009 0.002 0.127 0.408 0.076 0.304 0.073 84 S 0.004 0.001 0.081 0.211 0.074 0.608 0.022 85 D 0.027 0.003 0.038 0.130 0.192 0.450 0.159 86 L 0.271 0.008 0.002 0.025 0.085 0.022 0.586 87 L 0.657 0.008 0.001 0.006 0.057 0.006 0.265 88 I 0.888 0.022 0.003 0.006 0.010 0.003 0.068 89 H 0.894 0.006 0.005 0.005 0.010 0.004 0.076 90 I 0.841 0.003 0.016 0.009 0.022 0.010 0.099 91 G 0.845 0.003 0.011 0.007 0.026 0.021 0.087 92 F 0.836 0.013 0.013 0.010 0.031 0.026 0.071 93 E 0.816 0.009 0.010 0.016 0.031 0.021 0.096 94 V 0.571 0.019 0.019 0.037 0.045 0.030 0.280 95 D 0.536 0.023 0.030 0.041 0.056 0.070 0.244 96 Y 0.329 0.054 0.045 0.059 0.153 0.104 0.255 97 L 0.216 0.033 0.029 0.059 0.154 0.061 0.447 98 I 0.039 0.005 0.076 0.167 0.163 0.340 0.211 99 G 0.014 0.005 0.075 0.197 0.186 0.377 0.146 100 Y 0.012 0.009 0.061 0.360 0.156 0.136 0.266 101 E 0.008 0.003 0.033 0.740 0.055 0.064 0.097 102 D 0.008 0.002 0.026 0.838 0.026 0.058 0.042 103 F 0.004 0.003 0.021 0.877 0.021 0.037 0.038 104 T 0.003 0.002 0.008 0.927 0.012 0.020 0.027 105 R 0.003 0.001 0.009 0.940 0.011 0.022 0.014 106 D 0.003 0.001 0.012 0.934 0.007 0.031 0.013 107 F 0.002 0.001 0.018 0.900 0.012 0.044 0.023 108 L 0.003 0.004 0.032 0.824 0.020 0.086 0.030 109 N 0.002 0.002 0.043 0.718 0.034 0.160 0.041 110 E 0.001 0.001 0.037 0.566 0.062 0.261 0.071 111 Y 0.001 0.004 0.040 0.322 0.059 0.353 0.220 112 G 0.001 0.002 0.043 0.063 0.063 0.107 0.720 113 P 0.006 0.018 0.092 0.082 0.139 0.116 0.547 114 Q 0.028 0.026 0.097 0.100 0.156 0.293 0.300 115 T 0.060 0.003 0.005 0.008 0.085 0.018 0.821 116 D 0.113 0.001 0.001 0.002 0.728 0.004 0.151 117 D 0.967 0.012 0.001 0.002 0.005 0.001 0.012 118 G 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 119 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 120 L 0.965 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.024 121 S 0.729 0.003 0.004 0.005 0.054 0.013 0.192 122 L 0.512 0.009 0.024 0.022 0.131 0.054 0.249 123 H 0.407 0.049 0.064 0.034 0.136 0.087 0.223 124 F 0.423 0.062 0.051 0.043 0.120 0.083 0.218 125 L 0.322 0.037 0.047 0.054 0.137 0.122 0.280 126 E 0.135 0.021 0.044 0.047 0.183 0.274 0.297 127 G 0.073 0.013 0.057 0.062 0.244 0.284 0.267 128 Q 0.076 0.019 0.065 0.088 0.249 0.189 0.313 129 G 0.071 0.015 0.078 0.096 0.199 0.189 0.352 130 G 0.072 0.021 0.090 0.156 0.165 0.182 0.314 131 F 0.071 0.029 0.067 0.185 0.155 0.144 0.350 132 R 0.060 0.018 0.064 0.250 0.155 0.113 0.340 133 S 0.050 0.013 0.070 0.342 0.102 0.111 0.312 134 I 0.040 0.010 0.088 0.513 0.081 0.108 0.160 135 D 0.041 0.011 0.074 0.545 0.070 0.111 0.148 136 F 0.024 0.014 0.043 0.573 0.078 0.100 0.167 137 S 0.020 0.009 0.022 0.577 0.072 0.088 0.212 138 A 0.010 0.004 0.021 0.717 0.051 0.085 0.113 139 E 0.008 0.003 0.017 0.789 0.047 0.051 0.085 140 D 0.006 0.004 0.022 0.795 0.041 0.044 0.088 141 Y 0.005 0.003 0.016 0.844 0.025 0.053 0.054 142 N 0.006 0.002 0.013 0.831 0.021 0.083 0.044 143 E 0.006 0.002 0.016 0.727 0.033 0.162 0.054 144 G 0.012 0.005 0.018 0.623 0.050 0.190 0.103 145 I 0.034 0.010 0.027 0.582 0.082 0.075 0.190 146 V 0.047 0.008 0.056 0.640 0.055 0.070 0.123 147 Q 0.033 0.009 0.065 0.627 0.051 0.103 0.112 148 F 0.024 0.009 0.083 0.647 0.050 0.098 0.090 149 Y 0.022 0.004 0.088 0.584 0.054 0.185 0.063 150 G 0.018 0.005 0.085 0.475 0.075 0.254 0.089 151 G 0.013 0.010 0.061 0.353 0.163 0.162 0.239 152 F 0.016 0.009 0.041 0.321 0.128 0.185 0.300 153 E 0.009 0.004 0.045 0.309 0.132 0.312 0.189 154 Q 0.009 0.007 0.038 0.410 0.188 0.160 0.188 155 A 0.007 0.014 0.022 0.536 0.085 0.052 0.283 156 Q 0.001 0.001 0.008 0.925 0.016 0.014 0.034 157 L 0.001 0.001 0.003 0.973 0.005 0.009 0.009 158 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.004 0.007 0.005 159 Y 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.007 0.003 160 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 161 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.009 0.002 162 G 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.009 0.003 163 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.003 164 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 165 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 166 S 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 167 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.002 168 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 169 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 170 D 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 171 L 0.001 0.001 0.002 0.977 0.002 0.017 0.002 172 G 0.001 0.001 0.005 0.898 0.003 0.090 0.003 173 L 0.001 0.001 0.007 0.633 0.038 0.296 0.025 174 F 0.005 0.003 0.005 0.212 0.220 0.336 0.218 175 K 0.020 0.009 0.004 0.021 0.205 0.070 0.670 176 P 0.087 0.010 0.006 0.013 0.111 0.019 0.754 177 R 0.380 0.003 0.011 0.017 0.316 0.023 0.250 178 R 0.894 0.014 0.008 0.014 0.014 0.006 0.050 179 M 0.912 0.003 0.004 0.014 0.005 0.004 0.058 180 G 0.873 0.005 0.003 0.019 0.017 0.007 0.075 181 H 0.667 0.007 0.005 0.041 0.044 0.013 0.223 182 I 0.270 0.007 0.042 0.220 0.097 0.062 0.302 183 S 0.173 0.007 0.086 0.388 0.111 0.103 0.133 184 L 0.190 0.013 0.117 0.464 0.055 0.073 0.089 185 C 0.226 0.017 0.081 0.513 0.037 0.044 0.082 186 Q 0.255 0.014 0.063 0.465 0.044 0.069 0.090 187 K 0.190 0.010 0.049 0.437 0.072 0.142 0.101 188 F 0.107 0.013 0.042 0.336 0.133 0.192 0.177 189 Q 0.084 0.018 0.034 0.160 0.188 0.160 0.356 190 Q 0.055 0.018 0.045 0.110 0.188 0.164 0.420 191 F 0.040 0.019 0.056 0.116 0.195 0.137 0.438 192 F 0.027 0.011 0.075 0.112 0.164 0.195 0.416 193 G 0.019 0.009 0.111 0.140 0.147 0.213 0.361 194 E 0.017 0.009 0.152 0.220 0.158 0.197 0.248 195 D 0.019 0.014 0.172 0.242 0.114 0.192 0.246 196 T 0.022 0.021 0.165 0.325 0.108 0.133 0.227 197 S 0.021 0.016 0.102 0.390 0.111 0.120 0.240 198 D 0.015 0.010 0.099 0.411 0.112 0.206 0.147 199 F 0.007 0.007 0.071 0.351 0.129 0.206 0.229 200 S 0.003 0.004 0.070 0.574 0.082 0.102 0.165 201 E 0.001 0.001 0.081 0.738 0.031 0.115 0.033 202 E 0.001 0.002 0.061 0.777 0.023 0.102 0.034 203 V 0.001 0.001 0.025 0.916 0.010 0.024 0.024 204 M 0.001 0.001 0.004 0.973 0.006 0.009 0.007 205 E 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.010 0.005 206 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.003 207 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 208 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 209 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 210 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 211 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 212 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 213 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 214 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 215 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 216 K 0.001 0.001 0.002 0.902 0.002 0.092 0.001 217 R 0.001 0.001 0.001 0.195 0.011 0.790 0.003 218 D 0.001 0.001 0.001 0.005 0.057 0.877 0.058 219 Y 0.063 0.002 0.001 0.002 0.183 0.011 0.739 220 E 0.808 0.018 0.001 0.001 0.018 0.002 0.153 221 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 222 D 0.977 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 223 F 0.942 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.045 224 N 0.721 0.004 0.004 0.003 0.071 0.015 0.183 225 T 0.207 0.012 0.029 0.026 0.168 0.055 0.504 226 A 0.085 0.013 0.081 0.052 0.249 0.143 0.378 227 G 0.078 0.009 0.207 0.121 0.156 0.262 0.168 228 L 0.073 0.033 0.237 0.179 0.131 0.139 0.208 229 F 0.066 0.043 0.117 0.185 0.163 0.111 0.314 230 K 0.054 0.021 0.141 0.199 0.145 0.170 0.271 231 P 0.024 0.008 0.166 0.164 0.119 0.367 0.152 232 L 0.017 0.009 0.180 0.107 0.118 0.407 0.163 233 C 0.027 0.018 0.099 0.083 0.209 0.245 0.318 234 G 0.022 0.009 0.069 0.037 0.213 0.331 0.318 235 E 0.031 0.012 0.045 0.025 0.367 0.091 0.429 236 T 0.053 0.033 0.030 0.020 0.157 0.052 0.654 237 Y 0.044 0.080 0.019 0.014 0.126 0.037 0.680 238 P 0.021 0.023 0.005 0.009 0.146 0.019 0.778 239 P 0.013 0.004 0.002 0.030 0.088 0.009 0.853 240 K 0.001 0.001 0.011 0.972 0.005 0.007 0.004 241 K 0.001 0.001 0.006 0.985 0.002 0.004 0.002 242 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 243 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 244 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 245 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 246 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 247 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 248 E 0.001 0.001 0.001 0.935 0.001 0.061 0.001 249 L 0.001 0.001 0.001 0.221 0.006 0.771 0.001 250 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.966 0.021 251 I 0.006 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.965 252 P 0.417 0.019 0.001 0.001 0.052 0.002 0.509 253 F 0.847 0.020 0.001 0.001 0.006 0.002 0.124 254 V 0.936 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.051 255 Y 0.943 0.004 0.001 0.001 0.014 0.003 0.035 256 G 0.587 0.007 0.004 0.004 0.079 0.012 0.308 257 S 0.128 0.009 0.016 0.010 0.327 0.061 0.450 258 D 0.050 0.011 0.044 0.023 0.336 0.200 0.335 259 S 0.034 0.027 0.050 0.032 0.271 0.232 0.355 260 H 0.019 0.022 0.038 0.065 0.362 0.162 0.332 261 G 0.014 0.020 0.050 0.083 0.277 0.105 0.451 262 V 0.011 0.010 0.245 0.319 0.098 0.144 0.174 263 Q 0.012 0.005 0.289 0.387 0.087 0.128 0.093 264 D 0.012 0.011 0.357 0.381 0.041 0.115 0.084 265 I 0.014 0.009 0.162 0.538 0.054 0.125 0.097 266 G 0.016 0.009 0.089 0.507 0.054 0.179 0.146 267 R 0.012 0.005 0.055 0.484 0.089 0.263 0.092 268 G 0.012 0.010 0.025 0.531 0.082 0.197 0.142 269 Y 0.008 0.004 0.022 0.788 0.047 0.032 0.099 270 S 0.008 0.002 0.032 0.869 0.016 0.034 0.039 271 T 0.010 0.001 0.044 0.863 0.019 0.040 0.024 272 Y 0.016 0.003 0.056 0.816 0.025 0.050 0.033 273 C 0.031 0.007 0.032 0.686 0.039 0.125 0.079 274 Q 0.024 0.009 0.022 0.439 0.007 0.262 0.237 275 K 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.006 0.970